This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 90 genes and 15 clinical features across 480 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No gene mutations related to clinical features.
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 90 genes and 15 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.
Clinical Features |
Time to Death |
YEARS TO BIRTH |
PATHOLOGIC STAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
PATHOLOGY M STAGE |
GENDER |
RADIATION THERAPY |
KARNOFSKY PERFORMANCE SCORE |
HISTOLOGICAL TYPE |
NUMBER PACK YEARS SMOKED |
YEAR OF TOBACCO SMOKING ONSET |
RESIDUAL TUMOR |
RACE | ETHNICITY | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
TP53 | 255 (53%) | 225 |
0.129 (1.00) |
0.00611 (0.839) |
0.809 (1.00) |
0.48 (1.00) |
1 (1.00) |
0.393 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00553 (0.839) |
0.847 (1.00) |
0.0127 (0.9) |
0.00332 (0.839) |
0.165 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.0325 (1.00) |
0.034 (1.00) |
KRAS | 150 (31%) | 330 |
0.124 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.356 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0661 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.0589 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.184 (1.00) |
KEAP1 | 84 (18%) | 396 |
0.349 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.007 (0.839) |
0.0298 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.255 (1.00) |
EGFR | 67 (14%) | 413 |
0.0312 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.047 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.296 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.599 (1.00) |
STK11 | 76 (16%) | 404 |
0.165 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.00813 (0.839) |
0.837 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.855 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.386 (1.00) |
1 (1.00) |
RBM10 | 33 (7%) | 447 |
0.42 (1.00) |
0.00418 (0.839) |
0.202 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.307 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00607 (0.839) |
0.506 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.0175 (0.971) |
0.237 (1.00) |
0.383 (1.00) |
1 (1.00) |
RB1 | 26 (5%) | 454 |
0.713 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.0776 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.321 (1.00) |
ARID1A | 30 (6%) | 450 |
0.57 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.658 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.0904 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.0662 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.321 (1.00) |
NF1 | 55 (11%) | 425 |
0.822 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.886 (1.00) |
1 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.962 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.15 (1.00) |
1 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.576 (1.00) |
SMARCA4 | 38 (8%) | 442 |
0.285 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.0406 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.00296 (0.839) |
0.0585 (1.00) |
0.539 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00833 (0.839) |
BRAF | 38 (8%) | 442 |
0.266 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.048 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.321 (1.00) |
MGA | 40 (8%) | 440 |
0.558 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.664 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0964 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.0969 (1.00) |
0.424 (1.00) |
FTSJD1 | 24 (5%) | 456 |
0.224 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.0661 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.0287 (0.994) |
0.641 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.2 (1.00) |
1 (1.00) |
0.29 (1.00) |
1 (1.00) |
MET | 21 (4%) | 459 |
0.381 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.199 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.951 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.792 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
GAGE2A | 8 (2%) | 472 |
0.769 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.16 (1.00) |
1 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.337 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SETD2 | 30 (6%) | 450 |
0.4 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.954 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.15 (1.00) |
1 (1.00) |
0.296 (1.00) |
U2AF1 | 11 (2%) | 469 |
0.313 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.558 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0946 (1.00) |
0.525 (1.00) |
1 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.202 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ERBB2 | 11 (2%) | 469 |
0.645 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.761 (1.00) |
1 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.157 (1.00) |
1 (1.00) |
CDKN2A | 16 (3%) | 464 |
0.549 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.442 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.985 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.0169 (0.971) |
0.544 (1.00) |
0.0936 (1.00) |
0.188 (1.00) |
SRPX | 14 (3%) | 466 |
0.844 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.923 (1.00) |
1 (1.00) |
0.277 (1.00) |
1 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.512 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ATM | 42 (9%) | 438 |
0.485 (1.00) |
0.0108 (0.865) |
0.901 (1.00) |
0.327 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.872 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0283 (0.994) |
0.0451 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.0787 (1.00) |
TCEAL5 | 13 (3%) | 467 |
0.042 (1.00) |
0.0114 (0.865) |
0.884 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.768 (1.00) |
1 (1.00) |
0.779 (1.00) |
1 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.129 (1.00) |
PPP3CA | 12 (2%) | 468 |
0.235 (1.00) |
0.0906 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.662 (1.00) |
1 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.758 (1.00) |
1 (1.00) |
0.307 (1.00) |
1 (1.00) |
|
FCRLA | 15 (3%) | 465 |
0.663 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.28 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.151 (1.00) |
1 (1.00) |
ARID2 | 24 (5%) | 456 |
0.227 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.529 (1.00) |
1 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.306 (1.00) |
1 (1.00) |
APC | 20 (4%) | 460 |
0.96 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.652 (1.00) |
1 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.198 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ZEB1 | 32 (7%) | 448 |
0.15 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.147 (1.00) |
1 (1.00) |
0.066 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.488 (1.00) |
1 (1.00) |
SIP1 | 4 (1%) | 476 |
0.809 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.786 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.1 (1.00) |
1 (1.00) |
||||
SLC4A3 | 18 (4%) | 462 |
0.985 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.644 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
STK19 | 5 (1%) | 475 |
0.0872 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.822 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0651 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.784 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
NUDT11 | 5 (1%) | 475 |
0.387 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0202 (0.971) |
0.424 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.376 (1.00) |
1 (1.00) |
||||
SLAMF9 | 12 (2%) | 468 |
0.167 (1.00) |
0.0755 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.461 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.368 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.173 (1.00) |
DNMT3A | 18 (4%) | 462 |
0.686 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.395 (1.00) |
1 (1.00) |
0.231 (1.00) |
1 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.0598 (1.00) |
0.092 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.741 (1.00) |
1 (1.00) |
CTNNB1 | 19 (4%) | 461 |
0.143 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.0501 (1.00) |
0.308 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.201 (1.00) |
1 (1.00) |
PTPRU | 18 (4%) | 462 |
0.786 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.0732 (1.00) |
1 (1.00) |
0.338 (1.00) |
1 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.0227 (0.975) |
0.73 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
1 (1.00) |
PIK3CA | 28 (6%) | 452 |
0.47 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.381 (1.00) |
0.0773 (1.00) |
1 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.308 (1.00) |
ZNF608 | 9 (2%) | 471 |
0.146 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.239 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.0796 (1.00) |
0.0361 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.531 (1.00) |
1 (1.00) |
|
STIM1 | 9 (2%) | 471 |
0.0672 (1.00) |
0.0649 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.921 (1.00) |
0.604 (1.00) |
1 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.486 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
EMG1 | 5 (1%) | 475 |
0.695 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.828 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.266 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
PHKA1 | 12 (2%) | 468 |
0.435 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.505 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0433 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.0434 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.0419 (1.00) |
0.0996 (1.00) |
0.679 (1.00) |
1 (1.00) |
PAK1 | 9 (2%) | 471 |
0.498 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.0198 (0.971) |
0.376 (1.00) |
0.016 (0.971) |
0.336 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.573 (1.00) |
1 (1.00) |
NRAS | 3 (1%) | 477 |
0.796 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.469 (1.00) |
1 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.597 (1.00) |
1 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.0791 (1.00) |
0.246 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
G3BP1 | 8 (2%) | 472 |
0.97 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.0728 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.54 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.0543 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.0979 (1.00) |
||
TRERF1 | 18 (4%) | 462 |
0.265 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.0742 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.188 (1.00) |
CACNA1F | 27 (6%) | 453 |
0.854 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0451 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.0728 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.448 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.283 (1.00) |
NFE2L2 | 13 (3%) | 467 |
0.055 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.986 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.228 (1.00) |
1 (1.00) |
RPL5 | 8 (2%) | 472 |
0.515 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.0848 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.111 (1.00) |
1 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
|
STRA8 | 8 (2%) | 472 |
0.765 (1.00) |
0.0838 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.0212 (0.971) |
1 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.158 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00932 (0.839) |
0.0821 (1.00) |
|
NLRP6 | 10 (2%) | 470 |
0.451 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.0738 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
|
FAM65C | 14 (3%) | 466 |
0.048 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.663 (1.00) |
1 (1.00) |
0.588 (1.00) |
1 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.159 (1.00) |
WDR66 | 14 (3%) | 466 |
0.427 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.592 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.67 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.129 (1.00) |
RIT1 | 8 (2%) | 472 |
0.893 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
1 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.724 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
0.222 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
TGFBR3 | 14 (3%) | 466 |
0.841 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.0659 (1.00) |
1 (1.00) |
0.588 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.0833 (1.00) |
0.871 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.83 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
CXCR7 | 10 (2%) | 470 |
0.576 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.0199 (0.971) |
0.36 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00699 (0.839) |
1 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.0245 (0.975) |
0.702 (1.00) |
0.518 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GAN | 10 (2%) | 470 |
0.187 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.0467 (1.00) |
1 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.567 (1.00) |
0.424 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
TMEM49 | 5 (1%) | 475 |
0.991 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.0348 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.0663 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.537 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
HSPA8 | 9 (2%) | 471 |
0.154 (1.00) |
0.0062 (0.839) |
0.444 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.0706 (1.00) |
0.739 (1.00) |
1 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0979 (1.00) |
CD244 | 12 (2%) | 468 |
0.802 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.979 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.911 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.0904 (1.00) |
1 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.159 (1.00) |
|
KIF18B | 4 (1%) | 476 |
0.634 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.0233 (0.975) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.128 (1.00) |
1 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.00919 (0.839) |
1 (1.00) |
|||
PDE6A | 16 (3%) | 464 |
0.891 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.531 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.331 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.128 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0261 (0.978) |
0.216 (1.00) |
CHRND | 16 (3%) | 464 |
0.0815 (1.00) |
0.092 (1.00) |
0.991 (1.00) |
0.519 (1.00) |
1 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.0216 (0.971) |
1 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.692 (1.00) |
1 (1.00) |
0.539 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
KLK1 | 8 (2%) | 472 |
0.353 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.0698 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.113 (1.00) |
|
KLHL5 | 14 (3%) | 466 |
0.507 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.608 (1.00) |
0.307 (1.00) |
1 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.67 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0198 (0.971) |
DSC2 | 20 (4%) | 460 |
0.302 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.494 (1.00) |
1 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.0115 (0.865) |
0.611 (1.00) |
0.809 (1.00) |
1 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.23 (1.00) |
RNF160 | 15 (3%) | 465 |
0.245 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.457 (1.00) |
1 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.771 (1.00) |
1 (1.00) |
0.202 (1.00) |
AIFM1 | 12 (2%) | 468 |
0.0882 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.505 (1.00) |
1 (1.00) |
0.000617 (0.833) |
0.639 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.0921 (1.00) |
1 (1.00) |
0.15 (1.00) |
1 (1.00) |
DOT1L | 14 (3%) | 466 |
0.803 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.792 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.0473 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.403 (1.00) |
1 (1.00) |
0.159 (1.00) |
MCM9 | 3 (1%) | 477 |
0.309 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.879 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.0246 (0.975) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
NCKAP1L | 19 (4%) | 461 |
0.882 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.942 (1.00) |
1 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.997 (1.00) |
0.772 (1.00) |
1 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.202 (1.00) |
|
ESYT3 | 8 (2%) | 472 |
0.883 (1.00) |
0.703 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.371 (1.00) |
1 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.935 (1.00) |
0.697 (1.00) |
1 (1.00) |
0.434 (1.00) |
1 (1.00) |
MIA2 | 13 (3%) | 467 |
0.491 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.362 (1.00) |
1 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.0185 (0.971) |
0.92 (1.00) |
0.0814 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
TUBB4 | 17 (4%) | 463 |
0.206 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.197 (1.00) |
1 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.741 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ABHD12B | 7 (1%) | 473 |
0.176 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.784 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.708 (1.00) |
1 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.935 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ANTXR1 | 19 (4%) | 461 |
0.587 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.263 (1.00) |
1 (1.00) |
0.486 (1.00) |
1 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.0717 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.0853 (1.00) |
1 (1.00) |
FLCN | 9 (2%) | 471 |
0.264 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.777 (1.00) |
1 (1.00) |
0.422 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.626 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF556 | 12 (2%) | 468 |
0.777 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.188 (1.00) |
1 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.0611 (1.00) |
0.614 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ASCL3 | 7 (1%) | 473 |
0.297 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.192 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.0364 (1.00) |
0.256 (1.00) |
1 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.136 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
DSG3 | 33 (7%) | 447 |
0.0275 (0.994) |
0.66 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.766 (1.00) |
1 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.00259 (0.839) |
0.686 (1.00) |
0.948 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.366 (1.00) |
1 (1.00) |
C5AR1 | 5 (1%) | 475 |
0.597 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.825 (1.00) |
1 (1.00) |
0.665 (1.00) |
1 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.0883 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ASXL2 | 18 (4%) | 462 |
0.367 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.0976 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.141 (1.00) |
1 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.0253 (0.975) |
0.808 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.244 (1.00) |
1 (1.00) |
DLX5 | 13 (3%) | 467 |
0.42 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.0595 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.122 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
ATAD2 | 14 (3%) | 466 |
0.43 (1.00) |
0.86 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.399 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.625 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RAF1 | 6 (1%) | 474 |
0.722 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.129 (1.00) |
1 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.119 (1.00) |
1 (1.00) |
0.377 (1.00) |
1 (1.00) |
|
A2M | 20 (4%) | 460 |
0.0775 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.674 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.0913 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.972 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.319 (1.00) |
1 (1.00) |
SND1 | 16 (3%) | 464 |
0.231 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.516 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0216 (0.971) |
0.225 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.542 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
C7ORF36 | 6 (1%) | 474 |
0.597 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.696 (1.00) |
1 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.0728 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HTRA1 | 10 (2%) | 470 |
0.807 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.198 (1.00) |
1 (1.00) |
0.663 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.528 (1.00) |
1 (1.00) |
ADAMTS2 | 39 (8%) | 441 |
0.342 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.998 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.173 (1.00) |
1 (1.00) |
TAF1L | 50 (10%) | 430 |
0.818 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.0984 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.807 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.466 (1.00) |
PLEKHB2 | 6 (1%) | 474 |
0.868 (1.00) |
0.501 (1.00) |
1 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.696 (1.00) |
1 (1.00) |
0.421 (1.00) |
1 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.766 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
-
Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline
-
Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/LUAD-TP/20217686/transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/LUAD-TP/19775350/LUAD-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 480
-
Number of significantly mutated genes = 90
-
Number of selected clinical features = 15
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.