		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p34.2	101 (25%)	307	9.9999e-06	9.32e-05	3e-04	0.00162	0.18508	0.29	0.50812	0.609	0.8755	0.904	0.095179	0.175	0.03488	0.08	0.01852	0.0497	0.24699	0.362	0.01165	0.0351
amp_1q21.3	202 (50%)	206	9.9999e-06	9.32e-05	0.00022	0.00124	0.39394	0.511	0.72263	0.783	0.19425	0.299	0.11533	0.203	0.13988	0.236	0.04245	0.0926	0.6204	0.696	0.00399	0.0152
amp_1q23.3	216 (53%)	192	9.9999e-06	9.32e-05	0.01107	0.0338	0.55133	0.645	0.8863	0.911	0.15899	0.259	0.02586	0.0625	0.00175	0.00736	0.00307	0.0122	0.04215	0.0923	0.00142	0.0062
amp_2p25.1	150 (37%)	258	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.91817	0.934	0.85601	0.891	0.1102	0.195	7.9999e-05	0.000506	0.056369	0.116	0.02592	0.0625	0.053869	0.112	7.9999e-05	0.000506
amp_3p25.2	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.078189	0.148	0.01092	0.0335	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.00015	0.000877	4e-05	0.000294	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05
amp_3q26.33	218 (53%)	190	9.9999e-06	9.32e-05	0.68705	0.756	0.35335	0.473	0.094589	0.175	0.53393	0.635	0.02282	0.0575	0.54022	0.638	0.0058999	0.0213	0.18211	0.287	9.9999e-06	9.32e-05
amp_4p16.3	73 (18%)	335	0.0462	0.099	0.02105	0.055	0.060719	0.122	0.04989	0.105	0.00033	0.00175	0.00015	0.000877	2e-05	0.00017	0.03376	0.078	0.056129	0.116	0.02618	0.0629
amp_4q13.3	62 (15%)	346	9.9999e-06	9.32e-05	0.01145	0.0347	0.58081	0.667	0.70444	0.769	0.10239	0.184	0.44565	0.562	0.0094899	0.0302	0.067779	0.131	0.066859	0.13	0.04136	0.0923
amp_5p15.33	205 (50%)	203	9.9999e-06	9.32e-05	0.0073199	0.025	0.0236	0.0588	0.18574	0.29	0.41136	0.529	0.01782	0.0486	0.48846	0.597	2e-05	0.00017	0.31897	0.438	0.0011	0.00503
amp_6p22.3	170 (42%)	238	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.32742	0.446	0.39649	0.513	0.26825	0.383	0.63711	0.71	0.081009	0.153	0.27726	0.391	0.23114	0.346	3e-05	0.00023
amp_6q21	35 (9%)	373	0.00494	0.018	0.04742	0.101	0.356	0.474	0.10832	0.193	0.20269	0.311	0.060079	0.122	0.85188	0.888	0.92491	0.94	0.24554	0.361	0.14197	0.238
amp_6q23.3	46 (11%)	362	0.01358	0.0395	0.71494	0.777	0.94321	0.953	0.071239	0.137	0.26831	0.383	0.82593	0.866	0.13953	0.236	0.098499	0.178	0.14766	0.244	0.12758	0.223
amp_7p21.1	201 (49%)	207	9.9999e-06	9.32e-05	0.00267	0.0107	0.13389	0.229	0.31701	0.437	0.70044	0.766	0.02277	0.0575	0.1687	0.271	0.0072899	0.025	0.40093	0.518	9.9999e-06	9.32e-05
amp_7p11.2	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.32e-05	0.0087799	0.0284	0.091189	0.169	0.59714	0.682	0.82279	0.864	0.25736	0.371	0.51056	0.611	0.03583	0.0819	0.17244	0.275	3e-05	0.00023
amp_8p11.23	123 (30%)	285	9.9999e-06	9.32e-05	0.01128	0.0343	0.81806	0.862	0.82252	0.864	0.49098	0.597	0.27499	0.389	0.02555	0.0621	0.49296	0.598	0.55963	0.649	0.94239	0.953
amp_8p11.21	140 (34%)	268	9.9999e-06	9.32e-05	0.0021	0.00852	0.80814	0.854	0.9853	0.987	0.13859	0.235	0.31038	0.429	0.0076799	0.0256	0.01461	0.0418	0.54711	0.644	0.24671	0.362
amp_8q22.3	264 (65%)	144	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.02487	0.0609	0.19178	0.297	0.33425	0.453	0.25428	0.368	0.0184	0.0497	0.0059399	0.0213	0.069589	0.135	0.00015	0.000877
amp_9p24.1	88 (22%)	320	9.9999e-06	9.32e-05	0.00066999	0.00335	0.66966	0.739	0.32443	0.443	0.02653	0.0636	0.00184	0.00756	0.69014	0.757	0.04353	0.0945	6.9999e-05	0.00046	0.00011	0.000672
amp_10p14	182 (45%)	226	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.35592	0.474	0.42311	0.54	0.34962	0.47	4e-05	0.000294	0.10481	0.188	0.15596	0.254	0.45619	0.571	2e-05	0.00017
amp_11p13	51 (12%)	357	9.9999e-06	9.32e-05	0.00489	0.0179	0.03338	0.0778	0.00374	0.0143	0.059579	0.121	0.00063999	0.00322	0.2506	0.365	0.12086	0.212	0.052059	0.109	0.00327	0.0129
amp_11q13.3	135 (33%)	273	9.9999e-06	9.32e-05	0.10095	0.182	0.23644	0.353	0.077989	0.148	0.02032	0.0537	0.32576	0.444	0.37398	0.491	0.17101	0.273	0.32845	0.446	0.70932	0.772
amp_11q22.2	71 (17%)	337	3e-05	0.00023	0.14279	0.238	0.73169	0.789	0.41297	0.529	0.42959	0.547	0.16522	0.267	0.04209	0.0923	0.0229	0.0575	0.00048	0.00247	0.01989	0.0529
amp_12p12.1	131 (32%)	277	0.00103	0.00477	0.057609	0.118	0.78979	0.838	0.54986	0.645	0.44391	0.561	0.54764	0.644	0.73004	0.789	0.029	0.0688	0.078519	0.148	0.03671	0.0836
amp_12q15	118 (29%)	290	0.00103	0.00477	0.13828	0.235	0.03812	0.0857	0.01993	0.0529	0.0043	0.0162	0.0085599	0.028	0.21429	0.324	0.02055	0.0539	0.0075099	0.0255	5e-04	0.00256
amp_13q22.1	128 (31%)	280	0.00046	0.0024	0.85772	0.891	0.96109	0.967	0.84875	0.886	0.86999	0.9	0.3707	0.487	0.87781	0.905	0.55559	0.645	0.73177	0.789	0.22459	0.338
amp_16p13.2	87 (21%)	321	3e-05	0.00023	6.9999e-05	0.00046	0.79581	0.843	0.89932	0.921	0.21229	0.323	0.084559	0.158	0.18151	0.287	0.070649	0.136	0.22913	0.344	0.02279	0.0575
amp_16q22.1	108 (26%)	300	4e-05	0.000294	0.45863	0.572	0.04254	0.0926	0.02303	0.0576	0.18876	0.294	0.00461	0.0172	0.04201	0.0923	0.0086399	0.0281	0.15256	0.25	0.0064999	0.0228
amp_17q12	166 (41%)	242	9.9999e-06	9.32e-05	0.0013	0.00579	0.077679	0.148	0.02054	0.0539	0.0017	0.0072	0.02477	0.0609	0.00365	0.0141	0.02934	0.0693	0.01049	0.0326	9.9999e-06	9.32e-05
amp_17q23.3	194 (48%)	214	9.9999e-06	9.32e-05	0.01581	0.0445	0.10624	0.19	0.13791	0.235	0.11862	0.208	0.3644	0.481	0.18534	0.29	0.46893	0.583	0.14515	0.241	0.00028	0.00152
amp_19q12	164 (40%)	244	9.9999e-06	9.32e-05	5.9999e-05	0.00041	0.7975	0.844	0.82991	0.869	0.30468	0.425	0.16536	0.267	0.27544	0.389	0.01274	0.0377	0.24018	0.357	0.02813	0.0669
amp_19q13.43	154 (38%)	254	9.9999e-06	9.32e-05	0.00072999	0.00357	0.18043	0.286	0.33833	0.458	0.2086	0.318	0.63852	0.711	0.50195	0.604	0.00314	0.0125	0.03325	0.0778	0.00481	0.0178
amp_20q11.21	262 (64%)	146	9.9999e-06	9.32e-05	0.0077999	0.0259	0.73739	0.793	0.0319	0.0749	0.65971	0.731	0.04214	0.0923	0.4555	0.571	0.04163	0.0923	0.31686	0.437	0.0011	0.00503
amp_22q12.2	87 (21%)	321	9.9999e-06	9.32e-05	0.01827	0.0496	0.41358	0.529	0.76312	0.816	0.0099499	0.0315	0.063489	0.126	0.12783	0.223	0.25593	0.369	0.4808	0.592	0.04797	0.102
del_1p36.11	91 (22%)	317	0.61436	0.693	0.064419	0.126	0.16716	0.269	0.02424	0.0602	0.59911	0.683	0.95305	0.96	0.70824	0.772	0.04789	0.102	0.1336	0.229	0.25324	0.367
del_1q32.1	71 (17%)	337	0.00429	0.0162	0.01747	0.048	0.35405	0.473	0.6053	0.688	0.30594	0.426	0.04856	0.103	0.55343	0.645	0.27511	0.389	0.40296	0.52	0.13096	0.226
del_2q22.1	134 (33%)	274	0.00073999	0.00357	0.01739	0.048	0.27056	0.385	0.9404	0.953	0.1454	0.241	0.16216	0.263	0.060689	0.122	0.25025	0.365	0.18913	0.294	0.0089899	0.029
del_2q34	174 (43%)	234	9.9999e-06	9.32e-05	0.00073999	0.00357	0.75343	0.807	0.58152	0.667	0.45671	0.571	0.10751	0.192	0.10901	0.193	0.53369	0.635	0.48525	0.594	0.00047	0.00244
del_2q37.1	208 (51%)	200	9.9999e-06	9.32e-05	5.9999e-05	0.00041	0.49472	0.599	0.40665	0.523	0.060649	0.122	0.04865	0.103	0.0138	0.04	0.04523	0.0975	0.14093	0.237	0.00438	0.0164
del_3p14.2	117 (29%)	291	0.00031	0.00166	0.15198	0.25	0.03474	0.0799	0.01704	0.0474	9.9999e-06	9.32e-05	5.9999e-05	0.00041	0.88144	0.908	2e-05	0.00017	9.9999e-05	0.000616	3e-05	0.00023
del_4q22.1	162 (40%)	246	9.9999e-06	9.32e-05	0.062049	0.124	0.50565	0.607	0.50336	0.605	0.02185	0.0565	0.00102	0.00477	0.89575	0.918	0.0076399	0.0256	0.02479	0.0609	0.01443	0.0417
del_4q34.2	177 (43%)	231	9.9999e-06	9.32e-05	0.01782	0.0486	0.48583	0.594	0.76968	0.822	0.2138	0.324	0.04178	0.0923	0.29136	0.409	0.062839	0.125	0.48982	0.597	0.00070999	0.0035
del_5q12.1	202 (50%)	206	9.9999e-06	9.32e-05	6.9999e-05	0.00046	0.93528	0.949	0.57276	0.662	0.65331	0.726	0.00489	0.0179	0.02174	0.0564	8.9999e-05	0.000559	0.060209	0.122	0.00115	0.00515
del_6p25.3	106 (26%)	302	9.9999e-06	9.32e-05	0.00060999	0.00309	0.91308	0.932	0.94677	0.955	0.42115	0.538	0.01486	0.0424	0.24976	0.365	0.03064	0.0722	0.051969	0.109	0.0076899	0.0256
del_6q21	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.32e-05	0.01937	0.0518	0.88703	0.911	0.47204	0.585	0.54635	0.644	0.089159	0.166	0.01577	0.0445	0.00017	0.000969	0.23994	0.357	3e-05	0.00023
del_6q27	190 (47%)	218	9.9999e-06	9.32e-05	0.02696	0.0644	0.65999	0.731	0.43606	0.553	0.53588	0.635	0.0101	0.0317	0.02279	0.0575	5.9999e-05	0.00041	0.37482	0.491	9.9999e-06	9.32e-05
del_7q36.3	60 (15%)	348	0.00015	0.000877	0.44929	0.566	0.072159	0.138	0.22262	0.336	0.15527	0.254	0.48379	0.594	0.34452	0.465	0.00143	0.00621	0.062159	0.124	0.00373	0.0143
del_8p23.3	242 (59%)	166	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.55461	0.645	0.19369	0.299	0.14286	0.238	0.00014	0.000847	0.097379	0.177	0.01355	0.0395	0.1327	0.228	0.00178	0.00744
del_8p21.3	252 (62%)	156	9.9999e-06	9.32e-05	2e-05	0.00017	0.60996	0.69	0.067289	0.131	0.49282	0.598	0.0090799	0.0291	0.01739	0.048	0.0083099	0.0274	0.14829	0.245	0.00079999	0.00378
del_9p23	178 (44%)	230	9.9999e-06	9.32e-05	0.00026	0.00144	0.25213	0.366	0.13081	0.226	0.02445	0.0605	0.00024	0.00135	0.04448	0.0962	0.01459	0.0418	9.9999e-06	9.32e-05	0.00045	0.00237
del_9p21.3	239 (59%)	169	9.9999e-06	9.32e-05	0.29798	0.417	0.45069	0.566	0.01012	0.0317	0.0371	0.0842	0.02229	0.057	0.1525	0.25	0.095949	0.176	0.03733	0.0844	5.9999e-05	0.00041
del_9q22.33	178 (44%)	230	2e-05	0.00017	9.9999e-06	9.32e-05	0.074539	0.142	0.0059599	0.0213	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.0084499	0.0278	8.9999e-05	0.000559	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05
del_10p11.21	74 (18%)	334	0.362	0.479	0.83212	0.87	0.53691	0.635	0.24364	0.359	0.00166	0.00711	0.066709	0.13	0.78218	0.832	0.057819	0.118	0.37536	0.491	0.50022	0.604
del_10q23.31	166 (41%)	242	9.9999e-06	9.32e-05	0.00136	0.00602	0.57808	0.665	0.4732	0.585	0.0455	0.0978	0.62809	0.703	0.38821	0.505	0.096259	0.176	0.60805	0.689	0.064359	0.126
del_11p15.5	211 (52%)	197	9.9999e-06	9.32e-05	0.00016	0.000928	0.36875	0.486	0.24321	0.359	0.00166	0.00711	9.9999e-06	9.32e-05	0.02155	0.0561	0.29961	0.418	0.01349	0.0395	0.01248	0.0371
del_11q23.3	155 (38%)	253	0.00182	0.00752	0.097609	0.177	0.72302	0.783	0.74521	0.8	0.091449	0.169	0.36108	0.478	0.18229	0.287	0.143	0.238	0.47753	0.589	0.47334	0.585
del_11q25	143 (35%)	265	6.9999e-05	0.00046	0.16615	0.268	0.85983	0.892	0.77519	0.827	0.081619	0.153	0.31053	0.429	0.30928	0.429	0.1844	0.29	0.43247	0.55	0.26656	0.382
del_12p13.1	68 (17%)	340	0.01073	0.0332	0.00070999	0.0035	0.77912	0.83	0.66344	0.734	0.0062999	0.0222	4e-05	0.000294	0.575	0.662	0.61867	0.695	0.01672	0.0467	0.21228	0.323
del_12q24.33	88 (22%)	320	3e-05	0.00023	0.35183	0.472	0.91664	0.934	0.31951	0.438	0.81639	0.861	0.38108	0.497	1	1	0.62932	0.703	0.98208	0.985	0.24031	0.357
del_13q14.2	156 (38%)	252	9.9999e-06	9.32e-05	0.20445	0.313	0.0075399	0.0255	0.00337	0.0132	0.02228	0.057	0.01081	0.0333	0.53561	0.635	0.00025	0.00139	0.0058299	0.0212	9.9999e-06	9.32e-05
del_14q24.1	137 (34%)	271	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.39046	0.507	0.34568	0.466	0.0066199	0.0231	9.9999e-06	9.32e-05	0.0066599	0.0231	0.00074999	0.00359	0.00356	0.0139	2e-05	0.00017
del_15q13.1	160 (39%)	248	9.9999e-06	9.32e-05	5.9999e-05	0.00041	0.32071	0.439	0.67814	0.747	0.62851	0.703	0.35742	0.475	0.01503	0.0427	7.9999e-05	0.000506	0.01246	0.0371	3e-05	0.00023
del_16p13.3	174 (43%)	234	9.9999e-06	9.32e-05	0.0014	0.00615	0.22606	0.34	0.57395	0.662	0.86177	0.893	0.26338	0.378	0.61429	0.693	0.03741	0.0844	0.55259	0.645	0.01301	0.0384
del_16q23.1	119 (29%)	289	9.9999e-06	9.32e-05	0.00232	0.00936	0.50103	0.604	0.064319	0.126	0.052749	0.11	0.063429	0.126	0.13041	0.226	0.02539	0.0619	0.084689	0.158	5.9999e-05	0.00041
del_17p12	209 (51%)	199	9.9999e-06	9.32e-05	0.00112	0.00505	0.19998	0.307	0.60621	0.688	0.055069	0.114	0.0094399	0.0302	0.60656	0.688	0.00028	0.00152	0.35918	0.477	7.9999e-05	0.000506
del_18q23	180 (44%)	228	3e-05	0.00023	0.48274	0.594	0.69114	0.757	0.69084	0.757	0.46244	0.576	0.11365	0.201	9.9999e-06	9.32e-05	9.9999e-06	9.32e-05	0.0060099	0.0214	0.00111	0.00504
del_19p13.3	146 (36%)	262	9.9999e-06	9.32e-05	0.17121	0.273	0.90099	0.921	0.56914	0.659	0.03365	0.078	0.00179	0.00744	0.26333	0.378	0.0062699	0.0222	0.17693	0.281	0.00017	0.000969
del_22q13.32	187 (46%)	221	9.9999e-06	9.32e-05	0.00079999	0.00378	0.55224	0.645	0.01625	0.0456	0.04124	0.0923	0.00188	0.00768	0.28935	0.407	0.0017	0.0072	0.01021	0.0319	9.9999e-06	9.32e-05
del_xp11.3	92 (23%)	316	0.19096	0.296	0.13052	0.226	0.73809	0.793	0.61598	0.693	0.13217	0.227	0.58918	0.674	0.10647	0.19	0.29264	0.41	0.52041	0.621	0.03381	0.078
del_xq21.33	84 (21%)	324	0.24093	0.357	0.0068299	0.0236	0.97965	0.984	0.4365	0.553	0.02223	0.057	0.097549	0.177	0.086959	0.162	0.050989	0.107	0.01169	0.0351	0.01851	0.0497
