Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 118 genes and 12 clinical features across 376 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 118 genes and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		YEARS
TO
BIRTH 		NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		NUMBER
PACK
YEARS
SMOKED 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
TP53 187 (50%) 189 0.695
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.00242
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 85 (23%) 291 0.144
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.689
(1.00)
RB1 65 (17%) 311 0.0504
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0834
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00)
FGFR3 56 (15%) 320 0.0472
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.04
(1.00) 		0.00405
(1.00) 		0.0995
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.063
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.61
(1.00)
CDKN2A 25 (7%) 351 0.816
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.593
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.91
(1.00) 		1
(1.00)
RHOB 24 (6%) 352 0.837
(1.00) 		0.0548
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.282
(1.00) 		1
(1.00)
ELF3 41 (11%) 335 0.223
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.603
(1.00)
TSC1 30 (8%) 346 0.129
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.482
(1.00)
KDM6A 98 (26%) 278 0.776
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.0442
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.686
(1.00)
CDKN1A 33 (9%) 343 0.846
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.52
(1.00)
EP300 58 (15%) 318 0.0973
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.223
(1.00) 		1
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00)
ARID1A 93 (25%) 283 0.66
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.428
(1.00) 		1
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.00242
(1.00) 		0.433
(1.00)
STAG2 52 (14%) 324 0.351
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.0305
(1.00) 		0.607
(1.00)
ERCC2 34 (9%) 342 0.12
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		0.834
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.155
(1.00)
ZFP36L1 26 (7%) 350 0.462
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.00987
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.099
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.00192
(1.00) 		0.533
(1.00) 		1
(1.00)
FBXW7 31 (8%) 345 0.737
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00)
HRAS 17 (5%) 359 0.291
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		1
(1.00)
CREBBP 45 (12%) 331 0.65
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.604
(1.00)
KRAS 13 (3%) 363 0.0612
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.0861
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00)
NFE2L2 24 (6%) 352 0.328
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.0535
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0275
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		1
(1.00)
RHOA 17 (5%) 359 0.202
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.00739
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		0.301
(1.00)
PTEN 13 (3%) 363 0.828
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.363
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C3ORF70 17 (5%) 359 0.116
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.422
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0153
(1.00) 		0.373
(1.00) 		1
(1.00)
RBM10 21 (6%) 355 0.464
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.111
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00)
PSIP1 19 (5%) 357 0.974
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.182
(1.00) 		1
(1.00)
ASXL2 35 (9%) 341 0.651
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.696
(1.00) 		1
(1.00)
FAT1 50 (13%) 326 0.558
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.0971
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.0254
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.316
(1.00)
SPTAN1 44 (12%) 332 0.0368
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.233
(1.00)
ZBTB7B 10 (3%) 366 0.597
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.107
(1.00) 		1
(1.00)
CUL1 18 (5%) 358 0.488
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.335
(1.00)
KLF5 22 (6%) 354 0.573
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00)
RXRA 23 (6%) 353 0.674
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.382
(1.00)
GNA13 10 (3%) 366 0.103
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.605
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.0782
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.192
(1.00)
METTL3 16 (4%) 360 0.12
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.947
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00)
ERBB3 40 (11%) 336 0.905
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0634
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		0.198
(1.00)
RUNX1 12 (3%) 364 0.947
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.557
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.347
(1.00) 		1
(1.00)
MBD1 11 (3%) 365 0.572
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.0915
(1.00) 		1
(1.00) 		0.258
(1.00) 		1
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00)
FOXQ1 14 (4%) 362 0.289
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.722
(1.00) 		1
(1.00)
RPTN 15 (4%) 361 0.926
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		1
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00)
SF1 9 (2%) 367 0.17
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.226
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0422
(1.00) 		1
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.574
(1.00) 		1
(1.00)
DNAH6 15 (4%) 361 0.878
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.284
(1.00)
ZNF185 5 (1%) 371 0.535
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0239
(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATM 49 (13%) 327 0.554
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.744
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(1.00) 		0.3
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(1.00)
UNC93B1 7 (2%) 369 0.294
(1.00) 		0.586
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(1.00) 		0.53
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UBA52 6 (2%) 370 0.132
(1.00) 		0.455
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(1.00) 		0.449
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CNOT1 21 (6%) 355 0.0185
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.195
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(1.00) 		1
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(1.00)
ERBB2 45 (12%) 331 0.0462
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.856
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(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00)
FAM47C 20 (5%) 356 0.115
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.0084
(1.00) 		1
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.699
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(1.00)
SF3B1 24 (6%) 352 0.448
(1.00) 		0.0234
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00)
EPS8 12 (3%) 364 0.449
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.385
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EPHA2 16 (4%) 360 0.807
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.137
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(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.085
(1.00) 		1
(1.00)
OGDH 19 (5%) 357 0.187
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.939
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.259
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(1.00)
SCARF2 7 (2%) 369 0.451
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.387
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.957
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SSH3 15 (4%) 361 0.124
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.155
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.324
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(1.00) 		1
(1.00)
HLA-A 5 (1%) 371 0.401
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PARD3 21 (6%) 355 0.309
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0788
(1.00)
BAP1 14 (4%) 362 0.466
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.0807
(1.00) 		0.0945
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.581
(1.00) 		1
(1.00)
RIPK4 17 (5%) 359 0.667
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.5
(1.00) 		1
(1.00)
TMCO4 11 (3%) 365 0.547
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.023
(1.00) 		1
(1.00)
CDH1 13 (3%) 363 0.745
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.491
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(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.41
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 7 (2%) 369 0.234
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0842
(1.00) 		1
(1.00)
ARID1B 21 (6%) 355 0.524
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.797
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(1.00) 		0.0217
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.511
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF511 8 (2%) 368 0.113
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00) 		0.585
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.987
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0122
(1.00)
TFG 11 (3%) 365 0.237
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.512
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.211
(1.00)
FUS 8 (2%) 368 0.853
(1.00) 		0.0951
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.172
(1.00)
ASXL1 22 (6%) 354 0.129
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1
(1.00)
CNOT3 11 (3%) 365 0.211
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 25 (7%) 351 0.429
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0993
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.427
(1.00)
ZNF773 7 (2%) 369 0.126
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.0737
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.98
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DAZAP1 6 (2%) 370 0.178
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.00499
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ADC 6 (2%) 370 0.404
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.615
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00)
FUT5 3 (1%) 373 0.805
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0521
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.195
(1.00) 		1
(1.00)
AHR 19 (5%) 357 0.744
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.782
(1.00) 		1
(1.00) 		0.335
(1.00)
THRAP3 14 (4%) 362 0.98
(1.00) 		0.0774
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0371
(1.00)
TFPI2 6 (2%) 370 0.481
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NPAS4 12 (3%) 364 0.126
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NFE2L3 14 (4%) 362 0.745
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.274
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.394
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(1.00) 		0.296
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(1.00) 		1
(1.00)
TAF11 7 (2%) 369 0.762
(1.00) 		0.0687
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00)
BCL2L1 3 (1%) 373 0.176
(1.00) 		0.688
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.935
(1.00) 		1
(1.00)
TRERF1 21 (6%) 355 0.259
(1.00) 		0.731
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
CHD2 25 (7%) 351 0.125
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.0559
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.091
(1.00) 		0.388
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(1.00) 		1
(1.00)
USP28 13 (3%) 363 0.398
(1.00) 		0.863
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(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.491
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(1.00) 		1
(1.00)
GPS2 10 (3%) 366 0.181
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
F7 7 (2%) 369 0.907
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.905
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00)
IRX4 8 (2%) 368 0.813
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00)
HSP90AA1 22 (6%) 354 0.0265
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0792
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.412
(1.00)
TTYH1 7 (2%) 369 0.64
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IL10RB 7 (2%) 369 0.702
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.86
(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00)
THSD4 9 (2%) 367 0.981
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.8
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00)
DDX3X 14 (4%) 362 0.553
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.502
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.855
(1.00) 		1
(1.00)
DGKG 12 (3%) 364 0.327
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TAS2R9 5 (1%) 371 0.326
(1.00) 		0.228
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.149
(1.00) 		1
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
COL7A1 30 (8%) 346 0.169
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.495
(1.00)
ZNF513 11 (3%) 365 0.904
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.565
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.627
(1.00) 		1
(1.00)
ACSL5 6 (2%) 370 0.146
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.0722
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C18ORF8 6 (2%) 370 0.305
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PRB2 7 (2%) 369 0.0905
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.363
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
POU3F1 3 (1%) 373 0.338
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0268
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EZR 11 (3%) 365 0.0286
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00)
ZEB2 13 (3%) 363 0.619
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00)
C12ORF43 7 (2%) 369 0.329
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.163
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NAP1L1 10 (3%) 366 0.156
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.236
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.204
(1.00) 		1
(1.00)
NAALADL1 7 (2%) 369 0.879
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00)
DENND5B 19 (5%) 357 0.465
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.965
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.484
(1.00) 		1
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SF3B3 19 (5%) 357 0.301
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.305
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1522 15 (4%) 361 0.849
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00)
GTF2I 15 (4%) 361 0.8
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00)
MOAP1 7 (2%) 369 0.0861
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00)
GAR1 4 (1%) 372 0.303
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RFTN2 11 (3%) 365 0.64
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.211
(1.00)
ZFP36L2 15 (4%) 361 0.101
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00)
GUCY2C 11 (3%) 365 0.133
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00)
COPZ2 3 (1%) 373 0.135
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF791 9 (2%) 367 0.159
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00)
BUD13 11 (3%) 365 0.269
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.23
(1.00)
HES1 10 (3%) 366 0.567
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		0.933
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.371
(1.00) 		1
(1.00)
HORMAD1 11 (3%) 365 0.0947
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.531
(1.00) 		1
(1.00)
SND1 8 (2%) 368 0.966
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline

  • Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/BLCA-TP/15190396/transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/BLCA-TP/15076720/BLCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 376

  • Number of significantly mutated genes = 118

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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