This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.
Testing the association between mutation status of 123 genes and 10 molecular subtypes across 178 patients, 7 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.
-
NFE2L2 mutation correlated to 'MRNA_CNMF', 'MRNA_CHIERARCHICAL', 'MRNASEQ_CNMF', 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL', and 'MIRSEQ_CHIERARCHICAL'.
-
TP53 mutation correlated to 'CN_CNMF'.
-
KEAP1 mutation correlated to 'MRNA_CHIERARCHICAL'.
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 123 genes and 10 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 7 significant findings detected.
Clinical Features |
MRNA CNMF |
MRNA CHIERARCHICAL |
CN CNMF |
METHLYATION CNMF |
RPPA CNMF |
RPPA CHIERARCHICAL |
MRNASEQ CNMF |
MRNASEQ CHIERARCHICAL |
MIRSEQ CNMF |
MIRSEQ CHIERARCHICAL |
||
nMutated (%) | nWild-Type | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
NFE2L2 | 27 (15%) | 151 |
0.000113 (0.132) |
0.000142 (0.165) |
0.00838 (1.00) |
0.0476 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.144 (1.00) |
9.14e-07 (0.00107) |
1.05e-05 (0.0123) |
0.000505 (0.585) |
3.28e-05 (0.0383) |
TP53 | 141 (79%) | 37 |
0.0339 (1.00) |
0.0304 (1.00) |
5.06e-05 (0.0589) |
0.00151 (1.00) |
1 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.0107 (1.00) |
0.0176 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.453 (1.00) |
KEAP1 | 22 (12%) | 156 |
0.00141 (1.00) |
0.00016 (0.186) |
0.0603 (1.00) |
0.0621 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.0963 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.00836 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.103 (1.00) |
CDKN2A | 26 (15%) | 152 |
0.000633 (0.734) |
0.0142 (1.00) |
0.0147 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.53 (1.00) |
PIK3CA | 27 (15%) | 151 |
0.628 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.919 (1.00) |
1 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.961 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.606 (1.00) |
TPTE | 24 (13%) | 154 |
0.125 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.0171 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.0229 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.411 (1.00) |
SI | 36 (20%) | 142 |
0.653 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.678 (1.00) |
PTEN | 14 (8%) | 164 |
0.565 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.658 (1.00) |
TRIM58 | 15 (8%) | 163 |
0.96 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.413 (1.00) |
1 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.276 (1.00) |
OR5L2 | 13 (7%) | 165 |
0.451 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.23 (1.00) |
FAM5C | 27 (15%) | 151 |
0.564 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.176 (1.00) |
LRRC4C | 17 (10%) | 161 |
0.00948 (1.00) |
0.067 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.702 (1.00) |
1 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.0619 (1.00) |
ZBBX | 17 (10%) | 161 |
0.388 (1.00) |
0.318 (1.00) |
1 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.436 (1.00) |
1 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.102 (1.00) |
DPPA4 | 12 (7%) | 166 |
0.00938 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.806 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.0945 (1.00) |
0.0307 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
0.103 (1.00) |
ASB5 | 9 (5%) | 169 |
0.388 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.0213 (1.00) |
0.474 (1.00) |
1 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.504 (1.00) |
|
PDYN | 10 (6%) | 168 |
0.105 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.032 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.049 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.811 (1.00) |
REG1B | 11 (6%) | 167 |
0.552 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.0881 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.0324 (1.00) |
0.41 (1.00) |
CYP11B1 | 15 (8%) | 163 |
0.921 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.0731 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.736 (1.00) |
CRB1 | 23 (13%) | 155 |
0.355 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.844 (1.00) |
1 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.415 (1.00) |
OR6F1 | 13 (7%) | 165 |
0.0863 (1.00) |
0.0193 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.927 (1.00) |
ESRRG | 12 (7%) | 166 |
0.0148 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.806 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.331 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2T33 | 14 (8%) | 164 |
0.819 (1.00) |
1 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.0362 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.46 (1.00) |
OR2G6 | 16 (9%) | 162 |
0.101 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.549 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.447 (1.00) |
USP29 | 17 (10%) | 161 |
0.737 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.732 (1.00) |
1 (1.00) |
0.771 (1.00) |
1 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.774 (1.00) |
REG3A | 11 (6%) | 167 |
0.854 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.0621 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.296 (1.00) |
PNLIPRP3 | 12 (7%) | 166 |
0.703 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.322 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.365 (1.00) |
MAGEB2 | 9 (5%) | 169 |
0.276 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.826 (1.00) |
1 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.0727 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.791 (1.00) |
SPHKAP | 27 (15%) | 151 |
0.0206 (1.00) |
0.00255 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.00875 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.452 (1.00) |
0.261 (1.00) |
CFHR4 | 10 (6%) | 168 |
0.442 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.182 (1.00) |
|
CPS1 | 25 (14%) | 153 |
0.525 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.241 (1.00) |
1 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.411 (1.00) |
ELTD1 | 18 (10%) | 160 |
0.0773 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.079 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.869 (1.00) |
OR4M2 | 14 (8%) | 164 |
0.357 (1.00) |
0.0903 (1.00) |
0.576 (1.00) |
1 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.05 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.0703 (1.00) |
OR51B2 | 10 (6%) | 168 |
0.152 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.666 (1.00) |
|
SLC13A1 | 12 (7%) | 166 |
0.565 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.801 (1.00) |
1 (1.00) |
TGIF2LX | 9 (5%) | 169 |
0.735 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.436 (1.00) |
1 (1.00) |
ASCL4 | 6 (3%) | 172 |
0.022 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.733 (1.00) |
REG3G | 8 (4%) | 170 |
0.139 (1.00) |
0.0994 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0399 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.0767 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.621 (1.00) |
||
CBLN4 | 5 (3%) | 173 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.146 (1.00) |
1 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.512 (1.00) |
||
OR10G8 | 10 (6%) | 168 |
0.129 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.363 (1.00) |
1 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.168 (1.00) |
OR4M1 | 13 (7%) | 165 |
0.639 (1.00) |
1 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.0917 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.857 (1.00) |
OR2T2 | 7 (4%) | 171 |
0.00747 (1.00) |
0.0012 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.538 (1.00) |
1 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.532 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2T8 | 8 (4%) | 170 |
0.217 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.00727 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.666 (1.00) |
||
SPANXN1 | 5 (3%) | 173 |
0.729 (1.00) |
1 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.704 (1.00) |
1 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.256 (1.00) |
|
C20ORF26 | 20 (11%) | 158 |
0.816 (1.00) |
0.0643 (1.00) |
0.0432 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.0998 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.212 (1.00) |
ZEB2 | 15 (8%) | 163 |
0.639 (1.00) |
1 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.183 (1.00) |
1 (1.00) |
0.938 (1.00) |
1 (1.00) |
0.304 (1.00) |
PSG6 | 9 (5%) | 169 |
0.774 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.791 (1.00) |
REG1A | 11 (6%) | 167 |
0.581 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.839 (1.00) |
1 (1.00) |
0.8 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.453 (1.00) |
CLSTN2 | 17 (10%) | 161 |
0.64 (1.00) |
0.0865 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.902 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.661 (1.00) |
1 (1.00) |
0.882 (1.00) |
MTNR1B | 10 (6%) | 168 |
0.587 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.85 (1.00) |
1 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.666 (1.00) |
RB1 | 12 (7%) | 166 |
0.439 (1.00) |
0.0262 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.717 (1.00) |
ZNF567 | 3 (2%) | 175 |
0.292 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.0741 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.256 (1.00) |
|||
OR2A5 | 8 (4%) | 170 |
0.323 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.00334 (1.00) |
0.0481 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.733 (1.00) |
PARK2 | 10 (6%) | 168 |
0.144 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.0306 (1.00) |
0.049 (1.00) |
1 (1.00) |
0.302 (1.00) |
|
HS6ST1 | 5 (3%) | 173 |
0.277 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.0662 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
RNF144A | 7 (4%) | 171 |
0.277 (1.00) |
0.372 (1.00) |
1 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.154 (1.00) |
|
CALN1 | 9 (5%) | 169 |
0.876 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.824 (1.00) |
1 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.699 (1.00) |
ZNF80 | 7 (4%) | 171 |
0.639 (1.00) |
1 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.197 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.831 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CLVS2 | 9 (5%) | 169 |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.485 (1.00) |
|||
OR5M9 | 8 (4%) | 170 |
0.452 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.839 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.621 (1.00) |
SLC17A8 | 13 (7%) | 165 |
0.373 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.0994 (1.00) |
0.798 (1.00) |
1 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.363 (1.00) |
TECRL | 9 (5%) | 169 |
0.466 (1.00) |
0.041 (1.00) |
1 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.129 (1.00) |
1 (1.00) |
OR4D5 | 9 (5%) | 169 |
0.657 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.0417 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.86 (1.00) |
1 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.637 (1.00) |
1 (1.00) |
POTEG | 10 (6%) | 168 |
0.276 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.474 (1.00) |
TEX13A | 8 (4%) | 170 |
0.462 (1.00) |
1 (1.00) |
0.352 (1.00) |
1 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.089 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.068 (1.00) |
|
HIST2H2BE | 3 (2%) | 175 |
0.4 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.161 (1.00) |
|||||
KCNJ3 | 11 (6%) | 167 |
1 (1.00) |
0.0262 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.398 (1.00) |
1 (1.00) |
NUCB2 | 6 (3%) | 172 |
0.238 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.0617 (1.00) |
0.162 (1.00) |
1 (1.00) |
TRHDE | 14 (8%) | 164 |
0.43 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.0729 (1.00) |
OR14A16 | 10 (6%) | 168 |
0.814 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.898 (1.00) |
OR6K3 | 8 (4%) | 170 |
0.671 (1.00) |
0.0541 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.474 (1.00) |
1 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.316 (1.00) |
|
SLC6A5 | 6 (3%) | 172 |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.288 (1.00) |
1 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.0872 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.494 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2AK2 | 8 (4%) | 170 |
0.466 (1.00) |
0.041 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.624 (1.00) |
1 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.374 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM5B | 14 (8%) | 164 |
1 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.582 (1.00) |
OR10A4 | 8 (4%) | 170 |
0.777 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.245 (1.00) |
1 (1.00) |
0.153 (1.00) |
1 (1.00) |
OR8H1 | 8 (4%) | 170 |
0.455 (1.00) |
0.0131 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.816 (1.00) |
1 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.733 (1.00) |
PYHIN1 | 11 (6%) | 167 |
0.712 (1.00) |
1 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.717 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.574 (1.00) |
CNTNAP4 | 16 (9%) | 162 |
0.796 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.196 (1.00) |
1 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.0131 (1.00) |
0.214 (1.00) |
HRAS | 5 (3%) | 173 |
0.898 (1.00) |
1 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.0959 (1.00) |
0.606 (1.00) |
|||
PRIM2 | 13 (7%) | 165 |
0.462 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.0179 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.142 (1.00) |
SPOPL | 6 (3%) | 172 |
0.735 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.625 (1.00) |
|
GPC5 | 11 (6%) | 167 |
0.416 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.894 (1.00) |
|
HLA-A | 6 (3%) | 172 |
0.0408 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.112 (1.00) |
1 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.625 (1.00) |
OR5AC2 | 7 (4%) | 171 |
0.383 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.788 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.154 (1.00) |
GABRA2 | 12 (7%) | 166 |
0.174 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.826 (1.00) |
1 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.0806 (1.00) |
0.0778 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.898 (1.00) |
GBA3 | 9 (5%) | 169 |
0.152 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.18 (1.00) |
KIRREL2 | 11 (6%) | 167 |
0.712 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.296 (1.00) |
MS4A14 | 12 (7%) | 166 |
0.732 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.333 (1.00) |
TMEM195 | 8 (4%) | 170 |
0.659 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.659 (1.00) |
1 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.887 (1.00) |
1 (1.00) |
0.699 (1.00) |
TMEM90A | 4 (2%) | 174 |
0.813 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.78 (1.00) |
|||
ZFP42 | 8 (4%) | 170 |
0.119 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.907 (1.00) |
1 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.167 (1.00) |
1 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.177 (1.00) |
|
LEPROT | 4 (2%) | 174 |
0.19 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.661 (1.00) |
1 (1.00) |
0.589 (1.00) |
|||
LRRTM3 | 8 (4%) | 170 |
0.538 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.139 (1.00) |
1 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.485 (1.00) |
OR4N4 | 9 (5%) | 169 |
0.712 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.907 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.894 (1.00) |
|
SNAI1 | 4 (2%) | 174 |
0.659 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.812 (1.00) |
|||
APOBEC1 | 7 (4%) | 171 |
0.0576 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.0567 (1.00) |
0.0173 (1.00) |
1 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.0765 (1.00) |
1 (1.00) |
BAGE2 | 3 (2%) | 175 |
0.34 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.256 (1.00) |
|||
CD5L | 8 (4%) | 170 |
0.0869 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.0973 (1.00) |
1 (1.00) |
LIN37 | 3 (2%) | 175 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.419 (1.00) |
|||||
OR4C11 | 7 (4%) | 171 |
0.485 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.0197 (1.00) |
0.0748 (1.00) |
0.86 (1.00) |
1 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.512 (1.00) |
OR8K5 | 6 (3%) | 172 |
0.813 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.875 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.733 (1.00) |
||
GABRG3 | 10 (6%) | 168 |
1 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.282 (1.00) |
1 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.385 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0324 (1.00) |
0.735 (1.00) |
KRTAP10-7 | 7 (4%) | 171 |
0.0117 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.68 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
UGT3A2 | 10 (6%) | 168 |
0.885 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.303 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.811 (1.00) |
PRB2 | 7 (4%) | 171 |
1 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.0607 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.702 (1.00) |
1 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.444 (1.00) |
|
HDAC9 | 14 (8%) | 164 |
1 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.921 (1.00) |
HAO1 | 7 (4%) | 171 |
0.484 (1.00) |
0.501 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.715 (1.00) |
|
OR2T12 | 8 (4%) | 170 |
0.373 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.942 (1.00) |
1 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.258 (1.00) |
OR5AS1 | 7 (4%) | 171 |
0.735 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.831 (1.00) |
1 (1.00) |
SCN7A | 14 (8%) | 164 |
0.264 (1.00) |
0.0567 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.0166 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.335 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SNTG2 | 8 (4%) | 170 |
0.659 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.0988 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.485 (1.00) |
FRG2B | 5 (3%) | 173 |
0.34 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.172 (1.00) |
1 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.393 (1.00) |
1 (1.00) |
0.113 (1.00) |
|
OR8K3 | 7 (4%) | 171 |
0.277 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.238 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.0234 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.154 (1.00) |
OR5T1 | 10 (6%) | 168 |
0.157 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.788 (1.00) |
1 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.521 (1.00) |
FCAR | 8 (4%) | 170 |
0.0141 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.0865 (1.00) |
0.444 (1.00) |
1 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.444 (1.00) |
OR2M7 | 8 (4%) | 170 |
0.298 (1.00) |
1 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.804 (1.00) |
1 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.18 (1.00) |
CPXCR1 | 6 (3%) | 172 |
0.729 (1.00) |
1 (1.00) |
0.875 (1.00) |
1 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.342 (1.00) |
|
COL6A6 | 19 (11%) | 159 |
0.316 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.566 (1.00) |
0.0649 (1.00) |
0.045 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.226 (1.00) |
GP2 | 11 (6%) | 167 |
0.565 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.843 (1.00) |
1 (1.00) |
0.225 (1.00) |
CCDC85A | 9 (5%) | 169 |
0.74 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.817 (1.00) |
0.835 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.252 (1.00) |
1 (1.00) |
OR2T3 | 6 (3%) | 172 |
0.628 (1.00) |
0.0638 (1.00) |
1 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.39 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
EIF3E | 5 (3%) | 173 |
0.294 (1.00) |
1 (1.00) |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.0142 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.652 (1.00) |
||
PRR23B | 9 (5%) | 169 |
0.19 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.0623 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.323 (1.00) |
1 (1.00) |
RTN1 | 12 (7%) | 166 |
0.0125 (1.00) |
0.00284 (1.00) |
0.39 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.917 (1.00) |
P value = 0.000113 (Fisher's exact test), Q value = 0.13
Table S1. Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'MRNA_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 |
---|---|---|---|---|
ALL | 38 | 46 | 15 | 22 |
NFE2L2 MUTATED | 0 | 14 | 1 | 1 |
NFE2L2 WILD-TYPE | 38 | 32 | 14 | 21 |
Figure S1. Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'MRNA_CNMF'
![](D3V1.png)
P value = 0.000142 (Fisher's exact test), Q value = 0.17
Table S2. Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 11 | 50 | 60 |
NFE2L2 MUTATED | 1 | 14 | 1 |
NFE2L2 WILD-TYPE | 10 | 36 | 59 |
Figure S2. Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'
![](D3V2.png)
P value = 9.14e-07 (Fisher's exact test), Q value = 0.0011
Table S3. Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 |
---|---|---|---|---|
ALL | 35 | 62 | 53 | 28 |
NFE2L2 MUTATED | 2 | 22 | 1 | 2 |
NFE2L2 WILD-TYPE | 33 | 40 | 52 | 26 |
Figure S3. Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
![](D3V7.png)
P value = 1.05e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.012
Table S4. Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 64 | 30 | 84 |
NFE2L2 MUTATED | 21 | 1 | 5 |
NFE2L2 WILD-TYPE | 43 | 29 | 79 |
Figure S4. Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
![](D3V8.png)
P value = 3.28e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.038
Table S5. Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'MIRSEQ_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 39 | 89 | 34 |
NFE2L2 MUTATED | 1 | 11 | 14 |
NFE2L2 WILD-TYPE | 38 | 78 | 20 |
Figure S5. Get High-res Image Gene #3: 'NFE2L2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #10: 'MIRSEQ_CHIERARCHICAL'
![](D3V10.png)
P value = 5.06e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.059
Table S6. Gene #4: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 56 | 67 | 55 |
TP53 MUTATED | 33 | 61 | 47 |
TP53 WILD-TYPE | 23 | 6 | 8 |
Figure S6. Get High-res Image Gene #4: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
![](D4V3.png)
P value = 0.00016 (Fisher's exact test), Q value = 0.19
Table S7. Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 11 | 50 | 60 |
KEAP1 MUTATED | 3 | 13 | 1 |
KEAP1 WILD-TYPE | 8 | 37 | 59 |
Figure S7. Get High-res Image Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'MRNA_CHIERARCHICAL'
![](D6V2.png)
-
Mutation data file = LUSC-TP.mutsig.cluster.txt
-
Molecular subtypes file = LUSC-TP.transferedmergedcluster.txt
-
Number of patients = 178
-
Number of significantly mutated genes = 123
-
Number of Molecular subtypes = 10
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.