		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q21.2	69 (46%)	81	0.079649	0.139	0.71882	0.767	0.32297	0.409	0.91646	0.932	0.87079	0.899	0.00079999	0.00508	0.080639	0.139	0.93365	0.944	0.67602	0.735	0.070199	0.124
amp_2p24.1	62 (41%)	88	0.0034	0.0141	0.00062999	0.00435	0.19438	0.272	0.12677	0.192	0.02046	0.0491	0.04409	0.086	0.02895	0.063	0.03877	0.0779	0.04357	0.0853	0.03229	0.0681
amp_3q27.3	49 (33%)	101	0.076519	0.134	0.10232	0.167	0.00255	0.0116	0.00119	0.00688	0.00243	0.0113	0.0078399	0.0242	0.00084999	0.00519	0.00261	0.0118	0.00076999	0.00503	0.00389	0.0154
amp_4q12	20 (13%)	130	0.0077799	0.0242	0.65537	0.716	0.80296	0.84	0.4511	0.529	0.39603	0.471	0.39581	0.471	0.35198	0.435	0.33164	0.418	0.2754	0.362	0.37457	0.456
amp_7p22.1	126 (84%)	24	0.086279	0.147	0.079979	0.139	0.12412	0.19	0.091129	0.152	0.0283	0.0624	0.10456	0.169	0.0077499	0.0242	0.01143	0.0316	0.02213	0.0516	0.02096	0.0495
amp_7q11.22	120 (80%)	30	0.00055999	0.00411	0.03831	0.0773	0.01228	0.033	0.057039	0.104	9.9999e-05	0.00117	0.00233	0.0111	0.00014	0.00143	2e-04	0.00184	0.00014	0.00143	0.00080999	0.00508
amp_8q11.23	122 (81%)	28	0.00012	0.00134	0.01022	0.0291	0.00054999	0.0041	0.00013	0.00142	2e-05	0.000392	9.9999e-06	0.000336	6.9999e-05	0.000914	2e-05	0.000392	2e-05	0.000392	2e-05	0.000392
amp_8q23.3	108 (72%)	42	0.18449	0.261	0.00365	0.0148	0.02496	0.0564	0.0109	0.0305	0.00031	0.0026	0.00075999	0.00503	5e-05	0.000783	9.9999e-05	0.00117	0.00053999	0.00409	0.00164	0.00838
amp_12p13.33	145 (97%)	5	0.052369	0.0985	0.10218	0.167	0.15299	0.223	0.03785	0.077	0.083189	0.143	0.68269	0.736	0.37295	0.455	0.084399	0.144	0.086899	0.147	0.063709	0.113
amp_12p12.1	147 (98%)	3	0.055319	0.103	0.10782	0.173	0.29063	0.376	0.23507	0.317	0.44828	0.527	0.55939	0.622	0.059169	0.106	0.33762	0.421	0.3281	0.415	0.02319	0.0534
amp_12p11.21	144 (96%)	6	0.1078	0.173	0.03811	0.0772	0.15277	0.223	0.03524	0.073	0.03653	0.0753	0.49758	0.573	0.20635	0.285	0.03768	0.077	0.03923	0.0785	0.02426	0.0551
amp_12q15	100 (67%)	50	0.52555	0.591	0.92819	0.942	0.39041	0.468	1	1	0.81556	0.85	0.73228	0.775	0.29555	0.381	0.51365	0.586	0.52038	0.591	0.22671	0.308
amp_16q21	21 (14%)	129	0.00017	0.0016	0.37237	0.455	0.00306	0.0128	0.00141	0.00762	0.00295	0.0126	0.0075799	0.0239	0.00116	0.00681	0.0082999	0.0252	0.0025	0.0115	0.0088399	0.0263
amp_20q11.21	51 (34%)	99	0.00497	0.0181	0.00288	0.0125	0.01914	0.0466	0.01446	0.0367	0.00288	0.0125	0.03403	0.0708	0.01697	0.042	0.0069599	0.0229	0.0096899	0.0281	0.0079899	0.0245
amp_22q11.21	57 (38%)	93	4e-05	0.000696	0.0066499	0.0222	0.01189	0.0321	0.0052799	0.0182	0.00017	0.0016	9.9999e-06	0.000336	0.01318	0.0346	0.00015	0.00147	0.00028	0.00244	2e-05	0.000392
del_1p36.31	34 (23%)	116	0.28339	0.368	0.73367	0.775	0.15587	0.226	0.057179	0.104	0.00232	0.0111	0.051539	0.0973	0.00441	0.0166	0.00462	0.0172	0.0017	0.0085	0.01388	0.036
del_1p31.1	27 (18%)	123	0.0070199	0.0229	0.59993	0.66	0.35316	0.436	0.04933	0.0942	0.24602	0.328	0.72783	0.772	0.0081899	0.025	0.15208	0.223	0.065109	0.115	0.23884	0.321
del_1q42.12	9 (6%)	141	0.04012	0.0799	0.51874	0.59	0.83313	0.864	0.29119	0.376	0.5589	0.622	0.19621	0.274	0.12549	0.191	0.12734	0.192	0.49906	0.573	0.0083999	0.0253
del_2q37.3	15 (10%)	135	0.45883	0.534	0.04096	0.0812	0.41614	0.493	0.25335	0.335	0.056139	0.104	0.1723	0.246	0.21603	0.296	0.11775	0.184	0.10709	0.173	0.11869	0.184
del_3p26.2	41 (27%)	109	0.75874	0.798	0.02095	0.0495	0.087309	0.148	0.50448	0.577	0.00138	0.00754	0.00396	0.0154	0.0066099	0.0222	0.00364	0.0148	0.00166	0.00839	0.00057999	0.00419
del_4q22.2	110 (73%)	40	0.01989	0.0482	0.0326	0.0684	0.67875	0.735	0.55956	0.622	0.0090699	0.0268	0.0015	0.00783	0.00287	0.0125	0.00469	0.0174	0.03052	0.0652	0.0099499	0.0287
del_5p15.2	101 (67%)	49	0.18702	0.263	0.48685	0.562	0.1182	0.184	0.48578	0.562	0.21183	0.291	0.45667	0.533	0.54576	0.612	0.24271	0.325	0.28271	0.368	0.35732	0.44
del_5p14.3	103 (69%)	47	0.26446	0.348	0.31747	0.403	0.02079	0.0495	0.70357	0.755	0.18233	0.259	0.29656	0.381	0.64579	0.708	0.15122	0.222	0.19721	0.274	0.17948	0.256
del_5q12.1	105 (70%)	45	0.087969	0.148	0.10445	0.169	0.01136	0.0316	0.33468	0.421	0.032	0.0681	0.0075499	0.0239	0.38989	0.468	0.02302	0.0533	0.02891	0.063	0.01258	0.0332
del_6p22.3	24 (16%)	126	5.9999e-05	0.00091	0.01561	0.0388	0.00021	0.0019	0.00061999	0.00435	0.00408	0.0157	0.01178	0.0321	0.0051899	0.0182	0.00351	0.0145	0.00384	0.0154	0.0075699	0.0239
del_6q26	26 (17%)	124	0.0328	0.0685	0.00076999	0.00503	0.02366	0.054	0.01427	0.0366	0.0061199	0.021	0.00149	0.00783	0.01394	0.036	0.0051899	0.0182	0.0050199	0.0181	0.01561	0.0388
del_7q11.22	4 (3%)	146	0.31388	0.4	0.0075499	0.0239	0.11912	0.184	0.0286	0.0628	0.0094799	0.0277	0.03033	0.0651	0.0048	0.0176	0.0093599	0.0275	0.01027	0.0291	0.01437	0.0367
del_7q36.1	15 (10%)	135	0.050649	0.0964	0.88934	0.917	0.38593	0.466	0.02919	0.063	0.19956	0.277	0.0102	0.0291	0.16704	0.239	0.83144	0.864	0.38443	0.466	0.02921	0.063
del_9p24.3	70 (47%)	80	0.089029	0.149	0.89567	0.921	0.66704	0.727	0.4253	0.502	1	1	0.80404	0.84	0.33846	0.421	0.67784	0.735	1	1	0.79408	0.833
del_9p23	66 (44%)	84	0.03724	0.0764	0.91636	0.932	0.52228	0.591	0.34336	0.426	0.91333	0.932	0.52513	0.591	0.52269	0.591	0.91083	0.932	0.93214	0.944	0.83782	0.867
del_9q33.3	60 (40%)	90	0.00028	0.00244	0.3899	0.468	0.12776	0.192	0.056199	0.104	0.11627	0.184	0.0151	0.038	0.5777	0.639	0.055029	0.103	0.16491	0.237	0.18733	0.263
del_9q34.2	60 (40%)	90	0.00034	0.00276	0.2799	0.365	0.12705	0.192	0.056559	0.104	0.094239	0.155	0.00394	0.0154	0.50203	0.576	0.02757	0.0611	0.13859	0.205	0.1227	0.188
del_10p15.3	84 (56%)	66	0.00134	0.0075	0.00038	0.00298	0.00391	0.0154	0.00306	0.0128	0.00015	0.00147	0.0012	0.00688	0.02043	0.0491	0.00066999	0.00456	0.00034	0.00276	0.00038	0.00298
del_10q23.1	71 (47%)	79	0.0050899	0.0181	2e-05	0.000392	0.02349	0.0539	0.01361	0.0355	3e-05	0.000542	0.00029	0.00248	0.01803	0.0444	3e-05	0.000542	7.9999e-05	0.00102	0.00014	0.00143
del_10q26.3	76 (51%)	74	4e-04	0.00308	9.9999e-06	0.000336	0.01183	0.0321	0.00291	0.0125	2e-05	0.000392	0.00011	0.00126	0.02159	0.0507	6.9999e-05	0.000914	2e-05	0.000392	6.9999e-05	0.000914
del_11p15.5	94 (63%)	56	0.02563	0.0575	0.25436	0.336	0.15835	0.229	0.44745	0.527	0.00281	0.0125	0.00418	0.016	0.0052399	0.0182	0.00241	0.0113	0.0062399	0.0213	0.0070899	0.023
del_11p12	99 (66%)	51	0.055389	0.103	0.11112	0.177	0.13759	0.205	0.48597	0.562	0.0016	0.00826	0.0050799	0.0181	0.00209	0.0101	0.00137	0.00754	0.0065199	0.022	0.00422	0.016
del_11q12.3	114 (76%)	36	5e-05	0.000783	0.18545	0.262	0.03221	0.0681	0.02219	0.0516	8.9999e-05	0.00111	2e-05	0.000392	5e-05	0.000783	9.9999e-06	0.000336	6.9999e-05	0.000914	2e-05	0.000392
del_11q24.2	122 (81%)	28	6.9999e-05	0.000914	0.72233	0.768	0.59356	0.655	0.3102	0.397	0.0088199	0.0263	0.00058999	0.0042	0.01249	0.0332	0.0066999	0.0222	0.01505	0.038	0.00080999	0.00508
del_13q34	113 (75%)	37	0.04442	0.0861	0.55631	0.622	0.11319	0.18	0.16099	0.232	0.083849	0.144	0.00207	0.0101	0.12244	0.188	0.13038	0.196	0.2171	0.297	0.00207	0.0101
del_16q23.1	66 (44%)	84	0.00134	0.0075	0.23548	0.317	0.68279	0.736	0.38239	0.464	0.35977	0.441	0.39345	0.471	0.11693	0.184	0.20782	0.286	0.5715	0.634	0.22279	0.304
del_18p11.32	118 (79%)	32	0.69806	0.751	0.13094	0.196	0.71236	0.763	0.95922	0.965	0.04856	0.0935	0.24815	0.329	0.11886	0.184	0.01891	0.0463	0.27828	0.364	0.14519	0.214
del_18q22.2	125 (83%)	25	0.059019	0.106	0.14336	0.212	0.71985	0.767	0.95279	0.961	0.1087	0.174	0.13495	0.201	0.092389	0.154	0.0412	0.0814	0.23574	0.317	0.02571	0.0575
del_19q13.41	58 (39%)	92	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336	9.9999e-06	0.000336
del_20p12.1	29 (19%)	121	0.33582	0.421	0.33706	0.421	0.41412	0.492	0.45291	0.53	0.31105	0.397	0.094189	0.155	0.02615	0.0582	0.24507	0.327	0.062429	0.112	0.01245	0.0332
del_xp21.1	28 (19%)	122	0.057769	0.105	0.00086999	0.00524	0.89974	0.923	0.61973	0.681	0.04454	0.0861	0.050899	0.0965	0.04326	0.0851	0.071889	0.126	0.04914	0.0942	0.00084999	0.00519
del_xq27.3	30 (20%)	120	0.00113	0.00672	0.00147	0.00783	0.11872	0.184	0.74344	0.783	0.092849	0.154	0.063639	0.113	0.01091	0.0305	0.0116	0.0319	0.10195	0.167	0.058949	0.106
