		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	40 (8%)	452	9.9999e-06	4.09e-05	0.0349	0.0485	0.00109	0.00244	0.00025	0.000663	0.0128	0.0205	0.00044	0.00107	0.03996	0.0543	0.01888	0.0284
amp_3q21.3	75 (15%)	417	9.9999e-06	4.09e-05	0.00083999	0.00195	0.00039	0.000966	8.9999e-05	0.000272	0.01786	0.0272	0.00031	0.000794	0.0090399	0.0152	0.00021	0.000566
amp_3q26.2	86 (17%)	406	9.9999e-06	4.09e-05	0.04512	0.06	0.0050799	0.00927	0.01398	0.0221	0.081799	0.101	0.0077599	0.0134	0.0074899	0.0131	9.9999e-06	4.09e-05
amp_4p16.3	20 (4%)	472	9.9999e-06	4.09e-05	0.01037	0.0171	0.01885	0.0284	0.13733	0.162	0.41047	0.436	0.074999	0.0937	0.74684	0.761	0.58189	0.603
amp_4q13.3	22 (4%)	470	9.9999e-06	4.09e-05	0.52198	0.546	0.10032	0.122	0.28573	0.315	0.02735	0.0395	0.066179	0.0846	0.0367	0.0506	0.16594	0.19
amp_5q35.3	28 (6%)	464	9.9999e-06	4.09e-05	0.01352	0.0215	0.054999	0.0713	0.04271	0.0575	0.18315	0.208	0.00104	0.00234	0.01608	0.0249	0.29446	0.324
amp_7p14.3	104 (21%)	388	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	4e-05	0.000127	0.00376	0.00708	0.00053999	0.00128	0.00114	0.00251	0.0092699	0.0155
amp_7q22.1	101 (21%)	391	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	0.0064799	0.0115	9.9999e-06	4.09e-05	0.00042	0.00103	0.00299	0.0057
amp_8p11.23	67 (14%)	425	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00045	0.00109	0.04567	0.0606	0.00134	0.00287	2e-05	7.03e-05	0.00051999	0.00124
amp_8q22.1	157 (32%)	335	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	3e-05	0.000102	9.9999e-06	4.09e-05	4e-05	0.000127	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	4e-05	0.000127
amp_8q24.21	152 (31%)	340	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	0.00036	0.000904
amp_9q33.3	62 (13%)	430	9.9999e-06	4.09e-05	0.01988	0.0294	0.00225	0.00447	0.01632	0.0251	0.01986	0.0294	0.00096999	0.00221	0.01673	0.0255	0.0083599	0.0142
amp_11q13.2	48 (10%)	444	9.9999e-06	4.09e-05	0.0083099	0.0142	0.0070699	0.0125	4e-04	0.000986	0.03151	0.0444	0.00021	0.000566	0.0074199	0.013	0.03057	0.0434
amp_12q23.1	36 (7%)	456	9.9999e-06	4.09e-05	0.00177	0.00364	0.061069	0.0786	0.00039	0.000966	0.65114	0.669	0.0021	0.00425	0.28506	0.315	0.12388	0.148
amp_13q12.11	25 (5%)	467	9.9999e-06	4.09e-05	0.00225	0.00447	0.00484	0.00889	0.10674	0.129	0.01394	0.0221	0.03183	0.0447	0.067429	0.0857	0.073129	0.0923
amp_14q21.1	30 (6%)	462	9.9999e-06	4.09e-05	0.077359	0.0962	0.01165	0.0189	0.0383	0.0523	0.0080299	0.0138	0.0102	0.0168	0.064739	0.0829	0.02816	0.0406
amp_15q11.2	16 (3%)	476	0.01013	0.0168	0.50507	0.532	0.90115	0.905	0.5197	0.546	0.13346	0.158	0.68433	0.702	0.53588	0.56	0.15216	0.176
amp_16q11.2	30 (6%)	462	2e-05	7.03e-05	0.13767	0.162	0.14862	0.173	0.057709	0.0746	0.00172	0.00356	0.00098999	0.00225	0.081699	0.101	0.24474	0.273
amp_17q23.2	25 (5%)	467	9.9999e-06	4.09e-05	0.78932	0.797	0.074399	0.0932	0.2333	0.262	0.52035	0.546	0.01485	0.0231	0.37844	0.406	0.089739	0.11
amp_19q13.43	19 (4%)	473	9.9999e-06	4.09e-05	0.03808	0.0521	0.00257	0.00502	0.02709	0.0392	0.0063099	0.0112	0.0014	0.00296	0.15055	0.175	0.01155	0.0188
amp_20q13.2	45 (9%)	447	9.9999e-06	4.09e-05	7.9999e-05	0.000245	0.00156	0.00327	0.00118	0.00256	0.00042	0.00103	4e-05	0.000127	0.16059	0.185	5e-05	0.000158
amp_xp22.11	26 (5%)	466	2e-05	7.03e-05	0.14155	0.167	0.091499	0.112	0.058919	0.076	0.01614	0.0249	0.00481	0.00887	0.0443	0.0591	0.31231	0.338
amp_xp22.11	25 (5%)	467	2e-05	7.03e-05	0.36805	0.396	0.03366	0.0469	0.0128	0.0205	0.0077399	0.0134	0.0102	0.0168	0.04631	0.0613	0.23218	0.261
amp_xp21.1	23 (5%)	469	2e-05	7.03e-05	0.02831	0.0407	0.04071	0.055	0.12614	0.15	0.01949	0.029	0.0093599	0.0157	0.0051899	0.00944	0.14587	0.171
amp_xq21.1	16 (3%)	476	0.00112	0.00249	0.03105	0.0439	0.0075899	0.0132	0.01925	0.0288	0.30881	0.337	0.45282	0.48	0.45158	0.479	0.39465	0.421
amp_xq21.1	14 (3%)	478	0.00222	0.00444	0.01845	0.0279	0.20644	0.233	0.00433	0.00804	0.053679	0.0701	0.23711	0.265	0.30101	0.33	0.77361	0.784
amp_xq25	19 (4%)	473	0.00281	0.00541	0.01966	0.0292	0.10567	0.128	0.02409	0.0353	0.20401	0.231	0.14935	0.174	0.73132	0.747	0.14358	0.169
amp_xq27.1	19 (4%)	473	0.00425	0.00795	0.03752	0.0515	0.094999	0.116	0.113	0.136	0.00127	0.00274	0.00027	0.000702	0.037	0.0509	0.12589	0.15
del_1p31.3	60 (12%)	432	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00167	0.00347	0.16908	0.193	0.0054499	0.00981	0.0011	0.00245
del_1p22.1	58 (12%)	434	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	0.00116	0.00252	0.00016	0.000447	0.0078499	0.0135	0.00336	0.00638	0.0098299	0.0164	0.0069399	0.0123
del_1q23.1	28 (6%)	464	0.0052099	0.00944	6.9999e-05	0.000217	0.00018	0.000493	0.00083999	0.00195	0.04424	0.0591	0.054429	0.0708	0.01909	0.0286	0.18921	0.215
del_1q42.3	47 (10%)	445	0.00104	0.00234	9.9999e-06	4.09e-05	0.35039	0.379	0.075739	0.0944	0.11309	0.136	0.03078	0.0436	0.69552	0.712	0.0468	0.0618
del_2p21	46 (9%)	446	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	0.00036	0.000904	0.02058	0.0303	0.00079999	0.00188	0.071819	0.0909	0.03235	0.0452	0.01464	0.0229
del_2q22.1	92 (19%)	400	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	4e-05	0.000127	0.00174	0.00359	0.00090999	0.00209
del_2q22.3	85 (17%)	407	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	3e-05	0.000102	9.9999e-06	4.09e-05	0.00013	0.000371	3e-05	0.000102	0.01289	0.0206	0.00026	0.000679
del_3p13	78 (16%)	414	0.00050999	0.00123	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.29171	0.321	0.066499	0.0848	0.02963	0.0422	0.16919	0.193
del_3q29	32 (7%)	460	0.61157	0.631	0.29942	0.328	0.03588	0.0496	0.073439	0.0925	0.31073	0.337	0.25304	0.281	0.11984	0.144	0.60181	0.622
del_4q28.2	51 (10%)	441	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	0.091879	0.112	0.01496	0.0232	0.00081999	0.00192	0.02556	0.0372
del_5q11.2	100 (20%)	392	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00025	0.000663	9.9999e-06	4.09e-05	0.00011	0.000329	2e-05	7.03e-05	0.00092999	0.00213	0.00017	0.000473
del_5q13.2	99 (20%)	393	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	0.00088999	0.00206	0.00285	0.00547	0.00026	0.000679	9.9999e-06	4.09e-05	0.0022	0.00442	0.00033	0.000841
del_5q21.1	109 (22%)	383	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00018	0.000493	0.00234	0.00463	0.10153	0.123	0.0043	0.00801
del_6p25.1	46 (9%)	446	9.9999e-06	4.09e-05	0.01416	0.0223	0.0056899	0.0102	0.01207	0.0195	0.1462	0.171	0.04913	0.0644	0.38699	0.414	0.01652	0.0253
del_6q14.3	180 (37%)	312	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00211	0.00425	0.00498	0.00912
del_7q31.33	28 (6%)	464	9.9999e-05	0.000301	0.01442	0.0226	0.00015	0.000424	0.00028	0.000724	0.00115	0.00251	0.00026	0.000679	0.75218	0.765	0.04734	0.0623
del_8p23.2	224 (46%)	268	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00031	0.000794	0.00035	0.000888	0.03585	0.0496	0.00191	0.00391
del_8p21.3	294 (60%)	198	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.0084399	0.0143	2e-05	7.03e-05
del_9p23	45 (9%)	447	9.9999e-06	4.09e-05	0.20303	0.23	0.00013	0.000371	0.00194	0.00396	0.02846	0.0408	0.079189	0.0983	0.074169	0.0932	0.01642	0.0252
del_10q23.31	157 (32%)	335	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.01422	0.0223	9.9999e-06	4.09e-05	0.04023	0.0545	9.9999e-06	4.09e-05
del_11p11.2	34 (7%)	458	9.9999e-06	4.09e-05	0.00252	0.00496	0.00139	0.00295	0.02574	0.0374	0.02916	0.0417	0.02436	0.0356	0.0080899	0.0138	0.47595	0.502
del_11q22.3	43 (9%)	449	0.04404	0.059	0.021	0.0308	0.36117	0.39	0.1039	0.126	0.86324	0.868	0.78362	0.793	0.16084	0.185	0.01222	0.0197
del_11q23.2	48 (10%)	444	0.13383	0.159	0.085359	0.105	1	1	0.92715	0.929	0.23546	0.263	0.46832	0.495	0.30481	0.333	0.26163	0.29
del_12p13.1	124 (25%)	368	2e-05	7.03e-05	2e-05	7.03e-05	0.00135	0.00288	0.00408	0.00766	0.063669	0.0817	4e-05	0.000127	4e-05	0.000127	0.00281	0.00541
del_12q24.32	43 (9%)	449	3e-05	0.000102	0.37573	0.404	0.2341	0.262	0.56817	0.59	0.62879	0.647	0.54811	0.571	0.39174	0.418	0.070549	0.0895
del_13q14.13	227 (46%)	265	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	5.9999e-05	0.000187	2e-05	7.03e-05	4e-05	0.000127	0.00037	0.000925	0.00015	0.000424	4e-05	0.000127
del_13q22.1	176 (36%)	316	9.9999e-06	4.09e-05	5.9999e-05	0.000187	2e-05	7.03e-05	8.9999e-05	0.000272	0.00464	0.00859	0.00129	0.00277	0.00164	0.00342	0.00012	0.000357
del_15q21.3	67 (14%)	425	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	2e-05	7.03e-05	3e-05	0.000102	0.00013	0.000371	9.9999e-06	4.09e-05
del_16q22.3	191 (39%)	301	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00013	0.000371	4e-05	0.000127	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05
del_16q24.1	213 (43%)	279	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.0060999	0.0109	0.00021	0.000566	9.9999e-06	4.09e-05	0.00253	0.00496	9.9999e-06	4.09e-05
del_17p13.1	163 (33%)	329	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00013	0.000371	9.9999e-06	4.09e-05	0.00148	0.00312	9.9999e-06	4.09e-05
del_17q21.31	96 (20%)	396	9.9999e-06	4.09e-05	2e-05	7.03e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.00013	0.000371	0.55641	0.579	0.054049	0.0704	0.16954	0.193	0.31056	0.337
del_18q21.31	131 (27%)	361	9.9999e-06	4.09e-05	0.00195	0.00396	0.00016	0.000447	0.01183	0.0192	0.00022	0.00059	0.01831	0.0278	0.00375	0.00708	9.9999e-06	4.09e-05
del_18q23	137 (28%)	355	9.9999e-06	4.09e-05	0.01067	0.0175	7.9999e-05	0.000245	0.04372	0.0587	0.0113	0.0185	0.0075399	0.0132	0.0084799	0.0143	9.9999e-06	4.09e-05
del_19q13.2	52 (11%)	440	9.9999e-06	4.09e-05	0.00115	0.00251	0.0053299	0.00962	0.04813	0.0632	0.00261	0.00508	0.00078999	0.00187	0.00279	0.00541	0.00113	0.0025
del_21q22.2	52 (11%)	440	0.00051999	0.00124	0.00013	0.000371	4e-05	0.000127	0.00018	0.000493	0.16539	0.19	0.04001	0.0543	0.83561	0.842	0.00286	0.00547
del_21q22.3	147 (30%)	345	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	9.9999e-06	4.09e-05	0.03231	0.0452	9.9999e-06	4.09e-05	0.77028	0.782	9.9999e-06	4.09e-05
