		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1p12	121 (33%)	245	0.03633	0.146	0.91043	0.934	0.70122	0.807	0.88216	0.912	0.3682	0.563	0.2506	0.458	0.13952	0.328	0.53664	0.694	0.76067	0.837	0.67954	0.794
amp_1q21.3	203 (55%)	163	9.9999e-06	0.000239	0.075709	0.233	0.61233	0.745	0.52329	0.692	0.00425	0.0348	0.47151	0.652	0.00262	0.024	0.02074	0.0996	0.17164	0.371	0.079519	0.237
amp_1q44	201 (55%)	165	9.9999e-06	0.000239	0.0093899	0.0574	0.37827	0.57	0.14297	0.333	0.0088099	0.0551	0.36902	0.563	0.00434	0.0348	0.00258	0.024	0.02897	0.131	0.00479	0.0361
amp_3p13	103 (28%)	263	0.12233	0.304	0.53741	0.694	0.25711	0.461	0.052809	0.184	0.6029	0.743	0.2938	0.488	0.69637	0.806	0.11062	0.284	0.7605	0.837	0.8345	0.878
amp_4q12	65 (18%)	301	0.00308	0.0269	0.21932	0.427	0.13288	0.32	0.53568	0.694	0.75707	0.836	0.10141	0.276	0.068169	0.221	0.00107	0.012	0.4498	0.638	0.36947	0.563
amp_5p15.33	110 (30%)	256	3e-05	0.000589	0.13328	0.32	0.87177	0.903	0.73843	0.822	0.060629	0.205	0.56331	0.706	0.00446	0.0348	0.24701	0.456	0.2884	0.486	0.079029	0.237
amp_5q35.3	59 (16%)	307	0.00019	0.00307	0.00049	0.00674	0.055209	0.19	0.03444	0.145	0.01502	0.081	0.52466	0.692	0.78722	0.852	0.14914	0.343	0.25005	0.458	0.63988	0.762
amp_6p24.3	210 (57%)	156	9.9999e-06	0.000239	9.9999e-06	0.000239	0.1513	0.345	0.01641	0.0868	0.03421	0.145	0.0082199	0.0532	0.01717	0.0883	5e-05	0.000917	0.00209	0.0213	0.00055999	0.00751
amp_6q12	80 (22%)	286	0.54898	0.701	0.56053	0.705	0.32285	0.516	0.081609	0.24	0.45652	0.638	0.069849	0.222	0.067199	0.22	0.03158	0.141	0.49983	0.67	0.15282	0.347
amp_7p22.1	208 (57%)	158	9.9999e-06	0.000239	0.81427	0.868	0.64459	0.766	0.21356	0.423	0.02392	0.11	0.13182	0.32	0.52653	0.693	0.39885	0.594	0.8675	0.9	0.13793	0.326
amp_7q34	224 (61%)	142	3e-05	0.000589	0.48152	0.66	0.28664	0.486	0.94046	0.949	0.15862	0.352	0.25277	0.459	0.58961	0.732	0.22273	0.43	0.071289	0.225	0.48971	0.664
amp_8q11.21	163 (45%)	203	9.9999e-06	0.000239	0.0015	0.0159	0.67388	0.794	0.24552	0.455	0.01769	0.0901	0.01058	0.0619	0.94001	0.949	0.28801	0.486	0.53219	0.694	0.92767	0.945
amp_8q24.21	191 (52%)	175	9.9999e-06	0.000239	0.00358	0.0303	0.73739	0.822	0.93751	0.949	0.0096999	0.0585	0.31363	0.505	0.80055	0.86	0.12628	0.311	0.49232	0.664	0.92014	0.94
amp_11q13.3	69 (19%)	297	0.12613	0.311	0.085199	0.247	0.86232	0.897	0.8397	0.878	0.28318	0.484	0.45333	0.638	0.4208	0.614	0.068359	0.221	0.80484	0.863	0.27402	0.474
amp_12q14.1	58 (16%)	308	0.00318	0.0273	0.33238	0.525	0.88982	0.918	0.28663	0.486	0.04487	0.166	0.48791	0.664	0.59519	0.737	0.22456	0.432	0.27386	0.474	0.68045	0.794
amp_12q15	59 (16%)	307	0.072489	0.227	0.22709	0.433	0.8266	0.871	0.42593	0.618	0.097099	0.267	0.18639	0.39	0.31415	0.505	0.30996	0.503	0.49617	0.667	0.138	0.326
amp_13q31.3	104 (28%)	262	9.9999e-06	0.000239	9.9999e-06	0.000239	0.51046	0.68	0.27049	0.471	4e-04	0.00579	0.00103	0.0118	0.45258	0.638	0.55909	0.705	0.13144	0.32	0.93509	0.949
amp_15q26.2	119 (33%)	247	0.00044	0.00621	0.20549	0.417	0.93173	0.947	0.81047	0.867	0.15788	0.352	0.45701	0.638	0.67553	0.794	0.4861	0.663	0.10417	0.279	0.71373	0.807
amp_17q25.3	122 (33%)	244	0.00018	0.003	0.04104	0.16	0.056629	0.192	0.074169	0.23	0.42972	0.622	0.0071899	0.0485	0.78589	0.852	0.069479	0.222	0.41087	0.602	0.10887	0.284
amp_19p13.2	69 (19%)	297	0.00086999	0.0102	0.093729	0.262	0.5317	0.694	0.95755	0.963	0.00248	0.0235	0.13732	0.326	0.9736	0.977	0.38708	0.58	0.2434	0.454	0.83866	0.878
amp_20q13.33	187 (51%)	179	9.9999e-06	0.000239	0.00131	0.0144	0.77417	0.848	0.98883	0.99	0.0058099	0.0415	0.074569	0.23	0.38045	0.572	0.65045	0.769	0.74818	0.83	0.47792	0.657
amp_22q13.2	151 (41%)	215	3e-05	0.000589	0.04178	0.161	0.91953	0.94	0.71832	0.807	0.2346	0.443	0.13379	0.32	0.55631	0.705	0.10397	0.279	0.26132	0.462	0.19098	0.396
del_1p36.31	81 (22%)	285	0.03587	0.146	9.9999e-06	0.000239	0.25675	0.461	0.20845	0.42	0.03263	0.143	0.089929	0.255	0.11764	0.296	0.14053	0.329	0.51291	0.68	0.46186	0.643
del_1p22.1	97 (27%)	269	0.00086999	0.0102	9.9999e-06	0.000239	0.43117	0.622	0.21087	0.422	0.00015	0.00266	0.02242	0.106	0.10281	0.279	0.62988	0.753	0.16358	0.357	0.49219	0.664
del_2q37.3	93 (25%)	273	0.4226	0.615	0.096849	0.267	0.03945	0.156	0.01958	0.0958	0.0054299	0.0398	0.01852	0.0925	0.01423	0.0778	0.03488	0.145	0.20227	0.414	0.23842	0.447
del_3p25.1	71 (19%)	295	0.1726	0.371	0.239	0.447	0.37498	0.568	0.21783	0.427	0.52884	0.694	0.751	0.831	0.33388	0.525	0.25466	0.461	0.47623	0.656	0.4357	0.624
del_3q13.31	62 (17%)	304	0.16203	0.355	0.089849	0.255	0.26774	0.467	0.11793	0.296	0.054389	0.188	0.551	0.701	0.33438	0.525	0.061859	0.207	0.22765	0.433	0.6204	0.747
del_4p16.3	91 (25%)	275	0.54294	0.696	0.10926	0.284	0.67802	0.794	0.70537	0.807	0.17694	0.376	0.01708	0.0883	0.98959	0.99	0.20269	0.414	0.61893	0.747	0.44488	0.634
del_4q34.3	110 (30%)	256	0.26449	0.463	0.065269	0.215	0.34038	0.529	0.55173	0.701	0.076319	0.233	0.011	0.063	0.83723	0.878	0.00294	0.0265	0.11048	0.284	0.00305	0.0269
del_5p15.31	79 (22%)	287	0.64856	0.769	0.37707	0.57	0.24826	0.457	0.53595	0.694	0.81753	0.868	0.072359	0.227	0.62203	0.747	0.41149	0.602	0.20025	0.412	0.44932	0.638
del_5q12.1	97 (27%)	269	0.2344	0.443	0.22047	0.427	0.15596	0.352	0.11446	0.29	0.4916	0.664	0.0353	0.146	0.56196	0.706	0.58818	0.732	0.71785	0.807	0.77769	0.85
del_5q31.3	131 (36%)	235	0.27517	0.474	0.00245	0.0235	0.32463	0.518	0.30083	0.495	0.73668	0.822	0.17569	0.375	0.7013	0.807	0.60905	0.745	0.51305	0.68	0.60998	0.745
del_6q22.31	215 (59%)	151	9.9999e-06	0.000239	0.0052699	0.0392	0.92159	0.94	0.44513	0.634	0.00033	0.00491	0.16605	0.361	0.33855	0.529	0.25661	0.461	0.48431	0.663	0.45375	0.638
del_6q26	221 (60%)	145	9.9999e-06	0.000239	0.0097899	0.0585	0.78194	0.85	0.54011	0.696	0.00018	0.003	0.04704	0.172	0.095279	0.265	0.20418	0.416	0.67982	0.794	0.54691	0.7
del_8p23.3	89 (24%)	277	0.0086999	0.0551	0.10649	0.283	0.1988	0.411	0.16021	0.352	0.03974	0.156	0.2778	0.477	0.21077	0.422	0.41027	0.602	0.43502	0.624	0.23584	0.444
del_9p23	249 (68%)	117	9.9999e-06	0.000239	0.10126	0.276	0.6914	0.802	0.61175	0.745	0.0089399	0.0552	0.15664	0.352	0.03287	0.143	0.088779	0.255	0.89349	0.92	0.29763	0.493
del_9p21.3	278 (76%)	88	2e-05	0.00044	0.0073199	0.0485	0.70812	0.807	0.70254	0.807	2e-05	0.00044	0.0071699	0.0485	0.01428	0.0778	0.54222	0.696	0.68814	0.8	0.22686	0.433
del_10p15.3	199 (54%)	167	9.9999e-06	0.000239	0.04285	0.163	0.78954	0.852	0.2194	0.427	0.00065999	0.00844	0.00077999	0.00953	0.21624	0.426	0.21377	0.423	0.61643	0.747	0.32005	0.513
del_10q21.1	217 (59%)	149	9.9999e-06	0.000239	0.46603	0.647	0.6287	0.753	0.14723	0.34	0.01374	0.0763	0.03182	0.141	0.061979	0.207	0.1585	0.352	0.35294	0.545	0.82713	0.871
del_10q23.31	230 (63%)	136	9.9999e-06	0.000239	0.12688	0.312	0.84908	0.884	0.20864	0.42	0.00386	0.0322	0.0168	0.088	0.080669	0.239	0.29141	0.487	0.40681	0.601	0.71926	0.807
del_10q26.3	236 (64%)	130	9.9999e-06	0.000239	0.39578	0.592	0.81873	0.868	0.31084	0.503	0.00022	0.00346	0.00449	0.0348	0.050009	0.176	0.21284	0.423	0.28021	0.48	0.59709	0.738
del_11p15.5	114 (31%)	252	0.01969	0.0958	0.04891	0.175	0.57148	0.713	0.71432	0.807	0.53387	0.694	0.25933	0.462	0.2639	0.463	0.085409	0.247	0.03458	0.145	0.079569	0.237
del_11q23.3	202 (55%)	164	9.9999e-06	0.000239	0.33421	0.525	0.71919	0.807	0.26131	0.462	0.04373	0.164	0.00061999	0.00812	0.29339	0.488	0.04147	0.161	0.02392	0.11	0.0072499	0.0485
del_12q23.3	92 (25%)	274	0.01339	0.0751	0.036	0.146	0.78993	0.852	0.81833	0.868	0.3009	0.495	0.36751	0.563	0.2203	0.427	0.11002	0.284	0.79128	0.852	0.61133	0.745
del_13q34	85 (23%)	281	0.95071	0.958	0.0103	0.0609	0.04402	0.164	0.74338	0.826	0.81536	0.868	0.0071799	0.0485	0.71807	0.807	0.35209	0.545	0.15121	0.345	0.78126	0.85
del_14q23.3	120 (33%)	246	9.9999e-06	0.000239	0.78002	0.85	0.18988	0.396	0.24596	0.455	0.0056299	0.0407	0.03551	0.146	0.04785	0.172	0.56444	0.706	0.11046	0.284	0.02834	0.129
del_14q32.31	117 (32%)	249	9.9999e-06	0.000239	0.62012	0.747	0.3707	0.563	0.18327	0.386	0.00456	0.0348	0.03482	0.145	0.17272	0.371	0.60508	0.745	0.51136	0.68	0.04769	0.172
del_15q13.3	84 (23%)	282	0.050149	0.176	0.0107	0.0619	0.13329	0.32	0.30493	0.501	0.40125	0.595	0.01846	0.0925	0.33185	0.525	0.84557	0.882	0.055979	0.191	0.72644	0.814
del_15q21.1	91 (25%)	275	0.077729	0.236	0.10541	0.281	0.47171	0.652	0.33943	0.529	0.501	0.67	0.29033	0.487	0.45653	0.638	0.4104	0.602	0.26045	0.462	0.82542	0.871
del_16p13.3	62 (17%)	304	0.56026	0.705	0.089839	0.255	0.0079899	0.0523	0.33567	0.526	0.15954	0.352	0.10776	0.284	0.3109	0.503	0.35483	0.547	0.02382	0.11	0.14536	0.337
del_16q12.1	117 (32%)	249	0.26286	0.463	0.30657	0.502	0.050299	0.176	0.68176	0.794	0.03698	0.147	0.069969	0.222	0.15312	0.347	0.04403	0.164	0.18379	0.386	0.0472	0.172
del_16q24.3	133 (36%)	233	0.11204	0.285	0.62089	0.747	0.18126	0.383	0.90617	0.932	0.0087999	0.0551	0.00238	0.0234	0.04305	0.163	0.090389	0.255	0.01519	0.0811	0.03386	0.145
del_17p13.3	135 (37%)	231	0.25284	0.459	0.00023	0.00351	0.28914	0.486	0.63694	0.76	0.091279	0.256	0.01866	0.0925	0.71449	0.807	0.31027	0.503	0.69719	0.806	0.17322	0.371
del_19p13.3	104 (28%)	262	0.02082	0.0996	0.70437	0.807	0.00157	0.0163	0.063569	0.211	0.00077999	0.00953	0.00134	0.0145	0.76398	0.839	0.083929	0.246	0.43339	0.624	0.078879	0.237
del_xp21.1	87 (24%)	279	0.11954	0.299	9.9999e-06	0.000239	0.02245	0.106	0.11094	0.284	0.00436	0.0348	0.00221	0.0221	5e-05	0.000917	0.01288	0.073	0.0072699	0.0485	0.40118	0.595
