		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p32.1	94 (37%)	162	3e-05	0.000174	9.9999e-06	6.87e-05	0.00068999	0.0023	0.00017	0.000738	2e-05	0.000122	9.9999e-06	6.87e-05	0.00463	0.0108	8.9999e-05	0.000418	0.16447	0.215	0.00045	0.0016
amp_1q21.3	104 (41%)	152	9.9999e-06	6.87e-05	0.00189	0.00511	0.28411	0.345	0.10443	0.145	0.51078	0.569	0.077409	0.115	0.65691	0.699	0.18859	0.24	0.095129	0.134	0.27465	0.334
amp_1q24.3	102 (40%)	154	9.9999e-06	6.87e-05	0.004	0.00957	0.53806	0.592	0.65896	0.7	0.0084999	0.0178	0.02514	0.0438	0.80219	0.829	0.079019	0.117	0.68367	0.724	0.58903	0.642
amp_2p11.2	64 (25%)	192	0.00308	0.00773	0.019	0.0345	0.71971	0.756	0.13938	0.185	0.82251	0.846	0.25375	0.311	0.76753	0.8	0.44252	0.501	0.78775	0.819	0.99945	1
amp_3p12.1	69 (27%)	187	9.9999e-06	6.87e-05	3e-05	0.000174	0.00319	0.00797	9.9999e-06	6.87e-05	0.00012	0.000542	2e-05	0.000122	0.31053	0.37	0.00105	0.00319	0.00217	0.00575	0.00296	0.00746
amp_4q12	78 (30%)	178	9.9999e-06	6.87e-05	5e-05	0.000273	0.00355	0.00861	0.0078599	0.0168	0.00022	0.000913	0.00429	0.0101	0.03294	0.0546	0.00215	0.00572	0.02956	0.0498	0.0058299	0.013
amp_5p15.33	119 (46%)	137	9.9999e-06	6.87e-05	0.00185	0.00505	0.01005	0.0203	0.0085299	0.0178	0.0095799	0.0196	0.00071999	0.00239	0.33409	0.394	0.085839	0.124	0.7685	0.8	0.86968	0.884
amp_6p21.1	60 (23%)	196	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00079999	0.00259	0.00038	0.00141	0.00024	0.000972	0.00042	0.00151	0.01299	0.025	0.00068999	0.0023	0.30758	0.368	0.0151	0.0282
amp_6q25.1	75 (29%)	181	0.0054199	0.0123	9.9999e-06	6.87e-05	6.9999e-05	0.000347	0.00036	0.00135	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00141	0.00401	6.9999e-05	0.000347	0.00239	0.00623	0.0097299	0.0198
amp_7q31.2	77 (30%)	179	9.9999e-06	6.87e-05	4e-05	0.000226	0.00363	0.00878	0.00031	0.0012	9.9999e-06	6.87e-05	0.00481	0.0111	0.00113	0.00337	3e-05	0.000174	5.9999e-05	0.000319	0.00013	0.000584
amp_8p11.22	81 (32%)	175	5e-05	0.000273	0.01407	0.0267	0.18492	0.238	0.15439	0.204	0.33756	0.397	0.02813	0.048	0.32058	0.381	0.052389	0.0821	0.5232	0.58	0.093359	0.133
amp_8q24.21	83 (32%)	173	0.00122	0.00358	0.066529	0.1	0.01348	0.0257	0.02603	0.0447	0.64945	0.694	0.18354	0.237	0.51802	0.577	0.91142	0.92	0.10934	0.152	0.46515	0.523
amp_11q22.2	36 (14%)	220	0.03558	0.0584	0.01249	0.0243	0.12361	0.169	0.0268	0.0459	0.01507	0.0282	0.01811	0.0333	0.19879	0.252	0.050879	0.0802	0.60946	0.657	0.057889	0.0889
amp_12q15	94 (37%)	162	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05
amp_13q34	54 (21%)	202	9.9999e-06	6.87e-05	0.0078799	0.0168	0.85574	0.873	0.01588	0.0295	0.49832	0.556	0.060099	0.0914	0.55718	0.61	0.085479	0.124	0.80282	0.829	0.0068999	0.0152
amp_15q26.3	84 (33%)	172	9.9999e-06	6.87e-05	0.13882	0.185	0.76387	0.798	0.46608	0.523	0.67089	0.712	0.10327	0.144	1	1	0.41238	0.47	0.94502	0.95	0.69716	0.737
amp_17p12	102 (40%)	154	9.9999e-06	6.87e-05	2e-05	0.000122	0.13553	0.181	0.0093999	0.0193	0.063589	0.0965	0.00453	0.0106	0.23265	0.288	0.0012	0.00354	0.058629	0.0898	0.0070799	0.0156
amp_17p11.2	104 (41%)	152	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.02938	0.0496	0.00486	0.0112	0.03834	0.0625	0.02315	0.0406	0.59432	0.644	0.0092599	0.0191	0.076859	0.115	0.00434	0.0102
amp_17q24.3	79 (31%)	177	2e-05	0.000122	0.00083999	0.00267	0.0073199	0.0159	0.00132	0.00382	0.23765	0.292	0.00375	0.00903	0.056359	0.0869	0.053359	0.0833	0.099919	0.14	0.2209	0.275
amp_19p13.2	107 (42%)	149	9.9999e-06	6.87e-05	0.0076399	0.0164	0.39002	0.45	0.00047	0.00166	0.13219	0.178	0.03427	0.0565	0.84177	0.861	0.15471	0.204	0.93018	0.937	0.091419	0.13
amp_19q12	93 (36%)	163	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-05	0.000458	0.11775	0.162	0.00022	0.000913	0.03139	0.0526	0.01884	0.0344	0.60916	0.657	0.051019	0.0802	0.7997	0.829	0.0092399	0.0191
amp_20q13.33	98 (38%)	158	9.9999e-06	6.87e-05	5.9999e-05	0.000319	0.00034	0.00129	6.9999e-05	0.000347	0.00096999	0.00303	0.00322	0.00802	0.01071	0.0214	0.0057699	0.013	0.02274	0.0401	0.00479	0.0111
amp_21q21.1	73 (29%)	183	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-05	0.000458	0.079629	0.118	0.18739	0.24	0.074359	0.111	0.39578	0.456	0.54901	0.603	0.084239	0.123	0.47669	0.534	0.22047	0.275
amp_xp21.2	97 (38%)	159	9.9999e-06	6.87e-05	0.00017	0.000738	0.73869	0.774	0.060059	0.0914	0.40051	0.46	0.075669	0.113	0.86054	0.876	0.02195	0.0392	0.42052	0.479	0.0080799	0.0171
amp_xq21.1	46 (18%)	210	9.9999e-06	6.87e-05	0.00112	0.00336	0.0109	0.0216	0.2334	0.288	0.04183	0.068	0.00397	0.00953	0.11486	0.159	0.29835	0.359	0.53564	0.59	0.46608	0.523
del_1p36.32	69 (27%)	187	0.12316	0.168	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00104	0.00318
del_1q44	80 (31%)	176	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.01448	0.0271	0.00021	0.000883	0.00035	0.00132	7.9999e-05	0.000383	0.0257	0.0443	0.00081999	0.00264	0.099059	0.139	0.00128	0.00372
del_2p25.3	94 (37%)	162	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.02833	0.0481	0.0043	0.0101	9.9999e-06	6.87e-05	0.00099999	0.00311	0.00061999	0.00211	0.00026	0.00105	0.00031	0.0012	0.00074999	0.00245
del_2q37.3	108 (42%)	148	9.9999e-06	6.87e-05	0.00107	0.00322	0.1455	0.193	0.04903	0.0785	0.02084	0.0373	0.00107	0.00322	0.16279	0.214	0.02416	0.0423	0.084349	0.123	0.02837	0.0481
del_2q37.3	110 (43%)	146	9.9999e-06	6.87e-05	0.00042	0.00151	0.38404	0.445	0.0054699	0.0124	0.0134	0.0257	0.00164	0.00453	0.56534	0.618	0.064469	0.0974	0.59371	0.644	0.10499	0.146
del_3p21.31	65 (25%)	191	0.02011	0.0362	9.9999e-06	6.87e-05	0.01346	0.0257	7.9999e-05	0.000383	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00041	0.00149	0.00062999	0.00213	0.0015	0.00421	9.9999e-06	6.87e-05
del_3q13.31	51 (20%)	205	0.00011	0.000501	0.00427	0.0101	0.14074	0.187	0.01077	0.0214	0.0051099	0.0117	0.0099599	0.0202	0.01015	0.0204	0.0088699	0.0185	0.01768	0.0326	0.0297	0.0499
del_3q29	54 (21%)	202	0.00028	0.00111	0.0051899	0.0118	0.79079	0.821	0.83781	0.859	0.34299	0.402	0.18558	0.238	0.29195	0.352	0.02222	0.0394	0.30907	0.369	0.083539	0.123
del_4q35.1	94 (37%)	162	9.9999e-06	6.87e-05	0.00138	0.00394	0.23185	0.287	0.0106	0.0212	0.0076199	0.0164	0.050489	0.0799	0.80886	0.834	0.30071	0.362	0.94581	0.95	0.33563	0.396
del_5p15.33	33 (13%)	223	0.03352	0.0554	0.02889	0.0489	0.01647	0.0304	0.00102	0.00315	0.01149	0.0226	0.00289	0.00731	0.19458	0.247	0.054379	0.0846	0.02432	0.0425	0.091819	0.131
del_6p25.3	81 (32%)	175	0.072579	0.109	0.00198	0.00531	0.0012	0.00354	0.096029	0.135	5e-04	0.00176	0.00222	0.00586	0.0144	0.0271	0.01896	0.0345	0.054949	0.0851	0.2348	0.289
del_6q14.1	78 (30%)	178	2e-05	0.000122	0.00327	0.00808	0.01117	0.0221	0.01254	0.0243	0.30204	0.362	0.21742	0.272	0.59042	0.642	0.83546	0.858	0.056079	0.0867	0.97092	0.974
del_7q36.3	71 (28%)	185	9.9999e-06	6.87e-05	0.02567	0.0443	0.40105	0.46	0.064059	0.097	0.096959	0.136	0.19901	0.252	0.1327	0.178	0.03473	0.0572	0.11976	0.164	0.55448	0.608
del_8p23.3	81 (32%)	175	9.9999e-06	6.87e-05	2e-05	0.000122	0.0015	0.00421	8.9999e-05	0.000418	6.9999e-05	0.000347	0.00095999	0.00302	0.00227	0.00597	0.00082999	0.00265	0.0096499	0.0197	0.00077999	0.00254
del_9p24.3	100 (39%)	156	9.9999e-06	6.87e-05	0.71372	0.751	0.0228	0.0401	0.089899	0.128	0.16846	0.219	0.35988	0.419	0.11932	0.164	0.27596	0.335	0.084609	0.123	0.87379	0.887
del_9p21.3	114 (45%)	142	9.9999e-06	6.87e-05	0.089149	0.128	0.00135	0.00387	0.00064999	0.00219	0.00415	0.00989	0.00255	0.00657	0.03168	0.0529	0.084829	0.123	6.9999e-05	0.000347	0.00335	0.00822
del_9q34.3	61 (24%)	195	9.9999e-06	6.87e-05	0.00118	0.00351	0.0443	0.0718	0.11063	0.153	0.04982	0.079	0.12574	0.171	0.00152	0.00423	0.00037	0.00138	0.11918	0.164	0.03665	0.06
del_10p15.3	128 (50%)	128	0.0085399	0.0178	0.00184	0.00504	0.087599	0.126	0.00093999	0.00297	0.28994	0.35	0.00332	0.00818	0.22931	0.285	0.066139	0.0997	0.71337	0.751	0.64916	0.694
del_10q23.31	138 (54%)	118	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	2e-05	0.000122	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	5e-05	0.000273	0.00050999	0.00177	3e-04	0.00117
del_10q26.3	132 (52%)	124	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	8.9999e-05	0.000418	8.9999e-05	0.000418	6.9999e-05	0.000347	0.00029	0.00114
del_11p15.5	110 (43%)	146	9.9999e-06	6.87e-05	0.00041	0.00149	0.74974	0.784	0.0060199	0.0134	0.44423	0.502	0.28783	0.349	0.57532	0.628	0.84863	0.867	0.81184	0.836	0.64222	0.689
del_11q24.2	123 (48%)	133	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.01978	0.0358	0.00017	0.000738	0.00161	0.00446	0.00193	0.0052	0.053389	0.0833	0.01981	0.0358	0.33795	0.397	0.01627	0.0302
del_12p13.1	87 (34%)	169	4e-05	0.000226	0.00152	0.00423	0.35895	0.419	0.21203	0.267	0.0072199	0.0158	0.0094699	0.0194	0.15253	0.202	0.054879	0.0851	0.25597	0.313	0.32117	0.381
del_12q12	56 (22%)	200	9.9999e-06	6.87e-05	0.00252	0.00652	0.16549	0.215	0.44675	0.504	0.04976	0.079	0.02229	0.0394	0.04807	0.0774	0.40983	0.468	0.13031	0.176	0.32998	0.391
del_12q24.33	69 (27%)	187	9.9999e-06	6.87e-05	0.01253	0.0243	0.70633	0.746	0.21275	0.267	0.61065	0.657	0.01257	0.0243	0.52327	0.58	0.12506	0.17	0.12923	0.175	0.40015	0.46
del_13q14.2	180 (70%)	76	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00074999	0.00245	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00029	0.00114	0.00019	0.000814
del_14q24.1	80 (31%)	176	0.02547	0.0441	0.01385	0.0263	0.4083	0.467	0.6414	0.689	0.20649	0.261	9.9999e-06	6.87e-05	0.0461	0.0746	0.02009	0.0362	0.18989	0.241	0.02779	0.0475
del_16q11.2	130 (51%)	126	6.9999e-05	0.000347	6.9999e-05	0.000347	0.0066899	0.0148	0.00275	0.00701	0.00043	0.00153	6.9999e-05	0.000347	0.00235	0.00615	0.0077399	0.0166	9.9999e-06	6.87e-05	3e-05	0.000174
del_16q23.1	134 (52%)	122	9.9999e-06	6.87e-05	0.00051999	0.0018	0.00186	0.00505	0.16503	0.215	0.00102	0.00315	0.00039	0.00144	0.00352	0.00857	0.01032	0.0207	2e-05	0.000122	7.9999e-05	0.000383
del_17p13.1	129 (50%)	127	0.00023	0.000949	2e-05	0.000122	0.0071499	0.0157	0.00059999	0.00205	3e-05	0.000174	5e-05	0.000273	0.00016	0.000714	0.00059999	0.00205	2e-05	0.000122	0.00041	0.00149
del_17q11.2	81 (32%)	175	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00033	0.00126	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	7.9999e-05	0.000383	0.00433	0.0102	0.0074499	0.0161	0.01256	0.0243	0.0252	0.0438
del_17q25.3	67 (26%)	189	2e-05	0.000122	0.0027	0.00691	0.43558	0.494	0.2104	0.265	0.13216	0.178	0.35035	0.409	0.72062	0.756	0.13444	0.18	0.23911	0.293	0.17874	0.232
del_18q23	86 (34%)	170	0.00104	0.00318	2e-05	0.000122	0.00028	0.00111	0.00033	0.00126	0.0066299	0.0147	0.00183	0.00503	0.01412	0.0267	0.10435	0.145	0.087109	0.126	0.00017	0.000738
del_19p13.3	70 (27%)	186	0.00019	0.000814	0.00257	0.0066	0.30942	0.369	0.081989	0.121	0.0089099	0.0185	0.0021	0.00561	0.0116	0.0228	0.00341	0.00834	0.00133	0.00383	0.01442	0.0271
del_19q13.43	106 (41%)	150	0.013	0.025	0.00127	0.00371	0.16511	0.215	0.38801	0.449	0.17943	0.232	0.42768	0.486	0.60151	0.651	0.089869	0.128	0.53228	0.587	0.00489	0.0112
del_21q11.2	51 (20%)	205	0.058879	0.09	0.081739	0.121	0.13421	0.18	0.04756	0.0767	0.18773	0.24	0.21499	0.269	0.00283	0.00718	0.18671	0.239	0.087119	0.126	0.33062	0.391
del_21q22.3	66 (26%)	190	0.00024	0.000972	0.0074099	0.0161	0.18039	0.233	0.0084399	0.0178	0.082129	0.121	0.23035	0.286	0.38847	0.449	0.26298	0.321	0.49116	0.549	0.52911	0.585
del_22q13.32	83 (32%)	173	9.9999e-06	6.87e-05	0.093759	0.133	0.8996	0.909	0.04913	0.0785	0.64803	0.694	0.050939	0.0802	0.34517	0.404	0.5245	0.581	0.89432	0.905	0.65116	0.694
del_xp21.1	55 (21%)	201	0.88502	0.897	0.00245	0.00637	0.057319	0.0882	0.15962	0.21	0.0080399	0.0171	0.02082	0.0373	0.01852	0.034	0.03219	0.0535	0.36095	0.419	0.04823	0.0774
del_xq21.1	114 (45%)	142	0.00050999	0.00177	0.00024	0.000972	3e-05	0.000174	0.0055799	0.0126	4e-05	0.000226	2e-04	0.000852	7.9999e-05	0.000383	0.00074999	0.00245	0.03834	0.0625	0.03176	0.0529
del_xq22.3	123 (48%)	133	9.9999e-06	6.87e-05	9.9999e-06	6.87e-05	0.00143	0.00405	0.00324	0.00804	9.9999e-06	6.87e-05	5.9999e-05	0.000319	0.00021	0.000883	0.00082999	0.00265	0.02227	0.0394	0.04982	0.079
