		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	37 (20%)	147	0.65203	0.786	0.22792	0.435	0.51394	0.687	0.19769	0.395	0.85621	0.917	0.77546	0.873	1	1	0.88469	0.934	0.45417	0.636	0.96431	0.986
1q gain	63 (34%)	121	0.061119	0.177	0.20655	0.409	0.27109	0.483	0.093949	0.236	0.66921	0.795	0.44533	0.634	0.39005	0.582	0.48697	0.659	0.50499	0.678	0.62604	0.768
2p gain	61 (33%)	123	0.01236	0.0667	0.03129	0.12	0.1794	0.367	0.090559	0.232	0.43937	0.628	0.090959	0.232	0.03653	0.129	0.34141	0.544	0.00294	0.0219	0.50238	0.676
2q gain	46 (25%)	138	0.26574	0.478	0.070359	0.195	0.22431	0.434	0.27381	0.486	0.92286	0.955	0.10481	0.253	0.48366	0.659	0.76832	0.869	0.25607	0.468	0.8847	0.934
3p gain	31 (17%)	153	0.30544	0.513	0.4484	0.636	0.76748	0.869	0.75709	0.861	0.57012	0.732	0.30708	0.514	0.77626	0.873	0.60912	0.76	0.85983	0.918	0.61459	0.761
3q gain	77 (42%)	107	9.9999e-06	0.000456	0.01946	0.0906	0.33888	0.541	0.2589	0.471	0.059169	0.176	0.081909	0.217	0.30522	0.513	0.23867	0.446	0.16754	0.35	0.41097	0.601
4p gain	19 (10%)	165	0.53182	0.702	0.85664	0.917	0.689	0.808	0.31166	0.514	0.94699	0.972	0.6923	0.811	1	1	0.95772	0.98	0.9793	0.996	1	1
4q gain	18 (10%)	166	0.084949	0.222	0.32514	0.527	0.12659	0.284	0.03289	0.122	0.23517	0.441	0.12462	0.281	0.30946	0.514	0.54562	0.711	0.55516	0.719	0.49167	0.664
5p gain	76 (41%)	108	5.9999e-05	0.0012	0.0272	0.11	0.37389	0.571	0.13058	0.291	0.02955	0.115	0.01146	0.0639	0.01348	0.0713	0.03336	0.123	0.04993	0.162	0.01593	0.0794
5q gain	20 (11%)	164	0.40524	0.596	0.77689	0.873	0.90379	0.946	0.66823	0.795	1	1	0.83622	0.906	0.70028	0.818	0.98659	1	0.75234	0.858	0.79236	0.88
6p gain	38 (21%)	146	0.24052	0.448	0.36792	0.569	0.076919	0.208	0.22832	0.435	0.28261	0.495	0.27026	0.483	0.25415	0.466	0.10537	0.253	0.11566	0.267	0.02945	0.115
6q gain	33 (18%)	151	0.23433	0.441	0.32887	0.531	0.03565	0.129	0.23494	0.441	0.30073	0.511	0.2445	0.453	0.37439	0.571	0.28758	0.498	0.14691	0.316	0.082479	0.217
7p gain	110 (60%)	74	0.35025	0.552	0.23713	0.444	0.3177	0.521	0.30037	0.511	0.24683	0.455	0.17892	0.367	0.076569	0.208	0.20874	0.411	0.55328	0.718	0.10893	0.259
7q gain	89 (48%)	95	0.66385	0.792	0.29113	0.5	0.11319	0.264	0.45255	0.636	0.40981	0.6	0.30686	0.514	0.42394	0.612	0.74581	0.854	0.83571	0.906	0.12111	0.275
8p gain	68 (37%)	116	0.31526	0.519	0.53887	0.709	0.97314	0.994	0.84481	0.913	0.59815	0.752	0.061109	0.177	0.37061	0.571	0.83174	0.906	0.55783	0.72	0.73978	0.851
8q gain	101 (55%)	83	0.46654	0.645	0.28807	0.498	0.48702	0.659	0.1333	0.293	0.25322	0.466	0.41474	0.603	0.2904	0.5	0.72806	0.843	0.91163	0.949	0.97681	0.996
9p gain	16 (9%)	168	0.79838	0.885	0.47997	0.657	0.36392	0.567	0.03924	0.135	0.29713	0.509	0.4845	0.659	0.56319	0.726	0.18477	0.376	0.5872	0.747	0.46887	0.647
9q gain	33 (18%)	151	0.39363	0.585	0.26058	0.471	0.61871	0.765	0.63142	0.774	0.067099	0.188	0.41202	0.601	0.38514	0.578	0.02961	0.115	0.67338	0.797	0.079329	0.211
10p gain	40 (22%)	144	0.03656	0.129	0.02825	0.113	0.4584	0.639	0.46256	0.643	0.04916	0.16	0.076249	0.208	0.11803	0.27	0.21597	0.422	0.055309	0.169	0.075999	0.208
10q gain	30 (16%)	154	0.01457	0.0751	0.03222	0.121	0.77592	0.873	0.84715	0.914	0.053379	0.167	0.058349	0.175	0.079319	0.211	0.071209	0.197	0.051199	0.162	0.02291	0.0992
11p gain	39 (21%)	145	0.64382	0.782	0.91416	0.95	0.29777	0.509	0.93412	0.966	0.47064	0.649	0.63334	0.775	0.34721	0.55	0.3185	0.521	0.87633	0.928	0.48023	0.657
11q gain	29 (16%)	155	0.28621	0.497	0.31169	0.514	0.65811	0.791	0.75257	0.858	0.056429	0.172	0.10322	0.25	0.04803	0.158	0.17686	0.364	0.081619	0.217	0.078689	0.211
12p gain	58 (32%)	126	0.02298	0.0992	0.00408	0.0288	0.04098	0.141	0.057689	0.174	0.0024	0.0201	0.00288	0.0217	0.0056899	0.0365	0.00301	0.0222	0.00306	0.0224	0.01035	0.0589
12q gain	38 (21%)	146	0.17242	0.36	0.32298	0.525	0.33415	0.536	0.48207	0.658	0.063529	0.181	0.62456	0.768	0.39476	0.585	0.45206	0.636	0.26803	0.48	0.25572	0.468
13q gain	43 (23%)	141	0.00273	0.0209	2e-05	0.000607	0.095859	0.238	0.11159	0.263	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456	3e-05	0.000745	0.00014	0.00239	9.9999e-06	0.000456
14q gain	48 (26%)	136	0.03588	0.129	0.085079	0.222	0.24617	0.455	0.22884	0.435	0.01602	0.0794	0.02305	0.0992	0.03784	0.133	0.03574	0.129	0.13985	0.304	0.053709	0.167
15q gain	30 (16%)	154	0.38879	0.581	0.27644	0.489	0.61217	0.761	0.22956	0.436	0.1146	0.266	0.051269	0.162	0.45564	0.636	0.372	0.571	0.31888	0.521	0.36478	0.568
16p gain	41 (22%)	143	0.0037	0.0264	0.096859	0.239	0.31564	0.519	0.14515	0.314	0.03612	0.129	0.00341	0.0247	0.02594	0.107	0.03605	0.129	0.082699	0.217	0.057339	0.174
16q gain	38 (21%)	146	0.00074999	0.00831	0.02719	0.11	0.15458	0.327	0.01693	0.0821	0.0085899	0.0514	0.01404	0.0733	0.01244	0.0667	0.0068099	0.042	0.00279	0.0212	0.0069299	0.0424
17p gain	33 (18%)	151	0.051099	0.162	0.0317	0.12	0.93754	0.966	0.41368	0.603	0.01894	0.089	0.052249	0.164	0.36689	0.569	0.45322	0.636	0.54162	0.709	0.55265	0.718
17q gain	45 (24%)	139	0.14146	0.307	0.20797	0.411	0.94503	0.971	0.61442	0.761	0.45473	0.636	0.059849	0.176	0.85756	0.917	0.93606	0.966	0.99188	1	0.63825	0.779
18p gain	50 (27%)	134	0.061159	0.177	0.37397	0.571	0.76227	0.866	0.67146	0.796	0.19144	0.387	0.32969	0.531	0.02195	0.0973	0.87085	0.926	0.93746	0.966	0.81406	0.897
18q gain	26 (14%)	158	0.73848	0.85	0.81322	0.897	0.78207	0.874	0.44354	0.633	0.35764	0.56	0.90998	0.949	0.39547	0.585	0.30524	0.513	0.38278	0.578	0.22737	0.435
19p gain	28 (15%)	156	0.42865	0.617	0.27877	0.491	0.01468	0.0752	0.20553	0.408	0.67941	0.801	0.72982	0.844	0.38305	0.578	0.90428	0.946	0.5401	0.709	0.4954	0.668
19q gain	38 (21%)	146	0.10009	0.244	0.13947	0.304	0.01613	0.0794	0.01618	0.0794	0.25942	0.471	0.15909	0.334	0.04474	0.149	0.35536	0.559	0.39961	0.588	0.11198	0.263
20p gain	108 (59%)	76	0.00455	0.0314	0.057809	0.174	0.2021	0.403	0.14866	0.318	0.091119	0.232	0.22272	0.432	0.10109	0.246	0.26066	0.471	0.38718	0.579	0.058999	0.176
20q gain	115 (62%)	69	9.9999e-05	0.00178	0.00029	0.00403	0.02698	0.11	0.053969	0.167	0.00176	0.016	0.00218	0.0187	0.00046	0.00563	0.00075999	0.00831	0.0055599	0.0362	7.9999e-05	0.00146
21q gain	18 (10%)	166	1	1	0.56644	0.729	0.39834	0.587	0.61141	0.761	0.26628	0.478	0.42029	0.608	0.21307	0.417	0.42674	0.615	0.38721	0.579	0.228	0.435
22q gain	31 (17%)	153	2e-05	0.000607	9.9999e-06	0.000456	0.00173	0.0159	0.00066999	0.00785	2e-05	0.000607	9.9999e-06	0.000456	2e-05	0.000607	2e-05	0.000607	9.9999e-06	0.000456	2e-05	0.000607
xp gain	23 (12%)	161	0.45142	0.636	0.30265	0.512	0.3563	0.559	0.1928	0.388	0.28557	0.497	0.72623	0.842	0.38418	0.578	0.13097	0.291	0.2028	0.404	0.15142	0.322
xq gain	38 (21%)	146	0.04359	0.146	0.02913	0.114	0.77846	0.873	0.17648	0.364	0.03687	0.13	0.054029	0.167	0.01104	0.0624	0.02751	0.111	0.055039	0.169	0.068779	0.191
1p loss	38 (21%)	146	0.0092399	0.0541	0.0246	0.105	0.62169	0.767	0.87625	0.928	0.02155	0.0966	0.03815	0.133	0.02083	0.0944	0.03176	0.12	0.0097799	0.0561	0.04554	0.151
1q loss	22 (12%)	162	0.03907	0.135	0.23196	0.438	0.59663	0.752	0.5841	0.746	0.093969	0.236	0.050639	0.162	0.075469	0.208	0.12065	0.275	0.02364	0.101	0.12571	0.282
2p loss	11 (6%)	173	0.85625	0.917	0.13222	0.291	0.061059	0.177	0.019	0.089	0.37877	0.575	0.31107	0.514	0.37815	0.575	0.00181	0.0163	0.83574	0.906	0.37234	0.571
2q loss	18 (10%)	166	0.35647	0.559	0.03234	0.121	0.66081	0.791	0.41892	0.607	0.076539	0.208	0.03294	0.122	0.063839	0.181	0.0065299	0.0406	0.28003	0.492	0.087299	0.225
3p loss	93 (51%)	91	2e-05	0.000607	5.9999e-05	0.0012	0.13196	0.291	0.086689	0.224	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456	3e-05	0.000745	9.9999e-06	0.000456	0.00116	0.0116	9.9999e-06	0.000456
3q loss	33 (18%)	151	0.85678	0.917	0.67164	0.796	0.19287	0.388	0.66129	0.791	0.33497	0.536	0.59624	0.752	0.65145	0.786	0.91166	0.949	0.66188	0.791	0.89202	0.939
4p loss	105 (57%)	79	0.00056999	0.00677	0.077089	0.208	0.5965	0.752	0.94022	0.967	0.62299	0.767	0.21075	0.413	0.01782	0.0855	0.2888	0.499	0.18603	0.378	0.40987	0.6
4q loss	87 (47%)	97	0.00044	0.00547	0.04731	0.156	0.89507	0.941	0.82643	0.904	0.14714	0.316	0.093979	0.236	0.03912	0.135	0.22195	0.432	0.12432	0.281	0.086399	0.224
5p loss	46 (25%)	138	0.00026	0.00368	9.9999e-06	0.000456	0.10813	0.258	0.052329	0.164	5e-05	0.00108	7.9999e-05	0.00146	5.9999e-05	0.0012	4e-05	0.000911	0.00023	0.00337	3e-05	0.000745
5q loss	86 (47%)	98	0.01984	0.0914	0.0086499	0.0514	0.22246	0.432	0.13607	0.298	0.054689	0.169	0.10576	0.254	0.02084	0.0944	0.11182	0.263	0.20966	0.412	0.091289	0.232
6p loss	39 (21%)	145	0.34476	0.547	0.62059	0.766	0.60769	0.76	0.83587	0.906	0.43011	0.618	0.70287	0.82	0.37411	0.571	0.36719	0.569	0.86046	0.918	0.46146	0.642
6q loss	39 (21%)	145	0.33128	0.533	0.66124	0.791	0.19565	0.392	0.59443	0.752	1	1	0.87348	0.928	0.48558	0.659	0.6798	0.801	0.83079	0.906	0.27435	0.486
7p loss	13 (7%)	171	0.81741	0.899	0.55615	0.719	0.73551	0.848	0.1166	0.268	0.43676	0.625	0.63965	0.779	0.57822	0.741	0.58461	0.746	0.29865	0.509	0.65066	0.786
7q loss	22 (12%)	162	0.17543	0.363	0.33916	0.541	0.71234	0.829	0.28536	0.497	0.82998	0.906	0.54307	0.71	0.58741	0.747	0.8551	0.917	0.22718	0.435	0.80515	0.891
8p loss	63 (34%)	121	0.00496	0.0331	0.46353	0.643	0.53197	0.702	0.9201	0.954	0.45489	0.636	0.5047	0.678	0.30823	0.514	0.59678	0.752	0.38486	0.578	0.30916	0.514
8q loss	23 (12%)	161	0.78197	0.874	1	1	0.98937	1	0.95042	0.974	1	1	0.13098	0.291	0.82243	0.902	0.25989	0.471	0.71644	0.832	1	1
9p loss	101 (55%)	83	0.088659	0.228	0.11514	0.267	0.27393	0.486	0.69772	0.816	0.24355	0.452	0.17275	0.36	0.52786	0.699	0.57051	0.732	0.78175	0.874	0.54147	0.709
9q loss	65 (35%)	119	0.063929	0.181	0.17956	0.367	0.46386	0.643	0.3435	0.546	0.84031	0.909	0.52327	0.695	0.64701	0.785	0.22999	0.436	0.068349	0.191	0.7977	0.885
10p loss	50 (27%)	134	0.00205	0.0183	0.00446	0.0313	0.39817	0.587	0.47772	0.657	0.02311	0.0992	0.01417	0.0735	0.00221	0.0187	0.0074999	0.0456	0.01336	0.0711	0.00267	0.0209
10q loss	49 (27%)	135	7.9999e-05	0.00146	0.00091999	0.00967	0.45457	0.636	0.15762	0.332	0.00496	0.0331	0.00219	0.0187	0.00145	0.0137	0.00245	0.0203	0.01639	0.08	0.00163	0.0152
11p loss	52 (28%)	132	0.10148	0.246	0.22888	0.435	0.51321	0.687	0.73154	0.845	0.7427	0.853	0.91676	0.952	0.90148	0.945	0.65039	0.786	0.81989	0.9	0.77012	0.87
11q loss	58 (32%)	126	0.00049	0.00591	0.04228	0.142	0.30159	0.511	0.81776	0.899	0.02908	0.114	0.02171	0.0968	0.01533	0.0776	0.13222	0.291	0.077609	0.209	0.068619	0.191
12p loss	33 (18%)	151	0.098189	0.241	0.00094999	0.00986	0.37381	0.571	0.02105	0.0948	0.00074999	0.00831	0.00073999	0.00831	0.00262	0.0209	0.00213	0.0186	0.01398	0.0733	0.00033	0.00436
12q loss	31 (17%)	153	0.16678	0.35	0.0027	0.0209	0.54035	0.709	0.059389	0.176	0.0075999	0.0458	0.0056399	0.0364	0.02563	0.107	0.01202	0.0657	0.0087399	0.0516	0.0063299	0.0396
13q loss	67 (36%)	117	0.01727	0.0833	0.064749	0.183	0.64283	0.782	0.65996	0.791	0.18979	0.384	0.03462	0.127	0.04117	0.141	0.15107	0.322	0.058729	0.176	0.10654	0.255
14q loss	45 (24%)	139	0.00080999	0.00863	0.0054299	0.0359	0.01955	0.0906	0.00271	0.0209	0.00117	0.0116	0.01899	0.089	0.02838	0.113	0.00267	0.0209	0.03624	0.129	0.00125	0.0119
15q loss	57 (31%)	127	0.28626	0.497	0.03144	0.12	0.29147	0.5	0.321	0.523	0.02573	0.107	0.050449	0.162	0.096589	0.239	0.0055399	0.0362	0.32575	0.527	0.00078999	0.00852
16p loss	54 (29%)	130	0.00039	0.005	0.00016	0.00268	0.97802	0.996	0.68628	0.806	0.00124	0.0119	0.00017	0.00279	0.00013	0.00227	0.00031	0.00424	0.00025	0.0036	0.00018	0.00284
16q loss	53 (29%)	131	9.9999e-06	0.000456	4e-05	0.000911	0.1809	0.369	0.0284	0.113	6.9999e-05	0.00137	2e-05	0.000607	9.9999e-06	0.000456	3e-05	0.000745	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456
17p loss	71 (39%)	113	0.00269	0.0209	2e-04	0.00304	0.54367	0.71	0.27904	0.491	0.00033	0.00436	0.00070999	0.0082	2e-05	0.000607	0.00123	0.0119	0.062479	0.18	0.00018	0.00284
17q loss	25 (14%)	159	0.79232	0.88	0.60424	0.759	0.78484	0.876	0.60567	0.759	0.88074	0.932	0.90729	0.948	0.5147	0.687	0.8907	0.939	0.36059	0.563	0.86826	0.925
18p loss	71 (39%)	113	0.01194	0.0657	0.00101	0.0102	0.60929	0.76	0.48128	0.658	0.00368	0.0264	0.00481	0.0326	0.00101	0.0102	0.02302	0.0992	0.02488	0.105	0.0057499	0.0366
18q loss	102 (55%)	82	0.095689	0.238	0.01168	0.0647	0.38078	0.577	0.78995	0.88	0.01523	0.0776	0.02714	0.11	0.02232	0.0984	0.00213	0.0186	0.04716	0.156	0.00039	0.005
19p loss	65 (35%)	119	0.04901	0.16	0.39098	0.582	0.75202	0.858	0.75681	0.861	0.61408	0.761	0.52039	0.693	0.063259	0.181	0.12119	0.275	0.094539	0.236	0.0093699	0.0545
19q loss	52 (28%)	132	0.00456	0.0314	0.11075	0.262	0.43581	0.625	0.11664	0.268	0.11207	0.263	0.01231	0.0667	0.059819	0.176	0.094129	0.236	0.0185	0.0882	0.0095599	0.0552
20p loss	19 (10%)	165	0.58439	0.746	0.85628	0.917	0.5172	0.69	0.8239	0.902	0.55167	0.718	0.14986	0.32	0.59541	0.752	0.41738	0.606	0.68512	0.806	0.47907	0.657
20q loss	8 (4%)	176	0.9015	0.945	0.70459	0.821	0.63382	0.775	0.76724	0.869	1	1	0.66774	0.795	1	1	0.67695	0.8	0.74499	0.854	0.45026	0.636
21q loss	106 (58%)	78	0.03162	0.12	0.0059899	0.0378	0.13377	0.293	0.098069	0.241	0.03211	0.121	0.099309	0.243	0.02044	0.0936	0.14588	0.315	0.04193	0.142	0.086159	0.224
22q loss	72 (39%)	112	4e-05	0.000911	3e-05	0.000745	0.15391	0.326	0.11363	0.265	0.00043	0.00542	0.00021	0.00313	5e-05	0.00108	2e-04	0.00304	9.9999e-06	0.000456	3e-05	0.000745
xp loss	60 (33%)	124	0.00467	0.0319	0.1739	0.361	0.051099	0.162	0.34871	0.551	0.30819	0.514	0.80712	0.892	0.52371	0.695	0.24244	0.451	0.32485	0.527	0.26344	0.475
xq loss	40 (22%)	144	0.01545	0.0777	0.02777	0.112	0.061189	0.177	0.02588	0.107	0.04228	0.142	0.066639	0.188	0.11795	0.27	0.00249	0.0204	0.0415	0.141	0.01128	0.0634
