		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	4 (1%)	495	0.0098399	0.0282	0.61607	0.748	NA	NA	NA	NA	0.60005	0.734	0.61518	0.748	0.26924	0.396	0.13906	0.232	0.65214	0.766	0.37307	0.52
1q gain	25 (5%)	474	9.9999e-06	0.000109	0.01894	0.0462	0.050929	0.107	0.053679	0.112	0.00051999	0.00238	3e-05	0.000239	0.12572	0.214	0.087719	0.17	0.02752	0.0644	0.02827	0.0659
3p gain	3 (1%)	496	0.00129	0.00501	0.55038	0.691	NA	NA	NA	NA	0.49349	0.633	0.58708	0.725	0.30327	0.436	0.18895	0.3	1	1	0.19104	0.301
4p gain	5 (1%)	494	4e-05	0.000299	0.0065199	0.0202	NA	NA	NA	NA	0.01637	0.0425	0.01381	0.0375	0.0408	0.0905	0.01392	0.0377	1	1	0.076099	0.149
4q gain	5 (1%)	494	2e-05	0.000182	0.0066399	0.0205	NA	NA	NA	NA	0.01662	0.0427	0.01365	0.0373	0.04208	0.093	0.01432	0.0384	1	1	0.076819	0.15
5p gain	21 (4%)	478	9.9999e-06	0.000109	0.0021	0.00751	0.12552	0.214	0.26128	0.389	0.0055699	0.0175	5.9999e-05	0.000407	0.00099999	0.00407	0.00011	0.000656	0.60099	0.734	0.00384	0.013
5q gain	17 (3%)	482	9.9999e-06	0.000109	5.9999e-05	0.000407	0.26784	0.395	0.090209	0.173	0.00021	0.00108	3e-05	0.000239	2e-04	0.00105	3e-05	0.000239	0.83849	0.947	0.00479	0.0156
7p gain	18 (4%)	481	9.9999e-06	0.000109	7.9999e-05	0.000519	0.23693	0.36	0.058229	0.121	0.00059999	0.00262	2e-04	0.00105	0.00049	0.00229	4e-05	0.000299	0.57371	0.713	0.0052399	0.0166
7q gain	20 (4%)	479	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.14141	0.236	0.01591	0.0418	0.00011	0.000656	4e-05	0.000299	6.9999e-05	0.000469	9.9999e-06	0.000109	0.6433	0.761	0.00093999	0.00388
8p gain	6 (1%)	493	0.00015	0.000843	0.41361	0.559	1	1	0.64525	0.761	0.59542	0.732	0.5387	0.679	0.45163	0.596	0.45276	0.596	1	1	1	1
8q gain	7 (1%)	492	3e-05	0.000239	0.20043	0.311	1	1	0.64517	0.761	0.82737	0.939	0.5194	0.659	0.79856	0.91	0.63165	0.755	0.89903	0.998	0.8938	0.997
9p gain	3 (1%)	496	0.00158	0.0059	0.54804	0.689	NA	NA	NA	NA	0.49215	0.633	0.58861	0.725	1	1	1	1	0.414	0.559	0.63375	0.755
9q gain	4 (1%)	495	0.01037	0.0293	0.79069	0.905	NA	NA	NA	NA	0.89811	0.998	0.38045	0.529	0.83933	0.947	1	1	0.16619	0.273	0.56769	0.71
11p gain	6 (1%)	493	0.00167	0.00619	0.0364	0.0817	0.88289	0.988	0.30546	0.438	0.052959	0.111	0.04575	0.1	0.0092399	0.0267	0.0070999	0.0218	0.4714	0.61	0.097339	0.179
11q gain	5 (1%)	494	0.00016	0.000866	0.059609	0.123	0.88518	0.989	0.30332	0.436	0.11048	0.193	0.12677	0.214	0.02716	0.0643	0.02257	0.0541	0.30876	0.442	0.27556	0.402
12p gain	14 (3%)	485	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.7671	0.886	0.089169	0.172	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	5e-05	0.000355	9.9999e-06	0.000109	0.553	0.693	0.00308	0.0106
12q gain	15 (3%)	484	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.76518	0.885	0.088639	0.171	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	2e-05	0.000182	9.9999e-06	0.000109	0.38211	0.53	0.00101	0.00408
13q gain	5 (1%)	494	3e-05	0.000239	0.01837	0.0457	0.63036	0.755	0.21851	0.336	0.04795	0.103	0.10119	0.183	0.23503	0.358	0.072449	0.144	0.84291	0.948	0.1969	0.307
14q gain	11 (2%)	488	9.9999e-06	0.000109	0.00013	0.000752	0.48341	0.624	0.1692	0.277	0.00056999	0.00253	9.9999e-05	0.000634	0.00073999	0.00316	5.9999e-05	0.000407	0.8517	0.955	0.0018	0.00652
16p gain	15 (3%)	484	9.9999e-06	0.000109	2e-05	0.000182	0.7001	0.813	0.085039	0.166	5.9999e-05	0.000407	5e-05	0.000355	0.00012	0.000708	9.9999e-06	0.000109	0.46392	0.603	0.00085999	0.0036
16q gain	13 (3%)	486	9.9999e-06	0.000109	0.00015	0.000843	0.44759	0.595	0.29294	0.424	0.00093999	0.00388	0.00031	0.00151	0.00168	0.00619	7.9999e-05	0.000519	0.61711	0.748	0.0081499	0.0242
17p gain	16 (3%)	483	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.32235	0.456	0.02999	0.0692	2e-05	0.000182	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.35701	0.503	0.00027	0.00134
17q gain	18 (4%)	481	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.6993	0.813	0.01706	0.0434	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.51267	0.655	0.00023	0.00117
18p gain	6 (1%)	493	3e-05	0.000239	0.092449	0.174	NA	NA	NA	NA	0.12713	0.214	0.2671	0.395	0.25322	0.381	0.1123	0.195	0.45462	0.597	0.396	0.544
18q gain	6 (1%)	493	9.9999e-06	0.000109	0.092969	0.174	NA	NA	NA	NA	0.12611	0.214	0.26644	0.395	0.25706	0.386	0.1111	0.193	0.45762	0.599	0.39909	0.546
19p gain	8 (2%)	491	9.9999e-06	0.000109	0.00017	0.000912	NA	NA	NA	NA	0.00054999	0.00248	0.00016	0.000866	7.9999e-05	0.000519	2e-05	0.000182	0.45227	0.596	0.02328	0.0556
19q gain	10 (2%)	489	9.9999e-06	0.000109	2e-05	0.000182	0.36673	0.514	0.069569	0.139	5e-05	0.000355	4e-05	0.000299	2e-05	0.000182	9.9999e-06	0.000109	0.63738	0.757	0.00152	0.00571
20p gain	12 (2%)	487	9.9999e-06	0.000109	0.00032	0.00155	0.4464	0.595	0.1041	0.186	0.00288	0.00994	0.00114	0.00451	0.00422	0.0142	0.00069999	0.00304	0.91382	1	0.094569	0.176
20q gain	12 (2%)	487	9.9999e-06	0.000109	0.00028	0.00138	0.44418	0.595	0.1032	0.185	0.00275	0.0096	0.00107	0.00429	0.00448	0.0147	0.00057999	0.00255	0.91364	1	0.094669	0.176
21q gain	5 (1%)	494	0.00024	0.00121	0.16779	0.275	NA	NA	NA	NA	0.2347	0.358	0.49282	0.633	0.44934	0.596	0.31104	0.444	0.69425	0.81	0.68503	0.8
xp gain	8 (2%)	491	9.9999e-06	0.000109	0.00216	0.00763	0.7762	0.893	0.51649	0.658	0.04736	0.102	0.059389	0.123	0.18362	0.294	0.072269	0.144	0.8004	0.91	0.18319	0.294
xq gain	9 (2%)	490	9.9999e-06	0.000109	0.011	0.0308	0.77378	0.892	0.51743	0.658	0.097639	0.179	0.14368	0.239	0.28008	0.407	0.13699	0.23	0.90851	1	0.39683	0.544
1p loss	4 (1%)	495	0.00013	0.000752	0.18484	0.294	NA	NA	NA	NA	0.23984	0.364	0.31902	0.452	0.11411	0.197	0.065639	0.133	0.84345	0.948	0.195	0.306
1q loss	3 (1%)	496	0.00145	0.00556	0.050209	0.106	NA	NA	NA	NA	0.10078	0.183	0.17112	0.279	0.02723	0.0643	0.01683	0.043	1	1	0.19136	0.301
2p loss	10 (2%)	489	9.9999e-06	0.000109	3e-05	0.000239	0.63493	0.755	0.094089	0.176	0.00011	0.000656	5e-05	0.000355	2e-05	0.000182	9.9999e-06	0.000109	0.26252	0.39	0.00038	0.00182
2q loss	10 (2%)	489	9.9999e-06	0.000109	2e-05	0.000182	0.57997	0.717	0.092889	0.174	9.9999e-05	0.000634	3e-05	0.000239	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.26072	0.389	0.00048	0.00227
3p loss	3 (1%)	496	0.00146	0.00556	0.04947	0.105	NA	NA	NA	NA	0.099739	0.182	0.17214	0.279	0.02726	0.0643	0.01602	0.0418	1	1	0.19134	0.301
3q loss	4 (1%)	495	0.00015	0.000843	0.01833	0.0457	0.36843	0.515	0.44628	0.595	0.03529	0.0804	0.0476	0.102	0.0081099	0.0242	0.00429	0.0144	1	1	0.066429	0.133
6p loss	4 (1%)	495	0.00021	0.00108	0.04552	0.1	NA	NA	NA	NA	0.459	0.599	0.41206	0.559	0.11569	0.199	0.066319	0.133	0.40087	0.547	0.1968	0.307
6q loss	7 (1%)	492	9.9999e-06	0.000109	0.0021	0.00751	0.10212	0.184	0.57761	0.716	0.03174	0.0729	0.01883	0.0461	0.0053799	0.017	0.00083999	0.00357	1	1	0.01065	0.0299
8p loss	4 (1%)	495	0.00011	0.000656	0.01799	0.0454	NA	NA	NA	NA	0.03602	0.0817	0.04682	0.102	0.0084899	0.0249	0.00431	0.0144	0.11002	0.193	0.01882	0.0461
8q loss	4 (1%)	495	0.00016	0.000866	0.01818	0.0456	NA	NA	NA	NA	0.03641	0.0817	0.04576	0.1	0.0081699	0.0242	0.00433	0.0144	0.11095	0.193	0.01866	0.0461
9p loss	19 (4%)	480	9.9999e-06	0.000109	0.03693	0.0824	0.94171	1	0.65028	0.766	0.03306	0.0756	0.062279	0.127	0.0090099	0.0262	0.0076599	0.0231	0.28592	0.414	0.00384	0.013
9q loss	25 (5%)	474	9.9999e-06	0.000109	0.10236	0.184	0.57268	0.713	0.11596	0.199	0.17479	0.283	0.060299	0.124	0.01003	0.0286	0.0071199	0.0218	0.28024	0.407	0.0044	0.0145
10p loss	7 (1%)	492	9.9999e-06	0.000109	0.01171	0.0324	0.36504	0.513	0.44555	0.595	0.0211	0.0508	0.01596	0.0418	0.0048	0.0156	0.00085999	0.0036	1	1	0.0097299	0.028
10q loss	6 (1%)	493	2e-05	0.000182	0.03622	0.0817	NA	NA	NA	NA	0.051549	0.108	0.04631	0.101	0.01432	0.0384	0.0051699	0.0165	1	1	0.02857	0.0664
11p loss	7 (1%)	492	9.9999e-06	0.000109	0.01116	0.0311	0.78211	0.898	0.9591	1	0.0075699	0.0229	0.01852	0.0459	0.00488	0.0157	0.00073999	0.00316	0.79948	0.91	0.01036	0.0293
11q loss	9 (2%)	490	2e-05	0.000182	0.0166	0.0427	0.60631	0.739	0.83	0.94	0.01663	0.0427	0.01933	0.0467	0.00050999	0.00237	0.00216	0.00763	0.9071	1	0.00282	0.00979
13q loss	14 (3%)	485	0.00147	0.00556	0.01555	0.0413	0.0073199	0.0223	0.13137	0.221	0.0050799	0.0163	0.0088399	0.0258	0.00117	0.0046	0.00055999	0.0025	0.10397	0.186	0.01221	0.0337
15q loss	8 (2%)	491	0.00011	0.000656	0.00021	0.00108	0.15342	0.254	0.096069	0.178	0.00052999	0.00241	0.00026	0.0013	0.00011	0.000656	4e-05	0.000299	0.4088	0.556	0.00147	0.00556
17p loss	8 (2%)	491	0.01293	0.0355	0.41479	0.559	0.63397	0.755	0.39342	0.542	0.63431	0.755	0.5998	0.734	0.091949	0.174	0.16166	0.266	0.12612	0.214	0.20743	0.32
17q loss	4 (1%)	495	0.1052	0.187	0.79165	0.905	NA	NA	NA	NA	0.9	0.998	0.66771	0.783	0.46913	0.608	0.56953	0.71	0.33058	0.467	0.68284	0.799
18p loss	4 (1%)	495	0.00174	0.00634	0.183	0.294	0.63089	0.755	0.39282	0.542	0.24044	0.364	0.31827	0.452	0.074309	0.146	0.091119	0.174	0.5314	0.671	0.27438	0.402
18q loss	4 (1%)	495	0.00173	0.00634	0.1849	0.294	0.63092	0.755	0.39342	0.542	0.24138	0.364	0.31774	0.452	0.074029	0.146	0.093049	0.174	0.53004	0.671	0.27494	0.402
19p loss	5 (1%)	494	0.0084999	0.0249	0.0064999	0.0202	0.11936	0.205	0.25978	0.389	0.01603	0.0418	0.01466	0.0391	0.00247	0.00867	0.00112	0.00446	0.1095	0.193	0.00129	0.00501
21q loss	8 (2%)	491	0.00095999	0.00393	0.16037	0.265	0.63289	0.755	0.22077	0.338	0.70858	0.821	0.42924	0.577	0.091999	0.174	0.03004	0.0692	0.46404	0.603	0.055469	0.115
22q loss	89 (18%)	410	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.40656	0.554	0.51005	0.653	9.9999e-06	0.000109	9.9999e-06	0.000109	0.00051999	0.00238	3e-05	0.000239	0.00016	0.000866	0.00039	0.00186
xp loss	4 (1%)	495	0.10665	0.189	0.18378	0.294	0.065519	0.133	0.20041	0.311	0.45887	0.599	0.21891	0.336	0.073819	0.146	0.092349	0.174	0.037	0.0824	0.096989	0.179
xq loss	3 (1%)	496	0.04763	0.102	0.04819	0.103	0.065559	0.133	0.20073	0.311	0.098329	0.18	0.17166	0.279	0.02739	0.0644	0.01793	0.0454	0.11015	0.193	0.01904	0.0462
