This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 118 genes and 12 clinical features across 376 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No gene mutations related to clinical features.
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 118 genes and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.
Clinical Features |
Time to Death |
YEARS TO BIRTH |
NEOPLASM DISEASESTAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
KARNOFSKY PERFORMANCE SCORE |
NUMBER PACK YEARS SMOKED |
NUMBER OF LYMPH NODES |
RACE | ETHNICITY | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
TP53 | 187 (50%) | 189 |
0.695 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.0247 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.00242 (1.00) |
1 (1.00) |
PIK3CA | 85 (23%) | 291 |
0.144 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.689 (1.00) |
RB1 | 65 (17%) | 311 |
0.0504 (1.00) |
0.0989 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.0834 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.0571 (1.00) |
0.069 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.508 (1.00) |
1 (1.00) |
FGFR3 | 56 (15%) | 320 |
0.0472 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.04 (1.00) |
0.00405 (1.00) |
0.0995 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.0452 (1.00) |
0.063 (1.00) |
0.09 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.026 (1.00) |
0.61 (1.00) |
CDKN2A | 25 (7%) | 351 |
0.816 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.593 (1.00) |
1 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.91 (1.00) |
1 (1.00) |
RHOB | 24 (6%) | 352 |
0.837 (1.00) |
0.0548 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.0616 (1.00) |
0.54 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.282 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ELF3 | 41 (11%) | 335 |
0.223 (1.00) |
0.0193 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.603 (1.00) |
TSC1 | 30 (8%) | 346 |
0.129 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.238 (1.00) |
1 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.482 (1.00) |
KDM6A | 98 (26%) | 278 |
0.776 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.546 (1.00) |
1 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.0442 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.686 (1.00) |
CDKN1A | 33 (9%) | 343 |
0.846 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.508 (1.00) |
1 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.0115 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.0148 (1.00) |
0.52 (1.00) |
EP300 | 58 (15%) | 318 |
0.0973 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.223 (1.00) |
1 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.249 (1.00) |
1 (1.00) |
ARID1A | 93 (25%) | 283 |
0.66 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.00242 (1.00) |
0.433 (1.00) |
STAG2 | 52 (14%) | 324 |
0.351 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.0129 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.0305 (1.00) |
0.607 (1.00) |
ERCC2 | 34 (9%) | 342 |
0.12 (1.00) |
0.0379 (1.00) |
0.636 (1.00) |
1 (1.00) |
0.834 (1.00) |
1 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.0282 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.155 (1.00) |
ZFP36L1 | 26 (7%) | 350 |
0.462 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.00987 (1.00) |
0.621 (1.00) |
0.099 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.00192 (1.00) |
0.533 (1.00) |
1 (1.00) |
FBXW7 | 31 (8%) | 345 |
0.737 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.596 (1.00) |
1 (1.00) |
HRAS | 17 (5%) | 359 |
0.291 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.0457 (1.00) |
1 (1.00) |
CREBBP | 45 (12%) | 331 |
0.65 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.604 (1.00) |
KRAS | 13 (3%) | 363 |
0.0612 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.0861 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.0457 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0451 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.303 (1.00) |
1 (1.00) |
NFE2L2 | 24 (6%) | 352 |
0.328 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.0535 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.0275 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.0733 (1.00) |
1 (1.00) |
RHOA | 17 (5%) | 359 |
0.202 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.0579 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.00739 (1.00) |
0.822 (1.00) |
1 (1.00) |
0.301 (1.00) |
|
PTEN | 13 (3%) | 363 |
0.828 (1.00) |
0.858 (1.00) |
1 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.464 (1.00) |
1 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.363 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C3ORF70 | 17 (5%) | 359 |
0.116 (1.00) |
0.0568 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.422 (1.00) |
1 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.268 (1.00) |
0.0153 (1.00) |
0.373 (1.00) |
1 (1.00) |
RBM10 | 21 (6%) | 355 |
0.464 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.111 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.0791 (1.00) |
0.886 (1.00) |
1 (1.00) |
PSIP1 | 19 (5%) | 357 |
0.974 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.0689 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.182 (1.00) |
1 (1.00) |
ASXL2 | 35 (9%) | 341 |
0.651 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.566 (1.00) |
1 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.696 (1.00) |
1 (1.00) |
FAT1 | 50 (13%) | 326 |
0.558 (1.00) |
0.0361 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.0366 (1.00) |
0.0971 (1.00) |
0.0658 (1.00) |
0.0254 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.316 (1.00) |
SPTAN1 | 44 (12%) | 332 |
0.0368 (1.00) |
0.0706 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.54 (1.00) |
1 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.233 (1.00) |
ZBTB7B | 10 (3%) | 366 |
0.597 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.797 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.107 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CUL1 | 18 (5%) | 358 |
0.488 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.367 (1.00) |
1 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.335 (1.00) |
KLF5 | 22 (6%) | 354 |
0.573 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.27 (1.00) |
1 (1.00) |
RXRA | 23 (6%) | 353 |
0.674 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.624 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.382 (1.00) |
GNA13 | 10 (3%) | 366 |
0.103 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.605 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0707 (1.00) |
0.0782 (1.00) |
1 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.192 (1.00) |
METTL3 | 16 (4%) | 360 |
0.12 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.947 (1.00) |
1 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.0873 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.239 (1.00) |
1 (1.00) |
ERBB3 | 40 (11%) | 336 |
0.905 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.858 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.0634 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.0602 (1.00) |
0.198 (1.00) |
RUNX1 | 12 (3%) | 364 |
0.947 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.557 (1.00) |
1 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.347 (1.00) |
1 (1.00) |
MBD1 | 11 (3%) | 365 |
0.572 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.0915 (1.00) |
1 (1.00) |
0.258 (1.00) |
1 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.79 (1.00) |
1 (1.00) |
FOXQ1 | 14 (4%) | 362 |
0.289 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.692 (1.00) |
1 (1.00) |
0.294 (1.00) |
1 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.0847 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.722 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RPTN | 15 (4%) | 361 |
0.926 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.0844 (1.00) |
1 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.0567 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.52 (1.00) |
1 (1.00) |
SF1 | 9 (2%) | 367 |
0.17 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.226 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0422 (1.00) |
1 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.574 (1.00) |
1 (1.00) |
DNAH6 | 15 (4%) | 361 |
0.878 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.794 (1.00) |
1 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.284 (1.00) |
ZNF185 | 5 (1%) | 371 |
0.535 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.0239 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
1 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ATM | 49 (13%) | 327 |
0.554 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.307 (1.00) |
UNC93B1 | 7 (2%) | 369 |
0.294 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.385 (1.00) |
1 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.295 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
UBA52 | 6 (2%) | 370 |
0.132 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.109 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CNOT1 | 21 (6%) | 355 |
0.0185 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.195 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.756 (1.00) |
1 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.0237 (1.00) |
0.0232 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.00772 (1.00) |
ERBB2 | 45 (12%) | 331 |
0.0462 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.712 (1.00) |
1 (1.00) |
FAM47C | 20 (5%) | 356 |
0.115 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.0084 (1.00) |
1 (1.00) |
0.061 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.0755 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.382 (1.00) |
SF3B1 | 24 (6%) | 352 |
0.448 (1.00) |
0.0234 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.66 (1.00) |
1 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.00841 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.861 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
EPS8 | 12 (3%) | 364 |
0.449 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.79 (1.00) |
1 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.0505 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.63 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
EPHA2 | 16 (4%) | 360 |
0.807 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.085 (1.00) |
1 (1.00) |
OGDH | 19 (5%) | 357 |
0.187 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.939 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.351 (1.00) |
SCARF2 | 7 (2%) | 369 |
0.451 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.845 (1.00) |
0.387 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.203 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SSH3 | 15 (4%) | 361 |
0.124 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.205 (1.00) |
1 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.603 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HLA-A | 5 (1%) | 371 |
0.401 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.0346 (1.00) |
0.685 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PARD3 | 21 (6%) | 355 |
0.309 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.247 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0208 (1.00) |
0.0457 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.0788 (1.00) |
BAP1 | 14 (4%) | 362 |
0.466 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.0807 (1.00) |
0.0945 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.581 (1.00) |
1 (1.00) |
RIPK4 | 17 (5%) | 359 |
0.667 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.677 (1.00) |
1 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.5 (1.00) |
1 (1.00) |
TMCO4 | 11 (3%) | 365 |
0.547 (1.00) |
0.986 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.023 (1.00) |
1 (1.00) |
CDH1 | 13 (3%) | 363 |
0.745 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.41 (1.00) |
1 (1.00) |
NRAS | 7 (2%) | 369 |
0.234 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.525 (1.00) |
1 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.0842 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ARID1B | 21 (6%) | 355 |
0.524 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.0217 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.511 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF511 | 8 (2%) | 368 |
0.113 (1.00) |
0.576 (1.00) |
1 (1.00) |
0.585 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.987 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0122 (1.00) |
|
TFG | 11 (3%) | 365 |
0.237 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.0486 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.512 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.211 (1.00) |
FUS | 8 (2%) | 368 |
0.853 (1.00) |
0.0951 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.172 (1.00) |
ASXL1 | 22 (6%) | 354 |
0.129 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.34 (1.00) |
1 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.793 (1.00) |
1 (1.00) |
CNOT3 | 11 (3%) | 365 |
0.211 (1.00) |
0.229 (1.00) |
1 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.869 (1.00) |
0.253 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ARID2 | 25 (7%) | 351 |
0.429 (1.00) |
0.301 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0993 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.427 (1.00) |
ZNF773 | 7 (2%) | 369 |
0.126 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.0137 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.0737 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.98 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
DAZAP1 | 6 (2%) | 370 |
0.178 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.00499 (1.00) |
0.0764 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.717 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ADC | 6 (2%) | 370 |
0.404 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.615 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
FUT5 | 3 (1%) | 373 |
0.805 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.0521 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.195 (1.00) |
1 (1.00) |
||||
AHR | 19 (5%) | 357 |
0.744 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.782 (1.00) |
1 (1.00) |
0.335 (1.00) |
THRAP3 | 14 (4%) | 362 |
0.98 (1.00) |
0.0774 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.487 (1.00) |
1 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.0392 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.0371 (1.00) |
TFPI2 | 6 (2%) | 370 |
0.481 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.0333 (1.00) |
0.452 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.495 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NPAS4 | 12 (3%) | 364 |
0.126 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.706 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.462 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
NFE2L3 | 14 (4%) | 362 |
0.745 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.342 (1.00) |
1 (1.00) |
0.76 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.419 (1.00) |
1 (1.00) |
TAF11 | 7 (2%) | 369 |
0.762 (1.00) |
0.0687 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.515 (1.00) |
1 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.465 (1.00) |
1 (1.00) |
||
BCL2L1 | 3 (1%) | 373 |
0.176 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.406 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.935 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TRERF1 | 21 (6%) | 355 |
0.259 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.948 (1.00) |
0.68 (1.00) |
1 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.985 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.475 (1.00) |
1 (1.00) |
CHD2 | 25 (7%) | 351 |
0.125 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.0559 (1.00) |
0.939 (1.00) |
1 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.091 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.327 (1.00) |
1 (1.00) |
USP28 | 13 (3%) | 363 |
0.398 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.948 (1.00) |
0.927 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.353 (1.00) |
1 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.839 (1.00) |
1 (1.00) |
GPS2 | 10 (3%) | 366 |
0.181 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.301 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.132 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
F7 | 7 (2%) | 369 |
0.907 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.905 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.718 (1.00) |
1 (1.00) |
IRX4 | 8 (2%) | 368 |
0.813 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.579 (1.00) |
1 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.464 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HSP90AA1 | 22 (6%) | 354 |
0.0265 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.116 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0792 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.412 (1.00) |
TTYH1 | 7 (2%) | 369 |
0.64 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.357 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0265 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
IL10RB | 7 (2%) | 369 |
0.702 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.86 (1.00) |
1 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.461 (1.00) |
1 (1.00) |
|
THSD4 | 9 (2%) | 367 |
0.981 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.8 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.663 (1.00) |
0.772 (1.00) |
1 (1.00) |
DDX3X | 14 (4%) | 362 |
0.553 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.502 (1.00) |
1 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.0668 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.855 (1.00) |
1 (1.00) |
DGKG | 12 (3%) | 364 |
0.327 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.409 (1.00) |
1 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.0822 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
TAS2R9 | 5 (1%) | 371 |
0.326 (1.00) |
0.228 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.149 (1.00) |
1 (1.00) |
0.673 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
COL7A1 | 30 (8%) | 346 |
0.169 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.717 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.495 (1.00) |
ZNF513 | 11 (3%) | 365 |
0.904 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.742 (1.00) |
0.565 (1.00) |
1 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
ACSL5 | 6 (2%) | 370 |
0.146 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.445 (1.00) |
1 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.881 (1.00) |
0.0722 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
C18ORF8 | 6 (2%) | 370 |
0.305 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.121 (1.00) |
1 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.0613 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PRB2 | 7 (2%) | 369 |
0.0905 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.363 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
POU3F1 | 3 (1%) | 373 |
0.338 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.0588 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0268 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
EZR | 11 (3%) | 365 |
0.0286 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.176 (1.00) |
1 (1.00) |
ZEB2 | 13 (3%) | 363 |
0.619 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.434 (1.00) |
1 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.579 (1.00) |
1 (1.00) |
C12ORF43 | 7 (2%) | 369 |
0.329 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.459 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.163 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NAP1L1 | 10 (3%) | 366 |
0.156 (1.00) |
0.0144 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0673 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.204 (1.00) |
1 (1.00) |
NAALADL1 | 7 (2%) | 369 |
0.879 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.733 (1.00) |
1 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.462 (1.00) |
1 (1.00) |
|
DENND5B | 19 (5%) | 357 |
0.465 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.965 (1.00) |
1 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.463 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
SF3B3 | 19 (5%) | 357 |
0.301 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.305 (1.00) |
1 (1.00) |
0.345 (1.00) |
1 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.773 (1.00) |
1 (1.00) |
KIAA1522 | 15 (4%) | 361 |
0.849 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.253 (1.00) |
1 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.0673 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.384 (1.00) |
1 (1.00) |
GTF2I | 15 (4%) | 361 |
0.8 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.332 (1.00) |
1 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.52 (1.00) |
1 (1.00) |
MOAP1 | 7 (2%) | 369 |
0.0861 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.638 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.863 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.715 (1.00) |
1 (1.00) |
GAR1 | 4 (1%) | 372 |
0.303 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.485 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0529 (1.00) |
0.368 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
RFTN2 | 11 (3%) | 365 |
0.64 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
0.79 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.794 (1.00) |
1 (1.00) |
0.211 (1.00) |
ZFP36L2 | 15 (4%) | 361 |
0.101 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.664 (1.00) |
1 (1.00) |
0.569 (1.00) |
1 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
GUCY2C | 11 (3%) | 365 |
0.133 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.923 (1.00) |
1 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.176 (1.00) |
1 (1.00) |
COPZ2 | 3 (1%) | 373 |
0.135 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.44 (1.00) |
1 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.417 (1.00) |
1 (1.00) |
|||||
ZNF791 | 9 (2%) | 367 |
0.159 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0673 (1.00) |
0.0299 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.771 (1.00) |
1 (1.00) |
BUD13 | 11 (3%) | 365 |
0.269 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.342 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.23 (1.00) |
HES1 | 10 (3%) | 366 |
0.567 (1.00) |
0.0832 (1.00) |
0.933 (1.00) |
1 (1.00) |
0.659 (1.00) |
1 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.0658 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HORMAD1 | 11 (3%) | 365 |
0.0947 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.659 (1.00) |
1 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.636 (1.00) |
0.531 (1.00) |
1 (1.00) |
SND1 | 8 (2%) | 368 |
0.966 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.138 (1.00) |
1 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.994 (1.00) |
0.477 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
-
Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline
-
Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/BLCA-TP/15190396/transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/BLCA-TP/15076720/BLCA-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 376
-
Number of significantly mutated genes = 118
-
Number of selected clinical features = 12
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.