		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	18 (10%)	166	0.4285	0.628	0.077999	0.216	0.03103	0.115	0.071089	0.201	0.75894	0.876	0.73632	0.863	1	1	0.93759	0.981	0.13438	0.309	0.89272	0.955
1q gain	50 (27%)	134	0.0079799	0.0455	5.9999e-05	0.00116	0.32822	0.526	0.27977	0.473	0.0121	0.0623	0.063879	0.188	0.0055099	0.036	0.03756	0.13	3e-04	0.00467	0.01174	0.061
2p gain	14 (8%)	170	0.02139	0.0907	0.00068999	0.00776	0.17533	0.364	0.096819	0.252	0.633	0.791	0.18831	0.382	0.44055	0.634	0.01561	0.0723	0.12754	0.302	0.099879	0.258
2q gain	16 (9%)	168	0.03615	0.128	0.00152	0.0136	0.17763	0.366	0.096739	0.252	0.46378	0.646	0.18133	0.373	0.51407	0.692	0.00476	0.0316	0.19679	0.394	0.04066	0.137
3p gain	10 (5%)	174	0.01231	0.0623	0.0080199	0.0455	0.26751	0.463	0.24488	0.446	0.53864	0.712	0.61436	0.775	0.83873	0.914	0.44543	0.637	0.52934	0.704	0.52759	0.704
3q gain	20 (11%)	164	0.00044	0.00588	3e-05	0.000675	0.20133	0.398	0.32216	0.519	0.26541	0.462	0.2789	0.473	0.77326	0.885	0.060709	0.186	0.17431	0.364	0.26367	0.462
4p gain	11 (6%)	173	0.01563	0.0723	0.57837	0.742	0.75374	0.876	0.30392	0.498	0.00138	0.0126	0.01006	0.0533	0.03517	0.126	0.02071	0.0888	0.77854	0.888	0.20795	0.408
4q gain	8 (4%)	176	0.00059999	0.00715	0.22334	0.42	0.75493	0.876	0.30198	0.496	0.02185	0.0916	0.03481	0.125	0.02273	0.0929	0.03903	0.134	0.51959	0.697	0.15076	0.332
5p gain	28 (15%)	156	9.9999e-06	0.000279	0.35971	0.558	0.67657	0.822	0.77633	0.887	0.6689	0.818	0.1584	0.34	0.24132	0.443	0.12555	0.299	0.0068299	0.0407	0.45461	0.638
5q gain	20 (11%)	164	9.9999e-06	0.000279	0.48597	0.664	0.83355	0.912	0.67179	0.818	0.32583	0.524	0.0098699	0.0526	0.1107	0.273	0.03464	0.125	0.1143	0.28	0.145	0.326
6p gain	7 (4%)	177	0.00053999	0.00673	0.52818	0.704	0.48535	0.664	0.23976	0.442	0.88785	0.953	1	1	0.90664	0.962	0.87488	0.94	0.060169	0.185	1	1
6q gain	5 (3%)	179	0.01599	0.0735	0.65443	0.809	NA	NA	NA	NA	0.85297	0.922	1	1	1	1	1	1	0.03099	0.115	0.45116	0.637
7p gain	52 (28%)	132	9.9999e-06	0.000279	0.01607	0.0735	0.058269	0.18	0.37783	0.573	0.35217	0.551	0.26772	0.463	0.27939	0.473	0.04707	0.151	0.0059999	0.0383	0.16492	0.348
7q gain	48 (26%)	136	2e-05	0.000523	0.083789	0.228	0.16873	0.354	0.49101	0.666	0.75535	0.876	0.26147	0.462	0.66874	0.818	0.34159	0.538	0.02375	0.0943	0.44777	0.637
8p gain	26 (14%)	158	0.00357	0.0249	0.096089	0.252	0.82283	0.907	0.35304	0.551	0.75651	0.876	0.95823	0.994	0.22256	0.419	0.55519	0.727	0.01231	0.0623	0.66238	0.814
8q gain	48 (26%)	136	3e-05	0.000675	0.0082799	0.0463	0.71967	0.851	0.6231	0.781	0.29719	0.491	0.54638	0.718	0.39702	0.593	0.079439	0.218	0.00114	0.0106	0.067639	0.196
9p gain	8 (4%)	176	0.01088	0.0572	1	1	0.7911	0.892	0.21099	0.412	0.59329	0.754	0.63838	0.795	0.68149	0.824	0.78881	0.892	0.57816	0.742	0.44817	0.637
9q gain	12 (7%)	172	7.9999e-05	0.00147	0.6588	0.811	0.96157	0.996	0.83408	0.912	0.92695	0.975	0.61274	0.774	0.63003	0.789	0.26289	0.462	0.26401	0.462	0.28392	0.477
10p gain	10 (5%)	174	0.03599	0.128	0.2009	0.398	0.02688	0.103	0.02743	0.104	0.21383	0.415	0.81414	0.906	0.47267	0.654	0.90132	0.959	0.00078999	0.00831	1	1
10q gain	13 (7%)	171	0.02722	0.104	0.057089	0.178	0.058099	0.18	0.13311	0.308	0.14653	0.326	0.37799	0.573	0.29556	0.491	0.91268	0.966	0.00045	0.00588	1	1
11p gain	13 (7%)	171	0.00062999	0.00729	0.04512	0.146	0.14441	0.326	0.82131	0.907	0.75581	0.876	1	1	0.72852	0.855	0.79051	0.892	0.42783	0.628	0.75385	0.876
11q gain	15 (8%)	169	0.0058999	0.0379	0.01238	0.0623	0.064389	0.189	0.22451	0.421	0.93922	0.982	0.93652	0.981	0.50117	0.677	0.53245	0.707	0.28443	0.477	0.18177	0.373
12p gain	30 (16%)	154	9.9999e-06	0.000279	0.00090999	0.00945	0.14155	0.32	0.72713	0.855	0.67534	0.821	0.25672	0.459	0.10898	0.269	0.069779	0.199	0.00221	0.0179	0.45881	0.641
12q gain	22 (12%)	162	9.9999e-06	0.000279	0.01689	0.0756	0.065369	0.19	0.72102	0.851	0.58586	0.749	0.1133	0.278	0.20653	0.407	0.04195	0.14	0.00417	0.0281	0.15527	0.338
13q gain	29 (16%)	155	0.01673	0.0753	0.78664	0.891	0.46443	0.646	0.45253	0.637	0.21167	0.412	0.47355	0.655	0.21795	0.419	0.12564	0.299	0.43407	0.63	0.79279	0.893
14q gain	26 (14%)	158	9.9999e-06	0.000279	0.22182	0.419	0.82404	0.907	0.84445	0.918	0.27631	0.471	0.57448	0.742	0.17139	0.359	0.26545	0.462	0.10513	0.265	0.92448	0.974
15q gain	14 (8%)	170	0.088309	0.237	0.063249	0.188	0.18501	0.377	0.78424	0.891	0.34103	0.538	0.13096	0.306	0.24877	0.45	1	1	0.25264	0.454	0.86718	0.933
16p gain	22 (12%)	162	2e-05	0.000523	0.00073999	0.00799	0.02521	0.0977	0.090379	0.241	0.1547	0.338	0.058499	0.18	0.068599	0.197	0.01402	0.0672	0.00201	0.0166	0.02967	0.111
16q gain	23 (12%)	161	9.9999e-06	0.000279	0.00027	0.00446	0.37002	0.567	0.57656	0.742	0.10561	0.265	0.055089	0.172	0.01394	0.0672	0.00077999	0.00831	0.00252	0.0194	0.00323	0.0238
17p gain	9 (5%)	175	4e-05	0.000876	0.01879	0.082	0.45333	0.637	0.42302	0.626	0.00246	0.0192	0.00069999	0.00777	0.00103	0.0101	0.00254	0.0194	0.22188	0.419	0.0095599	0.0516
17q gain	17 (9%)	167	0.00045	0.00588	0.24761	0.45	0.98669	1	0.86372	0.93	0.19025	0.384	0.062369	0.187	0.097499	0.253	0.071769	0.202	0.12169	0.293	0.2438	0.446
18p gain	28 (15%)	156	9.9999e-06	0.000279	0.01882	0.082	0.16456	0.348	0.12799	0.302	0.02599	0.1	0.19824	0.395	0.14653	0.326	0.02273	0.0929	0.03412	0.124	0.10275	0.262
18q gain	12 (7%)	172	5.9999e-05	0.00116	0.68421	0.825	0.44256	0.636	0.24401	0.446	0.37821	0.573	0.48958	0.665	0.47947	0.659	0.12506	0.299	0.36085	0.559	0.086299	0.233
19p gain	17 (9%)	167	0.00066999	0.00764	0.69131	0.826	0.55324	0.725	0.10898	0.269	0.68139	0.824	0.6204	0.78	0.01279	0.0636	0.33521	0.532	0.38223	0.578	0.59771	0.759
19q gain	28 (15%)	156	0.00052999	0.00671	0.31624	0.511	0.58305	0.746	0.076859	0.213	0.89586	0.957	0.88945	0.953	0.068949	0.197	0.688	0.825	0.106	0.265	1	1
20p gain	34 (18%)	150	9.9999e-06	0.000279	0.01766	0.0782	0.13479	0.309	0.2212	0.419	0.22911	0.428	0.15598	0.338	0.22127	0.419	0.01653	0.0752	0.0062199	0.0385	0.25448	0.456
20q gain	45 (24%)	139	9.9999e-06	0.000279	0.03128	0.116	0.42494	0.627	0.15933	0.34	0.54319	0.717	0.17634	0.365	0.33254	0.531	0.02363	0.0943	4e-04	0.00559	0.20871	0.408
22q gain	8 (4%)	176	0.35231	0.551	0.062999	0.188	0.43845	0.633	0.64361	0.8	0.10784	0.268	0.079859	0.219	0.36584	0.563	0.065339	0.19	0.1461	0.326	0.26996	0.464
xp gain	8 (4%)	176	3e-05	0.000675	0.22157	0.419	0.29438	0.49	0.072119	0.202	0.12358	0.297	0.03437	0.125	0.04291	0.142	0.04053	0.137	0.7215	0.851	0.071149	0.201
xq gain	13 (7%)	171	3e-04	0.00467	0.69021	0.826	0.22245	0.419	0.71056	0.843	0.12656	0.301	0.0094399	0.0513	0.16167	0.344	0.03686	0.129	0.81191	0.905	0.086729	0.233
1p loss	36 (20%)	148	3e-05	0.000675	9.9999e-06	0.000279	0.00191	0.0161	0.00397	0.027	0.0096999	0.052	0.063679	0.188	0.16413	0.348	0.050529	0.161	0.02889	0.109	0.0237	0.0943
1q loss	8 (4%)	176	0.04127	0.138	0.41055	0.609	0.81179	0.905	0.23277	0.433	1	1	0.51108	0.689	0.75879	0.876	0.69728	0.831	0.10267	0.262	0.78266	0.89
2p loss	11 (6%)	173	0.0075999	0.044	0.57654	0.742	0.67916	0.824	0.81544	0.906	0.67025	0.818	0.19257	0.386	0.92006	0.972	0.76085	0.877	0.26584	0.462	0.84891	0.921
2q loss	5 (3%)	179	0.00055999	0.00687	0.75943	0.876	NA	NA	NA	NA	0.4533	0.637	0.089459	0.239	0.45	0.637	0.29247	0.487	0.15938	0.34	0.36183	0.559
3p loss	36 (20%)	148	0.00163	0.0144	0.050369	0.161	0.45279	0.637	0.30504	0.499	0.65139	0.807	0.90589	0.962	0.20777	0.408	0.29989	0.494	0.10555	0.265	0.55611	0.727
3q loss	19 (10%)	165	0.03295	0.121	0.42464	0.627	0.0131	0.0643	0.068119	0.196	0.53335	0.707	0.67177	0.818	0.78585	0.891	1	1	0.0073299	0.0427	0.85385	0.922
4p loss	25 (14%)	159	0.04322	0.142	0.0066699	0.0403	0.3393	0.537	0.76656	0.881	0.10446	0.264	0.10188	0.261	0.57785	0.742	0.01259	0.0629	0.95744	0.994	0.00354	0.0249
4q loss	25 (14%)	159	0.24821	0.45	0.01925	0.0834	0.55305	0.725	0.27027	0.464	0.054889	0.172	0.18234	0.373	0.20108	0.398	0.00285	0.0216	0.70991	0.843	0.00096999	0.0098
5p loss	9 (5%)	175	0.00335	0.024	0.85478	0.922	0.8127	0.905	0.8532	0.922	0.91047	0.965	0.23929	0.442	0.84387	0.918	1	1	0.15896	0.34	0.80452	0.903
5q loss	13 (7%)	171	0.00375	0.0257	0.2612	0.462	0.40933	0.608	0.45144	0.637	0.93495	0.981	0.25064	0.451	0.62188	0.781	0.44799	0.637	0.13696	0.311	0.60398	0.765
6p loss	64 (35%)	120	3e-05	0.000675	0.00011	0.00194	0.15085	0.332	0.35749	0.557	0.13491	0.309	0.01424	0.0678	0.21953	0.419	0.00108	0.0103	0.00333	0.024	0.00012	0.00207
6q loss	83 (45%)	101	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	0.04292	0.142	0.37404	0.571	0.00038	0.0054	0.00038	0.0054	0.00112	0.0105	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279
7p loss	3 (2%)	181	0.17494	0.364	0.61734	0.778	NA	NA	NA	NA	0.79762	0.896	0.77273	0.885	0.42741	0.628	1	1	0.43258	0.63	0.31527	0.511
7q loss	4 (2%)	180	0.071189	0.201	0.2378	0.441	0.43349	0.63	0.71287	0.844	0.80667	0.904	1	1	0.53917	0.712	1	1	0.26119	0.462	0.56201	0.733
8p loss	41 (22%)	143	0.00102	0.0101	0.00346	0.0246	0.52336	0.701	0.33964	0.537	0.14555	0.326	0.0047	0.0315	0.01553	0.0723	0.01238	0.0623	0.0068599	0.0407	0.00231	0.0184
8q loss	16 (9%)	168	0.0183	0.0806	0.28013	0.473	0.39469	0.591	0.65521	0.809	0.79417	0.893	0.43721	0.633	0.3333	0.531	0.45177	0.637	0.051079	0.162	0.16854	0.354
9p loss	75 (41%)	109	9.9999e-06	0.000279	0.0060999	0.0383	0.02184	0.0916	0.31036	0.506	0.00332	0.024	0.03796	0.131	0.01725	0.0768	0.01338	0.0653	0.0080299	0.0455	0.0071799	0.0421
9q loss	43 (23%)	141	0.11577	0.282	0.54549	0.718	0.25747	0.459	0.43225	0.63	0.27227	0.466	0.4402	0.634	0.19912	0.396	0.26507	0.462	0.21751	0.419	0.3114	0.506
10p loss	36 (20%)	148	0.00031	0.00474	0.29724	0.491	0.57403	0.742	0.99596	1	0.1594	0.34	0.19208	0.386	0.37041	0.567	0.14774	0.328	0.062129	0.187	0.095539	0.252
10q loss	30 (16%)	154	7.9999e-05	0.00147	0.89804	0.958	0.75819	0.876	0.75631	0.876	0.18364	0.375	0.01667	0.0753	0.52957	0.704	0.33358	0.531	0.22786	0.426	0.099069	0.256
11p loss	17 (9%)	167	0.00153	0.0136	0.1305	0.306	0.47114	0.653	0.45671	0.64	0.94296	0.983	0.68474	0.825	0.47572	0.655	0.48248	0.662	0.47492	0.655	0.727	0.855
11q loss	16 (9%)	168	0.00059999	0.00715	0.65824	0.811	0.13346	0.308	0.04634	0.15	0.78252	0.89	0.81887	0.907	0.92888	0.976	0.57353	0.742	0.39869	0.595	0.82053	0.907
12p loss	20 (11%)	164	2e-04	0.00337	0.03708	0.129	0.00072999	0.00799	0.00097999	0.0098	0.061589	0.187	0.0082399	0.0463	0.084549	0.229	0.00097999	0.0098	0.34339	0.54	0.00166	0.0145
12q loss	28 (15%)	156	9.9999e-06	0.000279	0.061089	0.186	0.0068899	0.0407	0.083399	0.227	0.1556	0.338	0.00236	0.0186	0.1214	0.293	0.11972	0.291	0.24097	0.443	0.02437	0.0963
13q loss	20 (11%)	164	0.00046	0.00591	0.0089999	0.0493	0.82976	0.911	0.82303	0.907	0.00305	0.0229	0.15578	0.338	0.02293	0.0929	0.013	0.0642	0.00191	0.0161	0.063769	0.188
14q loss	16 (9%)	168	0.2368	0.44	0.02295	0.0929	0.19002	0.384	0.57068	0.742	0.49431	0.668	0.073879	0.206	0.37471	0.571	0.21881	0.419	0.76991	0.883	0.58317	0.746
15q loss	30 (16%)	154	5e-05	0.00101	0.0087899	0.0484	0.40091	0.597	0.35824	0.557	0.02111	0.09	0.00197	0.0165	0.079419	0.218	0.0061099	0.0383	0.10649	0.265	0.00372	0.0257
16p loss	11 (6%)	173	0.0084299	0.0468	0.57409	0.742	0.02322	0.0936	0.15093	0.332	0.67059	0.818	0.48863	0.665	0.63374	0.791	0.42581	0.627	0.27809	0.473	0.83624	0.913
16q loss	13 (7%)	171	0.02507	0.0976	0.9409	0.982	0.48455	0.664	0.92198	0.972	0.70808	0.842	0.12066	0.293	0.43093	0.63	0.24464	0.446	0.13183	0.307	0.28125	0.474
17p loss	80 (43%)	104	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	0.01138	0.0595	0.19092	0.385	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279	5e-05	0.00101	9.9999e-06	0.000279	9.9999e-06	0.000279
17q loss	22 (12%)	162	0.00060999	0.00716	0.22123	0.419	0.04383	0.144	0.02497	0.0976	0.15663	0.338	0.38718	0.583	0.51757	0.695	0.31259	0.507	0.17687	0.365	0.31847	0.514
18p loss	55 (30%)	129	0.12962	0.304	0.26819	0.463	0.82194	0.907	0.95022	0.989	0.64489	0.8	0.6386	0.795	0.36457	0.562	0.90061	0.959	0.26975	0.464	0.27371	0.468
18q loss	106 (58%)	78	9.9999e-06	0.000279	0.00029	0.00467	0.03585	0.128	0.59207	0.754	0.0021	0.0172	0.0050499	0.0333	0.01503	0.0708	0.00311	0.0231	0.04689	0.151	5e-05	0.00101
19p loss	19 (10%)	165	0.00128	0.0118	0.02233	0.0928	0.29042	0.485	0.80918	0.905	0.062249	0.187	0.02472	0.0972	0.38858	0.583	0.0061399	0.0383	0.00033	0.00486	0.01944	0.0838
19q loss	12 (7%)	172	0.0065299	0.0398	0.13241	0.307	0.00232	0.0184	0.1558	0.338	0.03987	0.136	0.01447	0.0685	0.48907	0.665	0.052219	0.165	0.095979	0.252	0.074319	0.207
20p loss	20 (11%)	164	0.00033	0.00486	0.04506	0.146	0.68879	0.825	0.68612	0.825	0.0065099	0.0398	0.091909	0.244	0.03692	0.129	0.03949	0.135	0.00188	0.0161	0.0139	0.0672
20q loss	5 (3%)	179	0.2653	0.462	0.067329	0.195	NA	NA	NA	NA	0.38387	0.579	0.84574	0.918	0.91984	0.972	0.82547	0.907	0.12853	0.303	0.60464	0.765
21q loss	58 (32%)	126	9.9999e-06	0.000279	0.02253	0.0929	0.3482	0.547	0.45858	0.641	0.02195	0.0916	0.093799	0.248	0.38898	0.583	0.03203	0.118	0.00044	0.00588	0.03622	0.128
22q loss	46 (25%)	138	9.9999e-06	0.000279	0.0055999	0.0363	0.76371	0.879	0.68713	0.825	0.22028	0.419	0.37522	0.571	0.30994	0.506	0.04073	0.137	0.00105	0.0101	0.02848	0.108
xp loss	27 (15%)	157	8.9999e-05	0.00162	0.13536	0.309	0.10444	0.264	0.30021	0.494	0.43755	0.633	0.28797	0.482	0.1362	0.31	0.95668	0.994	0.24959	0.45	0.69418	0.828
xq loss	18 (10%)	166	9.9999e-06	0.000279	0.04485	0.146	0.47067	0.653	0.10123	0.26	0.3673	0.565	0.32956	0.528	0.26592	0.462	0.83259	0.912	0.49267	0.667	0.58774	0.75
