		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p22.3	89 (24%)	281	9.9999e-06	9.54e-05	0.00279	0.00834	0.053439	0.0909	0.04578	0.0803	0.52173	0.579	0.94483	0.953	0.0089899	0.0216	0.14912	0.208
amp_1q22	283 (76%)	87	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	5e-05	0.000314	0.0035	0.01	0.82925	0.857	0.01243	0.028	0.20865	0.265	0.30402	0.362
amp_1q42.3	270 (73%)	100	9.9999e-06	9.54e-05	0.00012	0.00064	2e-05	0.00015	0.00089999	0.00341	0.49466	0.556	0.03753	0.0689	0.38733	0.448	0.55707	0.611
amp_2p24.1	65 (18%)	305	0.00475	0.0129	0.5401	0.597	0.14412	0.204	0.00403	0.0114	0.48073	0.542	0.04304	0.0768	0.14055	0.2	0.092259	0.142
amp_2q33.1	64 (17%)	306	0.00344	0.00992	0.5832	0.636	0.052159	0.0892	0.01121	0.0256	0.28068	0.338	0.12142	0.175	0.00023	0.00113	0.17285	0.232
amp_3q26.31	77 (21%)	293	3e-04	0.00133	0.03183	0.06	0.0067099	0.0176	0.0196	0.0407	0.075689	0.119	0.0045	0.0124	0.0402	0.0725	0.02271	0.046
amp_4p14	54 (15%)	316	0.00364	0.0104	0.02701	0.0534	0.00011	6e-04	0.00112	0.00408	0.18493	0.245	0.056589	0.0948	0.01004	0.0235	0.01587	0.0341
amp_5p15.33	163 (44%)	207	9.9999e-06	9.54e-05	0.03741	0.0689	0.22116	0.278	0.60662	0.66	0.075629	0.119	0.01719	0.0364	0.091879	0.142	0.16515	0.225
amp_5q35.3	135 (36%)	235	5e-05	0.000314	0.03466	0.0646	0.57427	0.627	0.9585	0.962	0.9371	0.947	0.99933	0.999	0.85222	0.875	0.63512	0.684
amp_6p25.2	159 (43%)	211	9.9999e-06	9.54e-05	0.00015	0.000791	0.0177	0.0372	0.02449	0.0492	0.66699	0.711	0.062529	0.103	0.20929	0.265	0.40031	0.46
amp_6p21.1	158 (43%)	212	9.9999e-06	9.54e-05	0.00035	0.00151	0.01121	0.0256	0.064479	0.105	0.11679	0.17	0.064259	0.105	0.27694	0.335	0.49971	0.561
amp_6q12	109 (29%)	261	9.9999e-06	9.54e-05	0.053649	0.0909	0.03667	0.0679	0.10734	0.159	0.4583	0.519	0.61949	0.671	0.0099299	0.0233	0.15303	0.212
amp_6q12	83 (22%)	287	2e-05	0.00015	0.0072199	0.0185	0.0081099	0.0202	0.0093099	0.0222	0.88121	0.901	0.55104	0.606	0.00423	0.0119	0.070049	0.113
amp_7q31.2	120 (32%)	250	0.19628	0.256	0.0087499	0.0212	0.98024	0.982	0.89572	0.912	0.52174	0.579	0.43393	0.493	0.6969	0.737	0.42198	0.481
amp_8q13.3	207 (56%)	163	9.9999e-06	9.54e-05	0.14793	0.207	5.9999e-05	0.000367	9.9999e-06	9.54e-05	0.099089	0.149	0.00219	0.00679	0.0394	0.0718	2e-05	0.00015
amp_8q24.21	231 (62%)	139	9.9999e-06	9.54e-05	0.0075199	0.0191	2e-05	0.00015	9.9999e-06	9.54e-05	0.01528	0.033	0.0071799	0.0185	0.082139	0.127	2e-05	0.00015
amp_9q34.2	47 (13%)	323	0.02999	0.0578	0.16806	0.227	0.03344	0.0628	0.092499	0.142	0.059059	0.098	0.01336	0.0295	0.32906	0.389	0.01279	0.0284
amp_11q13.3	57 (15%)	313	0.30789	0.366	0.61593	0.668	0.0078999	0.0198	0.01748	0.0369	0.0085299	0.0208	0.00334	0.00974	0.21524	0.272	0.00018	0.00093
amp_13q32.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	9.54e-05	0.053689	0.0909	0.01603	0.0342	0.080089	0.125	0.16558	0.225	0.20048	0.258	0.01289	0.0285	0.01827	0.0382
amp_13q33.3	67 (18%)	303	9.9999e-06	9.54e-05	0.01988	0.0411	0.00436	0.0121	0.24982	0.308	0.15391	0.213	0.17891	0.239	0.071359	0.114	0.04909	0.0845
amp_15q26.3	54 (15%)	316	0.02583	0.0512	0.20046	0.258	0.04054	0.0729	0.03889	0.0712	0.83774	0.864	0.18089	0.24	0.29935	0.358	0.41901	0.479
amp_17p11.2	46 (12%)	324	0.19994	0.258	0.02089	0.043	0.39126	0.451	0.23062	0.288	0.02533	0.0507	0.25182	0.309	0.079629	0.125	0.087209	0.135
amp_17q25.3	145 (39%)	225	3e-05	0.000216	0.02105	0.0431	0.00106	0.00392	0.01038	0.0242	0.00103	0.00384	0.0014	0.00489	0.02552	0.0508	0.01498	0.0324
amp_19p13.12	69 (19%)	301	0.081029	0.126	0.00017	0.000888	7.9999e-05	0.000467	0.00053999	0.00216	4e-05	0.000268	0.00246	0.00753	0.00059999	0.00238	0.00129	0.0046
amp_19q12	78 (21%)	292	0.054929	0.0924	0.00239	0.00736	0.00154	0.00523	0.00138	0.00485	0.00111	0.00408	0.01111	0.0256	0.00027	0.00129	0.002	0.00636
amp_19q13.11	91 (25%)	279	0.02988	0.0578	0.073349	0.116	0.00098999	0.00372	0.00061999	0.00244	0.0070099	0.0182	0.00178	0.00577	3e-05	0.000216	0.00046	0.00189
amp_20q13.13	124 (34%)	246	9.9999e-06	9.54e-05	0.36548	0.427	0.03112	0.0591	0.00039	0.00164	0.10938	0.161	0.01184	0.0268	9.9999e-06	9.54e-05	0.060939	0.101
amp_20q13.33	128 (35%)	242	9.9999e-06	9.54e-05	0.071719	0.114	0.0071299	0.0184	5.9999e-05	0.000367	0.19093	0.25	0.061029	0.101	2e-05	0.00015	0.12472	0.179
amp_xq28	85 (23%)	285	8.9999e-05	0.000519	0.02937	0.0574	0.04087	0.0732	0.01607	0.0342	0.0092399	0.0221	0.00492	0.0133	0.0473	0.0823	0.00034	0.00148
del_1p36.31	162 (44%)	208	0.00149	0.00513	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	2e-05	0.00015	0.054459	0.0919	0.00127	0.00456	0.01272	0.0284	0.0097099	0.023
del_1p36.11	142 (38%)	228	4e-05	0.000268	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	0.00167	0.00559	5e-05	0.000314	0.00023	0.00113	0.00037	0.00157
del_2q22.1	52 (14%)	318	0.068859	0.111	0.5091	0.567	0.00254	0.00768	0.065059	0.106	0.20839	0.265	0.1686	0.227	0.63557	0.684	0.11599	0.169
del_2q37.3	62 (17%)	308	0.10424	0.156	0.70565	0.743	4e-05	0.000268	0.00080999	0.00309	0.04004	0.0725	0.0097999	0.0231	0.23634	0.295	0.00151	0.00517
del_3p13	73 (20%)	297	0.0053999	0.0145	0.04582	0.0803	6.9999e-05	0.000418	9.9999e-06	9.54e-05	0.00167	0.00559	0.03395	0.0635	0.00028	0.00131	0.00202	0.00638
del_4p16.3	85 (23%)	285	2e-05	0.00015	0.10535	0.157	0.19809	0.257	0.10225	0.153	0.7043	0.743	0.02735	0.0536	0.04533	0.08	0.0067999	0.0178
del_4q21.3	171 (46%)	199	9.9999e-06	9.54e-05	0.00281	0.00835	9.9999e-06	9.54e-05	3e-04	0.00133	0.18918	0.249	0.00174	0.00568	2e-05	0.00015	0.00041	0.00169
del_4q22.3	172 (46%)	198	9.9999e-06	9.54e-05	0.00341	0.00989	9.9999e-06	9.54e-05	0.00022	0.0011	0.20863	0.265	0.00121	0.00438	0.00011	6e-04	0.00051999	0.0021
del_4q35.1	172 (46%)	198	9.9999e-06	9.54e-05	0.00028	0.00131	9.9999e-06	9.54e-05	0.00066999	0.00262	0.15286	0.212	0.0059499	0.0159	3e-04	0.00133	0.00453	0.0124
del_6q27	136 (37%)	234	0.0087799	0.0212	0.02718	0.0535	0.68543	0.728	0.48082	0.542	0.64721	0.695	0.03969	0.0721	0.3535	0.415	0.15916	0.218
del_8p23.2	247 (67%)	123	9.9999e-06	9.54e-05	0.04429	0.0785	0.15654	0.216	0.64901	0.695	0.24932	0.308	0.16726	0.227	0.3343	0.394	0.14468	0.204
del_8p12	242 (65%)	128	9.9999e-06	9.54e-05	0.02393	0.0482	0.14521	0.204	0.56155	0.615	0.19119	0.25	0.10111	0.152	0.27807	0.336	0.096419	0.147
del_9p21.3	150 (41%)	220	3e-05	0.000216	0.0078699	0.0198	2e-05	0.00015	0.00199	0.00636	0.26521	0.322	0.00206	0.00647	0.01921	0.04	0.0077299	0.0196
del_9q31.3	119 (32%)	251	0.00199	0.00636	0.01423	0.0311	0.00284	0.00838	0.00032	0.0014	0.15708	0.216	0.0066099	0.0175	0.065189	0.106	2e-04	0.00102
del_10q23.31	97 (26%)	273	0.03058	0.0583	0.01394	0.0306	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	0.03125	0.0592	9.9999e-06	9.54e-05	0.04814	0.0832	9.9999e-06	9.54e-05
del_10q26.13	105 (28%)	265	0.0083099	0.0205	0.048	0.0832	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	0.13513	0.193	2e-05	0.00015	0.2034	0.261	9.9999e-06	9.54e-05
del_11q14.1	77 (21%)	293	0.01154	0.0263	0.65188	0.697	0.10986	0.162	0.1444	0.204	0.80189	0.834	0.26086	0.319	0.00037	0.00157	0.01255	0.0282
del_11q24.2	95 (26%)	275	0.00428	0.012	0.29649	0.355	0.12375	0.178	0.051129	0.0878	0.31828	0.377	0.25662	0.314	0.00076999	0.00296	4e-04	0.00167
del_12p12.1	78 (21%)	292	0.00047	0.00191	0.1612	0.22	0.00211	0.00658	0.22744	0.286	0.21595	0.273	0.03006	0.0578	0.50555	0.565	0.071589	0.114
del_12q24.33	59 (16%)	311	0.00011	6e-04	0.84057	0.865	0.74759	0.781	0.91445	0.928	0.81531	0.846	0.71496	0.75	0.81944	0.849	0.29071	0.349
del_13q14.2	179 (48%)	191	9.9999e-06	9.54e-05	0.077299	0.121	0.00029	0.00132	9.9999e-06	9.54e-05	0.00271	0.00815	0.00070999	0.00275	0.098929	0.149	7.9999e-05	0.000467
del_14q23.3	131 (35%)	239	9.9999e-06	9.54e-05	0.37434	0.436	0.00012	0.00064	4e-05	0.000268	0.87485	0.897	0.097469	0.148	0.0066499	0.0175	0.058489	0.0974
del_14q32.33	132 (36%)	238	9.9999e-06	9.54e-05	0.11415	0.168	0.00024	0.00117	6.9999e-05	0.000418	0.75284	0.784	0.24341	0.303	0.01469	0.032	0.03036	0.0581
del_15q26.3	79 (21%)	291	0.0349	0.0648	0.25047	0.308	0.0045	0.0124	0.0083899	0.0206	0.35649	0.417	0.12074	0.175	0.00173	0.00568	0.070829	0.114
del_16q23.1	162 (44%)	208	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	9.9999e-06	9.54e-05	0.71184	0.748	9.9999e-06	9.54e-05	2e-05	0.00015	4e-05	0.000268
del_17p13.1	226 (61%)	144	9.9999e-06	9.54e-05	0.02145	0.0436	2e-05	0.00015	9.9999e-05	0.000564	0.00172	0.00568	5e-05	0.000314	0.62652	0.677	9.9999e-06	9.54e-05
del_17p11.2	195 (53%)	175	9.9999e-06	9.54e-05	0.15321	0.212	0.00145	0.00503	0.0082799	0.0205	9.9999e-05	0.000564	0.00029	0.00132	0.27525	0.334	0.00022	0.0011
del_18q21.2	94 (25%)	276	0.00138	0.00485	0.00029	0.00132	0.20543	0.263	9.9999e-06	9.54e-05	0.11462	0.168	0.53872	0.596	0.17179	0.231	0.24848	0.308
del_19p13.3	87 (24%)	283	9.9999e-06	9.54e-05	0.42762	0.486	0.00027	0.00129	0.00295	0.00866	0.40461	0.463	0.13094	0.187	0.0212	0.0433	0.00251	0.00764
del_20p12.1	29 (8%)	341	0.04373	0.0777	0.6841	0.728	0.95391	0.96	0.54661	0.602	0.37719	0.438	0.73548	0.77	0.92264	0.934	0.37798	0.438
del_22q12.1	79 (21%)	291	0.02961	0.0576	0.18891	0.249	0.00168	0.00559	0.1054	0.157	0.22884	0.287	0.19552	0.255	0.18085	0.24	0.50255	0.563
del_22q13.32	83 (22%)	287	0.0049	0.0133	0.058139	0.0971	5e-05	0.000314	0.01042	0.0242	0.092959	0.142	0.26317	0.321	0.18076	0.24	0.12163	0.175
del_xq26.2	67 (18%)	303	2e-05	0.00015	0.04692	0.0819	0.34127	0.401	0.39239	0.452	0.90514	0.92	0.69692	0.737	0.31328	0.372	0.89431	0.912
