		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	51 (12%)	390	9.9999e-06	6.69e-05	0.0073099	0.0197	0.089639	0.156	0.10508	0.176	0.0060099	0.0167	0.12697	0.203	0.00031	0.00128	0.00259	0.00795	0.02614	0.0571	0.02674	0.0578
1q gain	103 (23%)	338	9.9999e-06	6.69e-05	0.00015	0.000675	0.13118	0.209	0.02158	0.0483	0.00012	0.000559	0.054899	0.105	0.00049	0.00195	0.00114	0.004	0.0012	0.00415	0.0096799	0.0254
2p gain	77 (17%)	364	9.9999e-06	6.69e-05	0.00037	0.00148	0.42539	0.517	0.31525	0.412	0.17421	0.261	0.11574	0.189	3e-05	0.000175	0.00189	0.00607	0.051269	0.0991	0.03073	0.0652
2q gain	66 (15%)	375	9.9999e-06	6.69e-05	0.0090299	0.0238	0.4068	0.498	0.46566	0.557	0.080969	0.144	0.0059499	0.0166	0.00053999	0.00208	0.02499	0.055	0.0074499	0.02	0.17363	0.261
3p gain	53 (12%)	388	0.00199	0.00632	0.40668	0.498	0.01597	0.0383	0.086479	0.152	0.58406	0.672	0.31852	0.414	0.24666	0.347	0.31032	0.408	0.11859	0.193	0.30698	0.406
3q gain	93 (21%)	348	9.9999e-06	6.69e-05	0.11974	0.195	0.059289	0.111	0.2297	0.328	0.088099	0.155	0.39629	0.49	0.11355	0.187	0.12782	0.204	0.21222	0.308	0.17576	0.262
4p gain	21 (5%)	420	0.078739	0.141	0.7079	0.767	0.16629	0.254	0.062959	0.118	0.25495	0.354	0.26147	0.361	0.88096	0.9	0.093619	0.162	0.25479	0.354	0.060199	0.113
4q gain	16 (4%)	425	0.43195	0.521	0.66875	0.735	0.87619	0.896	0.11108	0.184	0.03391	0.0708	0.65569	0.725	0.73169	0.782	0.03213	0.0678	0.34262	0.438	0.04858	0.096
5p gain	102 (23%)	339	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.68177	0.744	0.10358	0.175	3e-05	0.000175	0.00324	0.00972	0.00017	0.000748	9.9999e-06	6.69e-05	0.01251	0.0317	0.00019	0.000819
5q gain	44 (10%)	397	0.0107	0.0276	0.32465	0.419	0.64123	0.714	0.20207	0.294	0.26819	0.366	0.3797	0.477	0.58709	0.674	0.40591	0.498	0.089699	0.156	0.37669	0.474
6p gain	78 (18%)	363	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.066459	0.123	0.04096	0.0836	8.9999e-05	0.000426	0.0050899	0.0145	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00264	0.00807	9.9999e-06	6.69e-05
6q gain	64 (15%)	377	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.02859	0.0614	0.03165	0.0669	0.00051999	0.00202	0.00419	0.012	0.00013	0.000592	0.00013	0.000592	0.00135	0.00458	4e-05	0.000223
7p gain	197 (45%)	244	9.9999e-06	6.69e-05	0.00033	0.00135	0.34551	0.44	0.10503	0.176	0.26726	0.366	0.20049	0.293	0.11018	0.183	0.01244	0.0317	0.79098	0.831	0.0016	0.00529
7q gain	169 (38%)	272	9.9999e-06	6.69e-05	0.00060999	0.00234	0.38592	0.48	0.37144	0.468	0.2893	0.387	0.41434	0.506	0.25964	0.359	0.25425	0.354	0.72089	0.777	0.02964	0.0633
8p gain	182 (41%)	259	8.9999e-05	0.000426	0.04433	0.0895	0.18818	0.278	0.39708	0.49	0.63122	0.706	0.03678	0.076	0.17481	0.261	0.61296	0.692	0.33503	0.429	0.75153	0.798
8q gain	237 (54%)	204	0.0089299	0.0236	0.01306	0.0329	0.6176	0.695	0.55641	0.646	0.04995	0.0975	0.56175	0.649	0.01573	0.0378	0.10539	0.176	0.44304	0.532	0.29012	0.387
9p gain	60 (14%)	381	0.094179	0.162	0.98574	0.987	0.95072	0.955	0.78234	0.823	0.71498	0.772	0.17673	0.262	0.74918	0.797	0.6464	0.718	0.43336	0.522	0.22267	0.319
9q gain	78 (18%)	363	0.21545	0.312	0.6267	0.702	0.49143	0.583	0.67973	0.744	0.5142	0.603	0.13325	0.211	1	1	0.80727	0.844	0.18521	0.274	0.16906	0.256
10p gain	98 (22%)	343	9.9999e-06	6.69e-05	0.00011	0.000515	0.76335	0.807	0.59061	0.674	0.00391	0.0114	0.16875	0.256	0.39291	0.487	0.00169	0.00552	0.32256	0.417	0.059219	0.111
10q gain	70 (16%)	371	9.9999e-06	6.69e-05	0.04015	0.0821	0.50792	0.596	0.68822	0.749	0.01671	0.0397	0.098819	0.168	0.72901	0.781	0.29319	0.391	0.83784	0.867	0.064099	0.119
11p gain	64 (15%)	377	9.9999e-06	6.69e-05	0.00051999	0.00202	0.21908	0.315	0.25299	0.353	0.16447	0.252	0.0097799	0.0255	5.9999e-05	0.000306	6.9999e-05	0.000348	0.04743	0.0942	0.04618	0.0924
11q gain	74 (17%)	367	9.9999e-06	6.69e-05	0.00016	0.000708	0.03618	0.075	0.18995	0.28	0.13783	0.217	0.00128	0.00441	9.9999e-06	6.69e-05	5e-05	0.00027	0.00371	0.0109	0.0063399	0.0175
12p gain	90 (20%)	351	0.00018	0.000784	0.20095	0.293	0.16504	0.253	0.46942	0.56	0.10826	0.18	0.01542	0.0373	0.01068	0.0276	0.35588	0.451	0.16258	0.25	0.11854	0.193
12q gain	77 (17%)	364	0.00363	0.0107	0.093839	0.162	0.00212	0.00668	0.36649	0.462	0.90824	0.922	0.073899	0.134	0.04952	0.0971	0.60821	0.689	0.35403	0.449	0.33387	0.429
13q gain	154 (35%)	287	9.9999e-06	6.69e-05	6.9999e-05	0.000348	0.089579	0.156	0.81664	0.849	0.0146	0.0359	0.2829	0.382	0.0013	0.00446	0.00071999	0.00269	0.01516	0.0369	0.02041	0.0466
14q gain	29 (7%)	412	5.9999e-05	0.000306	0.15192	0.237	0.54518	0.635	0.73655	0.785	0.31694	0.413	0.34199	0.438	0.00159	0.00528	0.38084	0.477	0.15127	0.237	0.30541	0.404
15q gain	39 (9%)	402	5.9999e-05	0.000306	6.9999e-05	0.000348	0.35682	0.452	0.051159	0.0991	0.04992	0.0975	0.086279	0.152	0.089449	0.156	0.00306	0.00921	0.43516	0.523	0.17177	0.26
16p gain	59 (13%)	382	0.00113	0.004	0.090909	0.158	0.4995	0.59	0.02292	0.0509	0.097389	0.167	0.46684	0.558	0.75322	0.798	0.79363	0.832	0.47504	0.566	0.61916	0.696
16q gain	47 (11%)	394	0.00268	0.00816	0.80856	0.844	0.91858	0.93	0.167	0.254	0.17454	0.261	0.12646	0.203	0.73366	0.783	0.75042	0.798	0.24773	0.347	0.15706	0.244
17p gain	29 (7%)	412	0.00113	0.004	0.052759	0.102	0.8542	0.88	0.89993	0.915	0.11055	0.183	0.092979	0.161	0.1208	0.196	0.28236	0.382	0.1735	0.261	0.57609	0.665
17q gain	62 (14%)	379	5e-05	0.00027	0.04803	0.0951	0.67439	0.739	0.60241	0.684	0.32966	0.424	0.04191	0.0851	0.01618	0.0387	0.2472	0.347	0.15526	0.242	0.02592	0.0567
18p gain	84 (19%)	357	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.29852	0.396	0.00031	0.00128	0.0095099	0.025	0.31419	0.412	2e-05	0.000126	2e-05	0.000126	0.00414	0.012	0.00034	0.00138
18q gain	54 (12%)	387	0.0061499	0.017	0.00283	0.00859	0.82041	0.851	0.051779	0.0999	0.29748	0.396	0.49967	0.59	0.02739	0.059	0.02657	0.0577	0.40136	0.494	0.25704	0.356
19p gain	54 (12%)	387	4e-05	0.000223	0.65356	0.723	0.070399	0.129	0.16785	0.255	0.60987	0.69	0.24306	0.344	0.5028	0.593	0.72279	0.778	0.84284	0.87	0.4278	0.519
19q gain	78 (18%)	363	9.9999e-06	6.69e-05	0.11203	0.185	0.01705	0.0404	0.03366	0.0705	0.014	0.0348	0.0066899	0.0182	0.02509	0.0551	0.070609	0.129	0.01714	0.0404	0.04523	0.0909
20p gain	243 (55%)	198	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.088729	0.156	0.01453	0.0359	0.00094999	0.00347	7.9999e-05	0.000383	5.9999e-05	0.000306	9.9999e-06	6.69e-05	7.9999e-05	0.000383	0.00035	0.00141
20q gain	279 (63%)	162	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.10387	0.175	0.00156	0.0052	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	7.9999e-05	0.000383	9.9999e-06	6.69e-05
21q gain	21 (5%)	420	0.00013	0.000592	0.00144	0.00486	0.12668	0.203	0.36342	0.459	0.01723	0.0405	0.080939	0.144	0.01775	0.0413	0.00018	0.000784	0.28829	0.387	0.0053499	0.0151
22q gain	32 (7%)	409	0.00227	0.00702	0.1212	0.196	0.59801	0.68	0.81821	0.85	0.30945	0.408	0.71406	0.772	0.058569	0.111	0.55415	0.644	0.02118	0.0477	0.69827	0.759
xp gain	48 (11%)	393	9.9999e-06	6.69e-05	0.00105	0.00376	0.8023	0.84	0.31449	0.412	0.01479	0.0363	0.6069	0.689	0.061049	0.114	0.33005	0.424	0.050589	0.0985	0.10929	0.182
xq gain	56 (13%)	385	9.9999e-06	6.69e-05	0.02668	0.0578	0.86979	0.892	0.81414	0.848	0.0073199	0.0197	0.8113	0.846	0.22499	0.321	0.5578	0.646	0.66996	0.735	0.23095	0.329
1p loss	59 (13%)	382	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.64978	0.721	0.41709	0.509	0.057769	0.109	0.099029	0.168	0.01251	0.0317	0.0033	0.00986	0.01898	0.0437	0.0058299	0.0163
1q loss	28 (6%)	413	3e-05	0.000175	4e-05	0.000223	0.79377	0.832	0.38419	0.479	0.28155	0.381	0.18754	0.277	0.13395	0.211	0.16306	0.251	0.55855	0.646	0.19962	0.292
2p loss	26 (6%)	415	5e-05	0.00027	0.00023	0.000975	0.12219	0.198	0.29009	0.387	0.02125	0.0477	0.68098	0.744	0.04146	0.0844	0.13272	0.21	0.5907	0.674	0.19287	0.284
2q loss	33 (7%)	408	9.9999e-06	6.69e-05	0.00050999	0.002	0.26671	0.366	0.50788	0.596	0.01503	0.0367	0.547	0.637	0.00349	0.0104	0.02406	0.0531	0.6521	0.723	0.26428	0.364
3p loss	91 (21%)	350	9.9999e-06	6.69e-05	2e-05	0.000126	0.591	0.674	0.47586	0.566	0.01072	0.0276	0.055069	0.105	0.00032	0.00132	0.00114	0.004	0.24729	0.347	0.00069999	0.00262
3q loss	54 (12%)	387	9.9999e-06	6.69e-05	5.9999e-05	0.000306	0.082989	0.147	0.42833	0.519	3e-05	0.000175	0.0082799	0.022	0.0051299	0.0145	0.0057199	0.016	0.27151	0.369	0.00069999	0.00262
4p loss	167 (38%)	274	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.49735	0.589	0.3056	0.404	0.00191	0.00611	0.055549	0.106	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00117	0.00408	9.9999e-06	6.69e-05
4q loss	164 (37%)	277	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.85987	0.885	0.065649	0.122	0.01499	0.0367	0.11456	0.188	7.9999e-05	0.000383	9.9999e-06	6.69e-05	0.01848	0.0429	9.9999e-06	6.69e-05
5p loss	60 (14%)	381	9.9999e-06	6.69e-05	4e-05	0.000223	0.91288	0.925	0.31374	0.412	0.0068599	0.0186	0.30948	0.408	5e-05	0.00027	5.9999e-05	0.000306	0.02371	0.0525	0.00149	0.00501
5q loss	106 (24%)	335	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.72149	0.777	0.3989	0.492	9.9999e-06	6.69e-05	0.0207	0.0468	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00016	0.000708	9.9999e-06	6.69e-05
6p loss	52 (12%)	389	2e-05	0.000126	0.00016	0.000708	0.01543	0.0373	0.83425	0.864	0.04511	0.0909	0.01917	0.044	0.12379	0.199	0.01428	0.0354	0.24478	0.345	0.02658	0.0577
6q loss	70 (16%)	371	9.9999e-06	6.69e-05	0.0012	0.00415	0.074369	0.134	0.92752	0.936	0.11406	0.187	0.23784	0.337	0.64641	0.718	0.068259	0.126	0.43121	0.521	0.056289	0.107
7p loss	20 (5%)	421	0.00050999	0.002	0.00166	0.00544	0.39271	0.487	0.78134	0.823	0.0206	0.0467	0.53369	0.624	0.00087999	0.00324	0.0097899	0.0255	0.00417	0.012	0.073329	0.134
7q loss	30 (7%)	411	9.9999e-06	6.69e-05	0.00189	0.00607	0.04336	0.0878	0.69958	0.76	0.03527	0.0734	0.77378	0.817	0.01641	0.0391	0.01893	0.0437	0.071839	0.131	0.085289	0.151
8p loss	88 (20%)	353	9.9999e-06	6.69e-05	0.00188	0.00607	0.17256	0.26	0.15885	0.246	0.04891	0.0962	0.097429	0.167	0.00103	0.00374	0.00225	0.00698	0.055519	0.106	9.9999e-06	6.69e-05
8q loss	33 (7%)	408	0.00084999	0.00316	0.59192	0.674	0.58619	0.673	0.50546	0.595	0.70628	0.766	0.9409	0.947	0.04885	0.0962	0.32867	0.424	0.1031	0.174	0.02247	0.0501
9p loss	150 (34%)	291	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.61149	0.691	0.00035	0.00141	9.9999e-06	6.69e-05	0.24748	0.347	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.02882	0.0618	7.9999e-05	0.000383
9q loss	104 (24%)	337	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.92275	0.933	0.0065499	0.0179	0.00025	0.00105	0.34468	0.44	3e-05	0.000175	2e-05	0.000126	0.01717	0.0404	0.00206	0.00652
10p loss	64 (15%)	377	9.9999e-06	6.69e-05	0.00063999	0.00243	0.65811	0.726	0.02985	0.0636	0.068229	0.126	0.21052	0.306	3e-05	0.000175	0.00014	0.000634	0.2862	0.385	0.01315	0.0329
10q loss	67 (15%)	374	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.63321	0.707	0.0189	0.0437	0.0082199	0.0219	0.41894	0.51	3e-05	0.000175	3e-05	0.000175	0.38033	0.477	0.0099099	0.0257
11p loss	62 (14%)	379	9.9999e-06	6.69e-05	0.00132	0.00449	0.074029	0.134	0.03264	0.0685	0.23428	0.333	0.53877	0.629	0.15045	0.236	0.01216	0.0311	0.38194	0.477	0.01313	0.0329
11q loss	61 (14%)	380	5.9999e-05	0.000306	0.02046	0.0466	0.92769	0.936	0.35262	0.448	0.72476	0.779	0.83876	0.867	0.097609	0.167	0.21993	0.316	0.31842	0.414	0.03239	0.0681
12p loss	63 (14%)	378	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.28952	0.387	0.32107	0.416	6.9999e-05	0.000348	0.01351	0.0337	5.9999e-05	0.000306	9.9999e-06	6.69e-05	0.03875	0.0797	3e-05	0.000175
12q loss	52 (12%)	389	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.6608	0.728	0.57908	0.667	0.00085999	0.00318	0.074469	0.134	0.03927	0.0805	5e-05	0.00027	0.1949	0.286	0.00106	0.00378
13q loss	36 (8%)	405	0.00354	0.0105	0.73224	0.782	0.40456	0.497	0.083419	0.148	0.26967	0.367	0.86335	0.887	0.66994	0.735	0.62604	0.702	0.77763	0.82	0.23844	0.338
14q loss	111 (25%)	330	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.75393	0.798	0.24876	0.347	0.00194	0.00619	0.0197	0.0451	0.00011	0.000515	2e-05	0.000126	0.099769	0.169	0.0077799	0.0208
15q loss	90 (20%)	351	9.9999e-06	6.69e-05	0.00172	0.0056	0.01775	0.0413	0.43302	0.522	0.00090999	0.00334	0.00021	0.000895	0.01755	0.0411	0.00442	0.0127	0.16074	0.248	0.00164	0.0054
16p loss	100 (23%)	341	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.38434	0.479	0.41801	0.509	9.9999e-06	6.69e-05	0.00285	0.00861	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05
16q loss	115 (26%)	326	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.95546	0.959	0.074019	0.134	9.9999e-06	6.69e-05	0.03051	0.0649	9.9999e-06	6.69e-05	2e-05	0.000126	0.00013	0.000592	9.9999e-06	6.69e-05
17p loss	164 (37%)	277	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.01311	0.0329	0.0036	0.0106	0.00026	0.00109	0.00499	0.0142	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.12347	0.199	9.9999e-06	6.69e-05
17q loss	74 (17%)	367	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.86515	0.888	0.04605	0.0923	0.0111	0.0285	0.26438	0.364	0.00064999	0.00246	4e-05	0.000223	0.17601	0.262	0.050909	0.0989
18p loss	119 (27%)	322	2e-05	0.000126	0.16664	0.254	0.61716	0.695	0.1585	0.246	0.72749	0.78	0.03611	0.075	0.080119	0.144	0.26631	0.366	0.45075	0.54	0.21843	0.315
18q loss	154 (35%)	287	9.9999e-06	6.69e-05	0.00019	0.000819	0.88234	0.9	0.04747	0.0942	0.081089	0.144	0.00061999	0.00237	5.9999e-05	0.000306	0.00104	0.00376	0.077309	0.139	0.00105	0.00376
19p loss	115 (26%)	326	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.17591	0.262	0.0054299	0.0153	9.9999e-06	6.69e-05	2e-04	0.000857	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	4e-05	0.000223	9.9999e-06	6.69e-05
19q loss	87 (20%)	354	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.48381	0.575	0.067989	0.126	9.9999e-06	6.69e-05	0.0229	0.0509	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00050999	0.002	9.9999e-06	6.69e-05
20p loss	22 (5%)	419	0.00241	0.00742	0.01567	0.0378	0.0063699	0.0175	0.6845	0.746	0.00153	0.00512	0.22406	0.321	0.03865	0.0797	0.58946	0.674	0.63497	0.708	0.88622	0.903
21q loss	180 (41%)	261	9.9999e-06	6.69e-05	3e-05	0.000175	0.21057	0.306	0.32034	0.416	0.13697	0.216	0.27412	0.372	0.00029	0.00121	0.00131	0.00448	0.0063999	0.0175	0.00221	0.00691
22q loss	146 (33%)	295	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.8722	0.893	0.00224	0.00698	0.00049	0.00195	0.39489	0.489	9.9999e-06	6.69e-05	9.9999e-06	6.69e-05	0.00213	0.00669	7.9999e-05	0.000383
xp loss	59 (13%)	382	9.9999e-06	6.69e-05	0.0039	0.0114	0.8873	0.903	0.26812	0.366	0.28329	0.382	0.93752	0.945	0.13258	0.21	0.14878	0.234	0.15961	0.247	0.21921	0.315
xq loss	50 (11%)	391	9.9999e-06	6.69e-05	0.0041	0.0119	0.98387	0.986	0.1326	0.21	0.10697	0.179	0.5224	0.611	0.053629	0.103	0.099149	0.168	0.02102	0.0474	0.04653	0.0928
