		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	37 (20%)	147	0.65338	0.796	0.22867	0.427	0.69499	0.822	0.19611	0.387	0.90887	0.952	0.77639	0.885	1	1	0.88333	0.936	0.45175	0.637	0.96588	0.989
1q gain	63 (34%)	121	0.062019	0.181	0.20598	0.401	0.45522	0.639	0.092569	0.233	0.82506	0.907	0.44479	0.634	0.38495	0.578	0.48797	0.664	0.5012	0.674	0.62573	0.775
2p gain	61 (33%)	123	0.01276	0.0671	0.03142	0.119	0.13516	0.289	0.089529	0.228	0.092809	0.233	0.091479	0.232	0.0368	0.131	0.33796	0.538	0.00289	0.0221	0.50606	0.678
2q gain	46 (25%)	138	0.26492	0.468	0.071029	0.198	0.082989	0.218	0.27159	0.477	0.52983	0.699	0.10398	0.249	0.48252	0.661	0.77018	0.881	0.25852	0.462	0.88714	0.939
3p gain	31 (17%)	153	0.30629	0.511	0.44392	0.634	0.74686	0.863	0.75776	0.87	0.41355	0.603	0.31141	0.514	0.77799	0.885	0.61111	0.764	0.85887	0.919	0.61595	0.769
3q gain	77 (42%)	107	9.9999e-06	0.000456	0.02042	0.0935	0.59498	0.752	0.25897	0.462	0.22937	0.427	0.082789	0.218	0.30528	0.511	0.23965	0.439	0.16451	0.338	0.40837	0.599
4p gain	19 (10%)	165	0.52852	0.699	0.85744	0.919	0.17085	0.348	0.31186	0.514	0.62322	0.774	0.68885	0.817	1	1	0.95645	0.984	0.98035	0.997	1	1
4q gain	18 (10%)	166	0.084589	0.22	0.32619	0.527	0.00487	0.0327	0.03251	0.121	0.19638	0.387	0.12352	0.274	0.31225	0.514	0.54318	0.709	0.56047	0.721	0.49124	0.666
5p gain	76 (41%)	108	3e-05	0.000683	0.02776	0.111	0.49984	0.673	0.1309	0.286	0.02331	0.1	0.01173	0.0629	0.01303	0.0676	0.03285	0.121	0.051279	0.163	0.0161	0.0791
5q gain	20 (11%)	164	0.40736	0.599	0.77949	0.885	0.49445	0.669	0.66975	0.805	0.13434	0.289	0.83808	0.911	0.69949	0.825	0.98695	1	0.75183	0.866	0.79382	0.892
6p gain	38 (21%)	146	0.24167	0.441	0.36654	0.565	0.11951	0.27	0.22602	0.426	0.48761	0.664	0.2696	0.475	0.25293	0.456	0.10451	0.249	0.11618	0.264	0.02959	0.115
6q gain	33 (18%)	151	0.23518	0.432	0.32938	0.531	0.073019	0.202	0.23511	0.432	0.60859	0.763	0.24487	0.443	0.37717	0.573	0.28489	0.488	0.14777	0.31	0.083569	0.218
7p gain	110 (60%)	74	0.34655	0.546	0.23622	0.433	0.30623	0.511	0.30118	0.509	0.052179	0.163	0.17797	0.357	0.074979	0.206	0.21029	0.408	0.55626	0.718	0.10761	0.254
7q gain	89 (48%)	95	0.66622	0.805	0.28972	0.491	0.54986	0.713	0.45143	0.637	0.80693	0.901	0.30536	0.511	0.42374	0.61	0.7462	0.863	0.83609	0.911	0.12214	0.271
8p gain	68 (37%)	116	0.31392	0.515	0.53811	0.707	1	1	0.84694	0.915	0.67034	0.805	0.060719	0.179	0.37102	0.571	0.83271	0.911	0.55523	0.718	0.74131	0.86
8q gain	101 (55%)	83	0.46618	0.65	0.28678	0.488	0.94111	0.971	0.13429	0.289	0.78493	0.887	0.4123	0.603	0.28927	0.491	0.72594	0.848	0.91269	0.953	0.97761	0.997
9p gain	16 (9%)	168	0.79776	0.895	0.48044	0.661	0.23522	0.432	0.03903	0.137	0.063719	0.184	0.4809	0.661	0.56558	0.727	0.18567	0.37	0.58707	0.746	0.46757	0.651
9q gain	33 (18%)	151	0.39549	0.586	0.25915	0.462	0.0064699	0.0402	0.63283	0.782	0.34247	0.543	0.41627	0.605	0.38509	0.578	0.02957	0.115	0.67341	0.806	0.080729	0.216
10p gain	40 (22%)	144	0.03618	0.131	0.02768	0.111	0.35429	0.555	0.45707	0.641	0.0247	0.104	0.076929	0.208	0.12086	0.27	0.21386	0.411	0.056399	0.172	0.076749	0.208
10q gain	30 (16%)	154	0.01524	0.0757	0.03163	0.119	0.82509	0.907	0.84785	0.915	0.054939	0.169	0.059189	0.178	0.079989	0.214	0.070339	0.197	0.051419	0.163	0.02177	0.0969
11p gain	39 (21%)	145	0.64447	0.791	0.91511	0.955	1	1	0.93497	0.97	0.72814	0.848	0.63011	0.779	0.34707	0.546	0.32048	0.521	0.87358	0.928	0.47908	0.661
11q gain	29 (16%)	155	0.28666	0.488	0.31258	0.514	0.84472	0.915	0.74953	0.864	0.088299	0.226	0.10283	0.247	0.04811	0.158	0.17742	0.357	0.081539	0.217	0.077499	0.209
12p gain	58 (32%)	126	0.02369	0.101	0.00411	0.0293	0.31987	0.521	0.055119	0.169	0.00391	0.0284	0.00262	0.0215	0.0057099	0.0364	0.00312	0.0235	0.00284	0.0221	0.0093099	0.0523
12q gain	38 (21%)	146	0.1732	0.351	0.32458	0.526	0.9797	0.997	0.47893	0.661	0.39816	0.587	0.62548	0.775	0.38991	0.58	0.45209	0.637	0.26444	0.468	0.25909	0.462
13q gain	43 (23%)	141	0.00237	0.02	9.9999e-06	0.000456	0.2208	0.422	0.11044	0.258	5e-05	0.00102	2e-05	0.000586	9.9999e-06	0.000456	3e-05	0.000683	0.00014	0.0023	9.9999e-06	0.000456
14q gain	48 (26%)	136	0.03517	0.128	0.083489	0.218	0.02806	0.111	0.22826	0.427	0.051509	0.163	0.02198	0.0969	0.03816	0.135	0.03635	0.131	0.13817	0.294	0.053319	0.166
15q gain	30 (16%)	154	0.38647	0.578	0.27756	0.483	0.53039	0.699	0.22777	0.427	0.36087	0.562	0.050509	0.163	0.45259	0.637	0.37225	0.572	0.31785	0.52	0.36221	0.562
16p gain	41 (22%)	143	0.00415	0.0293	0.096269	0.237	0.13478	0.289	0.14473	0.305	0.01986	0.092	0.00359	0.0265	0.02552	0.107	0.0362	0.131	0.083309	0.218	0.058629	0.177
16q gain	38 (21%)	146	0.00073999	0.00798	0.02801	0.111	0.083569	0.218	0.01707	0.0819	0.00315	0.0235	0.01339	0.0691	0.01211	0.0645	0.0067399	0.0414	0.00287	0.0221	0.0067799	0.0414
17p gain	33 (18%)	151	0.052169	0.163	0.03018	0.116	0.84822	0.915	0.41476	0.604	0.04634	0.153	0.051639	0.163	0.3666	0.565	0.45292	0.637	0.54138	0.708	0.55395	0.718
17q gain	45 (24%)	139	0.14122	0.298	0.21082	0.408	0.964	0.988	0.61679	0.769	0.52079	0.694	0.060219	0.179	0.8572	0.919	0.93646	0.97	0.99205	1	0.63404	0.782
18p gain	50 (27%)	134	0.061449	0.181	0.37533	0.573	0.41958	0.606	0.66996	0.805	0.3361	0.536	0.33107	0.532	0.02253	0.0988	0.87081	0.926	0.93656	0.97	0.8126	0.905
18q gain	26 (14%)	158	0.73988	0.859	0.81486	0.905	0.68694	0.816	0.44621	0.634	0.52394	0.696	0.90968	0.952	0.3957	0.586	0.30638	0.511	0.3839	0.578	0.22615	0.426
19p gain	28 (15%)	156	0.4281	0.613	0.28309	0.487	0.48626	0.664	0.20396	0.399	1	1	0.72982	0.849	0.38354	0.578	0.90604	0.952	0.54068	0.708	0.49612	0.669
19q gain	38 (21%)	146	0.098919	0.241	0.14078	0.298	0.33503	0.536	0.01677	0.0809	0.48864	0.664	0.15633	0.323	0.04412	0.149	0.35518	0.556	0.40008	0.589	0.11123	0.258
20p gain	108 (59%)	76	0.0050699	0.0338	0.057359	0.174	0.34419	0.544	0.14984	0.313	0.25046	0.452	0.22363	0.425	0.10085	0.243	0.26096	0.464	0.38831	0.58	0.058069	0.176
20q gain	115 (62%)	69	7.9999e-05	0.00146	0.00027	0.00388	0.072429	0.201	0.054719	0.169	0.0057299	0.0364	0.00269	0.0217	0.00039	0.00508	0.00063999	0.00739	0.0063299	0.0396	5e-05	0.00102
21q gain	18 (10%)	166	1	1	0.5693	0.729	0.2311	0.428	0.61	0.764	0.54405	0.709	0.41845	0.605	0.20936	0.407	0.42479	0.61	0.38614	0.578	0.22598	0.426
22q gain	31 (17%)	153	2e-05	0.000586	9.9999e-06	0.000456	0.00398	0.0286	0.00051999	0.00609	2e-05	0.000586	2e-05	0.000586	2e-05	0.000586	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456	3e-05	0.000683
xp gain	23 (12%)	161	0.45249	0.637	0.30482	0.511	0.16621	0.34	0.19232	0.382	0.42705	0.612	0.72527	0.848	0.38358	0.578	0.1293	0.284	0.20246	0.397	0.15056	0.313
xq gain	38 (21%)	146	0.04496	0.15	0.02961	0.115	0.04509	0.15	0.17606	0.355	0.095749	0.236	0.053129	0.166	0.01097	0.06	0.02688	0.11	0.055539	0.17	0.069589	0.195
1p loss	38 (21%)	146	0.0092299	0.0523	0.0232	0.1	0.98974	1	0.87818	0.932	0.01454	0.0727	0.03853	0.136	0.02031	0.0935	0.03145	0.119	0.01004	0.0556	0.04496	0.15
1q loss	22 (12%)	162	0.04002	0.14	0.23115	0.428	0.13667	0.292	0.58665	0.746	0.1306	0.286	0.051799	0.163	0.074349	0.205	0.12102	0.27	0.02418	0.103	0.12486	0.276
2p loss	11 (6%)	173	0.85422	0.919	0.13275	0.289	0.097139	0.238	0.01876	0.0879	0.48173	0.661	0.31049	0.514	0.37639	0.573	0.00182	0.017	0.83486	0.911	0.37379	0.572
2q loss	18 (10%)	166	0.3585	0.56	0.03248	0.121	0.84723	0.915	0.41797	0.605	0.11926	0.27	0.03222	0.121	0.064669	0.185	0.0068299	0.0414	0.28175	0.486	0.086379	0.223
3p loss	93 (51%)	91	3e-05	0.000683	6.9999e-05	0.00137	0.10721	0.254	0.085859	0.222	3e-05	0.000683	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456	2e-05	0.000586	0.00125	0.0123	9.9999e-06	0.000456
3q loss	33 (18%)	151	0.85917	0.919	0.67118	0.805	0.1042	0.249	0.66133	0.801	0.69159	0.82	0.59879	0.754	0.65347	0.796	0.91024	0.952	0.66121	0.801	0.89044	0.94
4p loss	105 (57%)	79	0.00073999	0.00798	0.077559	0.209	0.242	0.441	0.94063	0.971	0.10886	0.256	0.21223	0.409	0.0181	0.0863	0.28632	0.488	0.18633	0.371	0.41139	0.602
4q loss	87 (47%)	97	0.00042	0.0053	0.04557	0.151	0.12623	0.278	0.82527	0.907	0.04484	0.15	0.094699	0.236	0.04026	0.14	0.22165	0.423	0.12216	0.271	0.088289	0.226
5p loss	46 (25%)	138	0.00017	0.00268	3e-05	0.000683	0.38979	0.58	0.052139	0.163	7.9999e-05	0.00146	6.9999e-05	0.00137	7.9999e-05	0.00146	2e-05	0.000586	2e-04	0.00309	9.9999e-06	0.000456
5q loss	86 (47%)	98	0.01856	0.0875	0.0092599	0.0523	0.24458	0.443	0.13448	0.289	0.20092	0.395	0.11032	0.258	0.0208	0.0948	0.11079	0.258	0.21212	0.409	0.091839	0.232
6p loss	39 (21%)	145	0.34312	0.543	0.62241	0.774	0.54482	0.709	0.83474	0.911	0.39782	0.587	0.70436	0.83	0.37308	0.572	0.36176	0.562	0.86177	0.92	0.46345	0.647
6q loss	39 (21%)	145	0.3321	0.533	0.65993	0.801	0.28195	0.486	0.59603	0.752	0.81415	0.905	0.87076	0.926	0.48994	0.665	0.68299	0.815	0.83063	0.911	0.27319	0.478
7p loss	13 (7%)	171	0.81739	0.906	0.55673	0.718	0.8466	0.915	0.11504	0.263	0.27023	0.476	0.6425	0.79	0.57885	0.74	0.58186	0.742	0.30328	0.511	0.64734	0.792
7q loss	22 (12%)	162	0.17329	0.351	0.33558	0.536	0.83698	0.911	0.28581	0.488	0.76104	0.873	0.54151	0.708	0.5897	0.749	0.85445	0.919	0.22521	0.426	0.80635	0.901
8p loss	63 (34%)	121	0.00433	0.0303	0.46229	0.647	0.65473	0.797	0.92122	0.957	0.83674	0.911	0.50401	0.676	0.30924	0.513	0.5926	0.751	0.38533	0.578	0.30805	0.512
8q loss	23 (12%)	161	0.77943	0.885	1	1	0.92119	0.957	0.95146	0.98	0.96359	0.988	0.13125	0.286	0.82339	0.907	0.25806	0.462	0.71578	0.839	1	1
9p loss	101 (55%)	83	0.088969	0.227	0.11548	0.263	0.71281	0.837	0.69535	0.822	0.10875	0.256	0.17191	0.35	0.52921	0.699	0.56655	0.727	0.78366	0.886	0.53767	0.707
9q loss	65 (35%)	119	0.064289	0.185	0.18065	0.361	0.36589	0.565	0.34177	0.543	0.54525	0.709	0.52316	0.696	0.64685	0.792	0.23124	0.428	0.067899	0.193	0.79427	0.892
10p loss	50 (27%)	134	0.00188	0.0171	0.0045	0.0307	0.15353	0.318	0.47912	0.661	0.02339	0.1	0.01444	0.0727	0.00237	0.02	0.0083199	0.0485	0.01363	0.0699	0.00237	0.02
10q loss	49 (27%)	135	0.00012	0.00205	0.00086999	0.00926	0.78041	0.885	0.15868	0.327	0.0083399	0.0485	0.00194	0.0175	0.0016	0.0153	0.00233	0.02	0.01647	0.0799	0.00181	0.017
11p loss	52 (28%)	132	0.10009	0.242	0.22643	0.426	0.94009	0.971	0.72815	0.848	0.47187	0.656	0.91678	0.955	0.8997	0.947	0.64848	0.792	0.82078	0.907	0.77211	0.882
11q loss	58 (32%)	126	0.00047	0.00567	0.04228	0.144	0.9575	0.984	0.81764	0.906	0.03434	0.126	0.02189	0.0969	0.01427	0.0727	0.13364	0.289	0.076569	0.208	0.068449	0.194
12p loss	33 (18%)	151	0.099209	0.241	0.00093999	0.00976	0.062849	0.182	0.02112	0.0957	0.00035	0.0047	0.00070999	0.00798	0.00257	0.0213	0.00204	0.0182	0.01453	0.0727	4e-04	0.00512
12q loss	31 (17%)	153	0.16477	0.338	0.00292	0.0222	0.075339	0.206	0.060069	0.179	0.0092199	0.0523	0.0054599	0.0355	0.02533	0.107	0.01146	0.0622	0.0083299	0.0485	0.0069699	0.0414
13q loss	67 (36%)	117	0.01623	0.0792	0.064429	0.185	0.78291	0.886	0.66418	0.803	0.11549	0.263	0.03499	0.128	0.04151	0.144	0.15031	0.313	0.059719	0.179	0.10536	0.25
14q loss	45 (24%)	139	0.00046	0.00563	0.0051999	0.0344	0.00392	0.0284	0.00281	0.0221	0.0069599	0.0414	0.01949	0.0908	0.02934	0.115	0.0027	0.0217	0.03687	0.131	0.00129	0.0126
15q loss	57 (31%)	127	0.28215	0.486	0.03026	0.116	0.19607	0.387	0.31968	0.521	0.1384	0.294	0.04975	0.162	0.095199	0.236	0.0053099	0.0348	0.32606	0.527	0.00073999	0.00798
16p loss	54 (29%)	130	0.00050999	0.00606	0.00015	0.00241	0.71645	0.839	0.68603	0.816	0.00069999	0.00797	0.00011	0.00192	0.00021	0.00319	0.00031	0.00431	0.00046	0.00563	0.00026	0.00381
16q loss	53 (29%)	131	9.9999e-06	0.000456	2e-05	0.000586	0.03835	0.136	0.02771	0.111	3e-05	0.000683	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456	2e-05	0.000586	9.9999e-06	0.000456	9.9999e-06	0.000456
17p loss	71 (39%)	113	0.00274	0.0218	0.00011	0.00192	0.2772	0.483	0.27947	0.486	0.00184	0.017	0.00089999	0.00946	3e-05	0.000683	0.00139	0.0134	0.061859	0.181	0.00014	0.0023
17q loss	25 (14%)	159	0.79201	0.892	0.60313	0.759	0.97831	0.997	0.60714	0.762	0.96792	0.99	0.90805	0.952	0.51388	0.687	0.89117	0.94	0.36244	0.562	0.86675	0.924
18p loss	71 (39%)	113	0.01219	0.0645	0.00103	0.0106	0.20475	0.4	0.48281	0.661	0.0069199	0.0414	0.00446	0.0307	0.00117	0.0117	0.02321	0.1	0.02611	0.109	0.0057199	0.0364
18q loss	102 (55%)	82	0.095539	0.236	0.01164	0.0628	0.64261	0.79	0.79145	0.892	0.02651	0.109	0.0273	0.111	0.02178	0.0969	0.00212	0.0187	0.04855	0.159	0.00029	0.0041
19p loss	65 (35%)	119	0.04826	0.158	0.39211	0.582	0.42123	0.607	0.75692	0.87	0.2723	0.477	0.52054	0.694	0.062849	0.182	0.12093	0.27	0.095299	0.236	0.0092599	0.0523
19q loss	52 (28%)	132	0.0048	0.0325	0.1109	0.258	0.072879	0.202	0.11369	0.262	0.11195	0.259	0.01284	0.0671	0.060839	0.179	0.095219	0.236	0.01842	0.0873	0.0093999	0.0524
20p loss	19 (10%)	165	0.58168	0.742	0.85529	0.919	0.49588	0.669	0.82447	0.907	0.81348	0.905	0.14846	0.311	0.59485	0.752	0.4182	0.605	0.68547	0.816	0.47992	0.661
20q loss	8 (4%)	176	0.90004	0.947	0.70561	0.83	0.28238	0.486	0.76787	0.879	1	1	0.67057	0.805	1	1	0.67761	0.81	0.74518	0.863	0.44613	0.634
21q loss	106 (58%)	78	0.03113	0.119	0.0061499	0.0388	0.21622	0.414	0.099989	0.242	0.050539	0.163	0.097519	0.239	0.02136	0.0962	0.14763	0.31	0.04198	0.144	0.084579	0.22
22q loss	72 (39%)	112	5e-05	0.00102	9.9999e-06	0.000456	0.03108	0.119	0.11472	0.263	0.00111	0.0112	0.00035	0.0047	5e-05	0.00102	0.00025	0.00373	9.9999e-06	0.000456	2e-05	0.000586
xp loss	60 (33%)	124	0.00439	0.0305	0.17439	0.352	0.04324	0.147	0.34904	0.548	0.3758	0.573	0.80618	0.901	0.52463	0.696	0.24324	0.442	0.32189	0.523	0.26444	0.468
xq loss	40 (22%)	144	0.01609	0.0791	0.02802	0.111	0.00038	0.00503	0.0264	0.109	0.069149	0.195	0.066399	0.189	0.12021	0.27	0.00244	0.0204	0.04172	0.144	0.01096	0.06
