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SETD2	Del_9q21.11	0.0715	1
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MET	1q-Amp	0.0724	1
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MAP2	Del_1p13.1	0.0731	1
PAPPA2	1q-Amp	0.0733	1
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FTSJD1	Amp_12p12.1	0.0738	1
FTSJD1	Del_9p23	0.0738	1
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NLRP5	Del_19q13.33	0.0755	1
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KRAS	Amp_22q11.22	0.0772	1
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8q-Amp	Del_12p13.2	0.0793	1
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ZEB1	Del_9p21.3	0.0797	1
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ZEB1	Del_9p23	0.08	1
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5p-Amp	9q-Del	0.0873	1
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Amp_12q15	Del_6q11.1	0.0876	1
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EPHA5	Del_19p13.3	0.0902	1
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5p-Amp	19p-Del	0.096	1
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20p-Amp	Del_6q22.31	0.0981	1
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SMARCA4	Del_11q25	0.1	1
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GAGE2A	Amp_8q24.21	0.104	1
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SMARCA4	Del_13q12.11	0.104	1
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KEAP1	8p-Del	0.115	1
SLAMF9	Del_9p23	0.115	1
KEAP1	U2AF1	0.116	1
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SMARCA4	Del_6q22.31	0.118	1
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FTSJD1	Del_9q21.11	0.123	1
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DNMT3A	6q-Del	0.129	1
EPHA5	19q-Del	0.129	1
20q-Amp	6q-Del	0.129	1
18p-Del	Amp_11q13.3	0.129	1
ADAMTS19	1q-Amp	0.13	1
EPHA3	Del_15q11.2	0.13	1
FTSJD1	Del_9p21.3	0.13	1
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18q-Del	Amp_11q13.3	0.13	1
Amp_12q14.1	Del_6q26	0.13	1
Amp_17q23.1	Del_6q11.1	0.13	1
KRAS	Amp_20q13.33	0.131	1
LRP1B	Del_13q12.11	0.131	1
Amp_5p15.33	Del_1p36.11	0.131	1
CSMD3	PIK3CA	0.132	1
TCEAL5	8p-Del	0.132	1
EPHB1	Del_17p13.3	0.133	1
CSMD3	Del_15q11.2	0.134	1
KEAP1	MAP2	0.134	1
SETD2	Del_3p26.2	0.134	1
BRAF	Del_11q23.2	0.135	1
ZEB1	19p-Del	0.135	1
8q-Amp	Del_19p13.3	0.135	1
ARID2	EGFR	0.136	1
EPHB1	Del_19p13.2	0.136	1
RBM10	TP53	0.136	1
Amp_7q31.2	Amp_12q15	0.136	1
PRKCG	1q-Amp	0.137	1
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1q-Amp	21q-Del	0.137	1
ATM	9p-Del	0.138	1
CSMD3	3p-Del	0.138	1
KRAS	MAP2	0.138	1
LRP1B	21q-Del	0.138	1
PAPPA2	3q-Del	0.138	1
FCRLA	Amp_20q13.33	0.139	1
RB1	Amp_11q13.3	0.139	1
ROBO2	Del_3q29	0.139	1
STK11	Amp_7p11.2	0.139	1
WT1	Del_13q12.11	0.139	1
5p-Amp	Del_1p36.11	0.139	1
EPHB1	Del_13q12.11	0.14	1
TPTE	Del_17p13.3	0.14	1
PIK3CA	STK11	0.141	1
PTPRU	Amp_8q24.21	0.141	1
CXCR7	KEAP1	0.142	1
EPHB1	3p-Del	0.142	1
ERBB2	STK11	0.142	1
LRP1B	9q-Del	0.142	1
PRKCG	Del_13q12.13	0.142	1
SMARCA4	Del_11q23.2	0.142	1
STK11	U2AF1	0.142	1
Amp_8q24.21	Del_12p13.2	0.142	1
EGFR	Amp_1q21.3	0.143	1
Amp_14q13.3	Del_12q12	0.143	1
KEAP1	Amp_7p11.2	0.144	1
SETD2	Del_1p13.1	0.144	1
5p-Amp	9p-Del	0.144	1
6q-Del	Amp_12q15	0.144	1
EGFR	Del_19p13.3	0.145	1
FTSJD1	9q-Del	0.145	1
SMARCA4	Amp_7p11.2	0.145	1
Amp_7q31.2	Amp_12q14.1	0.145	1
EGFR	NFE2L2	0.146	1
EGFR	TCEAL5	0.146	1
KEAP1	7p-Amp	0.146	1
EGFR	Del_13q34	0.147	1
NF1	Del_15q11.2	0.147	1
SETD2	Del_19p13.3	0.147	1
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ZEB1	Del_17p13.3	0.178	1
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SMARCA4	17p-Del	0.184	1
SMARCA4	Del_3q29	0.184	1
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TPTE	9q-Del	0.211	1
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BRAF	7q-Amp	0.212	1
EPHA3	Del_14q32.12	0.212	1
EPHB1	Del_3q29	0.212	1
FTSJD1	1q-Amp	0.212	1
17q-Amp	Del_15q15.1	0.212	1
Amp_7q31.2	Del_3q29	0.212	1
BRAF	STK11	0.213	1
ERBB2	Del_13q12.11	0.213	1
STK11	Amp_3q26.2	0.213	1
Amp_12q14.1	Del_3p26.2	0.213	1
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Amp_7p11.2	Del_10q26.3	0.219	1
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CSMD3	Del_11q23.2	0.22	1
MMP16	20p-Amp	0.22	1
TP53	Del_19p13.3	0.22	1
5p-Amp	19q-Del	0.22	1
SMARCA4	Del_6q26	0.221	1
APC	7q-Amp	0.222	1
CACNA1F	6q-Del	0.222	1
CACNA1F	Amp_12p12.1	0.222	1
SRPX	Amp_12p12.1	0.222	1
WDR66	6q-Del	0.222	1
WT1	6q-Del	0.222	1
ZEB1	Amp_1q21.3	0.222	1
7q-Amp	Del_3q29	0.222	1
19q-Del	Amp_12q15	0.222	1
EPHB1	17p-Del	0.223	1
8q-Amp	Del_12q24.33	0.223	1
ATM	CDKN2A	0.224	1
TP53	3q-Del	0.224	1
APC	Del_6q26	0.225	1
ARID1A	NLGN4X	0.225	1
CACNA1F	3p-Del	0.225	1
CACNA1F	Del_10p15.3	0.225	1
ERBB2	Del_6q22.31	0.225	1
NF1	Del_13q12.13	0.225	1
NLGN4X	Amp_Xq28	0.225	1
SETD2	Del_13q12.11	0.225	1
SETD2	Del_13q14.2	0.225	1
EPHA3	7p-Amp	0.226	1
EPHA3	Amp_8p11.21	0.226	1
FTSJD1	PIK3CA	0.226	1
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G3BP1	KRAS	0.227	1
G3BP1	Amp_5p15.33	0.227	1
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3q-Del	Amp_3q26.2	0.229	1
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EPHA3	Amp_12q15	0.232	1
EPHA3	Del_19p13.2	0.232	1
EPHA3	Del_19q11	0.232	1
Amp_17q12	Del_15q15.1	0.232	1
APC	Del_17p13.3	0.233	1
1q-Amp	Del_Xp22.2	0.233	1
CTNNB1	8q-Amp	0.234	1
CXCR7	Del_18q21.32	0.234	1
SMARCA4	STK11	0.234	1
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KRAS	20q-Amp	0.235	1
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NLGN4X	8p-Del	0.236	1
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19p-Del	Amp_12q15	0.236	1
Amp_6p21.1	Del_12p13.2	0.236	1
Amp_8q24.21	Del_3q29	0.236	1
EPHB1	9q-Del	0.237	1
LRP1B	Del_9p21.3	0.237	1
MET	Amp_17q12	0.237	1
SETD2	Del_13q34	0.237	1
TPTE	Del_19p13.2	0.237	1
U2AF1	Amp_20q13.33	0.237	1
6q-Del	Amp_7p11.2	0.237	1
FCRLA	Del_13q14.2	0.238	1
GAGE2A	Del_9p23	0.238	1
KRAS	TTN	0.238	1
SLC4A3	9q-Del	0.238	1
ARID2	18p-Del	0.239	1
CTNNB1	Amp_11q13.3	0.239	1
FTSJD1	18p-Del	0.239	1
FTSJD1	Del_11q25	0.239	1
KRAS	Del_5q31.1	0.239	1
RBM10	SMARCA4	0.239	1
SMARCA4	Amp_12p12.1	0.239	1
SMARCA4	Del_5q31.1	0.239	1
CXCR7	Del_17p13.3	0.24	1
EGFR	5p-Amp	0.241	1
MAP2	Del_19q11	0.241	1
MMP16	21q-Del	0.241	1
DNMT3A	EGFR	0.242	1
EGFR	20q-Amp	0.242	1
NF1	RBM10	0.242	1
ZEB1	Del_9q21.11	0.242	1
1q-Amp	Del_16q23.1	0.242	1
8q-Amp	8p-Del	0.242	1
LRP1B	3q-Del	0.243	1
NF1	Del_13q14.2	0.243	1
EMG1	Amp_8q24.21	0.244	1
SMARCA4	Amp_8q24.21	0.244	1
STK19	Amp_8q24.21	0.244	1
MAP2	Del_19q13.33	0.245	1
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TPTE	Del_5q12.1	0.246	1
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EPHA3	Amp_12q14.1	0.247	1
ROBO2	Del_15q15.1	0.247	1
SLAMF9	9p-Del	0.247	1
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ABCB1	Del_19p13.2	0.248	1
LRP1B	Del_9q21.11	0.248	1
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NFE2L2	Amp_12p12.1	0.248	1
NLRP5	3q-Del	0.248	1
SMAD4	Amp_19q12	0.248	1
TCEAL5	6q-Del	0.248	1
19p-Del	Amp_12q14.1	0.248	1
ARID1A	MET	0.249	1
MET	SETD2	0.249	1
MET	Del_3p26.2	0.249	1
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SETD2	Del_15q15.1	0.249	1
BRAF	EPHA5	0.25	1
BRAF	21q-Del	0.25	1
CDKN2A	MGA	0.25	1
CDKN2A	Del_9q21.11	0.25	1
CDKN2A	Del_15q11.2	0.25	1
FTSJD1	Del_19p13.3	0.25	1
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EPHB1	Del_19p13.3	0.253	1
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ADAMTS19	ATM	0.254	1
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CTNNB1	Del_17p13.3	0.259	1
STIM1	8q-Amp	0.259	1
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ZEB1	Amp_7p11.2	0.26	1
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CACNA1F	EGFR	0.261	1
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MET	Del_1p13.1	0.261	1
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FAM65C	Del_13q14.2	0.262	1
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LRP1B	Del_11q23.2	0.263	1
NFE2L2	PAPPA2	0.263	1
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EPHA3	Del_21q11.2	0.267	1
EPHB1	Amp_11q13.3	0.267	1
FTSJD1	Del_10p15.3	0.267	1
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ARID1A	Amp_20q13.33	0.268	1
EPHB1	3q-Del	0.268	1
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STRA8	Amp_7p11.2	0.268	1
3q-Del	Amp_7q31.2	0.268	1
Amp_7q31.2	Del_14q32.12	0.268	1
PDGFRA	17p-Del	0.269	1
PTPRU	RBM10	0.269	1
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RBM10	Del_11p15.5	0.269	1
SMAD4	Del_16q23.1	0.269	1
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ZEB1	17p-Del	0.269	1
CACNA1F	Amp_1p22.3	0.27	1
EGFR	PTPRU	0.27	1
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EGFR	TRERF1	0.27	1
EGFR	Del_1p36.11	0.27	1
EPHA5	Del_9p21.3	0.27	1
LRP1B	NLRP6	0.27	1
LRP1B	RB1	0.27	1
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PRKCG	17p-Del	0.27	1
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ACVR1B	Del_18q21.32	0.271	1
ATM	TGFBR3	0.271	1
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TPTE	U2AF1	0.271	1
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CACNA1F	Del_6q26	0.272	1
NFE2L2	Amp_6p21.1	0.272	1
PAPPA2	20q-Amp	0.272	1
PAPPA2	Del_19q13.33	0.272	1
TCEAL5	Amp_12q15	0.272	1
TCEAL5	Del_19p13.2	0.272	1
7q-Amp	Del_19p13.3	0.272	1
ATM	Del_12p13.2	0.273	1
FCRLA	MGA	0.273	1
MET	19p-Del	0.274	1
PDGFRA	Del_13q12.13	0.274	1
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OR2L13	Amp_12q15	0.275	1
TP53	Amp_12q14.1	0.275	1
ARID1A	BRAF	0.276	1
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KRAS	Amp_8p11.21	0.276	1
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6q-Del	Del_2q22.1	0.276	1
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TCEAL5	Amp_12q14.1	0.28	1
1q-Amp	15q-Del	0.28	1
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SMARCA4	Amp_6p21.1	0.281	1
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ZEB1	Del_11p15.5	0.281	1
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Amp_12q14.1	Del_17p13.3	0.282	1
EPHB1	Del_6q26	0.283	1
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18q-Del	Amp_8p11.21	0.283	1
KRAS	PTPRU	0.284	1
KRAS	Del_13q34	0.284	1
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CSMD3	ERBB2	0.285	1
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DNMT3A	Amp_Xq28	0.285	1
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U2AF1	Del_19p13.3	0.285	1
BRAF	KEAP1	0.286	1
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ARID2	Amp_14q13.3	0.288	1
ABCB1	WDR66	0.289	1
NLGN4X	Del_18q21.32	0.289	1
TCEAL5	Del_13q14.2	0.289	1
CDKN2A	Amp_19q12	0.29	1
CDKN2A	Del_3p21.31	0.29	1
CTNNB1	Del_9p21.3	0.29	1
EPHA5	17p-Del	0.29	1
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RBM10	3q-Del	0.29	1
RIT1	8p-Del	0.29	1
SMARCA4	Del_3p26.2	0.29	1
NLRP6	1q-Amp	0.291	1
APC	19p-Del	0.292	1
APC	Del_12p13.2	0.292	1
PIK3CA	Del_3q29	0.292	1
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SMAD4	Amp_17q12	0.292	1
SMAD4	Del_19q13.33	0.292	1
EGFR	8q-Amp	0.293	1
EPHB1	6q-Del	0.293	1
EPHB1	Amp_12p12.1	0.293	1
FCRLA	17p-Del	0.293	1
NLRP5	19q-Del	0.293	1
NLRP5	Del_3q11.1	0.293	1
SRPX	Amp_8q24.21	0.293	1
7p-Amp	Del_6q26	0.293	1
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Amp_14q13.3	Del_1p36.11	0.293	1
BRAF	Del_21q11.2	0.294	1
FTSJD1	18q-Del	0.294	1
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DNMT3A	7p-Amp	0.295	1
TCEAL5	5p-Amp	0.295	1
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KRAS	Amp_6p21.1	0.297	1
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ROBO2	Del_13q12.11	0.297	1
SMARCA4	Amp_1q21.3	0.297	1
SMARCA4	Amp_12q14.1	0.297	1
20q-Amp	Del_1p13.1	0.297	1
Del_6q11.1	Del_Xp22.2	0.297	1
ATM	NFE2L2	0.298	1
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CSMD3	Del_17p13.3	0.298	1
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3p-Del	Amp_1p22.3	0.298	1
ABCB1	8p-Del	0.299	1
BRAF	SRPX	0.299	1
CSMD3	Amp_12q15	0.299	1
EPHB1	13q-Del	0.299	1
FAM65C	Del_9q21.11	0.299	1
MAP2	PIK3CA	0.299	1
MAP2	19p-Del	0.299	1
MGA	WT1	0.299	1
MMP16	PIK3CA	0.299	1
ZEB1	9p-Del	0.299	1
ZEB1	Amp_19q12	0.299	1
ZEB1	Del_3p21.31	0.299	1
Amp_7q31.2	Del_4q34.3	0.299	1
PIK3CA	Del_9p23	0.3	1
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EGFR	17q-Amp	0.301	1
ERBB2	TTN	0.301	1
KRAS	19p-Del	0.301	1
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7q-Amp	21q-Del	0.301	1
ACVR1B	7p-Amp	0.302	1
G3BP1	8q-Amp	0.302	1
GAGE2A	8q-Amp	0.302	1
GNAS	8q-Amp	0.302	1
PAK1	Amp_8p11.21	0.302	1
ZEB1	20p-Amp	0.302	1
ZEB1	Del_14q32.12	0.302	1
ZNF608	Amp_8p11.21	0.302	1
17q-Amp	Del_4q34.3	0.302	1
PIK3CA	7p-Amp	0.303	1
PIK3CA	Amp_8p11.21	0.303	1
DNMT3A	Amp_20q13.33	0.304	1
NLRP5	SETD2	0.304	1
NLRP5	Del_3p26.2	0.304	1
PAPPA2	Del_6q26	0.304	1
APC	18p-Del	0.305	1
EPHA3	18p-Del	0.305	1
EPHA3	Del_11q25	0.305	1
TGFBR3	Del_9p21.3	0.305	1
TPTE	Del_12q24.33	0.305	1
ZEB1	8p-Del	0.305	1
EPHA5	Amp_12q15	0.306	1
PAPPA2	PHKA1	0.306	1
TPTE	Del_19p13.3	0.306	1
7q-Amp	Del_6q26	0.306	1
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NFE2L2	Del_15q15.1	0.307	1
TCEAL5	Del_15q15.1	0.307	1
EGFR	RIT1	0.308	1
ERBB2	6q-Del	0.308	1
ERBB2	Amp_12p12.1	0.308	1
FAM65C	SMARCA4	0.308	1
ROBO2	3p-Del	0.308	1
SMARCA4	Del_1p13.1	0.308	1
SMARCA4	Del_21q11.2	0.308	1
TPTE	Del_19q13.33	0.308	1
PPP3CA	ROBO2	0.309	1
SLAMF9	Amp_12q14.1	0.309	1
STIM1	Amp_20q13.33	0.309	1
6q-Del	Amp_5p15.33	0.309	1
ARID2	8p-Del	0.31	1
DNMT3A	PIK3CA	0.31	1
ERBB2	Del_8p23.2	0.31	1
SETD2	Amp_7p11.2	0.31	1
STK11	8p-Del	0.31	1
ACVR1B	Amp_8q24.21	0.311	1
ATM	MGA	0.311	1
ATM	Del_9q21.11	0.311	1
KCNQ5	Amp_8q24.21	0.311	1
KRAS	SRPX	0.311	1
MET	9p-Del	0.311	1
SRPX	STK11	0.311	1
SRPX	Amp_5p15.33	0.311	1
STK11	Del_12p13.2	0.311	1
CDKN2A	Del_5q31.1	0.312	1
CDKN2A	Del_16q23.1	0.312	1
CXCR7	9p-Del	0.312	1
Amp_7p11.2	Del_3q11.1	0.312	1
ATM	RB1	0.313	1
ATM	Del_10q26.3	0.313	1
BRAF	19p-Del	0.313	1
EGFR	GNAS	0.313	1
MAP2	Del_13q12.13	0.313	1
PIK3CA	Del_9q21.11	0.313	1
RB1	Del_13q34	0.313	1
17q-Amp	Del_19q13.33	0.313	1
20p-Amp	Amp_17q12	0.313	1
20p-Amp	Del_19q13.33	0.313	1
3q-Del	Amp_17q12	0.313	1
6q-Del	Amp_11q13.3	0.313	1
ARID2	Amp_1p22.3	0.314	1
EPHB1	Del_3q11.1	0.314	1
FCRLA	Amp_7q31.2	0.314	1
FTSJD1	Amp_1p22.3	0.314	1
GAGE2A	Del_18q21.32	0.314	1
RPL5	Del_18q21.32	0.314	1
STRA8	Del_18q21.32	0.314	1
EPHA5	SMAD4	0.315	1
EPHA5	TRERF1	0.315	1
EPHA5	Del_1p36.11	0.315	1
NLRP5	ROBO2	0.315	1
RBM10	Del_5q31.1	0.315	1
ZEB1	Amp_11q13.3	0.315	1
ZEB1	Del_5q12.1	0.315	1
7q-Amp	13q-Del	0.315	1
7q-Amp	Del_4q34.3	0.315	1
17p-Del	Amp_12q14.1	0.315	1
ABCB1	NFE2L2	0.316	1
CACNA1F	Del_6q22.31	0.316	1
MET	3p-Del	0.316	1
MET	Del_10p15.3	0.316	1
MMP16	TCEAL5	0.316	1
U2AF1	18q-Del	0.316	1
ADAMTS19	Del_1p36.11	0.317	1
EPHB1	Del_19q13.33	0.317	1
KEAP1	Del_13q12.11	0.317	1
SETD2	Del_13q12.13	0.317	1
TRERF1	Del_21q11.2	0.317	1
CSMD3	Del_13q34	0.318	1
FAM65C	17p-Del	0.318	1
FTSJD1	Del_19p13.2	0.318	1
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5q-Del	Amp_12q15	0.318	1
ABCB1	18p-Del	0.319	1
MMP16	18p-Del	0.319	1
NF1	Del_9q21.11	0.319	1
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TCEAL5	Del_16q23.1	0.39	1
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TGFBR3	Del_11q25	0.438	1
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DNMT3A	Amp_12q15	0.45	1
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TCEAL5	Del_12p13.2	0.452	1
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WT1	Del_10q26.3	0.452	1
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ABCB1	15q-Del	0.461	1
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MGA	ZNF608	0.462	1
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NFE2L2	Del_18q21.32	0.462	1
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PAK1	Del_15q11.2	0.462	1
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FAM65C	Amp_8p11.21	0.467	1
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SRPX	7p-Amp	0.467	1
ZEB1	22q-Del	0.467	1
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G3BP1	Del_13q14.2	0.468	1
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GAGE2A	Del_13q14.2	0.468	1
NF1	19q-Del	0.468	1
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APC	EGFR	0.473	1
CSMD3	PAK1	0.473	1
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ERBB2	Del_19q13.33	0.474	1
PTPRU	Amp_7p11.2	0.474	1
RBM10	Del_13q12.13	0.474	1
SLC4A3	Amp_7p11.2	0.474	1
STK19	8q-Amp	0.474	1
U2AF1	Del_19q13.33	0.474	1
Amp_7p11.2	Del_1p36.11	0.474	1
CTNNB1	SLC4A3	0.475	1
CTNNB1	SMAD4	0.475	1
CTNNB1	TRERF1	0.475	1
CTNNB1	Del_11p15.5	0.475	1
CXCR7	Del_5q12.1	0.475	1
DNMT3A	TRERF1	0.475	1
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NLRP6	Amp_11q13.3	0.475	1
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NFE2L2	OR2L13	0.479	1
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TCEAL5	Del_10q26.3	0.479	1
19q-Del	Amp_8q24.21	0.479	1
Amp_7q31.2	Del_9p23	0.479	1
Amp_8q24.21	Del_3q11.1	0.479	1
EGFR	EMG1	0.48	1
EGFR	NUDT11	0.48	1
NFE2L2	Del_13q12.11	0.48	1
PHKA1	PIK3CA	0.48	1
PIK3CA	SLAMF9	0.48	1
PIK3CA	Del_2q22.1	0.48	1
PPP3CA	Del_12p13.2	0.48	1
PTPRU	Del_19p13.2	0.48	1
SETD2	7p-Amp	0.48	1
SLAMF9	19p-Del	0.48	1
SMAD4	Amp_6p21.1	0.48	1
SMAD4	Del_19p13.2	0.48	1
SMARCA4	7q-Amp	0.48	1
ACVR1B	NLRP5	0.481	1
ACVR1B	17p-Del	0.481	1
ADAMTS19	PIK3CA	0.481	1
ARID2	SRPX	0.481	1
ARID2	WDR66	0.481	1
ARID2	WT1	0.481	1
FAM65C	Del_6q11.1	0.481	1
KCNQ5	NLRP5	0.481	1
KCNQ5	17p-Del	0.481	1
NLGN4X	SETD2	0.481	1
NLRP5	PAK1	0.481	1
NLRP5	STIM1	0.481	1
NLRP5	1p-Amp	0.481	1
NLRP5	Del_12q12	0.481	1
PAK1	17p-Del	0.481	1
STIM1	17p-Del	0.481	1
ZNF608	17p-Del	0.481	1
18q-Del	Amp_20q13.33	0.481	1
Del_1p13.1	Del_12p13.2	0.481	1
Del_12p13.2	Del_21q11.2	0.481	1
ARID1A	Del_11q25	0.482	1
CACNA1F	Del_3p26.2	0.482	1
CDKN2A	MET	0.482	1
KRAS	SMAD4	0.482	1
KRAS	Del_11p15.5	0.482	1
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PIK3CA	Del_17p13.3	0.482	1
SETD2	TTN	0.482	1
SETD2	Del_11q25	0.482	1
BRAF	Del_16q23.1	0.483	1
RBM10	Amp_3q26.2	0.483	1
U2AF1	Del_9p21.3	0.483	1
5p-Amp	Del_3q11.1	0.483	1
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GAGE2A	Del_15q15.1	0.485	1
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ABCB1	Del_4q34.3	0.486	1
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WDR66	Del_Xp22.2	0.496	1
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TCEAL5	Del_6q11.1	0.507	1
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CXCR7	Del_19q13.33	0.508	1
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FAM65C	Amp_1p22.3	0.512	1
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MET	9q-Del	0.52	1
MET	Amp_20q13.33	0.52	1
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PIK3CA	Del_11q25	0.52	1
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18p-Del	19p-Del	0.52	1
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ACVR1B	Del_5q31.1	0.522	1
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EPHA3	Del_6q26	0.522	1
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G3BP1	NLRP5	0.522	1
G3BP1	17p-Del	0.522	1
GAGE2A	17p-Del	0.522	1
KCNQ5	RBM10	0.522	1
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NLRP5	RIT1	0.522	1
NUDT11	Amp_20q13.33	0.522	1
PAK1	RBM10	0.522	1
PAK1	Del_5q31.1	0.522	1
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RBM10	STIM1	0.522	1
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RBM10	1p-Amp	0.522	1
RBM10	Del_12q12	0.522	1
RIT1	17p-Del	0.522	1
RPL5	17p-Del	0.522	1
STK19	Amp_20q13.33	0.522	1
TCEAL5	Del_11q23.2	0.522	1
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1p-Amp	Del_16q23.1	0.522	1
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CACNA1F	Del_19p13.2	0.523	1
EPHA5	PIK3CA	0.523	1
PIK3CA	Del_6q22.31	0.523	1
SMARCA4	13q-Del	0.523	1
8q-Amp	Del_13q12.13	0.523	1
CACNA1F	ERBB2	0.524	1
CACNA1F	U2AF1	0.524	1
EPHA3	Del_15q15.1	0.524	1
ERBB2	Del_11q25	0.524	1
MAP2	Del_13q34	0.524	1
ROBO2	3q-Del	0.524	1
ROBO2	Del_14q32.12	0.524	1
SETD2	3p-Del	0.524	1
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MAP2	STK11	0.527	1
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MMP16	Del_3p26.2	0.532	1
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CDKN2A	Del_11p15.5	0.536	1
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SMAD4	Del_19q11	0.536	1
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18p-Del	Del_11q25	0.54	1
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KEAP1	TGFBR3	0.541	1
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ACVR1B	Del_19q13.33	0.544	1
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NLRP6	Del_12p13.2	0.544	1
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ZNF608	Del_19q13.33	0.544	1
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SMARCA4	Del_19q13.33	0.545	1
SRPX	Del_3q29	0.545	1
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ARID1A	Del_15q11.2	0.549	1
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RPL5	Amp_11q13.3	0.552	1
RPL5	Del_5q12.1	0.552	1
SLAMF9	Amp_8p11.21	0.552	1
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STRA8	Amp_11q13.3	0.552	1
TTN	3p-Del	0.552	1
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TCEAL5	15q-Del	0.553	1
Del_9p23	Del_12q12	0.553	1
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FCRLA	STK11	0.555	1
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PRKCG	3q-Del	0.555	1
PRKCG	Del_14q32.12	0.555	1
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RPL5	Del_10p15.3	0.649	1
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7p-Amp	3q-Del	0.649	1
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DNMT3A	Del_21q11.2	0.677	1
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Amp_11q13.3	Del_18q21.32	0.704	1
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STK19	Del_4q34.3	0.706	1
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PAK1	20p-Amp	0.72	1
PAK1	3q-Del	0.72	1
PAK1	Del_14q32.12	0.72	1
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ROBO2	20q-Amp	0.75	1
SIP1	Del_5q31.1	0.75	1
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Amp_Xq28	Del_15q15.1	0.75	1
APC	Del_11q23.2	0.751	1
NF1	Amp_6p21.1	0.751	1
CACNA1F	3q-Del	0.752	1
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PDGFRA	RB1	0.752	1
STIM1	Del_19p13.3	0.752	1
STK11	Amp_22q11.22	0.752	1
ZNF608	Del_19p13.3	0.752	1
17q-Amp	Del_11q25	0.752	1
Del_4q34.3	Del_10q26.3	0.752	1
EMG1	Amp_14q13.3	0.753	1
MET	Del_9p23	0.753	1
7q-Amp	9q-Del	0.753	1
Amp_11q13.3	Amp_12p12.1	0.753	1
Amp_12p12.1	Del_5q12.1	0.753	1
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FTSJD1	3q-Del	0.792	1
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RBM10	7q-Amp	0.8	1
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STK19	Del_1p36.11	0.825	1
STK19	Del_11p15.5	0.825	1
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SMARCA4	Del_12p13.2	0.826	1
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ERBB2	Del_18q21.32	0.828	1
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SLAMF9	Del_3p26.2	0.83	1
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7q-Amp	Del_19q13.33	0.83	1
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Del_4p16.3	Del_6q11.1	0.83	1
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NUDT11	Del_14q32.12	0.834	1
STK19	17q-Amp	0.834	1
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STK19	Del_14q32.12	0.834	1
TCEAL5	TPTE	0.834	1
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SMARCA4	Del_1p36.11	0.835	1
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FAM65C	Del_10p15.3	0.837	1
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MMP16	Del_8p23.2	0.837	1
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PTPRU	Amp_20q13.33	0.837	1
SLC4A3	Amp_1q21.3	0.837	1
SRPX	3p-Del	0.837	1
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WT1	Del_10p15.3	0.837	1
Amp_1q21.3	Del_1p36.11	0.837	1
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KCNQ5	Del_9q21.11	0.838	1
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MGA	PAK1	0.838	1
MGA	STIM1	0.838	1
MGA	1p-Amp	0.838	1
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STIM1	Del_9q21.11	0.838	1
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TPTE	7q-Amp	0.838	1
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OR2L13	RB1	0.839	1
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SLAMF9	Del_1p13.1	0.839	1
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STK11	Del_9p23	0.839	1
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EPHA5	Amp_Xq28	0.84	1
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NRAS	18p-Del	0.84	1
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ROBO2	ZEB1	0.84	1
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ARID2	PIK3CA	0.841	1
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KCNQ5	STIM1	0.842	1
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KCNQ5	1p-Amp	0.842	1
KCNQ5	Del_12q12	0.842	1
MAP2	Amp_7q31.2	0.842	1
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NLRP6	8p-Del	0.842	1
OR2L13	Del_13q12.13	0.842	1
PAK1	STIM1	0.842	1
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G3BP1	NLRP6	0.843	1
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NUDT11	Del_19q11	0.843	1
RIT1	Del_12q24.33	0.843	1
SMAD4	20q-Amp	0.843	1
STK19	21q-Del	0.843	1
STK19	Del_19q11	0.843	1
STRA8	Del_12q24.33	0.843	1
TGFBR3	Amp_12p12.1	0.843	1
TTN	Amp_17q23.1	0.843	1
20q-Amp	Del_1p36.11	0.843	1
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SMARCA4	Amp_11q13.3	0.878	1
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TP53	1p-Amp	0.878	1
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APC	NRAS	0.879	1
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NLRP5	RPL5	0.879	1
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CDKN2A	17p-Del	0.881	1
NLGN4X	5p-Amp	0.881	1
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TP53	8q-Amp	0.881	1
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Del_6q22.31	Del_12q24.33	0.881	1
ADAMTS19	CXCR7	0.882	1
CDKN2A	PTPRU	0.882	1
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CDKN2A	TRERF1	0.882	1
CXCR7	Del_1p13.1	0.882	1
CXCR7	Del_21q11.2	0.882	1
MMP16	ZEB1	0.882	1
NF1	NLRP5	0.882	1
PRKCG	SMAD4	0.882	1
PRKCG	Del_1p36.11	0.882	1
PRKCG	Del_11p15.5	0.882	1
SLC4A3	21q-Del	0.882	1
SLC4A3	Amp_22q11.22	0.882	1
TRERF1	21q-Del	0.882	1
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17q-Amp	Del_14q32.12	0.882	1
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15q-Del	Del_12p13.2	0.882	1
21q-Del	Del_11p15.5	0.882	1
8p-Del	Amp_7p11.2	0.882	1
Amp_7p11.2	Del_11p15.5	0.882	1
Amp_17q23.1	Del_6q26	0.882	1
Del_12q24.33	Del_21q11.2	0.882	1
ARID2	Del_2q22.1	0.883	1
ATM	Amp_1p22.3	0.883	1
MET	ROBO2	0.883	1
NF1	SETD2	0.883	1
NUDT11	7p-Amp	0.883	1
NUDT11	Amp_8p11.21	0.883	1
PDGFRA	Del_9p21.3	0.883	1
PHKA1	5q-Del	0.883	1
PHKA1	Del_6q11.1	0.883	1
PPP3CA	Del_6q11.1	0.883	1
ROBO2	15q-Del	0.883	1
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SLAMF9	5q-Del	0.883	1
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STIM1	Del_21q11.2	0.902	1
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FCRLA	Del_14q32.12	0.905	1
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NLGN4X	Del_19p13.2	0.905	1
PIK3CA	Del_13q14.2	0.905	1
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9q-Del	Del_4p16.3	0.905	1
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RIT1	Del_4q34.3	0.906	1
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CTNNB1	Del_19p13.2	0.907	1
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SMAD4	TGFBR3	0.907	1
SMAD4	WT1	0.907	1
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SRPX	Del_9p21.3	0.907	1
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KCNQ5	Del_12p13.2	0.908	1
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1q-Amp	Del_3p21.31	0.908	1
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STRA8	Del_19q13.33	0.911	1
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LRP1B	NF1	0.912	1
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PDGFRA	Del_10q26.3	0.913	1
RB1	Del_4q34.3	0.913	1
SLC4A3	8q-Amp	0.913	1
STIM1	7p-Amp	0.913	1
STIM1	Del_11q25	0.913	1
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CACNA1F	5p-Amp	0.914	1
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NLGN4X	ROBO2	0.914	1
PAPPA2	Del_13q14.2	0.914	1
U2AF1	Amp_1p22.3	0.914	1
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NRAS	SRPX	0.915	1
NRAS	TGFBR3	0.915	1
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5q-Del	Del_12q24.33	0.915	1
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G3BP1	SETD2	0.916	1
G3BP1	Amp_Xq28	0.916	1
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NLGN4X	PHKA1	0.916	1
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Del_11p15.5	Del_15q11.2	0.95	1
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17q-Amp	17p-Del	0.965	1
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RPL5	Del_19p13.2	0.969	1
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APC	Amp_8p11.21	0.973	1
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FCRLA	Amp_8p11.21	0.973	1
G3BP1	Del_9p23	0.973	1
KRAS	Del_11q23.2	0.973	1
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NF1	TTN	0.973	1
RB1	Amp_6p21.1	0.973	1
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SIP1	Del_5q12.1	0.973	1
TCEAL5	Del_12q24.33	0.973	1
TGFBR3	Del_13q34	0.973	1
TPTE	Del_15q15.1	0.973	1
TRERF1	8q-Amp	0.973	1
WT1	Del_13q34	0.973	1
ZEB1	18p-Del	0.973	1
8q-Amp	Amp_12q14.1	0.973	1
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ACVR1B	SRPX	0.974	1
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MAP2	TTN	1	1
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MMP16	Del_15q11.2	1	1
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NF1	TGFBR3	1	1
NF1	TP53	1	1
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RB1	Del_15q15.1	1	1
RB1	Del_17p13.3	1	1
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SIP1	Amp_Xq28	1	1
SIP1	Del_17p13.3	1	1
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WDR66	Del_4q34.3	1	1
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