		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p36.32	5 (1%)	496	0.00133	0.952	0.84064	1	NA	NA	NA	NA	0.44645	1	0.03836	1	0.6309	1	0.54189	1	0.27533	1	0.83415	1
amp_1p32.3	5 (1%)	496	0.14064	1	0.54896	1	NA	NA	NA	NA	0.54909	1	0.69563	1	0.2832	1	0.15586	1	0.55373	1	0.19774	1
amp_1p31.1	5 (1%)	496	0.096029	1	0.5529	1	NA	NA	NA	NA	0.55034	1	0.96308	1	0.86719	1	0.64067	1	0.84545	1	0.68405	1
amp_1q31.2	29 (6%)	472	9.9999e-06	0.0093	0.02634	1	0.0015	1	0.02199	1	0.00037	0.285	9.9999e-06	0.0093	0.12309	1	0.082779	1	0.01357	1	0.03104	1
amp_1q43	29 (6%)	472	9.9999e-06	0.0093	0.0064099	1	0.00152	1	0.03794	1	0.00025	0.196	9.9999e-06	0.0093	0.01943	1	0.01115	1	0.00171	1	0.00251	1
amp_2p16.1	3 (1%)	498	0.051799	1	1	1	NA	NA	NA	NA	1	1	0.87624	1	1	1	1	1	0.30917	1	1	1
amp_2q37.2	3 (1%)	498	0.20496	1	0.54913	1	NA	NA	NA	NA	0.49431	1	0.59127	1	0.20138	1	0.26515	1	NA	NA	NA	NA
amp_3p22.3	4 (1%)	497	0.0104	1	0.184	1	1	1	0.88438	1	0.24345	1	0.31651	1	0.11332	1	0.066069	1	1	1	0.067129	1
amp_3p14.1	5 (1%)	496	0.01629	1	0.42688	1	0.78152	1	0.43923	1	0.69451	1	0.43762	1	0.86661	1	0.64042	1	1	1	0.64022	1
amp_4p16.1	7 (1%)	494	0.00041	0.312	0.01057	1	0.27894	1	0.4221	1	0.02877	1	0.01026	1	0.03334	1	0.0062899	1	0.7128	1	0.04681	1
amp_4q22.1	7 (1%)	494	0.00029	0.226	0.01131	1	1	1	0.53497	1	0.0289	1	0.13288	1	0.30748	1	0.13675	1	0.79978	1	0.39418	1
amp_4q28.2	6 (1%)	495	8.9999e-05	0.0734	0.02899	1	NA	NA	NA	NA	0.072959	1	0.02685	1	0.083629	1	0.01839	1	0.78395	1	0.11397	1
amp_4q31.21	10 (2%)	491	0.00263	1	0.11319	1	1	1	0.57608	1	0.2748	1	0.20222	1	0.52546	1	0.65766	1	1	1	0.40353	1
amp_4q32.3	7 (1%)	494	0.00045	0.341	0.01141	1	0.32351	1	0.063099	1	0.02853	1	0.01836	1	0.03323	1	0.0063999	1	0.90017	1	0.18506	1
amp_5p14.3	23 (5%)	478	9.9999e-06	0.0093	0.0092699	1	0.36615	1	0.20438	1	0.0088399	1	4e-05	0.0335	0.00144	1	0.00016	0.129	0.30216	1	0.00194	1
amp_5q21.1	23 (5%)	478	9.9999e-06	0.0093	0.00153	1	0.84882	1	0.080289	1	0.0065299	1	0.0124	1	0.0087899	1	0.0055999	1	0.87456	1	0.10553	1
amp_5q21.1	20 (4%)	481	9.9999e-06	0.0093	0.00101	0.731	1	1	0.082019	1	0.00274	1	0.00066999	0.495	0.00077999	0.572	0.00045	0.341	0.6743	1	0.064539	1
amp_5q33.1	21 (4%)	480	9.9999e-06	0.0093	8.9999e-05	0.0734	1	1	0.064449	1	0.00014	0.113	6.9999e-05	0.0577	3e-04	0.234	2e-05	0.0172	0.69038	1	0.0029	1
amp_5q35.2	20 (4%)	481	9.9999e-06	0.0093	0.00013	0.105	0.69084	1	0.0345	1	0.00062999	0.466	5.9999e-05	0.0496	0.00086999	0.633	3e-05	0.0254	0.86479	1	0.0093299	1
amp_6p22.3	3 (1%)	498	0.050429	1	0.04987	1	NA	NA	NA	NA	0.13607	1	0.50963	1	0.30229	1	0.18722	1	0.77806	1	0.19062	1
amp_6p22.2	4 (1%)	497	0.11193	1	0.04484	1	0.84004	1	0.30729	1	0.096949	1	0.24383	1	0.11447	1	0.065629	1	1	1	0.068089	1
amp_6p21.31	3 (1%)	498	0.04986	1	0.54909	1	NA	NA	NA	NA	0.74675	1	0.40124	1	0.20328	1	0.26526	1	0.11001	1	0.27366	1
amp_6p21.2	4 (1%)	497	0.11338	1	0.79192	1	0.63451	1	0.34189	1	0.66842	1	0.74677	1	0.11245	1	0.56776	1	0.77645	1	0.19245	1
amp_6p12.2	3 (1%)	498	0.04966	1	0.54985	1	NA	NA	NA	NA	0.74715	1	0.71919	1	0.20456	1	0.26483	1	0.10964	1	0.2727	1
amp_6q12	3 (1%)	498	0.37159	1	0.12393	1	NA	NA	NA	NA	0.13553	1	0.6741	1	1	1	1	1	1	1	1	1
amp_6q27	4 (1%)	497	0.11414	1	0.18332	1	0.39035	1	0.01311	1	0.45986	1	0.39353	1	0.11332	1	0.066069	1	0.69268	1	0.066529	1
amp_7q11.21	20 (4%)	481	9.9999e-06	0.0093	5e-05	0.0415	0.53695	1	0.01577	1	0.00058999	0.438	0.00027	0.211	0.00312	1	0.00023	0.181	0.4291	1	0.02232	1
amp_7q21.11	21 (4%)	480	9.9999e-06	0.0093	0.00025	0.196	0.80587	1	0.053939	1	0.00205	1	0.00068999	0.509	0.00123	0.882	0.00012	0.0971	0.4524	1	0.00267	1
amp_7q31.1	22 (4%)	479	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.55626	1	0.0099499	1	9.9999e-05	0.0814	2e-05	0.0172	6.9999e-05	0.0577	9.9999e-06	0.0093	0.73537	1	0.00036	0.278
amp_7q34	22 (4%)	479	9.9999e-06	0.0093	6.9999e-05	0.0577	0.39031	1	0.00383	1	0.00043	0.326	0.00025	0.196	2e-05	0.0172	9.9999e-06	0.0093	0.53564	1	0.01077	1
amp_9q22.31	6 (1%)	495	0.02484	1	0.86319	1	0.49337	1	0.85059	1	0.94338	1	0.35283	1	0.7809	1	1	1	0.064129	1	0.3816	1
amp_9q31.1	6 (1%)	495	0.02434	1	0.41768	1	0.27762	1	0.82027	1	0.62776	1	0.43392	1	1	1	0.88678	1	0.33613	1	0.77279	1
amp_9q34.3	7 (1%)	494	0.061919	1	0.29428	1	0.85482	1	0.82713	1	0.62756	1	0.34647	1	0.79851	1	0.62768	1	0.10378	1	0.77323	1
amp_10q24.2	3 (1%)	498	0.050489	1	0.04871	1	NA	NA	NA	NA	0.098739	1	0.1515	1	0.02725	1	0.0167	1	NA	NA	NA	NA
amp_10q25.1	4 (1%)	497	0.01028	1	0.79206	1	NA	NA	NA	NA	0.899	1	0.87783	1	0.69199	1	0.56753	1	1	1	1	1
amp_11p13	8 (2%)	493	0.00259	1	0.11639	1	1	1	0.11182	1	0.093559	1	0.13994	1	0.16094	1	0.082189	1	0.52899	1	0.45627	1
amp_12p11.1	16 (3%)	485	9.9999e-06	0.0093	2e-05	0.0172	0.65945	1	0.28221	1	4e-05	0.0335	9.9999e-06	0.0093	7.9999e-05	0.0656	9.9999e-06	0.0093	0.60526	1	0.00245	1
amp_12q21.31	17 (3%)	484	9.9999e-06	0.0093	2e-05	0.0172	0.86557	1	0.03827	1	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	3e-05	0.0254	9.9999e-06	0.0093	0.14818	1	0.00162	1
amp_12q23.1	17 (3%)	484	9.9999e-06	0.0093	4e-05	0.0335	1	1	0.27257	1	0.00011	0.0893	4e-05	0.0335	0.00016	0.129	9.9999e-06	0.0093	0.24991	1	0.0091799	1
amp_13q14.2	6 (1%)	495	0.00011	0.0893	0.092659	1	0.38416	1	0.21311	1	0.12105	1	0.26768	1	0.52727	1	0.34895	1	0.74621	1	0.63749	1
amp_13q34	7 (1%)	494	0.00054999	0.412	0.04797	1	0.14749	1	0.03477	1	0.051619	1	0.16967	1	0.30823	1	0.13732	1	1	1	1	1
amp_14q12	13 (3%)	488	9.9999e-06	0.0093	0.00224	1	1	1	0.15882	1	0.00371	1	0.00326	1	0.01708	1	0.00334	1	0.41034	1	0.02084	1
amp_14q32.31	13 (3%)	488	9.9999e-06	0.0093	0.00013	0.105	1	1	0.15978	1	0.00057999	0.432	0.00017	0.136	0.00034	0.263	7.9999e-05	0.0656	1	1	0.00074999	0.551
amp_18q12.1	7 (1%)	494	2e-05	0.0172	0.0302	1	NA	NA	NA	NA	0.058469	1	0.1193	1	0.10093	1	0.0298	1	0.27047	1	0.18303	1
amp_18q22.1	7 (1%)	494	0.00035	0.271	0.24096	1	0.49599	1	0.088189	1	0.15185	1	0.27129	1	0.27093	1	0.18362	1	0.80183	1	0.63313	1
amp_18q22.3	8 (2%)	493	0.00056999	0.425	0.02545	1	NA	NA	NA	NA	0.03527	1	0.11884	1	0.02144	1	0.0068899	1	0.15746	1	0.39756	1
amp_19p13.3	8 (2%)	493	2e-05	0.0172	0.00452	1	NA	NA	NA	NA	0.01257	1	0.0052799	1	0.00176	1	0.00036	0.278	0.45191	1	0.31846	1
amp_20p13	14 (3%)	487	9.9999e-06	0.0093	3e-05	0.0254	0.63295	1	0.01561	1	0.00032	0.248	5.9999e-05	0.0496	0.00045	0.341	2e-05	0.0172	0.41156	1	0.02211	1
amp_20q13.11	14 (3%)	487	9.9999e-06	0.0093	5e-05	0.0415	0.60091	1	0.04547	1	0.00039	0.298	0.00011	0.0893	0.00054999	0.412	5e-05	0.0415	0.80295	1	0.02155	1
amp_20q13.2	14 (3%)	487	9.9999e-06	0.0093	0.00054999	0.412	0.54019	1	0.02801	1	0.00303	1	0.00106	0.766	0.00051999	0.391	0.00122	0.876	0.67321	1	0.04389	1
amp_20q13.2	13 (3%)	488	9.9999e-06	0.0093	0.00171	1	0.7939	1	0.092499	1	0.0084199	1	0.00233	1	0.01025	1	0.00145	1	0.78512	1	0.1062	1
amp_21q21.3	6 (1%)	495	0.00119	0.857	0.070569	1	NA	NA	NA	NA	0.63079	1	0.84012	1	0.52536	1	0.34612	1	0.74642	1	0.6384	1
amp_22q11.21	7 (1%)	494	0.00288	1	0.00394	1	NA	NA	NA	NA	0.0081999	1	0.03583	1	0.03322	1	0.03023	1	0.02745	1	0.01017	1
amp_xp22.12	10 (2%)	491	9.9999e-06	0.0093	0.00027	0.211	0.74573	1	0.29817	1	0.0067499	1	0.0075599	1	0.03564	1	0.0062099	1	0.64223	1	0.03231	1
amp_xp11.4	9 (2%)	492	9.9999e-06	0.0093	0.01143	1	0.83798	1	0.50456	1	0.097639	1	0.14005	1	0.087869	1	0.13376	1	0.79975	1	0.18371	1
amp_xp11.22	8 (2%)	493	9.9999e-06	0.0093	0.01202	1	1	1	0.27908	1	0.11467	1	0.058009	1	0.17689	1	0.072219	1	1	1	0.18393	1
amp_xp11.22	8 (2%)	493	9.9999e-06	0.0093	0.00081999	0.599	0.83685	1	0.50289	1	0.01126	1	0.0052799	1	0.01343	1	0.00207	1	0.80095	1	0.01024	1
amp_xp11.21	9 (2%)	492	9.9999e-06	0.0093	0.0072099	1	0.53709	1	0.68215	1	0.02977	1	0.01063	1	0.01845	1	0.00401	1	0.82389	1	0.0179	1
amp_xq21.2	9 (2%)	492	9.9999e-06	0.0093	0.054339	1	0.83654	1	0.49942	1	0.088419	1	0.072959	1	0.20668	1	0.071879	1	1	1	0.2053	1
amp_xq22.3	15 (3%)	486	0.00043	0.326	0.71584	1	0.83662	1	0.50029	1	0.74289	1	0.89437	1	0.94893	1	0.63758	1	0.4934	1	1	1
amp_xq23	9 (2%)	492	3e-05	0.0254	0.053759	1	1	1	0.82699	1	0.089319	1	0.04851	1	0.20588	1	0.13292	1	1	1	0.39571	1
amp_xq24	9 (2%)	492	2e-05	0.0172	0.055099	1	0.53639	1	0.68314	1	0.088779	1	0.072889	1	0.20484	1	0.071739	1	1	1	0.20775	1
amp_xq24	9 (2%)	492	2e-05	0.0172	0.055519	1	0.74528	1	0.60464	1	0.20306	1	0.072599	1	0.2053	1	0.070929	1	1	1	0.20682	1
amp_xq28	10 (2%)	491	4e-05	0.0335	0.12991	1	0.53619	1	0.26321	1	0.27294	1	0.22058	1	0.43851	1	0.22826	1	0.91421	1	0.39927	1
del_1q24.2	3 (1%)	498	0.0014	1	0.04926	1	NA	NA	NA	NA	0.098429	1	0.15298	1	0.02812	1	0.01683	1	1	1	0.1927	1
del_1q42.13	5 (1%)	496	0.01626	1	0.16801	1	0.45882	1	0.93504	1	0.04802	1	0.15564	1	0.04121	1	0.30984	1	0.84501	1	0.19623	1
del_2p23.1	12 (2%)	489	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.77298	1	0.090029	1	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.25381	1	0.00017	0.136
del_2q22.1	10 (2%)	491	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.77375	1	0.092619	1	7.9999e-05	0.0656	3e-05	0.0254	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.23532	1	0.00038	0.291
del_2q37.3	13 (3%)	488	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.63408	1	0.096389	1	4e-05	0.0335	4e-05	0.0335	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.083969	1	0.00031	0.241
del_4q34.3	5 (1%)	496	0.01614	1	0.16897	1	1	1	0.50378	1	0.38652	1	0.57362	1	0.238	1	0.071259	1	1	1	0.075999	1
del_5p15.2	4 (1%)	497	0.11369	1	0.36524	1	NA	NA	NA	NA	0.38014	1	0.27282	1	0.55568	1	0.68322	1	0.39815	1	0.56665	1
del_6q22.31	7 (1%)	494	2e-05	0.0172	0.00219	1	0.01273	1	0.57508	1	0.02825	1	0.01869	1	0.00482	1	0.00067999	0.502	1	1	0.0099999	1
del_7q34	4 (1%)	497	1	1	0.79226	1	NA	NA	NA	NA	0.74737	1	0.67374	1	0.68824	1	1	1	0.33456	1	1	1
del_8p23.2	4 (1%)	497	0.00016	0.129	0.0182	1	NA	NA	NA	NA	0.03603	1	0.04639	1	0.0079899	1	0.00439	1	0.11069	1	0.0191	1
del_8p22	4 (1%)	497	0.00022	0.174	0.01849	1	NA	NA	NA	NA	0.03588	1	0.04699	1	0.0087499	1	0.00422	1	0.1096	1	0.01844	1
del_8p12	4 (1%)	497	0.00019	0.151	0.01849	1	NA	NA	NA	NA	0.03596	1	0.0467	1	0.0079699	1	0.0039	1	0.11212	1	0.01856	1
del_8q24.22	7 (1%)	494	5e-04	0.376	0.00035	0.271	0.83959	1	0.1713	1	0.00174	1	0.00097999	0.71	0.00023	0.181	3e-05	0.0254	0.00426	1	0.00037	0.285
del_9p21.3	20 (4%)	481	9.9999e-06	0.0093	0.0081099	1	0.24342	1	0.64949	1	0.02544	1	0.02458	1	0.00039	0.298	0.00060999	0.452	0.24312	1	0.00021	0.166
del_9q22.33	27 (5%)	474	9.9999e-06	0.0093	0.093569	1	0.17073	1	0.11495	1	0.15624	1	0.0287	1	0.00437	1	0.00354	1	0.20236	1	0.00217	1
del_10p12.31	7 (1%)	494	2e-05	0.0172	0.01121	1	0.49548	1	0.26493	1	0.02008	1	0.01535	1	0.00491	1	0.00083999	0.613	0.7998	1	0.01033	1
del_10q21.2	12 (2%)	489	0.00078999	0.578	0.063749	1	0.15501	1	0.67721	1	0.01867	1	0.065799	1	0.13541	1	0.1734	1	0.58001	1	0.04736	1
del_10q23.31	12 (2%)	489	5.9999e-05	0.0496	0.00419	1	0.050389	1	0.14763	1	0.00058999	0.438	0.00412	1	0.00368	1	0.00055999	0.418	0.26305	1	0.0080499	1
del_11p15.1	7 (1%)	494	9.9999e-06	0.0093	0.01134	1	0.49412	1	0.95817	1	0.0070499	1	0.01791	1	0.00484	1	0.00051999	0.391	0.80089	1	0.01013	1
del_13q12.13	18 (4%)	483	0.00038	0.291	0.00091999	0.668	0.18421	1	0.084289	1	0.01804	1	0.0357	1	0.075329	1	0.02137	1	0.42813	1	0.03307	1
del_13q22.1	19 (4%)	482	0.00203	1	0.03755	1	0.054719	1	0.18616	1	0.0012	0.863	0.00075999	0.558	0.00297	1	0.00084999	0.62	0.01296	1	0.00327	1
del_15q25.3	9 (2%)	492	0.00068999	0.509	0.00148	1	0.2435	1	0.061789	1	0.00476	1	0.00164	1	0.00041	0.312	9.9999e-05	0.0814	0.45232	1	0.01127	1
del_16q23.3	6 (1%)	495	0.02456	1	0.14755	1	0.44456	1	0.44466	1	0.13772	1	0.14937	1	0.22639	1	0.20539	1	0.069139	1	0.061629	1
del_17p13.1	8 (2%)	493	0.01456	1	0.41596	1	1	1	0.38793	1	0.63599	1	0.59745	1	0.092489	1	0.16124	1	0.12753	1	0.20549	1
del_18q12.3	4 (1%)	497	0.00179	1	0.18462	1	1	1	0.38639	1	0.24497	1	0.31638	1	0.073319	1	0.091579	1	0.53268	1	0.27437	1
del_19p13.2	7 (1%)	494	0.00019	0.151	0.00045	0.341	0.85638	1	0.30161	1	0.00161	1	0.00115	0.83	0.00016	0.129	3e-05	0.0254	0.053939	1	6.9999e-05	0.0577
del_19p13.12	8 (2%)	493	0.00266	1	0.00458	1	0.13094	1	0.097799	1	0.01163	1	0.0055699	1	0.00116	0.836	0.00038	0.291	0.094839	1	0.00086999	0.633
del_21q21.1	9 (2%)	492	7.9999e-05	0.0656	0.30641	1	0.14659	1	0.32314	1	0.79471	1	0.80169	1	0.063919	1	0.02287	1	0.26352	1	0.02271	1
del_22q12.3	90 (18%)	411	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.11835	1	0.50066	1	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.00052999	0.397	3e-05	0.0254	0.00021	0.166	0.00039	0.298
del_22q13.1	89 (18%)	412	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.11821	1	0.50434	1	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.00031	0.241	9.9999e-06	0.0093	0.00022	0.174	0.00019	0.151
del_22q13.2	89 (18%)	412	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.11782	1	0.50334	1	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.00029	0.226	3e-05	0.0254	0.00013	0.105	3e-04	0.234
del_22q13.32	90 (18%)	411	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.11819	1	0.50207	1	9.9999e-06	0.0093	9.9999e-06	0.0093	0.00016	0.129	4e-05	0.0335	2e-04	0.159	0.00019	0.151
del_xq23	4 (1%)	497	0.01062	1	0.04488	1	0.27822	1	0.19793	1	0.097559	1	0.247	1	0.073709	1	0.091149	1	0.21716	1	0.094709	1
del_xq22.3	4 (1%)	497	0.01065	1	0.04396	1	0.27783	1	0.19848	1	0.098379	1	0.248	1	0.074319	1	0.091209	1	0.2201	1	0.096389	1
