		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		MIR_CNMF		MIR_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p36.21	92 (16%)	485	0.58984	0.715	0.43222	0.587	0.40487	0.563	0.11351	0.233	9.9999e-06	8.35e-05	0.56999	0.699	0.083459	0.196	0.1689	0.313	0.01159	0.0392	0.01972	0.0601
amp_1q32.1	160 (28%)	417	0.819	0.892	0.063169	0.159	0.33409	0.489	0.14805	0.283	9.9999e-06	8.35e-05	0.30471	0.461	0.10912	0.229	0.33881	0.494	0.5548	0.689	0.089609	0.201
amp_1q44	99 (17%)	478	0.14471	0.281	0.62197	0.741	0.60569	0.727	0.30956	0.467	9.9999e-06	8.35e-05	0.59855	0.723	0.01891	0.0581	0.21831	0.37	0.9602	0.985	0.55174	0.687
amp_2p24.3	49 (8%)	528	0.099449	0.215	0.01722	0.0543	0.42847	0.584	0.97883	0.999	0.00106	0.00509	0.01617	0.0517	0.28034	0.436	0.03398	0.0989	0.88621	0.935	0.62727	0.743
amp_3q26.33	111 (19%)	466	0.0077299	0.028	0.21119	0.363	0.44276	0.596	0.057049	0.147	9.9999e-06	8.35e-05	0.067229	0.166	0.10311	0.221	0.92429	0.964	0.27637	0.431	0.69608	0.801
amp_4p16.3	48 (8%)	529	0.3081	0.465	0.73004	0.828	0.85865	0.918	0.082649	0.194	0.18452	0.332	0.55803	0.689	0.41136	0.567	0.75393	0.848	1	1	1	1
amp_4q12	108 (19%)	469	0.00065999	0.00345	0.00343	0.0141	0.53689	0.679	0.47253	0.627	3e-05	0.000217	0.01026	0.0359	0.065769	0.164	0.43512	0.588	0.15578	0.297	0.41721	0.572
amp_7p11.2	507 (88%)	70	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	2e-05	0.000151	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.00074999	0.00389	9.9999e-06	8.35e-05	4e-05	0.000273	9.9999e-06	8.35e-05
amp_7q11.21	464 (80%)	113	2e-05	0.000151	9.9999e-06	8.35e-05	5.9999e-05	0.00038	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.02607	0.0778	0.0054999	0.0207	0.00407	0.0164	5.9999e-05	0.00038
amp_7q21.2	480 (83%)	97	4e-05	0.000273	9.9999e-06	8.35e-05	0.04977	0.13	9.9999e-05	0.000602	9.9999e-06	8.35e-05	8.9999e-05	0.000546	0.087919	0.2	0.00368	0.0149	0.062329	0.157	0.00278	0.0117
amp_7q31.2	473 (82%)	104	0.00183	0.00812	9.9999e-06	8.35e-05	0.01083	0.0371	0.0053099	0.0204	5e-05	0.000332	0.0105	0.0362	0.35543	0.509	0.0054699	0.0207	0.40776	0.564	0.0097499	0.0343
amp_8q24.21	70 (12%)	507	9.9999e-06	8.35e-05	3e-05	0.000217	0.02628	0.0781	0.2903	0.445	9.9999e-06	8.35e-05	6.9999e-05	0.000436	0.03431	0.0994	0.02439	0.0731	0.088799	0.2	0.27163	0.429
amp_11p13	31 (5%)	546	0.78668	0.876	0.35132	0.505	0.5501	0.687	0.24797	0.405	0.35316	0.507	0.90421	0.947	0.19309	0.341	1	1	1	1	0.88721	0.935
amp_12p13.32	84 (15%)	493	0.66462	0.774	0.38554	0.543	0.34185	0.495	0.43292	0.587	4e-05	0.000273	0.46993	0.625	0.52874	0.674	0.27227	0.429	0.31887	0.477	0.55101	0.687
amp_12q14.1	134 (23%)	443	0.067069	0.166	0.1477	0.283	0.098249	0.213	0.087049	0.199	9.9999e-06	8.35e-05	0.48282	0.634	0.27626	0.431	0.14459	0.281	0.04192	0.116	0.13874	0.274
amp_12q15	93 (16%)	484	0.73251	0.828	0.31666	0.475	0.70654	0.81	0.27744	0.432	2e-05	0.000151	0.49549	0.641	0.5785	0.705	0.32421	0.48	0.31753	0.476	0.90037	0.946
amp_13q34	32 (6%)	545	0.26031	0.414	0.20088	0.35	0.0291	0.085	0.47988	0.632	0.057999	0.149	0.23746	0.395	0.04123	0.114	0.10343	0.221	0.49174	0.637	0.80122	0.883
amp_13q34	30 (5%)	547	0.13924	0.274	0.21077	0.363	0.21703	0.369	0.78734	0.876	0.062329	0.157	0.48782	0.637	0.14791	0.283	0.18329	0.33	0.36927	0.524	0.79241	0.879
amp_14q32.33	36 (6%)	541	0.18659	0.333	0.66072	0.774	0.090699	0.202	0.91973	0.961	0.25147	0.406	0.53893	0.681	0.1715	0.316	0.053379	0.138	0.03943	0.111	0.067699	0.166
amp_17p13.2	51 (9%)	526	0.00080999	0.00408	0.01379	0.0453	0.04723	0.126	0.11161	0.231	0.00223	0.00977	0.01226	0.041	0.0061099	0.0226	0.49174	0.637	0.40264	0.561	0.5701	0.699
amp_17q25.1	84 (15%)	493	0.01361	0.0449	0.25747	0.411	0.28245	0.438	0.73112	0.828	4e-05	0.000273	0.16851	0.313	0.068339	0.167	0.25429	0.408	0.86455	0.923	0.69312	0.799
amp_19p13.3	244 (42%)	333	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.03879	0.11	0.00143	0.00659	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.21932	0.371	6.9999e-05	0.000436	0.81874	0.892	0.96933	0.993
amp_19p13.2	249 (43%)	328	9.9999e-06	8.35e-05	2e-05	0.000151	0.14711	0.283	0.00112	0.00534	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.34184	0.495	0.00014	0.000802	0.16548	0.31	0.80781	0.888
amp_19q12	216 (37%)	361	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.28317	0.438	0.00498	0.0194	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.48296	0.634	0.00131	0.00612	0.063219	0.159	0.17164	0.316
amp_21q21.1	70 (12%)	507	0.0050399	0.0196	0.060839	0.155	0.01801	0.0561	0.0078099	0.028	0.00011	0.000656	0.01833	0.0568	0.091189	0.202	0.71484	0.815	0.096309	0.21	0.40718	0.564
del_1p36.32	100 (17%)	477	0.9203	0.961	0.71451	0.815	0.58497	0.711	0.17204	0.316	0.50915	0.654	0.18228	0.33	0.62382	0.741	0.14375	0.28	0.25325	0.408	0.57921	0.705
del_1p36.23	136 (24%)	441	0.070019	0.169	0.18571	0.333	0.56996	0.699	0.55825	0.689	0.00024	0.00132	0.54928	0.687	0.67264	0.779	0.19647	0.343	0.01468	0.0476	0.069099	0.167
del_1p32.3	61 (11%)	516	0.24519	0.404	0.36461	0.52	0.83139	0.9	0.15725	0.298	0.49144	0.637	0.84076	0.906	0.85654	0.918	0.75451	0.848	0.80615	0.887	0.1057	0.224
del_1p22.1	48 (8%)	529	0.97655	0.998	0.55302	0.688	0.81137	0.889	0.00483	0.0189	0.1413	0.276	0.090019	0.201	0.36216	0.517	0.60699	0.727	1	1	0.32417	0.48
del_1q42.11	51 (9%)	526	0.22245	0.373	0.82577	0.896	0.51444	0.659	0.28481	0.438	0.60637	0.727	0.55635	0.689	0.90289	0.947	0.0068299	0.025	0.68658	0.793	0.19412	0.342
del_1q44	35 (6%)	542	0.81246	0.889	0.47346	0.627	0.72885	0.828	0.24657	0.404	0.21539	0.368	1	1	0.79987	0.883	0.35011	0.504	0.5407	0.681	0.32415	0.48
del_2q22.1	47 (8%)	530	0.0053699	0.0205	0.0283	0.083	0.38949	0.547	0.55064	0.687	9.9999e-06	8.35e-05	0.45187	0.604	0.092169	0.204	0.81012	0.889	0.18251	0.33	0.42906	0.584
del_2q37.1	55 (10%)	522	0.10137	0.218	0.0056599	0.0212	0.31467	0.473	0.8224	0.894	0.01923	0.0588	0.22204	0.373	0.1349	0.27	0.53192	0.677	0.18234	0.33	0.051859	0.135
del_3p21.1	53 (9%)	524	0.24275	0.402	0.13446	0.27	0.67625	0.782	0.48005	0.632	5.9999e-05	0.00038	0.04555	0.122	0.16273	0.306	0.84022	0.906	0.46093	0.614	0.10839	0.228
del_3q13.31	56 (10%)	521	0.57232	0.701	0.34538	0.499	0.60685	0.727	0.50912	0.654	5.9999e-05	0.00038	0.02371	0.0716	0.16794	0.313	0.10352	0.221	1	1	0.1794	0.327
del_3q22.1	58 (10%)	519	0.79147	0.879	0.62438	0.741	0.95643	0.983	1	1	0.00045	0.00242	0.083909	0.196	0.10507	0.223	0.1243	0.252	1	1	0.21744	0.369
del_3q29	65 (11%)	512	0.090229	0.201	0.18613	0.333	0.53579	0.679	0.87546	0.928	0.0446	0.12	0.32613	0.481	0.04392	0.119	0.11741	0.24	0.95433	0.982	0.79435	0.88
del_4p16.3	78 (14%)	499	0.04707	0.126	0.00461	0.0184	0.32269	0.48	0.24881	0.405	0.0023	0.01	0.00014	0.000802	0.75346	0.848	0.85783	0.918	0.87288	0.927	0.94666	0.978
del_4q34.3	93 (16%)	484	0.0054899	0.0207	0.00029	0.00157	0.075739	0.181	0.096439	0.21	9.9999e-06	8.35e-05	0.0077799	0.028	0.20868	0.36	0.078109	0.185	0.12636	0.256	0.13648	0.271
del_5q34	70 (12%)	507	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	4e-05	0.000273	0.0053099	0.0204	0.0075099	0.0273	9.9999e-06	8.35e-05	0.62061	0.741	0.04846	0.128	0.25612	0.41	0.12993	0.261
del_6q22.31	158 (27%)	419	0.63184	0.746	0.99008	1	0.2941	0.449	0.28498	0.438	9.9999e-06	8.35e-05	0.25085	0.406	0.0061599	0.0227	0.11975	0.244	0.79532	0.88	0.11044	0.23
del_6q26	179 (31%)	398	0.74304	0.839	0.75583	0.848	0.4781	0.632	0.54798	0.687	0.00096999	0.00475	0.01684	0.0536	0.00013	0.000763	0.054109	0.14	0.75844	0.849	0.01846	0.057
del_8p23.2	66 (11%)	511	0.37557	0.53	0.24669	0.404	0.1798	0.327	0.27518	0.431	0.48949	0.637	0.32737	0.482	0.99615	1	0.87047	0.927	0.72167	0.821	0.438	0.591
del_9p21.3	421 (73%)	156	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.70086	0.805	0.03708	0.106	9.9999e-06	8.35e-05	0.13869	0.274	0.04304	0.118	0.03708	0.106	0.02745	0.0809	0.0080399	0.0287
del_9q34.2	79 (14%)	498	0.21511	0.368	0.10742	0.227	0.51926	0.664	0.23043	0.386	0.39616	0.554	0.8454	0.909	0.092319	0.204	0.66753	0.776	0.44505	0.597	0.30391	0.461
del_10p15.3	470 (81%)	107	3e-05	0.000217	9.9999e-06	8.35e-05	0.0084999	0.0302	0.00345	0.0141	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.59578	0.721	0.00076999	0.00393	0.01457	0.0475	0.00013	0.000763
del_10p13	471 (82%)	106	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.00236	0.0102	0.00124	0.00583	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.11377	0.233	3e-05	0.000217	0.087029	0.199	0.00289	0.0119
del_10p11.23	476 (82%)	101	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	8.9999e-05	0.000546	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.195	0.342	8.9999e-05	0.000546	0.04479	0.12	0.00086999	0.00432
del_10q23.31	514 (89%)	63	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.01221	0.041	0.0028	0.0118	9.9999e-06	8.35e-05	0.00052999	0.00283	0.18733	0.333	0.00244	0.0105	0.36971	0.524	0.04113	0.114
del_10q26.3	515 (89%)	62	9.9999e-06	8.35e-05	5e-05	0.000332	0.04369	0.119	0.0014	0.0065	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.60246	0.726	0.0175	0.055	0.25171	0.406	0.03511	0.101
del_11p15.5	129 (22%)	448	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.16104	0.303	0.00162	0.00728	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.3206	0.478	0.04025	0.113	0.00286	0.0119	0.0016	0.00724
del_11p11.2	105 (18%)	472	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.50452	0.651	0.01773	0.0555	9.9999e-06	8.35e-05	0.00262	0.0111	0.93347	0.97	0.13564	0.271	0.094219	0.206	0.087379	0.199
del_11q14.1	96 (17%)	481	9.9999e-06	8.35e-05	0.00056999	0.00302	0.88142	0.931	0.13934	0.274	9.9999e-06	8.35e-05	0.3325	0.489	0.37529	0.53	0.42528	0.581	0.1188	0.242	0.15994	0.302
del_12p13.1	72 (12%)	505	0.050269	0.131	0.01418	0.0464	0.25109	0.406	0.2316	0.387	0.085979	0.199	0.15286	0.292	0.41576	0.571	0.19034	0.337	1	1	0.93256	0.97
del_12q12	77 (13%)	500	0.01308	0.0434	0.00076999	0.00393	0.26785	0.424	0.085429	0.198	0.00014	0.000802	0.064339	0.161	0.0092499	0.0327	0.1665	0.311	1	1	0.66296	0.774
del_12q15	79 (14%)	498	0.00017	0.000958	0.00189	0.00833	0.48834	0.637	0.42307	0.579	9.9999e-06	8.35e-05	0.24229	0.402	0.067989	0.166	0.57554	0.703	0.71237	0.815	0.39612	0.554
del_13q14.2	241 (42%)	336	9.9999e-06	8.35e-05	2e-05	0.000151	0.35001	0.504	0.14548	0.281	9.9999e-06	8.35e-05	0.00102	0.00493	0.83034	0.9	0.10879	0.229	0.079599	0.188	0.066799	0.166
del_13q22.1	230 (40%)	347	9.9999e-06	8.35e-05	0.00017	0.000958	0.50816	0.654	0.33858	0.494	9.9999e-06	8.35e-05	0.071069	0.171	0.83422	0.902	0.24795	0.405	0.5245	0.67	0.28434	0.438
del_14q13.1	178 (31%)	399	9.9999e-06	8.35e-05	0.00018	0.00101	0.61087	0.73	0.66428	0.774	9.9999e-06	8.35e-05	0.04448	0.12	0.4115	0.567	0.45495	0.607	0.44671	0.598	0.94098	0.975
del_14q24.2	173 (30%)	404	9.9999e-06	8.35e-05	2e-05	0.000151	0.058649	0.15	0.15752	0.298	9.9999e-06	8.35e-05	0.00408	0.0164	0.26795	0.424	0.04831	0.128	0.087999	0.2	0.93986	0.975
del_15q14	154 (27%)	423	2e-05	0.000151	9.9999e-06	8.35e-05	0.00102	0.00493	5.9999e-05	0.00038	9.9999e-06	8.35e-05	0.00482	0.0189	0.0404	0.113	0.02648	0.0783	0.00079999	0.00406	0.01718	0.0543
del_16p12.2	92 (16%)	485	0.2461	0.404	0.23271	0.388	0.397	0.554	0.87037	0.927	0.17355	0.318	0.069089	0.167	0.94286	0.976	0.64586	0.76	0.44292	0.596	0.33364	0.489
del_16q23.1	101 (18%)	476	0.01519	0.049	0.48941	0.637	0.87356	0.927	0.53464	0.679	0.0123	0.041	0.85654	0.918	0.22171	0.373	0.11313	0.233	0.87819	0.929	0.78518	0.876
del_17p13.2	88 (15%)	489	0.00287	0.0119	0.02437	0.0731	0.94964	0.979	0.94845	0.979	9.9999e-06	8.35e-05	0.076589	0.182	0.64619	0.76	0.19467	0.342	0.5857	0.711	0.81818	0.892
del_17p13.1	98 (17%)	479	0.00023	0.00128	0.00171	0.00764	0.6275	0.743	0.89614	0.943	9.9999e-06	8.35e-05	0.10984	0.229	0.34068	0.495	0.098009	0.213	0.64283	0.758	0.66199	0.774
del_17q11.2	72 (12%)	505	9.9999e-06	8.35e-05	9.9999e-06	8.35e-05	0.00258	0.011	0.01154	0.0392	9.9999e-06	8.35e-05	0.00025	0.00137	0.00086999	0.00432	0.01038	0.0361	0.54065	0.681	0.56469	0.696
del_18q22.3	82 (14%)	495	0.12814	0.258	0.086169	0.199	0.78591	0.876	0.38957	0.547	5e-05	0.000332	0.18701	0.333	0.2958	0.451	0.02062	0.0626	0.19675	0.343	0.27348	0.43
del_19q13.41	99 (17%)	478	0.00466	0.0185	4e-05	0.000273	0.075919	0.181	0.04294	0.118	0.00115	0.00544	2e-05	0.000151	0.20289	0.352	0.14088	0.276	0.0363	0.104	0.093459	0.205
del_21q21.1	56 (10%)	521	0.01044	0.0362	0.00088999	0.00439	0.01595	0.0512	0.2075	0.359	0.088909	0.2	0.00058999	0.0031	0.25774	0.411	0.0109	0.0372	0.6611	0.774	1	1
del_22q13.32	212 (37%)	365	0.71283	0.815	0.97188	0.994	0.03919	0.111	0.41381	0.569	2e-05	0.000151	0.26766	0.424	0.29368	0.449	0.36887	0.524	0.04916	0.129	0.084319	0.196
del_xp22.2	118 (20%)	459	0.0058999	0.0219	0.0015	0.00687	0.11095	0.23	0.16943	0.313	9.9999e-06	8.35e-05	0.00155	0.00705	0.072009	0.173	0.2126	0.365	0.30477	0.461	0.67253	0.779
