This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 123 genes and 14 clinical features across 178 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.
-
ASCL4 mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.
-
EIF3E mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 123 genes and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.
Clinical Features |
Time to Death |
AGE | GENDER |
KARNOFSKY PERFORMANCE SCORE |
HISTOLOGICAL TYPE |
PATHOLOGY T |
PATHOLOGY N |
PATHOLOGICSPREAD(M) |
TUMOR STAGE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
NUMBERPACKYEARSSMOKED | TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR | YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET |
COMPLETENESS OF RESECTION |
||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | t-test | Fisher's exact test | t-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | t-test | Fisher's exact test | t-test | Fisher's exact test | |
ASCL4 | 6 (3%) | 172 |
0.97 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.13 (1.00) |
1 (1.00) |
0.478 (1.00) |
1 (1.00) |
7.9e-07 (0.00128) |
0.267 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.152 (1.00) |
|
EIF3E | 5 (3%) | 173 |
0.18 (1.00) |
0.0795 (1.00) |
0.609 (1.00) |
1 (1.00) |
0.177 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0734 (1.00) |
0.151 (1.00) |
1 (1.00) |
6.29e-20 (1.02e-16) |
0.396 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CDKN2A | 26 (15%) | 152 |
0.245 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.877 (1.00) |
PIK3CA | 27 (15%) | 151 |
0.111 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.482 (1.00) |
1 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.0916 (1.00) |
1 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.967 (1.00) |
1 (1.00) |
NFE2L2 | 27 (15%) | 151 |
0.59 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.922 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0991 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.497 (1.00) |
TP53 | 141 (79%) | 37 |
0.139 (1.00) |
0.776 (1.00) |
1 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.378 (1.00) |
TPTE | 24 (13%) | 154 |
0.994 (1.00) |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00616 (1.00) |
0.033 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.0487 (1.00) |
KEAP1 | 22 (12%) | 156 |
0.25 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.882 (1.00) |
1 (1.00) |
0.951 (1.00) |
1 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.838 (1.00) |
SI | 36 (20%) | 142 |
0.94 (1.00) |
0.061 (1.00) |
0.0201 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0958 (1.00) |
0.0991 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.583 (1.00) |
PTEN | 14 (8%) | 164 |
0.02 (1.00) |
0.787 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.0371 (1.00) |
0.106 (1.00) |
1 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.294 (1.00) |
|
TRIM58 | 15 (8%) | 163 |
0.332 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.943 (1.00) |
1 (1.00) |
0.874 (1.00) |
1 (1.00) |
0.541 (1.00) |
1 (1.00) |
0.414 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR5L2 | 13 (7%) | 165 |
0.331 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.115 (1.00) |
1 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.6 (1.00) |
1 (1.00) |
0.708 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM5C | 27 (15%) | 151 |
0.667 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.0833 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.0794 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0506 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.536 (1.00) |
LRRC4C | 17 (10%) | 161 |
0.0578 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.0664 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0376 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.031 (1.00) |
ZBBX | 17 (10%) | 161 |
0.537 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.0777 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.0253 (1.00) |
0.0599 (1.00) |
1 (1.00) |
0.242 (1.00) |
1 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.549 (1.00) |
DPPA4 | 12 (7%) | 166 |
0.975 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.707 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0973 (1.00) |
1 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.0457 (1.00) |
ASB5 | 9 (5%) | 169 |
0.201 (1.00) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0308 (1.00) |
1 (1.00) |
0.527 (1.00) |
1 (1.00) |
0.897 (1.00) |
1 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.615 (1.00) |
|
PDYN | 10 (6%) | 168 |
0.814 (1.00) |
0.308 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0122 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.0354 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.189 (1.00) |
|
REG1B | 11 (6%) | 167 |
0.927 (1.00) |
0.155 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.0976 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0796 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0727 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CYP11B1 | 15 (8%) | 163 |
0.0474 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.00639 (1.00) |
0.415 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0333 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.0362 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.476 (1.00) |
CRB1 | 23 (13%) | 155 |
0.653 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.0729 (1.00) |
0.984 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.953 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.242 (1.00) |
OR6F1 | 13 (7%) | 165 |
0.0519 (1.00) |
0.0989 (1.00) |
0.747 (1.00) |
1 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.521 (1.00) |
1 (1.00) |
0.316 (1.00) |
1 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.142 (1.00) |
|
ESRRG | 12 (7%) | 166 |
0.327 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.0378 (1.00) |
1 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.923 (1.00) |
1 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR2T33 | 14 (8%) | 164 |
0.596 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.072 (1.00) |
0.0338 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.341 (1.00) |
1 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.598 (1.00) |
0.15 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR2G6 | 16 (9%) | 162 |
0.21 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.092 (1.00) |
0.961 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.504 (1.00) |
1 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.137 (1.00) |
USP29 | 17 (10%) | 161 |
0.278 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.348 (1.00) |
1 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.3 (1.00) |
REG3A | 11 (6%) | 167 |
0.424 (1.00) |
0.845 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.218 (1.00) |
1 (1.00) |
0.206 (1.00) |
1 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.911 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PNLIPRP3 | 12 (7%) | 166 |
0.354 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.00639 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0337 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.0659 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.168 (1.00) |
MAGEB2 | 9 (5%) | 169 |
0.82 (1.00) |
0.998 (1.00) |
0.7 (1.00) |
1 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.463 (1.00) |
1 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.0749 (1.00) |
|
SPHKAP | 27 (15%) | 151 |
0.401 (1.00) |
0.837 (1.00) |
1 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.0458 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.959 (1.00) |
1 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.238 (1.00) |
CFHR4 | 10 (6%) | 168 |
0.854 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.459 (1.00) |
1 (1.00) |
0.104 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.655 (1.00) |
|
CPS1 | 25 (14%) | 153 |
0.692 (1.00) |
0.628 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00639 (1.00) |
0.037 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.0882 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.759 (1.00) |
ELTD1 | 18 (10%) | 160 |
0.764 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.0452 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.0796 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.0648 (1.00) |
1 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.581 (1.00) |
OR4M2 | 14 (8%) | 164 |
0.688 (1.00) |
0.0466 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.609 (1.00) |
1 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.0567 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.0694 (1.00) |
|
OR51B2 | 10 (6%) | 168 |
0.715 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.696 (1.00) |
1 (1.00) |
0.463 (1.00) |
1 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.945 (1.00) |
0.369 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SLC13A1 | 12 (7%) | 166 |
0.685 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.0146 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.128 (1.00) |
|
TGIF2LX | 9 (5%) | 169 |
0.907 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.00645 (1.00) |
1 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.228 (1.00) |
1 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.0764 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.326 (1.00) |
REG3G | 8 (4%) | 170 |
0.145 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.0616 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.0967 (1.00) |
|
CBLN4 | 5 (3%) | 173 |
0.866 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.609 (1.00) |
1 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.658 (1.00) |
1 (1.00) |
0.411 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0378 (1.00) |
1 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.407 (1.00) |
|
OR10G8 | 10 (6%) | 168 |
0.0741 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.00645 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.908 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.525 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0102 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.655 (1.00) |
OR4M1 | 13 (7%) | 165 |
0.488 (1.00) |
0.532 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0627 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.399 (1.00) |
1 (1.00) |
0.399 (1.00) |
1 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.986 (1.00) |
0.167 (1.00) |
|
OR2T2 | 7 (4%) | 171 |
0.188 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.677 (1.00) |
1 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
0.773 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0162 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.189 (1.00) |
|
OR2T8 | 8 (4%) | 170 |
0.358 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.648 (1.00) |
1 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.478 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.571 (1.00) |
|
SPANXN1 | 5 (3%) | 173 |
0.0158 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0883 (1.00) |
0.84 (1.00) |
1 (1.00) |
||
C20ORF26 | 20 (11%) | 158 |
0.27 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.00639 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.357 (1.00) |
1 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.277 (1.00) |
ZEB2 | 15 (8%) | 163 |
0.106 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.476 (1.00) |
PSG6 | 9 (5%) | 169 |
0.959 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.115 (1.00) |
1 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.276 (1.00) |
1 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.145 (1.00) |
|
REG1A | 11 (6%) | 167 |
0.995 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
0.542 (1.00) |
1 (1.00) |
0.451 (1.00) |
1 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.691 (1.00) |
CLSTN2 | 17 (10%) | 161 |
0.232 (1.00) |
0.949 (1.00) |
1 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.00522 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.352 (1.00) |
1 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.992 (1.00) |
0.322 (1.00) |
MTNR1B | 10 (6%) | 168 |
0.632 (1.00) |
0.0865 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.616 (1.00) |
1 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.762 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.0911 (1.00) |
0.0137 (1.00) |
RB1 | 12 (7%) | 166 |
0.73 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.0539 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.321 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
1 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.263 (1.00) |
|
ZNF567 | 3 (2%) | 175 |
0.727 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.171 (1.00) |
1 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.00209 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0214 (1.00) |
1 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.608 (1.00) |
1 (1.00) |
||
OR2A5 | 8 (4%) | 170 |
0.851 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.912 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0234 (1.00) |
0.334 (1.00) |
1 (1.00) |
0.637 (1.00) |
1 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.522 (1.00) |
|
PARK2 | 10 (6%) | 168 |
0.826 (1.00) |
0.324 (1.00) |
1 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HS6ST1 | 5 (3%) | 173 |
0.528 (1.00) |
0.907 (1.00) |
1 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.658 (1.00) |
1 (1.00) |
0.237 (1.00) |
1 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.0958 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RNF144A | 7 (4%) | 171 |
0.931 (1.00) |
0.499 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.883 (1.00) |
1 (1.00) |
0.334 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.376 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CALN1 | 9 (5%) | 169 |
0.794 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.266 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.171 (1.00) |
1 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.366 (1.00) |
ZNF80 | 7 (4%) | 171 |
0.728 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.0459 (1.00) |
1 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.189 (1.00) |
|
CLVS2 | 9 (5%) | 169 |
0.84 (1.00) |
0.0779 (1.00) |
0.246 (1.00) |
1 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.658 (1.00) |
1 (1.00) |
0.112 (1.00) |
1 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.278 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR5M9 | 8 (4%) | 170 |
0.114 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.683 (1.00) |
1 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.301 (1.00) |
0.0568 (1.00) |
0.897 (1.00) |
1 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.0749 (1.00) |
|
SLC17A8 | 13 (7%) | 165 |
0.698 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.00631 (1.00) |
0.0627 (1.00) |
0.0212 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00899 (1.00) |
0.0637 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
TECRL | 9 (5%) | 169 |
0.664 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.0559 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.662 (1.00) |
1 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.227 (1.00) |
|
OR4D5 | 9 (5%) | 169 |
0.333 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.0308 (1.00) |
1 (1.00) |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
0.154 (1.00) |
1 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.162 (1.00) |
1 (1.00) |
|
POTEG | 10 (6%) | 168 |
0.394 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.00645 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.0448 (1.00) |
0.497 (1.00) |
1 (1.00) |
0.203 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00414 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.168 (1.00) |
TEX13A | 8 (4%) | 170 |
0.872 (1.00) |
0.0789 (1.00) |
0.437 (1.00) |
1 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.0336 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0705 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.034 (1.00) |
0.0749 (1.00) |
|
HIST2H2BE | 3 (2%) | 175 |
0.605 (1.00) |
0.39 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.136 (1.00) |
1 (1.00) |
0.054 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.62 (1.00) |
1 (1.00) |
||
KCNJ3 | 11 (6%) | 167 |
0.371 (1.00) |
0.762 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.27 (1.00) |
1 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.332 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NUCB2 | 6 (3%) | 172 |
0.0527 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.02 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.549 (1.00) |
1 (1.00) |
0.000263 (0.425) |
1 (1.00) |
0.0787 (1.00) |
0.0406 (1.00) |
|
TRHDE | 14 (8%) | 164 |
0.465 (1.00) |
0.056 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.0337 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.353 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR14A16 | 10 (6%) | 168 |
0.546 (1.00) |
0.369 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0379 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.168 (1.00) |
1 (1.00) |
0.408 (1.00) |
1 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR6K3 | 8 (4%) | 170 |
0.622 (1.00) |
0.253 (1.00) |
1 (1.00) |
0.244 (1.00) |
1 (1.00) |
0.532 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
1 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.607 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SLC6A5 | 6 (3%) | 172 |
0.988 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.343 (1.00) |
1 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.839 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.433 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR2AK2 | 8 (4%) | 170 |
0.555 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.437 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.301 (1.00) |
1 (1.00) |
0.376 (1.00) |
1 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.0272 (1.00) |
0.868 (1.00) |
1 (1.00) |
|
FAM5B | 14 (8%) | 164 |
0.38 (1.00) |
0.468 (1.00) |
1 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.243 (1.00) |
1 (1.00) |
0.756 (1.00) |
1 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.216 (1.00) |
|
OR10A4 | 8 (4%) | 170 |
0.562 (1.00) |
0.604 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.0683 (1.00) |
1 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.221 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR8H1 | 8 (4%) | 170 |
0.187 (1.00) |
0.545 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.981 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.284 (1.00) |
|
PYHIN1 | 11 (6%) | 167 |
0.397 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.0696 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.753 (1.00) |
1 (1.00) |
0.000389 (0.628) |
0.181 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.691 (1.00) |
|
CNTNAP4 | 16 (9%) | 162 |
0.847 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.0512 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.687 (1.00) |
1 (1.00) |
0.874 (1.00) |
1 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.549 (1.00) |
HRAS | 5 (3%) | 173 |
0.938 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.0932 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.416 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PRIM2 | 13 (7%) | 165 |
0.483 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.0521 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.0795 (1.00) |
0.159 (1.00) |
1 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.425 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SPOPL | 6 (3%) | 172 |
0.883 (1.00) |
0.0934 (1.00) |
0.343 (1.00) |
1 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.704 (1.00) |
1 (1.00) |
0.624 (1.00) |
1 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.683 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GPC5 | 11 (6%) | 167 |
0.025 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.0456 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.219 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0036 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.691 (1.00) |
|
HLA-A | 6 (3%) | 172 |
0.808 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.746 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.11 (1.00) |
1 (1.00) |
0.549 (1.00) |
1 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.467 (1.00) |
OR5AC2 | 7 (4%) | 171 |
0.878 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.857 (1.00) |
1 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.0834 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GABRA2 | 12 (7%) | 166 |
0.205 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.252 (1.00) |
1 (1.00) |
0.173 (1.00) |
1 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.0583 (1.00) |
0.232 (1.00) |
|
GBA3 | 9 (5%) | 169 |
0.827 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.0308 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.444 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
1 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.23 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KIRREL2 | 11 (6%) | 167 |
0.325 (1.00) |
0.0919 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0456 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.0796 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.266 (1.00) |
|
MS4A14 | 12 (7%) | 166 |
0.789 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.00639 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.803 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.404 (1.00) |
1 (1.00) |
TMEM195 | 8 (4%) | 170 |
0.255 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.112 (1.00) |
1 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.851 (1.00) |
1 (1.00) |
|
TMEM90A | 4 (2%) | 174 |
0.124 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.574 (1.00) |
1 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.0202 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0135 (1.00) |
1 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.242 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZFP42 | 8 (4%) | 170 |
0.19 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.437 (1.00) |
1 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.0785 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.0506 (1.00) |
|
LEPROT | 4 (2%) | 174 |
0.0229 (1.00) |
0.332 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0876 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.954 (1.00) |
1 (1.00) |
|
LRRTM3 | 8 (4%) | 170 |
0.703 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.103 (1.00) |
1 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.0967 (1.00) |
|
OR4N4 | 9 (5%) | 169 |
0.209 (1.00) |
0.926 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0708 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.0395 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.0941 (1.00) |
0.0953 (1.00) |
|
SNAI1 | 4 (2%) | 174 |
0.12 (1.00) |
0.846 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.597 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.656 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0857 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
APOBEC1 | 7 (4%) | 171 |
0.117 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.677 (1.00) |
1 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.642 (1.00) |
1 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.467 (1.00) |
|
BAGE2 | 3 (2%) | 175 |
0.861 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.318 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.588 (1.00) |
1 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.121 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CD5L | 8 (4%) | 170 |
0.686 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.112 (1.00) |
1 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.0568 (1.00) |
0.45 (1.00) |
1 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.0471 (1.00) |
0.898 (1.00) |
1 (1.00) |
|
LIN37 | 3 (2%) | 175 |
0.659 (1.00) |
0.373 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.466 (1.00) |
1 (1.00) |
0.165 (1.00) |
1 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.268 (1.00) |
||||
OR4C11 | 7 (4%) | 171 |
0.714 (1.00) |
0.608 (1.00) |
1 (1.00) |
0.217 (1.00) |
1 (1.00) |
0.548 (1.00) |
1 (1.00) |
0.147 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00709 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR8K5 | 6 (3%) | 172 |
0.151 (1.00) |
0.175 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.624 (1.00) |
1 (1.00) |
0.817 (1.00) |
1 (1.00) |
0.925 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GABRG3 | 10 (6%) | 168 |
0.44 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.725 (1.00) |
1 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.387 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00208 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.053 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KRTAP10-7 | 7 (4%) | 171 |
0.0467 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.677 (1.00) |
1 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.0949 (1.00) |
1 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.892 (1.00) |
1 (1.00) |
||
UGT3A2 | 10 (6%) | 168 |
0.756 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.333 (1.00) |
1 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.945 (1.00) |
0.9 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PRB2 | 7 (4%) | 171 |
0.331 (1.00) |
0.706 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.345 (1.00) |
1 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.104 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HDAC9 | 14 (8%) | 164 |
0.157 (1.00) |
0.651 (1.00) |
1 (1.00) |
0.072 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.341 (1.00) |
1 (1.00) |
0.000251 (0.406) |
0.869 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.216 (1.00) |
|
HAO1 | 7 (4%) | 171 |
0.171 (1.00) |
0.187 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.48 (1.00) |
1 (1.00) |
0.508 (1.00) |
1 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.532 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR2T12 | 8 (4%) | 170 |
0.73 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.0501 (1.00) |
0.362 (1.00) |
1 (1.00) |
0.395 (1.00) |
1 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.934 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR5AS1 | 7 (4%) | 171 |
0.00862 (1.00) |
0.899 (1.00) |
1 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.113 (1.00) |
1 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.762 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SCN7A | 14 (8%) | 164 |
0.354 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.00681 (1.00) |
0.506 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.717 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SNTG2 | 8 (4%) | 170 |
0.723 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.00645 (1.00) |
1 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.414 (1.00) |
1 (1.00) |
0.358 (1.00) |
1 (1.00) |
FRG2B | 5 (3%) | 173 |
0.799 (1.00) |
0.206 (1.00) |
1 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.795 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
0.46 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.407 (1.00) |
||
OR8K3 | 7 (4%) | 171 |
0.519 (1.00) |
0.943 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.141 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
1 (1.00) |
0.552 (1.00) |
1 (1.00) |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR5T1 | 10 (6%) | 168 |
0.019 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.829 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.813 (1.00) |
1 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.988 (1.00) |
1 (1.00) |
|
FCAR | 8 (4%) | 170 |
0.736 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.0243 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.604 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0506 (1.00) |
1 (1.00) |
0.382 (1.00) |
1 (1.00) |
0.227 (1.00) |
||
OR2M7 | 8 (4%) | 170 |
0.108 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.326 (1.00) |
|
CPXCR1 | 6 (3%) | 172 |
0.68 (1.00) |
0.0334 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
0.0276 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00437 (1.00) |
1 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.076 (1.00) |
||
COL6A6 | 19 (11%) | 159 |
1 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.854 (1.00) |
1 (1.00) |
0.682 (1.00) |
1 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.026 (1.00) |
1 (1.00) |
GP2 | 11 (6%) | 167 |
0.187 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.0184 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.332 (1.00) |
1 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.0519 (1.00) |
0.0257 (1.00) |
|
CCDC85A | 9 (5%) | 169 |
0.00876 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.898 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0935 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.221 (1.00) |
1 (1.00) |
|
OR2T3 | 6 (3%) | 172 |
0.267 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.502 (1.00) |
1 (1.00) |
0.408 (1.00) |
1 (1.00) |
0.812 (1.00) |
1 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.0406 (1.00) |
|
PRR23B | 9 (5%) | 169 |
0.147 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.246 (1.00) |
1 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.228 (1.00) |
1 (1.00) |
0.219 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0654 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.145 (1.00) |
|
RTN1 | 12 (7%) | 166 |
0.211 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.0539 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.449 (1.00) |
1 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
P value = 7.9e-07 (t-test), Q value = 0.0013
Table S1. Gene #36: 'ASCL4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 146 | 52.5 (31.3) |
ASCL4 MUTATED | 4 | 23.8 (4.8) |
ASCL4 WILD-TYPE | 142 | 53.3 (31.4) |
Figure S1. Get High-res Image Gene #36: 'ASCL4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'
![](D36V11.png)
P value = 6.29e-20 (t-test), Q value = 1e-16
Table S2. Gene #121: 'EIF3E MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'
nPatients | Mean (Std.Dev) | |
---|---|---|
ALL | 146 | 52.5 (31.3) |
EIF3E MUTATED | 3 | 25.0 (0.0) |
EIF3E WILD-TYPE | 143 | 53.1 (31.4) |
Figure S2. Get High-res Image Gene #121: 'EIF3E MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'
![](D121V11.png)
-
Mutation data file = LUSC-TP.mutsig.cluster.txt
-
Clinical data file = LUSC-TP.clin.merged.picked.txt
-
Number of patients = 178
-
Number of significantly mutated genes = 123
-
Number of selected clinical features = 14
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.