Correlation between copy number variation genes (focal events) and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant copy number variation (cnv focal) genes and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 98 focal events and 17 clinical features across 495 patients, 12 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • amp_1q31.2 cnv correlated to 'AGE',  'NEOPLASM.DISEASESTAGE',  'PATHOLOGY.T.STAGE', and 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'.

  • amp_1q43 cnv correlated to 'AGE',  'NEOPLASM.DISEASESTAGE',  'PATHOLOGY.T.STAGE', and 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'.

  • amp_5p14.3 cnv correlated to 'AGE'.

  • amp_6p22.3 cnv correlated to 'Time to Death'.

  • amp_6p22.2 cnv correlated to 'Time to Death'.

  • amp_6p12.2 cnv correlated to 'Time to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 98 focal events and 17 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 12 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		RADIATIONEXPOSURE EXTRATHYROIDAL
EXTENSION 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		MULTIFOCALITY TUMOR
SIZE 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
amp 1q31 2 28 (6%) 467 0.187
(1.00) 		0.000103
(0.167) 		1e-05
(0.0164) 		0.0001
(0.163) 		0.00108
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.00687
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		6e-05
(0.0981) 		0.0339
(1.00) 		0.0314
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.00783
(1.00) 		0.011
(1.00) 		0.0259
(1.00)
amp 1q43 28 (6%) 467 0.0598
(1.00) 		5.71e-06
(0.00938) 		2e-05
(0.0328) 		2e-05
(0.0328) 		0.00276
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.00707
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		5e-05
(0.0818) 		0.0337
(1.00) 		0.0528
(1.00) 		0.0773
(1.00) 		0.0132
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.0846
(1.00)
amp 5p14 3 22 (4%) 473 0.0962
(1.00) 		6.81e-05
(0.111) 		0.0029
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.00504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.0623
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.0348
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.637
(1.00)
amp 6p22 3 3 (1%) 492 2.42e-05
(0.0397) 		0.27
(1.00) 		0.329
(1.00) 		1
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6p22 2 4 (1%) 491 8.73e-07
(0.00143) 		0.00429
(1.00) 		0.0393
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.623
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6p12 2 3 (1%) 492 0.000151
(0.246) 		0.232
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.607
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.529
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1p36 32 5 (1%) 490 0.803
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0807
(1.00) 		0.00725
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1p32 3 5 (1%) 490 0.897
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0283
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.0741
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00829
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 1p31 1 5 (1%) 490 0.905
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.0475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		1
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 2p16 1 3 (1%) 492 0.671
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0827
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.473
(1.00) 		1
(1.00)
amp 2q37 2 3 (1%) 492 0.885
(1.00) 		0.53
(1.00) 		1
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 3p22 3 4 (1%) 491 0.0113
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.0877
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00)
amp 3p14 1 5 (1%) 490 0.0157
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0746
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00)
amp 4p16 1 7 (1%) 488 0.0249
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.0939
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.183
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00)
amp 4q22 1 7 (1%) 488 0.0408
(1.00) 		0.039
(1.00) 		0.0461
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.095
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.183
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0359
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.767
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 4q28 2 6 (1%) 489 0.0217
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.027
(1.00) 		0.0999
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00)
amp 4q31 21 10 (2%) 485 0.377
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.00844
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		1
(1.00)
amp 4q32 3 7 (1%) 488 0.212
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.183
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.00867
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5q21 1 22 (4%) 473 0.102
(1.00) 		0.0283
(1.00) 		0.00688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00643
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0556
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.00197
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5q21 1 19 (4%) 476 0.0862
(1.00) 		0.00261
(1.00) 		0.00053
(0.86) 		0.563
(1.00) 		0.000814
(1.00) 		0.00837
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.00031
(0.505) 		0.816
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00)
amp 5q33 1 20 (4%) 475 0.0288
(1.00) 		0.0172
(1.00) 		0.00204
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.00648
(1.00) 		0.00068
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.0013
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.161
(1.00) 		1
(1.00) 		0.617
(1.00)
amp 5q35 2 19 (4%) 476 0.0689
(1.00) 		0.0038
(1.00) 		0.00281
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.00648
(1.00) 		0.00017
(0.277) 		0.296
(1.00) 		0.011
(1.00) 		0.0965
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0286
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.00128
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.611
(1.00)
amp 6p21 31 3 (1%) 492 0.00182
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.0116
(1.00) 		0.144
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.473
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6p21 2 4 (1%) 491 0.0498
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.339
(1.00)
amp 6q12 3 (1%) 492 0.878
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 6q27 4 (1%) 491 0.576
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 7q11 21 19 (4%) 476 0.344
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.00157
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00751
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.00031
(0.505) 		1
(1.00) 		0.57
(1.00) 		1
(1.00) 		0.611
(1.00)
amp 7q21 11 20 (4%) 475 0.407
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.00648
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.000179
(0.291) 		0.651
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.432
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(1.00)
amp 7q31 1 21 (4%) 474 0.365
(1.00) 		0.0916
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 7q34 21 (4%) 474 0.405
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(1.00)
amp 9q22 31 6 (1%) 489 0.705
(1.00) 		0.082
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 9q31 1 6 (1%) 489 0.108
(1.00) 		0.0448
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(1.00) 		1
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(1.00)
amp 9q34 3 7 (1%) 488 0.595
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(1.00)
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(1.00) 		0.00911
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 10q25 1 4 (1%) 491 0.754
(1.00) 		0.272
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0491
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 11p13 8 (2%) 487 0.565
(1.00) 		0.9
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 12p11 1 16 (3%) 479 0.44
(1.00) 		0.105
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.231
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 12q21 31 17 (3%) 478 0.477
(1.00) 		0.16
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 13q34 7 (1%) 488 0.697
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0914
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 14q12 13 (3%) 482 0.478
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(1.00)
amp 14q32 31 13 (3%) 482 0.547
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amp 18q12 1 7 (1%) 488 0.629
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(1.00) 		1
(1.00)
amp 18q22 1 7 (1%) 488 0.622
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.216
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp 18q22 3 8 (2%) 487 0.608
(1.00) 		0.987
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amp 19p13 3 8 (2%) 487 0.724
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(1.00) 		1
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amp 20p13 14 (3%) 481 0.368
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amp 20q13 11 14 (3%) 481 0.368
(1.00) 		0.247
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amp 20q13 2 14 (3%) 481 0.324
(1.00) 		0.0195
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amp 21q21 3 6 (1%) 489 0.629
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amp 22q11 21 7 (1%) 488 0.876
(1.00) 		0.796
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amp xp22 12 10 (2%) 485 0.0691
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(1.00) 		1
(1.00)
amp xp11 4 9 (2%) 486 0.0737
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(1.00) 		1
(1.00)
amp xp11 22 8 (2%) 487 0.064
(1.00) 		0.0445
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(1.00) 		1
(1.00)
amp xp11 22 8 (2%) 487 0.064
(1.00) 		0.00748
(1.00) 		0.0329
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp xp11 21 9 (2%) 486 0.293
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.0313
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(1.00) 		0.0866
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.085
(1.00) 		0.149
(1.00) 		1
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00)
amp xq21 2 8 (2%) 487 0.0737
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.0318
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0209
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq22 3 15 (3%) 480 0.11
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.775
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq23 9 (2%) 486 0.0839
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0506
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0234
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq24 9 (2%) 486 0.135
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0315
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq24 9 (2%) 486 0.0791
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.0492
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.824
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
amp xq28 10 (2%) 485 0.244
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.0695
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00924
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.387
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 1q24 2 3 (1%) 492 0.616
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00)
del 1q42 13 5 (1%) 490 0.513
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0416
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0494
(1.00)
del 2p23 1 12 (2%) 483 0.703
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.0038
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.00849
(1.00) 		1
(1.00) 		0.942
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 2q22 1 10 (2%) 485 0.588
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0284
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.0131
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.00511
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.00496
(1.00) 		1
(1.00) 		0.355
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 2q37 3 13 (3%) 482 0.235
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.0522
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.0118
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00)
del 4q34 3 5 (1%) 490 0.528
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.126
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0527
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00)
del 5p15 2 4 (1%) 491 0.897
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.028
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.339
(1.00)
del 6q22 31 7 (1%) 488 0.00549
(1.00) 		0.0767
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.00937
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.00901
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 7q34 4 (1%) 491 0.755
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.623
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.64
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 8p23 2 4 (1%) 491 0.876
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		0.455
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00)
del 8p22 4 (1%) 491 0.876
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.174
(1.00) 		1
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00)
del 8p12 4 (1%) 491 0.876
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		0.456
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00)
del 8q24 22 7 (1%) 488 0.847
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.0611
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.027
(1.00) 		1
(1.00) 		0.272
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 9p21 3 20 (4%) 475 0.0267
(1.00) 		0.00831
(1.00) 		0.00034
(0.553) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.678
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.38
(1.00)
del 9q22 33 25 (5%) 470 0.0364
(1.00) 		0.0033
(1.00) 		0.00045
(0.731) 		0.226
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0828
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.0196
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 10p12 31 7 (1%) 488 0.659
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.752
(1.00) 		1
(1.00) 		0.027
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00)
del 10q21 2 12 (2%) 483 0.525
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.611
(1.00)
del 10q23 31 12 (2%) 483 0.521
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0522
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.0341
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00229
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
del 11p15 1 7 (1%) 488 0.00076
(1.00) 		0.00061
(0.989) 		0.00563
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.0947
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.183
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.00754
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00)
del 13q12 13 18 (4%) 477 0.595
(1.00) 		0.00586
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.00282
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.611
(1.00)
del 13q22 1 19 (4%) 476 0.618
(1.00) 		0.076
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.0965
(1.00) 		0.00282
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.378
(1.00)
del 15q25 3 9 (2%) 486 0.57
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0863
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0901
(1.00) 		1
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.404
(1.00)
del 16q23 3 6 (1%) 489 0.073
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.00215
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.91
(1.00) 		1
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00)
del 17p13 1 7 (1%) 488 0.589
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00)
del 18q12 3 4 (1%) 491 0.765
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		0.373
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.187
(1.00)
del 19p13 2 7 (1%) 488 0.12
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.926
(1.00) 		1
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.027
(1.00) 		1
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.00272
(1.00) 		0.757
(1.00) 		1
(1.00)
del 19p13 12 8 (2%) 487 0.114
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.027
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.286
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00774
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00)
del 21q21 1 9 (2%) 486 0.843
(1.00) 		0.097
(1.00) 		0.00722
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00)
del 22q12 3 88 (18%) 407 0.525
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.529
(1.00) 		1
(1.00)
del 22q13 1 87 (18%) 408 0.529
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00)
del 22q13 2 87 (18%) 408 0.529
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00)
del 22q13 32 88 (18%) 407 0.527
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00)
del xq23 4 (1%) 491 0.76
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.0011
(1.00) 		0.0589
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.66
(1.00) 		1
(1.00)
del xq22 3 4 (1%) 491 0.76
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.00114
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		1
(1.00) 		0.66
(1.00) 		1
(1.00)
'amp_1q31.2' versus 'AGE'

P value = 0.000103 (Wilcoxon-test), Q value = 0.17

Table S1.  Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 495 47.1 (15.6)
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED 28 59.4 (17.4)
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE 467 46.4 (15.2)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'amp_1q31.2' versus 'NEOPLASM.DISEASESTAGE'

P value = 1e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.016

Table S2.  Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #3: 'NEOPLASM.DISEASESTAGE'

nPatients STAGE I STAGE II STAGE III STAGE IV STAGE IVA STAGE IVC
ALL 280 51 109 2 45 6
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED 7 0 12 1 8 0
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE 273 51 97 1 37 6

Figure S2.  Get High-res Image Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #3: 'NEOPLASM.DISEASESTAGE'

'amp_1q31.2' versus 'PATHOLOGY.T.STAGE'

P value = 1e-04 (Fisher's exact test), Q value = 0.16

Table S3.  Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

nPatients T1 T2 T3 T4
ALL 140 166 165 21
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED 2 4 18 4
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE 138 162 147 17

Figure S3.  Get High-res Image Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

'amp_1q31.2' versus 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'

P value = 6e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.098

Table S4.  Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #11: 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'

nPatients MINIMAL (T3) MODERATE/ADVANCED (T4A) NONE VERY ADVANCED (T4B)
ALL 130 16 328 1
AMP PEAK 4(1Q31.2) MUTATED 14 3 10 1
AMP PEAK 4(1Q31.2) WILD-TYPE 116 13 318 0

Figure S4.  Get High-res Image Gene #4: 'amp_1q31.2' versus Clinical Feature #11: 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'

'amp_1q43' versus 'AGE'

P value = 5.71e-06 (Wilcoxon-test), Q value = 0.0094

Table S5.  Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 495 47.1 (15.6)
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED 28 61.2 (15.6)
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE 467 46.2 (15.3)

Figure S5.  Get High-res Image Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'amp_1q43' versus 'NEOPLASM.DISEASESTAGE'

P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.033

Table S6.  Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #3: 'NEOPLASM.DISEASESTAGE'

nPatients STAGE I STAGE II STAGE III STAGE IV STAGE IVA STAGE IVC
ALL 280 51 109 2 45 6
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED 6 0 12 1 8 1
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE 274 51 97 1 37 5

Figure S6.  Get High-res Image Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #3: 'NEOPLASM.DISEASESTAGE'

'amp_1q43' versus 'PATHOLOGY.T.STAGE'

P value = 2e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.033

Table S7.  Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

nPatients T1 T2 T3 T4
ALL 140 166 165 21
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED 2 3 18 5
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE 138 163 147 16

Figure S7.  Get High-res Image Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #4: 'PATHOLOGY.T.STAGE'

'amp_1q43' versus 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'

P value = 5e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.082

Table S8.  Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #11: 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'

nPatients MINIMAL (T3) MODERATE/ADVANCED (T4A) NONE VERY ADVANCED (T4B)
ALL 130 16 328 1
AMP PEAK 5(1Q43) MUTATED 14 3 10 1
AMP PEAK 5(1Q43) WILD-TYPE 116 13 318 0

Figure S8.  Get High-res Image Gene #5: 'amp_1q43' versus Clinical Feature #11: 'EXTRATHYROIDAL.EXTENSION'

'amp_5p14.3' versus 'AGE'

P value = 6.81e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.11

Table S9.  Gene #15: 'amp_5p14.3' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 495 47.1 (15.6)
AMP PEAK 17(5P14.3) MUTATED 22 61.2 (15.4)
AMP PEAK 17(5P14.3) WILD-TYPE 473 46.4 (15.4)

Figure S9.  Get High-res Image Gene #15: 'amp_5p14.3' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'amp_6p22.3' versus 'Time to Death'

P value = 2.42e-05 (logrank test), Q value = 0.04

Table S10.  Gene #20: 'amp_6p22.3' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 491 14 0.0 - 158.8 (16.6)
AMP PEAK 22(6P22.3) MUTATED 3 1 8.1 - 33.6 (13.6)
AMP PEAK 22(6P22.3) WILD-TYPE 488 13 0.0 - 158.8 (16.6)

Figure S10.  Get High-res Image Gene #20: 'amp_6p22.3' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'amp_6p22.2' versus 'Time to Death'

P value = 8.73e-07 (logrank test), Q value = 0.0014

Table S11.  Gene #21: 'amp_6p22.2' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 491 14 0.0 - 158.8 (16.6)
AMP PEAK 23(6P22.2) MUTATED 4 2 8.1 - 57.0 (25.5)
AMP PEAK 23(6P22.2) WILD-TYPE 487 12 0.0 - 158.8 (16.6)

Figure S11.  Get High-res Image Gene #21: 'amp_6p22.2' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'amp_6p12.2' versus 'Time to Death'

P value = 0.000151 (logrank test), Q value = 0.25

Table S12.  Gene #24: 'amp_6p12.2' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 491 14 0.0 - 158.8 (16.6)
AMP PEAK 26(6P12.2) MUTATED 3 1 8.1 - 33.6 (29.7)
AMP PEAK 26(6P12.2) WILD-TYPE 488 13 0.0 - 158.8 (16.6)

Figure S12.  Get High-res Image Gene #24: 'amp_6p12.2' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = THCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 495

  • Number of significantly focal cnvs = 98

  • Number of selected clinical features = 17

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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