		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	38 (21%)	146	0.19916	0.384	0.78081	0.884	0.30497	0.498	0.18976	0.371	0.23485	0.428	0.60067	0.765	0.3072	0.499	0.85461	0.923	0.74415	0.864	0.85249	0.923
1q gain	64 (35%)	120	0.01143	0.0609	0.10755	0.264	0.29554	0.489	0.053919	0.171	0.16178	0.334	0.5787	0.76	0.58345	0.76	0.65392	0.806	0.58928	0.761	0.78684	0.885
2p gain	61 (33%)	123	0.00336	0.0267	0.00064999	0.00784	0.2581	0.448	0.21548	0.404	0.02486	0.105	0.091119	0.236	0.061439	0.185	0.34035	0.54	0.02356	0.103	0.67438	0.814
2q gain	47 (26%)	137	0.0095499	0.054	0.03057	0.118	0.1175	0.277	0.4443	0.648	0.083409	0.226	0.10308	0.256	0.55409	0.741	0.90575	0.951	0.40971	0.62	0.52677	0.722
3p gain	31 (17%)	153	0.00491	0.0327	0.25743	0.448	0.83486	0.914	0.75826	0.875	0.59639	0.765	0.30754	0.499	0.78605	0.885	0.60817	0.768	0.92405	0.96	0.66244	0.808
3q gain	77 (42%)	107	9.9999e-06	0.000586	0.0052799	0.0342	0.60008	0.765	0.25725	0.448	0.67618	0.814	0.082489	0.225	0.81731	0.903	0.23835	0.43	0.11421	0.275	0.33445	0.534
4p gain	17 (9%)	167	0.097649	0.249	0.35994	0.563	0.19524	0.379	0.16975	0.342	0.45309	0.653	0.53316	0.729	0.96656	0.983	1	1	0.81147	0.9	1	1
4q gain	17 (9%)	167	0.26087	0.448	0.62216	0.778	0.00355	0.0277	0.0047	0.0321	0.14498	0.312	0.16319	0.335	0.92688	0.961	0.74379	0.864	0.69416	0.826	0.44664	0.648
5p gain	75 (41%)	109	4e-04	0.00566	0.00365	0.0281	0.41411	0.623	0.091859	0.237	0.03591	0.131	0.01697	0.0817	0.17095	0.344	0.03994	0.14	0.081079	0.224	0.0077099	0.0452
5q gain	20 (11%)	164	0.44315	0.648	0.65811	0.807	0.49327	0.691	0.54858	0.739	0.77904	0.884	0.83564	0.914	0.92812	0.961	0.94807	0.972	0.70012	0.83	0.81034	0.9
6p gain	39 (21%)	145	0.13353	0.297	0.51147	0.71	0.080439	0.224	0.054349	0.171	0.35213	0.555	0.12006	0.279	0.02931	0.115	0.02259	0.101	0.01853	0.0878	0.01088	0.0591
6q gain	33 (18%)	151	0.12921	0.291	0.52284	0.72	0.076719	0.215	0.11299	0.273	0.41062	0.62	0.15321	0.32	0.1304	0.293	0.16602	0.339	0.057319	0.178	0.066339	0.195
7p gain	109 (59%)	75	0.069939	0.203	0.43713	0.641	0.30549	0.498	0.30233	0.497	0.2366	0.429	0.26223	0.449	0.70011	0.83	0.27358	0.464	0.43721	0.641	0.14769	0.315
7q gain	87 (47%)	97	0.03506	0.129	0.16654	0.339	0.71807	0.841	0.52398	0.72	0.46192	0.659	0.46569	0.662	0.4131	0.623	0.68692	0.821	0.85852	0.923	0.32087	0.517
8p gain	67 (36%)	117	0.62638	0.782	0.9816	0.995	0.88937	0.942	0.86942	0.929	0.71751	0.841	0.087989	0.23	0.085129	0.227	0.77708	0.884	0.76526	0.878	0.73901	0.862
8q gain	102 (55%)	82	0.86951	0.929	0.85432	0.923	0.44772	0.648	0.17692	0.354	0.77592	0.884	0.37324	0.58	0.87527	0.93	0.60701	0.768	0.7664	0.878	1	1
9p gain	17 (9%)	167	0.074289	0.21	0.057989	0.179	0.61909	0.776	0.13458	0.297	0.67078	0.814	0.65848	0.807	0.04071	0.142	0.27794	0.471	0.80883	0.9	0.56574	0.749
9q gain	34 (18%)	150	0.14213	0.308	0.064029	0.191	0.15923	0.33	0.4555	0.653	0.23951	0.431	0.5359	0.729	0.21328	0.404	0.02038	0.0928	0.24399	0.434	0.061139	0.185
10p gain	40 (22%)	144	0.0058399	0.0363	0.064459	0.192	0.35314	0.555	0.45821	0.655	0.16378	0.336	0.079099	0.221	0.03877	0.136	0.21504	0.404	0.18297	0.362	0.075209	0.212
10q gain	31 (17%)	153	0.00372	0.0281	0.01407	0.0721	0.92338	0.96	0.83063	0.912	0.072699	0.209	0.11596	0.277	0.163	0.335	0.099929	0.253	0.21802	0.406	0.0321	0.122
11p gain	39 (21%)	145	0.04513	0.151	0.064869	0.192	0.99698	1	0.83771	0.915	0.57498	0.757	0.7833	0.884	0.21412	0.404	0.31782	0.513	0.67936	0.814	0.70398	0.831
11q gain	29 (16%)	155	0.11695	0.277	0.37373	0.58	0.90267	0.95	0.95083	0.973	0.54545	0.736	0.21759	0.406	0.26843	0.457	0.3378	0.537	0.12702	0.289	0.18833	0.369
12p gain	57 (31%)	127	0.00041	0.0057	0.00233	0.021	0.4572	0.654	0.092889	0.239	0.00341	0.0269	0.0054099	0.0347	0.10129	0.254	0.0025	0.0216	0.0087599	0.0503	0.01243	0.0658
12q gain	37 (20%)	147	0.02972	0.115	0.78172	0.884	0.95196	0.973	0.5606	0.747	0.40167	0.611	0.69283	0.826	0.74986	0.866	0.60761	0.768	0.24847	0.44	0.418	0.627
13q gain	44 (24%)	140	0.00011	0.00205	0.00117	0.0118	0.22101	0.409	0.11212	0.273	9.9999e-05	0.00191	2e-05	0.000745	3e-05	0.00082	5e-05	0.00117	5e-05	0.00117	9.9999e-06	0.000586
14q gain	49 (27%)	135	0.02471	0.105	0.2952	0.489	0.01444	0.0735	0.15683	0.326	0.17945	0.356	0.01566	0.0783	0.070999	0.205	0.034	0.126	0.01616	0.0798	0.0417	0.144
15q gain	31 (17%)	153	0.17799	0.354	0.52297	0.72	0.42937	0.636	0.23739	0.43	0.4045	0.613	0.074119	0.21	0.39926	0.609	0.53963	0.731	0.31317	0.508	0.55158	0.74
16p gain	40 (22%)	144	0.01349	0.0696	0.03695	0.132	0.1992	0.384	0.18455	0.364	0.14223	0.308	0.0050199	0.0332	0.16736	0.339	0.03733	0.133	0.04878	0.161	0.10806	0.265
16q gain	38 (21%)	146	0.00422	0.0298	0.0481	0.159	0.087089	0.23	0.02447	0.105	0.074119	0.21	0.04348	0.148	0.14889	0.317	0.02914	0.115	0.02222	0.0996	0.063619	0.19
17p gain	32 (17%)	152	0.01584	0.0787	0.70204	0.831	0.65782	0.807	0.59757	0.765	0.058669	0.181	0.059169	0.181	0.28724	0.48	0.58824	0.761	0.25186	0.444	0.47163	0.667
17q gain	44 (24%)	140	0.40464	0.613	0.67287	0.814	0.99654	1	0.74516	0.864	0.32208	0.518	0.059029	0.181	0.42221	0.63	0.96158	0.981	0.80947	0.9	0.83314	0.913
18p gain	50 (27%)	134	0.12817	0.29	0.59881	0.765	0.30292	0.497	0.76804	0.878	0.32821	0.527	0.33563	0.534	0.02501	0.105	0.87086	0.929	0.74071	0.863	0.80298	0.9
18q gain	24 (13%)	160	1	1	0.84378	0.92	0.58392	0.76	0.3355	0.534	0.16967	0.342	0.85975	0.923	0.01129	0.0605	0.10991	0.268	0.92939	0.961	0.16491	0.337
19p gain	28 (15%)	156	0.50891	0.71	0.15848	0.329	0.53637	0.729	0.48114	0.678	0.3963	0.605	0.87483	0.93	0.42936	0.636	0.82598	0.909	0.6532	0.806	0.8819	0.936
19q gain	40 (22%)	144	0.3619	0.565	0.4318	0.638	0.51481	0.713	0.11635	0.277	0.45169	0.652	0.2953	0.489	0.061329	0.185	0.58792	0.761	0.53852	0.731	0.2114	0.403
20p gain	107 (58%)	77	0.00069999	0.00832	0.18671	0.367	0.48796	0.686	0.25214	0.444	0.51932	0.718	0.26091	0.448	0.12387	0.284	0.35281	0.555	0.52271	0.72	0.073379	0.21
20q gain	114 (62%)	70	3e-05	0.00082	0.00194	0.0179	0.15059	0.318	0.11927	0.279	0.00253	0.0216	0.00399	0.0292	0.00113	0.0116	0.00245	0.0216	0.02275	0.101	2e-04	0.00315
21q gain	16 (9%)	168	0.51101	0.71	0.051379	0.165	0.66439	0.81	0.61895	0.776	0.15252	0.319	0.26026	0.448	0.088189	0.23	0.44508	0.648	0.58998	0.761	0.61677	0.776
22q gain	31 (17%)	153	9.9999e-06	0.000586	3e-05	0.00082	0.00411	0.0296	0.00053999	0.00692	9.9999e-06	0.000586	3e-05	0.00082	2e-04	0.00315	9.9999e-06	0.000586	9.9999e-06	0.000586	3e-05	0.00082
xp gain	25 (14%)	159	0.58309	0.76	0.2603	0.448	0.23462	0.428	0.11526	0.277	0.64812	0.804	0.70357	0.831	0.24419	0.434	0.12173	0.281	0.14728	0.315	0.2212	0.409
xq gain	41 (22%)	143	0.050329	0.164	0.26806	0.457	0.03585	0.131	0.081969	0.225	0.02727	0.111	0.02644	0.109	0.22985	0.422	0.0311	0.119	0.04733	0.157	0.050409	0.164
1p loss	38 (21%)	146	0.00087999	0.00962	2e-05	0.000745	0.85757	0.923	0.91663	0.956	0.00092999	0.0099	0.03747	0.133	0.093649	0.24	0.03103	0.119	0.01659	0.0815	0.02603	0.108
1q loss	22 (12%)	162	0.04938	0.162	0.1401	0.306	0.13635	0.299	0.58387	0.76	0.25559	0.448	0.050769	0.165	0.02936	0.115	0.1211	0.281	0.070899	0.205	0.075649	0.212
2p loss	10 (5%)	174	0.5711	0.753	0.055359	0.174	0.20078	0.386	0.068319	0.2	0.01054	0.0576	0.15182	0.318	0.18298	0.362	0.00079999	0.00911	0.56021	0.747	0.18986	0.371
2q loss	18 (10%)	166	0.54388	0.735	0.23894	0.431	0.84942	0.923	0.42172	0.63	0.01308	0.0686	0.03251	0.122	0.1127	0.273	0.0071999	0.0429	0.28163	0.474	0.10494	0.26
3p loss	92 (50%)	92	3e-05	0.00082	0.00016	0.00262	0.1675	0.339	0.085899	0.228	0.00057999	0.0071	9.9999e-06	0.000586	0.00136	0.0134	3e-05	0.00082	0.00107	0.0112	9.9999e-06	0.000586
3q loss	33 (18%)	151	0.90464	0.951	0.91193	0.954	0.10609	0.261	0.66086	0.808	0.7793	0.884	0.59698	0.765	0.76457	0.878	0.91242	0.954	0.91219	0.954	0.89894	0.947
4p loss	105 (57%)	79	0.00084999	0.00942	0.00416	0.0297	0.24189	0.433	0.94014	0.968	0.0333	0.125	0.21186	0.403	0.77051	0.88	0.2849	0.478	0.01942	0.0905	0.17137	0.344
4q loss	88 (48%)	96	9.9999e-06	0.000586	0.0090299	0.0514	0.12418	0.284	0.71286	0.837	0.12309	0.284	0.19232	0.375	0.44489	0.648	0.44792	0.648	0.10039	0.253	0.11546	0.277
5p loss	46 (25%)	138	0.0048	0.0324	0.00082999	0.00932	0.38811	0.595	0.052209	0.167	4e-05	0.00106	9.9999e-05	0.00191	2e-05	0.000745	3e-05	0.00082	7.9999e-05	0.00168	9.9999e-06	0.000586
5q loss	87 (47%)	97	0.00186	0.0173	0.00022	0.0034	0.33035	0.529	0.1328	0.297	0.00482	0.0324	0.13571	0.299	0.1028	0.256	0.13366	0.297	0.087679	0.23	0.084569	0.227
6p loss	38 (21%)	146	0.083929	0.227	0.2865	0.479	0.57138	0.753	0.91496	0.956	0.083179	0.226	0.56625	0.749	0.22403	0.413	0.28829	0.48	0.58412	0.76	0.38567	0.592
6q loss	40 (22%)	144	0.12902	0.291	0.28184	0.474	0.43624	0.641	0.60407	0.768	0.25157	0.444	0.81224	0.9	0.25826	0.448	0.61629	0.776	0.67808	0.814	0.42527	0.632
7p loss	13 (7%)	171	1	1	0.82739	0.909	0.84593	0.92	0.11614	0.277	0.056539	0.176	0.64012	0.797	0.46956	0.666	0.58053	0.76	0.5401	0.731	0.38331	0.591
7q loss	23 (12%)	161	0.20386	0.391	0.12382	0.284	0.70593	0.832	0.20847	0.398	0.03408	0.126	0.58728	0.761	0.76024	0.876	0.96638	0.983	0.39115	0.598	1	1
8p loss	62 (34%)	122	0.02392	0.104	0.60921	0.769	0.55285	0.741	0.97152	0.987	0.46465	0.661	0.70963	0.835	0.52947	0.725	0.80497	0.9	0.82046	0.905	0.58703	0.761
8q loss	21 (11%)	163	0.11964	0.279	0.7477	0.865	0.89822	0.947	0.94608	0.971	0.13229	0.296	0.11743	0.277	0.67394	0.814	0.56317	0.748	0.67462	0.814	0.94654	0.971
9p loss	100 (54%)	84	0.02172	0.0984	0.4552	0.653	0.89467	0.947	0.6902	0.824	0.02038	0.0928	0.23182	0.424	0.50279	0.702	0.81157	0.9	0.87143	0.929	0.64641	0.803
9q loss	65 (35%)	119	0.017	0.0817	0.02495	0.105	0.79084	0.888	0.26068	0.448	0.02978	0.115	0.42274	0.63	0.084319	0.227	0.3444	0.544	0.21455	0.404	0.60822	0.768
10p loss	51 (28%)	133	0.00147	0.0142	0.00373	0.0281	0.1191	0.279	0.38314	0.591	0.0072499	0.0429	0.0097699	0.0549	0.02403	0.104	0.0057199	0.0361	0.0151	0.0764	0.00258	0.0218
10q loss	50 (27%)	134	6.9999e-05	0.00151	5.9999e-05	0.00133	0.6662	0.811	0.10529	0.26	0.0052999	0.0342	0.00131	0.0131	0.02418	0.104	0.00184	0.0173	0.0065099	0.0401	0.00108	0.0112
11p loss	52 (28%)	132	0.13949	0.305	0.59908	0.765	0.93981	0.968	0.72961	0.852	0.44673	0.648	0.91855	0.957	0.79933	0.897	0.64941	0.804	0.93949	0.968	0.78352	0.884
11q loss	60 (33%)	124	0.00052999	0.0069	0.02223	0.0996	0.92843	0.961	0.74561	0.864	0.0058399	0.0363	0.0285	0.115	0.45449	0.653	0.14281	0.308	0.1411	0.307	0.084379	0.227
12p loss	34 (18%)	150	0.02294	0.101	0.02969	0.115	0.15127	0.318	0.03229	0.122	0.0099299	0.0554	0.00167	0.0159	0.02651	0.109	0.00381	0.0284	0.04264	0.146	0.00055999	0.00696
12q loss	32 (17%)	152	0.069159	0.202	0.03638	0.131	0.21616	0.405	0.054169	0.171	0.062579	0.188	0.01122	0.0605	0.12029	0.279	0.04174	0.144	0.02785	0.112	0.01028	0.057
13q loss	67 (36%)	117	0.00326	0.0262	0.073109	0.21	0.78226	0.884	0.66175	0.808	0.15018	0.318	0.03357	0.125	0.21535	0.404	0.14971	0.318	0.03751	0.133	0.099659	0.253
14q loss	45 (24%)	139	9.9999e-06	0.000586	0.01984	0.0918	0.00407	0.0295	0.00289	0.0239	0.00442	0.0307	0.01868	0.088	0.01694	0.0817	0.00283	0.0237	0.04188	0.144	0.00251	0.0216
15q loss	56 (30%)	128	0.056319	0.176	0.13428	0.297	0.20441	0.392	0.25447	0.447	0.059449	0.181	0.03635	0.131	0.5511	0.74	0.00432	0.0303	0.30531	0.498	0.00054999	0.00694
16p loss	54 (29%)	130	0.00074999	0.00866	0.0072799	0.0429	0.71897	0.841	0.68522	0.82	0.00322	0.0261	9.9999e-05	0.00191	0.0067499	0.0413	0.00024	0.00358	0.00042	0.00574	0.00026	0.00381
16q loss	53 (29%)	131	5e-05	0.00117	0.00048	0.00635	0.03679	0.132	0.02879	0.115	0.00046	0.00618	2e-05	0.000745	0.00016	0.00262	2e-05	0.000745	2e-05	0.000745	9.9999e-06	0.000586
17p loss	72 (39%)	112	0.00012	0.00214	0.00070999	0.00832	0.22904	0.421	0.30328	0.497	0.01566	0.0783	0.00143	0.014	0.00455	0.0314	0.00209	0.019	0.04523	0.151	0.00024	0.00358
17q loss	26 (14%)	158	0.29893	0.493	0.87254	0.929	0.99316	1	0.67087	0.814	0.24138	0.433	0.5119	0.71	0.85724	0.923	0.94287	0.97	0.65211	0.806	0.95727	0.978
18p loss	69 (38%)	115	2e-05	0.000745	0.01802	0.0859	0.23533	0.428	0.69683	0.828	0.01704	0.0817	0.00395	0.0292	0.00368	0.0281	0.01992	0.0918	0.0087799	0.0503	0.0056599	0.036
18q loss	103 (56%)	81	5e-05	0.00117	0.02961	0.115	0.42469	0.632	0.8455	0.92	0.0052799	0.0342	0.01911	0.0895	0.00244	0.0216	0.00028	0.00403	0.04354	0.148	0.00016	0.00262
19p loss	64 (35%)	120	0.14676	0.315	0.17811	0.354	0.19683	0.382	0.85612	0.923	0.098559	0.251	0.56376	0.748	0.43508	0.641	0.38504	0.592	0.37103	0.578	0.046	0.153
19q loss	52 (28%)	132	0.04221	0.145	0.35632	0.559	0.081119	0.224	0.38086	0.589	0.2228	0.411	0.02738	0.111	0.49299	0.691	0.53584	0.729	0.053249	0.17	0.28169	0.474
20p loss	19 (10%)	165	1	1	0.97505	0.99	0.49507	0.693	0.82192	0.906	0.62268	0.778	0.15166	0.318	0.86091	0.923	0.41762	0.627	0.89752	0.947	0.47493	0.67
20q loss	6 (3%)	178	0.56143	0.747	0.31443	0.509	0.28159	0.474	0.76548	0.878	0.47073	0.667	1	1	0.67853	0.814	0.63589	0.792	0.37491	0.581	0.85834	0.923
21q loss	108 (59%)	76	0.0069999	0.0425	0.0085499	0.0497	0.26028	0.448	0.089449	0.233	0.10316	0.256	0.10088	0.254	0.13633	0.299	0.22057	0.409	0.12546	0.286	0.087839	0.23
22q loss	73 (40%)	111	2e-05	0.000745	0.00089999	0.00971	0.01313	0.0686	0.081989	0.225	0.00012	0.00214	5.9999e-05	0.00133	0.0070899	0.0427	0.00016	0.00262	9.9999e-06	0.000586	9.9999e-06	0.000586
xp loss	60 (33%)	124	0.2435	0.434	0.65586	0.807	0.04394	0.148	0.34329	0.543	0.02668	0.109	0.80879	0.9	0.81472	0.902	0.24427	0.434	0.60119	0.765	0.26466	0.452
xq loss	39 (21%)	145	0.28957	0.482	0.084969	0.227	9.9999e-05	0.00191	0.02606	0.108	0.01054	0.0576	0.051099	0.165	0.065639	0.194	0.00295	0.0242	0.091779	0.237	0.01345	0.0696
