		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	37 (25%)	113	0.00245	0.0104	0.00045	0.00271	0.00289	0.0118	0.01479	0.0385	0.00044	0.00269	0.00248	0.0105	9.9999e-05	0.000813	0.00017	0.00126	9.9999e-06	0.000128	0.00065999	0.00376
1q gain	61 (41%)	89	0.44235	0.526	0.66257	0.731	0.069899	0.125	0.54979	0.632	0.82593	0.867	0.059959	0.112	0.03773	0.0792	0.63591	0.711	0.24421	0.33	0.053879	0.105
2p gain	46 (31%)	104	0.01387	0.0368	0.0089799	0.0266	0.02327	0.0541	0.055219	0.106	0.01663	0.0417	0.16743	0.246	0.060629	0.112	0.02467	0.0567	0.03127	0.0689	0.064289	0.118
2q gain	42 (28%)	108	0.11663	0.185	0.03424	0.0732	0.91101	0.935	0.31416	0.407	0.27778	0.366	0.74803	0.799	0.48826	0.571	0.40198	0.484	0.34848	0.436	0.41437	0.496
3p gain	27 (18%)	123	0.02187	0.0519	0.39277	0.476	0.00156	0.00755	0.01609	0.0408	0.0075799	0.0235	0.0069999	0.0224	0.084119	0.143	0.01261	0.0343	0.01489	0.0387	0.01106	0.0315
3q gain	36 (24%)	114	0.0068799	0.0222	0.17742	0.257	0.0051099	0.0177	0.0052799	0.0181	0.032	0.0696	0.03233	0.0699	0.079189	0.137	0.02141	0.0511	0.03907	0.0817	0.076419	0.134
4p gain	3 (2%)	147	0.63706	0.711	0.19817	0.281	0.8532	0.889	1	1	1	1	0.68152	0.743	0.49136	0.574	1	1	1	1	0.89308	0.922
5p gain	6 (4%)	144	0.67445	0.739	0.02627	0.0594	0.0079899	0.0246	0.22072	0.305	0.01127	0.0318	0.0080299	0.0246	0.00456	0.0161	0.0065899	0.0215	0.004	0.0146	0.0061499	0.0204
5q gain	3 (2%)	147	0.77789	0.825	0.058889	0.11	NA	NA	NA	NA	0.03608	0.0765	0.04168	0.0864	0.11255	0.181	0.01556	0.0398	0.01257	0.0343	0.03991	0.083
6p gain	28 (19%)	122	0.00042	0.00263	0.75364	0.802	0.31901	0.411	0.03762	0.0792	0.013	0.0349	0.00095999	0.00515	0.01787	0.0444	0.0064799	0.0212	0.054859	0.105	0.01968	0.0479
6q gain	23 (15%)	127	0.0223	0.0527	0.88253	0.914	0.61251	0.688	0.19206	0.275	0.01427	0.0376	0.00023	0.00162	0.01218	0.0336	0.00466	0.0163	0.04975	0.0987	0.03076	0.0682
7p gain	121 (81%)	29	0.00453	0.0161	0.056539	0.108	0.02306	0.0538	0.02035	0.0491	0.004	0.0146	0.0086599	0.0258	0.0081799	0.0249	0.0074799	0.0233	0.0068799	0.0222	0.02265	0.0533
7q gain	105 (70%)	45	0.54757	0.63	0.068889	0.124	0.073899	0.13	0.45132	0.536	0.00453	0.0161	0.01164	0.0326	0.00295	0.0119	0.0025	0.0105	0.00233	0.01	0.00365	0.0138
8p gain	110 (73%)	40	0.064769	0.119	0.0061799	0.0204	0.00026	0.0018	3e-04	0.00206	4e-05	0.000375	0.00019	0.00139	8.9999e-05	0.000748	3e-05	3e-04	5.9999e-05	0.000535	7.9999e-05	0.000688
8q gain	111 (74%)	39	0.02077	0.0499	0.00331	0.0128	0.00457	0.0161	0.00361	0.0137	8.9999e-05	0.000748	0.00034	0.00227	0.00013	0.00101	0.00011	0.000885	0.00031	0.0021	0.00022	0.00157
9p gain	16 (11%)	134	0.23205	0.319	0.33437	0.424	0.46816	0.553	0.64071	0.714	0.15926	0.236	0.29724	0.389	0.22018	0.305	0.14022	0.214	0.17514	0.255	0.33237	0.423
9q gain	17 (11%)	133	0.15394	0.23	0.49469	0.576	0.56602	0.646	0.46766	0.553	1	1	0.077079	0.134	0.44162	0.526	0.89607	0.924	0.54126	0.626	0.38169	0.468
10p gain	6 (4%)	144	0.58226	0.662	0.095149	0.158	0.3224	0.413	0.82944	0.869	0.3216	0.412	0.34614	0.435	0.15039	0.226	0.32484	0.415	0.36784	0.454	0.058549	0.11
10q gain	8 (5%)	142	0.59764	0.674	0.38674	0.471	0.23777	0.323	0.17543	0.255	0.36731	0.454	0.22595	0.311	0.055429	0.106	0.4072	0.488	0.5182	0.602	0.1419	0.216
11p gain	10 (7%)	140	0.27414	0.364	0.18479	0.266	0.11011	0.178	0.13332	0.205	0.16229	0.24	0.052709	0.104	0.20083	0.283	0.19877	0.282	0.20427	0.286	0.35556	0.444
11q gain	4 (3%)	146	0.38557	0.47	0.15221	0.228	0.01639	0.0413	0.15288	0.229	0.077389	0.134	0.01246	0.0341	0.379	0.466	0.10752	0.175	0.10568	0.173	0.33657	0.426
12p gain	146 (97%)	4	0.19309	0.276	0.38781	0.471	0.64739	0.72	0.53899	0.624	0.80999	0.853	0.37029	0.457	0.31335	0.407	0.5839	0.663	0.69041	0.747	0.085849	0.144
12q gain	100 (67%)	50	0.565	0.646	0.84227	0.88	0.25058	0.337	0.65	0.72	0.20435	0.286	0.33921	0.428	0.04882	0.0976	0.17348	0.253	0.076689	0.134	0.0071999	0.0228
14q gain	51 (34%)	99	0.25241	0.339	0.2369	0.323	0.75048	0.8	0.48393	0.568	0.58781	0.665	0.39954	0.482	0.82188	0.864	0.30895	0.402	0.20296	0.286	0.47904	0.565
15q gain	51 (34%)	99	0.050529	0.0997	0.00207	0.00928	0.00012	0.000955	0.00078999	0.0044	9.9999e-06	0.000128	2e-05	0.000211	7.9999e-05	0.000688	9.9999e-06	0.000128	4e-05	0.000375	2e-05	0.000211
16p gain	16 (11%)	134	0.01209	0.0335	0.079769	0.137	0.052949	0.104	0.00354	0.0136	0.00379	0.0141	0.01891	0.0466	0.00219	0.00976	0.0062699	0.0206	0.00262	0.0109	0.02036	0.0491
16q gain	14 (9%)	136	0.0074699	0.0233	0.14022	0.214	0.067279	0.122	0.0086199	0.0258	0.0095899	0.0283	0.04917	0.0981	0.01361	0.0362	0.01294	0.0349	0.0086599	0.0258	0.054269	0.105
17p gain	40 (27%)	110	9.9999e-06	0.000128	2e-05	0.000211	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128
17q gain	51 (34%)	99	0.00016	0.00122	5e-05	0.000451	4e-05	0.000375	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128
18p gain	4 (3%)	146	0.68526	0.745	0.070169	0.125	0.64999	0.72	1	1	0.37838	0.466	0.78207	0.827	0.68202	0.743	0.48306	0.568	0.57267	0.652	0.68383	0.744
19p gain	36 (24%)	114	0.0105	0.0305	0.00015	0.00116	0.00264	0.0109	0.00206	0.00928	8.9999e-05	0.000748	0.00084999	0.00466	0.04348	0.0889	7.9999e-05	0.000688	0.00050999	0.00302	4e-05	0.000375
19q gain	29 (19%)	121	0.01629	0.0411	0.00013	0.00101	0.00224	0.00981	0.00191	0.00878	2e-05	0.000211	0.00062999	0.00364	0.14617	0.221	3e-05	3e-04	0.00041	0.00259	9.9999e-06	0.000128
20p gain	34 (23%)	116	0.0051699	0.0178	0.11345	0.182	0.23621	0.323	0.19783	0.281	0.04186	0.0865	0.28463	0.375	0.14488	0.22	0.14748	0.222	0.061459	0.114	0.063079	0.116
20q gain	40 (27%)	110	0.0071499	0.0227	0.0059699	0.0201	0.058189	0.11	0.054289	0.105	0.0069499	0.0224	0.054179	0.105	0.04605	0.0929	0.01189	0.0332	0.01539	0.0397	0.01434	0.0376
21q gain	125 (83%)	25	0.40356	0.485	0.27609	0.365	0.02929	0.0657	0.35421	0.443	0.082729	0.141	0.23768	0.323	0.21906	0.304	0.091159	0.152	0.12836	0.199	0.13093	0.202
22q gain	38 (25%)	112	2e-05	0.000211	0.00121	0.00631	0.00125	0.00634	0.00032	0.00215	3e-05	3e-04	9.9999e-06	0.000128	0.056259	0.107	2e-05	0.000211	5e-05	0.000451	9.9999e-06	0.000128
xp gain	22 (15%)	128	4e-04	0.00255	0.01936	0.0475	0.03164	0.0695	0.01299	0.0349	0.00057999	0.00338	0.00303	0.012	0.00079999	0.00442	0.00021	0.00152	0.00174	0.0082	0.00399	0.0146
xq gain	22 (15%)	128	0.00189	0.00874	0.01823	0.0451	0.04313	0.0886	0.01955	0.0477	0.00074999	0.0042	0.00377	0.0141	0.00257	0.0107	0.00035	0.00229	0.00139	0.00695	0.00457	0.0161
1p loss	18 (12%)	132	0.12209	0.191	0.57062	0.651	0.39019	0.473	0.38311	0.469	0.64797	0.72	0.88451	0.914	0.02281	0.0534	0.35683	0.444	0.13072	0.202	0.3674	0.454
1q loss	8 (5%)	142	0.3445	0.434	0.24599	0.332	0.5999	0.676	0.68875	0.747	0.29001	0.381	0.21589	0.301	0.38547	0.47	0.32905	0.42	0.15829	0.236	0.59769	0.674
2p loss	5 (3%)	145	0.86222	0.897	0.37944	0.466	NA	NA	NA	NA	1	1	1	1	0.73842	0.793	1	1	1	1	0.8102	0.853
2q loss	6 (4%)	144	0.44191	0.526	0.67671	0.741	0.71845	0.773	0.60134	0.676	0.55503	0.637	0.8994	0.926	0.66615	0.732	0.65862	0.727	0.56379	0.646	1	1
3p loss	30 (20%)	120	0.93323	0.956	0.03015	0.0671	0.00297	0.0119	0.31876	0.411	0.00145	0.0072	0.00317	0.0124	0.00108	0.00575	0.00064999	0.00373	0.00293	0.0118	0.00153	0.0075
3q loss	22 (15%)	128	0.74232	0.795	0.74081	0.794	0.12687	0.198	0.1243	0.194	0.085619	0.144	0.057219	0.108	0.071299	0.127	0.072239	0.128	0.04757	0.0957	0.12729	0.198
4p loss	92 (61%)	58	0.62898	0.705	0.04494	0.0914	0.84979	0.887	0.66608	0.732	0.03198	0.0696	0.1651	0.243	0.10296	0.169	0.079639	0.137	0.11504	0.183	0.33355	0.423
4q loss	108 (72%)	42	0.067409	0.122	0.01056	0.0305	0.68044	0.743	0.63677	0.711	0.01064	0.0306	0.01225	0.0337	0.01589	0.0405	0.0050399	0.0175	0.03357	0.072	0.02573	0.0587
5p loss	103 (69%)	47	0.11416	0.182	0.21245	0.297	0.10817	0.176	0.54209	0.626	0.11643	0.185	0.13331	0.205	0.48694	0.57	0.082459	0.141	0.11232	0.181	0.10919	0.177
5q loss	101 (67%)	49	0.056889	0.108	0.060589	0.112	0.04323	0.0886	0.31511	0.408	0.01324	0.0354	0.00317	0.0124	0.30802	0.402	0.01022	0.0298	0.01995	0.0484	0.0073699	0.0231
6p loss	13 (9%)	137	0.26425	0.354	0.03688	0.078	0.053399	0.104	0.094199	0.157	0.15905	0.236	0.01504	0.0389	0.26996	0.359	0.11399	0.182	0.18508	0.266	0.32035	0.412
6q loss	16 (11%)	134	0.11926	0.189	0.0098999	0.0291	0.03481	0.0742	0.073169	0.129	0.04508	0.0914	0.00124	0.00633	0.1086	0.176	0.02755	0.0622	0.03522	0.0749	0.099839	0.164
8p loss	12 (8%)	138	0.35611	0.444	0.04947	0.0984	0.01004	0.0294	0.0073199	0.023	0.01077	0.0308	0.04782	0.0959	0.0080499	0.0246	0.00188	0.00874	0.0070799	0.0226	0.02268	0.0533
8q loss	5 (3%)	145	0.19079	0.274	0.02427	0.0559	0.02386	0.0552	0.01447	0.0378	0.00233	0.01	0.01201	0.0334	0.00124	0.00633	0.0023	0.01	0.00266	0.0109	0.00346	0.0133
9p loss	63 (42%)	87	0.03239	0.0699	1	1	0.34678	0.435	0.39529	0.478	0.86862	0.903	0.43706	0.522	0.78114	0.827	0.76929	0.817	0.91026	0.935	0.80015	0.845
9q loss	58 (39%)	92	0.00035	0.00229	0.33833	0.427	0.066259	0.121	0.24054	0.327	0.30943	0.402	0.01763	0.0439	0.65618	0.726	0.39687	0.479	0.3666	0.454	0.5211	0.604
10p loss	77 (51%)	73	0.02147	0.0511	0.00044	0.00269	0.0060299	0.0202	0.01289	0.0349	0.00026	0.0018	0.0055299	0.0189	0.03777	0.0792	0.00087999	0.00479	0.00222	0.00978	0.0013	0.00654
10q loss	72 (48%)	78	0.0088799	0.0264	2e-05	0.000211	0.084649	0.143	0.1045	0.171	0.00017	0.00126	0.00222	0.00978	0.03199	0.0696	0.00054999	0.00323	0.00154	0.0075	0.00152	0.0075
11p loss	98 (65%)	52	0.0086199	0.0258	0.18174	0.263	0.22404	0.309	0.21698	0.302	0.00047	0.0028	0.00045	0.00271	0.00109	0.00576	4e-04	0.00255	0.00166	0.00793	0.00124	0.00633
11q loss	115 (77%)	35	9.9999e-06	0.000128	0.12192	0.191	0.069369	0.124	0.071199	0.127	9.9999e-05	0.000813	2e-05	0.000211	0.00043	0.00267	5e-05	0.000451	0.00090999	0.00492	9.9999e-06	0.000128
13q loss	113 (75%)	37	0.04408	0.0899	0.2894	0.38	0.17313	0.253	0.050469	0.0997	0.03315	0.0713	0.00113	0.00593	0.04317	0.0886	0.02351	0.0545	0.099789	0.164	0.00173	0.0082
14q loss	20 (13%)	130	0.12043	0.19	0.00067999	0.00384	0.02994	0.0669	0.11768	0.186	0.00448	0.0161	2e-05	0.000211	0.0302	0.0671	0.0032	0.0125	0.00288	0.0118	0.01159	0.0326
15q loss	29 (19%)	121	0.0057999	0.0196	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128
16p loss	44 (29%)	106	0.14706	0.222	0.0061799	0.0204	0.54778	0.63	0.2969	0.389	0.079509	0.137	0.26537	0.355	0.0084299	0.0256	0.01125	0.0318	0.080079	0.137	0.20957	0.293
16q loss	51 (34%)	99	0.081539	0.139	0.066209	0.121	0.93465	0.957	0.69469	0.749	0.23058	0.317	0.48146	0.567	0.03238	0.0699	0.12181	0.191	0.33019	0.421	0.69239	0.748
17p loss	37 (25%)	113	2e-05	0.000211	0.03966	0.0827	0.01741	0.0435	0.003	0.0119	0.00436	0.0158	0.00022	0.00157	0.058579	0.11	0.00361	0.0137	0.00163	0.00783	3e-05	3e-04
17q loss	16 (11%)	134	0.0058099	0.0196	0.12954	0.201	0.51668	0.601	0.056959	0.108	0.01937	0.0475	0.02843	0.0639	0.069109	0.124	0.01397	0.0369	0.01077	0.0308	0.0048	0.0168
18p loss	116 (77%)	34	0.68968	0.747	0.074269	0.13	0.88305	0.914	0.69988	0.754	0.04537	0.0917	0.24163	0.327	0.087309	0.147	0.01595	0.0406	0.27556	0.365	0.13618	0.209
18q loss	122 (81%)	28	0.085789	0.144	0.31592	0.408	0.75635	0.804	0.87256	0.906	0.066639	0.121	0.12558	0.196	0.061799	0.114	0.03114	0.0688	0.20019	0.283	0.02085	0.0499
19p loss	50 (33%)	100	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128
19q loss	53 (35%)	97	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128
20p loss	30 (20%)	120	0.23589	0.323	0.18693	0.269	0.26545	0.355	0.46713	0.553	0.1966	0.28	0.17004	0.249	0.01545	0.0397	0.14764	0.222	0.080919	0.139	0.02624	0.0594
20q loss	15 (10%)	135	0.58512	0.663	0.48666	0.57	0.74453	0.796	0.83279	0.872	0.20013	0.283	0.27307	0.363	0.069279	0.124	0.14227	0.216	0.099439	0.164	0.24996	0.337
22q loss	45 (30%)	105	0.00239	0.0102	9.9999e-06	0.000128	0.00017	0.00126	2e-05	0.000211	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	4e-05	0.000375	9.9999e-06	0.000128	9.9999e-06	0.000128	2e-05	0.000211
xp loss	29 (19%)	121	0.00196	0.00895	0.00184	0.00862	0.26611	0.355	0.95838	0.98	0.16442	0.242	0.1782	0.258	0.073599	0.13	0.092589	0.154	0.052829	0.104	0.00367	0.0138
xq loss	29 (19%)	121	0.00039	0.00253	0.00198	0.00899	0.090939	0.152	0.67353	0.739	0.16142	0.239	0.095669	0.158	0.02514	0.0576	0.0258	0.0587	0.053039	0.104	0.00384	0.0142
