Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 82 (13%) 543 9.9999e-06 5.16e-05 0.00279 0.0082 0.79667 0.855 0.23687 0.33 0.88611 0.924 0.92522 0.948 0.04593 0.0903 0.00103 0.00341 0.17977 0.264 0.093799 0.16 1q gain 167 (27%) 458 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.87204 0.913 0.12539 0.202 0.83211 0.883 0.42468 0.523 0.00197 0.00605 9.9999e-06 5.16e-05 0.00078999 0.00268 0.00136 0.00432 2p gain 137 (22%) 488 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.51954 0.616 0.5976 0.684 0.10396 0.173 0.10633 0.176 2e-05 9.76e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 2q gain 111 (18%) 514 9.9999e-06 5.16e-05 0.00013 0.000547 0.99659 1 0.83365 0.883 0.65423 0.734 0.098859 0.166 0.01859 0.0418 0.00368 0.0103 0.00119 0.00386 0.02221 0.0487 3p gain 83 (13%) 542 0.00405 0.0111 0.053769 0.101 0.29397 0.394 0.17502 0.257 0.86285 0.908 0.27282 0.373 0.38822 0.487 0.23606 0.33 0.055109 0.103 0.26189 0.36 3q gain 170 (27%) 455 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.15779 0.24 0.92054 0.946 0.27525 0.375 0.086919 0.15 9.9999e-05 0.000432 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 4p gain 39 (6%) 586 0.00080999 0.00273 0.42408 0.523 0.088529 0.153 0.9378 0.955 0.62323 0.706 0.68967 0.762 0.38871 0.487 0.00399 0.0111 0.058479 0.108 0.02359 0.051 4q gain 33 (5%) 592 0.00279 0.0082 0.43203 0.529 0.13116 0.21 0.24729 0.343 0.1929 0.277 0.12317 0.2 0.11666 0.191 0.00027 0.00106 0.15006 0.233 0.00392 0.0109 5p gain 177 (28%) 448 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.55727 0.649 0.01752 0.0397 0.01484 0.0345 0.0087399 0.0215 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 5q gain 63 (10%) 562 0.00233 0.00697 0.7833 0.844 0.89083 0.928 0.40612 0.504 0.092469 0.159 0.75353 0.819 0.56635 0.655 0.48884 0.584 0.56099 0.652 0.18125 0.265 6p gain 117 (19%) 508 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.02407 0.0518 0.03016 0.0632 0.66829 0.742 0.40576 0.504 0.00401 0.0111 9.9999e-06 5.16e-05 0.0050299 0.0135 0.00018 0.000734 6q gain 100 (16%) 525 9.9999e-06 5.16e-05 0.00022 0.00088 0.04178 0.084 0.03758 0.0764 0.72145 0.792 0.29575 0.396 0.070909 0.126 9.9999e-06 5.16e-05 0.067299 0.12 9.9999e-06 5.16e-05 7p gain 306 (49%) 319 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.62462 0.706 0.46012 0.556 0.051449 0.0979 0.18305 0.267 0.00207 0.00631 0.00032 0.00124 0.00090999 0.00303 0.0062499 0.0162 7q gain 257 (41%) 368 9.9999e-06 5.16e-05 0.00043 0.00158 0.72925 0.798 0.51855 0.615 0.60189 0.688 0.23922 0.332 0.15161 0.234 0.12786 0.205 0.00354 0.00994 0.13337 0.212 8p gain 248 (40%) 377 0.0053999 0.0143 0.04895 0.0944 0.9072 0.938 0.27962 0.378 0.45501 0.551 0.0431 0.0857 0.052689 0.0993 0.3996 0.498 0.26938 0.37 0.62966 0.711 8q gain 338 (54%) 287 0.63391 0.714 0.01888 0.0423 0.48996 0.585 0.6239 0.706 0.4742 0.57 0.42358 0.523 0.02039 0.0454 0.01436 0.0335 0.337 0.434 0.72073 0.792 9p gain 77 (12%) 548 0.48083 0.576 0.93532 0.955 0.77154 0.835 0.44915 0.546 0.27456 0.375 1 1 0.57485 0.66 0.67998 0.752 0.94032 0.956 0.90144 0.934 9q gain 109 (17%) 516 0.04304 0.0857 0.71045 0.784 0.31095 0.41 0.83565 0.884 0.61849 0.704 0.75346 0.819 0.64121 0.72 0.56323 0.652 0.57373 0.66 0.93724 0.955 10p gain 135 (22%) 490 9.9999e-06 5.16e-05 0.18399 0.268 0.91586 0.943 0.82586 0.879 0.01756 0.0397 0.052679 0.0993 0.85643 0.903 0.00067999 0.00237 0.51388 0.611 0.27629 0.375 10q gain 98 (16%) 527 0.00038 0.00142 0.55726 0.649 0.76383 0.83 0.76891 0.833 0.054789 0.102 0.058639 0.108 0.65694 0.735 0.04716 0.0921 0.38001 0.479 0.19603 0.28 11p gain 99 (16%) 526 9.9999e-06 5.16e-05 0.01074 0.0257 0.66076 0.737 0.3632 0.463 0.73783 0.806 0.6639 0.738 0.066419 0.119 0.0082899 0.0207 0.0074999 0.019 0.29737 0.397 11q gain 104 (17%) 521 9.9999e-06 5.16e-05 0.097509 0.165 0.29808 0.397 0.15672 0.239 0.11707 0.192 0.14932 0.232 0.10838 0.18 0.00131 0.00418 0.00187 0.00583 0.03307 0.0685 12p gain 148 (24%) 477 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.91339 0.942 0.17024 0.252 0.00407 0.0112 0.00287 0.00838 0.00018 0.000734 0.00036 0.00138 0.00109 0.00358 5e-05 0.000233 12q gain 115 (18%) 510 0.00114 0.00372 0.15165 0.234 0.96466 0.975 0.16894 0.251 0.39983 0.498 0.62301 0.706 0.16522 0.247 0.15968 0.242 0.02578 0.0549 0.20777 0.295 13q gain 197 (32%) 428 9.9999e-06 5.16e-05 0.10234 0.171 0.11254 0.186 0.78241 0.844 9.9999e-05 0.000432 9.9999e-06 5.16e-05 0.01139 0.0272 9.9999e-06 5.16e-05 0.18576 0.269 9.9999e-06 5.16e-05 14q gain 75 (12%) 550 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.53045 0.626 0.18695 0.27 0.03019 0.0632 0.01562 0.0358 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.00026 0.00103 9.9999e-06 5.16e-05 15q gain 67 (11%) 558 2e-05 9.76e-05 0.03125 0.065 0.19918 0.284 0.19166 0.275 0.35982 0.46 0.050399 0.0966 0.00335 0.00951 0.070569 0.126 0.0059499 0.0155 0.00449 0.0122 16p gain 99 (16%) 526 9.9999e-06 5.16e-05 0.00087999 0.00295 0.04503 0.089 0.6621 0.737 0.01946 0.0435 0.00349 0.00983 0.0083299 0.0208 5.9999e-05 0.000278 0.10339 0.172 0.00018 0.000734 16q gain 86 (14%) 539 9.9999e-06 5.16e-05 0.00126 0.00405 0.086489 0.15 0.41381 0.513 0.00346 0.00978 0.0093699 0.0229 8.9999e-05 0.000397 9.9999e-06 5.16e-05 0.00186 0.00582 9.9999e-06 5.16e-05 17p gain 62 (10%) 563 9.9999e-06 5.16e-05 0.00066999 0.00235 0.56888 0.656 0.1904 0.274 0.04833 0.0939 0.051479 0.0979 2e-05 9.76e-05 0.0094899 0.0231 0.00303 0.00872 0.00039 0.00144 17q gain 106 (17%) 519 9.9999e-06 5.16e-05 0.00102 0.00339 0.88058 0.92 0.94048 0.956 0.53769 0.633 0.04887 0.0944 0.00444 0.0121 0.077589 0.136 0.02391 0.0516 0.00248 0.00737 18p gain 137 (22%) 488 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.60771 0.694 0.01325 0.031 0.23864 0.332 0.46889 0.565 0.00056999 0.00202 7.9999e-05 0.000366 0.00072999 0.0025 0.00077999 0.00265 18q gain 82 (13%) 543 0.00225 0.00683 0.00448 0.0122 0.92187 0.946 0.25574 0.354 0.32087 0.418 0.79049 0.851 0.0276 0.0585 0.04745 0.0924 0.064659 0.117 0.059189 0.108 19p gain 83 (13%) 542 2e-05 9.76e-05 0.32372 0.421 0.12238 0.199 0.059749 0.109 0.81682 0.872 0.83146 0.883 0.96082 0.973 0.3403 0.437 0.3967 0.496 0.43962 0.537 19q gain 117 (19%) 508 9.9999e-06 5.16e-05 0.40639 0.504 0.0064099 0.0165 0.01644 0.0376 0.45971 0.556 0.1566 0.239 0.63426 0.714 0.00037 0.0014 0.056649 0.105 0.01783 0.0402 20p gain 349 (56%) 276 9.9999e-06 5.16e-05 0.0067799 0.0173 0.13396 0.213 0.073559 0.13 0.35974 0.46 0.33392 0.431 0.01538 0.0353 9.9999e-06 5.16e-05 0.02943 0.062 0.01047 0.0251 20q gain 395 (63%) 230 9.9999e-06 5.16e-05 0.073839 0.13 0.4746 0.57 0.16265 0.246 0.0082799 0.0207 0.0038 0.0106 0.22311 0.315 9.9999e-06 5.16e-05 0.29243 0.392 2e-05 9.76e-05 21q gain 36 (6%) 589 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.87531 0.916 0.36856 0.468 0.27897 0.377 0.11308 0.186 0.02152 0.0477 0.00031 0.0012 0.02413 0.0518 0.03763 0.0764 22q gain 64 (10%) 561 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.94247 0.956 0.61861 0.704 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 xp gain 71 (11%) 554 0.0033 0.0094 0.01013 0.0244 0.8982 0.932 0.16463 0.247 0.42763 0.525 0.72604 0.796 0.052249 0.0989 0.0094399 0.023 0.080429 0.14 0.050129 0.0965 xq gain 91 (15%) 534 2e-04 0.000808 0.0016 0.00505 0.57479 0.66 0.15254 0.235 0.15605 0.239 0.083229 0.144 0.00053999 0.00194 0.00131 0.00418 0.11795 0.193 0.00236 0.00704 1p loss 95 (15%) 530 9.9999e-06 5.16e-05 0.00047 0.00171 0.37279 0.471 0.6576 0.735 0.03754 0.0764 0.081609 0.142 0.01307 0.0307 0.00069999 0.00243 0.050789 0.0971 0.059169 0.108 1q loss 47 (8%) 578 9.9999e-06 5.16e-05 0.0216 0.0477 0.53184 0.627 0.10886 0.18 0.30798 0.409 0.03855 0.0779 0.10074 0.169 0.058509 0.108 0.062309 0.113 0.17264 0.255 2p loss 38 (6%) 587 3e-05 0.000143 0.16579 0.247 0.02301 0.05 0.073469 0.13 0.38807 0.487 0.28258 0.38 0.22722 0.32 0.0076599 0.0194 0.092839 0.159 0.19029 0.274 2q loss 51 (8%) 574 2e-05 9.76e-05 0.01197 0.0285 0.71817 0.79 0.1533 0.236 0.12 0.195 0.03327 0.0687 0.03789 0.0767 0.00474 0.0127 0.02223 0.0487 0.02213 0.0487 3p loss 187 (30%) 438 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.86747 0.911 0.13933 0.22 9.9999e-05 0.000432 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 3q loss 90 (14%) 535 9.9999e-06 5.16e-05 0.0017 0.00534 0.03292 0.0683 0.066619 0.119 0.51085 0.608 0.752 0.819 0.01367 0.0319 9.9999e-06 5.16e-05 0.061639 0.112 0.30891 0.409 4p loss 271 (43%) 354 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.83015 0.883 0.90479 0.937 0.096619 0.164 0.20329 0.289 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 4q loss 251 (40%) 374 9.9999e-06 5.16e-05 8.9999e-05 0.000397 0.30857 0.409 0.3351 0.432 0.058869 0.108 0.14548 0.228 0.0050699 0.0135 9.9999e-06 5.16e-05 0.00072999 0.0025 0.00289 0.0084 5p loss 112 (18%) 513 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.18046 0.264 0.45143 0.548 9.9999e-05 0.000432 0.00011 0.00047 3e-04 0.00118 9.9999e-06 5.16e-05 0.04623 0.0907 0.00013 0.000547 5q loss 195 (31%) 430 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.0298 0.0627 0.5903 0.677 0.14829 0.232 0.078899 0.138 2e-05 9.76e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.00013 0.000547 2e-05 9.76e-05 6p loss 93 (15%) 532 9.9999e-06 5.16e-05 0.00469 0.0127 0.15791 0.24 0.28073 0.379 0.42648 0.524 0.84321 0.891 0.0063799 0.0165 0.00019 0.000771 0.01208 0.0286 0.00271 0.00802 6q loss 110 (18%) 515 9.9999e-06 5.16e-05 0.051909 0.0985 0.5674 0.655 0.27604 0.375 0.76693 0.832 0.81356 0.871 0.089829 0.154 0.077389 0.136 0.16334 0.246 0.095069 0.162 7p loss 33 (5%) 592 0.00117 0.00381 0.00037 0.0014 0.32089 0.418 0.3046 0.405 0.27014 0.37 0.6403 0.72 0.0486 0.0942 0.04413 0.0874 0.15652 0.239 0.1696 0.251 7q loss 51 (8%) 574 8.9999e-05 0.000397 0.0083799 0.0208 0.16125 0.244 0.53885 0.633 0.81833 0.873 0.67218 0.745 0.0098099 0.0238 0.092869 0.159 0.3292 0.426 0.12794 0.205 8p loss 153 (24%) 472 9.9999e-06 5.16e-05 0.0055899 0.0148 0.14531 0.228 0.0345 0.0711 0.44874 0.546 0.52349 0.619 4e-05 0.00019 9.9999e-06 5.16e-05 0.00054999 0.00197 9.9999e-06 5.16e-05 8q loss 57 (9%) 568 9.9999e-06 5.16e-05 0.36501 0.465 0.89318 0.929 0.11494 0.189 0.98085 0.988 0.19608 0.28 0.3137 0.412 0.27066 0.371 0.14682 0.23 0.0076799 0.0194 9p loss 250 (40%) 375 9.9999e-06 5.16e-05 0.00017 0.000704 0.7946 0.854 0.18535 0.269 0.19059 0.274 0.14891 0.232 0.00022 0.00088 9.9999e-06 5.16e-05 0.0060799 0.0158 0.00036 0.00138 9q loss 175 (28%) 450 9.9999e-06 5.16e-05 8.9999e-05 0.000397 0.56312 0.652 0.42076 0.52 0.29023 0.39 0.32623 0.423 8.9999e-05 0.000397 9.9999e-06 5.16e-05 0.00039 0.00144 0.0023 0.00691 10p loss 117 (19%) 508 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.86876 0.911 0.71448 0.787 0.0225 0.0491 0.01503 0.0347 0.00206 0.0063 9.9999e-06 5.16e-05 0.00038 0.00142 9.9999e-06 5.16e-05 10q loss 117 (19%) 508 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.36303 0.463 0.56259 0.652 0.0085899 0.0212 0.00226 0.00684 0.00077999 0.00265 9.9999e-06 5.16e-05 0.00109 0.00358 9.9999e-06 5.16e-05 11p loss 118 (19%) 507 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.44013 0.537 0.11912 0.194 0.91146 0.941 0.97233 0.982 8.9999e-05 0.000397 3e-05 0.000143 0.00037 0.0014 0.0085299 0.0211 11q loss 120 (19%) 505 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.55257 0.647 0.47164 0.568 0.03057 0.0638 0.03651 0.0748 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 3e-05 0.000143 12p loss 95 (15%) 530 9.9999e-06 5.16e-05 0.0062099 0.0161 0.1676 0.249 0.89664 0.932 0.00060999 0.00216 0.00145 0.00459 0.075969 0.133 9.9999e-06 5.16e-05 0.04684 0.0917 0.0098199 0.0238 12q loss 82 (13%) 543 9.9999e-06 5.16e-05 0.066619 0.119 0.23514 0.329 0.92704 0.949 0.0091599 0.0225 0.0057499 0.0151 0.074559 0.131 5e-05 0.000233 0.13875 0.22 0.0372 0.0761 13q loss 102 (16%) 523 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.96087 0.973 0.053879 0.101 0.13208 0.211 0.04316 0.0857 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 14q loss 158 (25%) 467 9.9999e-06 5.16e-05 0.01286 0.0304 0.48598 0.582 0.27792 0.377 0.0055999 0.0148 0.0173 0.0393 0.50374 0.6 9.9999e-06 5.16e-05 0.43174 0.529 0.00227 0.00684 15q loss 149 (24%) 476 9.9999e-06 5.16e-05 0.36626 0.466 0.29925 0.398 0.38772 0.487 0.13654 0.217 0.050359 0.0966 0.22661 0.319 0.00047 0.00171 0.32079 0.418 0.55594 0.649 16p loss 156 (25%) 469 9.9999e-06 5.16e-05 0.00308 0.00883 0.16042 0.243 0.37296 0.471 0.00048 0.00174 8.9999e-05 0.000397 0.01522 0.0351 9.9999e-06 5.16e-05 0.0079299 0.0199 9.9999e-06 5.16e-05 16q loss 168 (27%) 457 9.9999e-06 5.16e-05 0.04547 0.0896 0.86735 0.911 0.1675 0.249 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.21403 0.303 9.9999e-06 5.16e-05 0.01029 0.0247 9.9999e-06 5.16e-05 17p loss 236 (38%) 389 9.9999e-06 5.16e-05 0.00050999 0.00184 0.17337 0.255 0.2369 0.33 0.00189 0.00587 0.00082999 0.00279 0.0066199 0.0169 9.9999e-06 5.16e-05 0.16563 0.247 3e-05 0.000143 17q loss 99 (16%) 526 9.9999e-06 5.16e-05 0.02063 0.0458 0.35864 0.46 0.1443 0.227 0.98185 0.988 1 1 0.02882 0.0609 0.00014 0.000586 0.32746 0.424 0.2561 0.354 18p loss 187 (30%) 438 9.9999e-06 5.16e-05 0.12366 0.2 0.04248 0.085 0.78278 0.844 0.00121 0.00391 0.00326 0.00931 0.65479 0.734 0.098109 0.165 0.73762 0.806 0.66234 0.737 18q loss 256 (41%) 369 9.9999e-06 5.16e-05 0.02497 0.0535 0.92786 0.949 0.18338 0.267 0.0051399 0.0137 0.0263 0.0559 0.02321 0.0503 0.00072999 0.0025 0.03905 0.0787 0.065119 0.117 19p loss 177 (28%) 448 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.31492 0.413 0.21476 0.304 0.52262 0.618 0.36985 0.469 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.00062999 0.00222 19q loss 136 (22%) 489 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.19948 0.284 0.2287 0.321 0.32144 0.418 0.00428 0.0117 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.00011 0.00047 20p loss 41 (7%) 584 0.0019 0.00588 0.12363 0.2 0.064219 0.116 0.30937 0.409 0.81622 0.872 0.15149 0.234 0.97676 0.985 0.23221 0.325 0.31599 0.414 0.55624 0.649 20q loss 8 (1%) 617 0.16333 0.246 0.053609 0.101 0.058649 0.108 0.55032 0.646 1 1 1 1 0.0057399 0.0151 0.14252 0.225 0.12686 0.204 0.097929 0.165 21q loss 289 (46%) 336 9.9999e-06 5.16e-05 0.057789 0.107 0.9177 0.944 0.84822 0.895 0.04231 0.0848 0.098739 0.166 0.00299 0.00866 2e-05 9.76e-05 0.003 0.00866 0.02579 0.0549 22q loss 218 (35%) 407 9.9999e-06 5.16e-05 0.062409 0.113 0.61278 0.699 0.45234 0.549 0.00055999 0.002 6.9999e-05 0.000322 0.00282 0.00826 9.9999e-06 5.16e-05 0.16472 0.247 0.00026 0.00103 xp loss 122 (20%) 503 9.9999e-06 5.16e-05 5e-05 0.000233 0.3117 0.41 0.01658 0.0378 0.37418 0.472 0.80509 0.863 9.9999e-06 5.16e-05 9.9999e-06 5.16e-05 0.01308 0.0307 0.00016 0.000666 xq loss 96 (15%) 529 9.9999e-06 5.16e-05 0.0065599 0.0168 0.03544 0.0728 0.02228 0.0487 0.25721 0.354 0.095719 0.163 0.00039 0.00144 0.00031 0.0012 0.01498 0.0347 0.00192 0.00592