		Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_2q33.1	92 (20%)	359	0.01482	0.0314	0.098199	0.155	9.9999e-06	4.86e-05	0.02119	0.0423	0.23267	0.317	0.3786	0.471	5e-05	0.000203	0.00201	0.00555	0.0177	0.0364	0.00103	0.00297	0.68323	0.754	0.31916	0.408
amp_5p13.2	87 (19%)	364	0.0080399	0.0184	0.205	0.285	9.9999e-06	4.86e-05	0.81633	0.866	0.01744	0.036	0.87339	0.91	0.03228	0.0606	0.00337	0.00867	0.079589	0.13	0.95329	0.968	0.41596	0.512	0.81476	0.866
amp_6p21.1	96 (21%)	355	0.081949	0.133	0.00017	0.00058	9.9999e-06	4.86e-05	0.065819	0.111	0.40219	0.498	0.2209	0.305	0.11647	0.179	5.9999e-05	0.000232	0.0053399	0.013	0.03163	0.0596	0.093709	0.149	0.59661	0.687
amp_8p11.23	158 (35%)	293	0.067869	0.114	0.11913	0.182	2e-05	9.1e-05	0.223	0.307	0.3082	0.396	0.2734	0.362	0.12633	0.192	0.03185	0.0599	0.32508	0.413	0.1083	0.169	0.085099	0.137	0.1965	0.276
amp_8p11.21	189 (42%)	262	0.079079	0.13	0.02038	0.0412	9.9999e-06	4.86e-05	0.13925	0.209	0.6044	0.693	0.17954	0.256	0.02916	0.0558	0.00158	0.00442	0.69488	0.762	0.03675	0.0675	0.04021	0.0727	0.17189	0.247
amp_8q24.21	260 (58%)	191	0.00102	0.00296	0.051859	0.0915	9.9999e-06	4.86e-05	0.00278	0.00746	0.18024	0.257	0.090969	0.145	0.00051999	0.00159	5.9999e-05	0.000232	0.1169	0.179	0.03384	0.0626	0.01009	0.0225	0.15762	0.232
amp_11p15.5	93 (21%)	358	2e-05	9.1e-05	0.00187	0.0052	9.9999e-06	4.86e-05	0.00323	0.00836	0.17879	0.256	0.24835	0.335	3e-05	0.000128	9.9999e-06	4.86e-05	0.01559	0.0328	9.9999e-06	4.86e-05	0.24604	0.332	0.70651	0.773
amp_12p13.33	112 (25%)	339	0.11044	0.172	0.88313	0.911	0.1615	0.235	0.10799	0.169	0.87722	0.91	0.56884	0.66	0.71649	0.782	0.82754	0.873	0.4513	0.542	0.63086	0.712	0.44286	0.538	0.9983	1
amp_13q12.13	276 (61%)	175	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.074129	0.122	0.083829	0.135	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	5e-05	0.000203	0.02125	0.0423	0.1693	0.244
amp_13q22.1	277 (61%)	174	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.13534	0.204	0.14329	0.214	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	6.9999e-05	0.000262	0.073789	0.122	0.56502	0.656
amp_16p11.2	126 (28%)	325	9.9999e-06	4.86e-05	4e-05	0.000168	9.9999e-06	4.86e-05	0.0078899	0.0182	0.10315	0.162	0.02728	0.0527	0.00184	0.00513	9.9999e-06	4.86e-05	0.00054999	0.00165	0.0012	0.00342	0.02448	0.048	0.1617	0.235
amp_16q12.1	111 (25%)	340	9.9999e-06	4.86e-05	2e-05	9.1e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.02515	0.0491	0.04628	0.0821	0.080969	0.132	0.00298	0.00792	9.9999e-06	4.86e-05	0.02316	0.0456	0.00247	0.0067	0.063959	0.108	0.24177	0.327
amp_17p11.2	44 (10%)	407	0.03248	0.0608	0.01176	0.0258	0.11643	0.179	0.2025	0.283	0.87588	0.91	0.2859	0.376	0.16582	0.24	0.21916	0.304	0.00285	0.0076	0.60527	0.693	0.0368	0.0675	0.02481	0.0485
amp_17q12	114 (25%)	337	0.00499	0.0123	0.02727	0.0527	9.9999e-06	4.86e-05	0.00447	0.0112	0.67749	0.75	0.0205	0.0413	5e-05	0.000203	0.00108	0.0031	0.27901	0.368	0.00041	0.00128	0.1206	0.184	0.19239	0.271
amp_17q24.1	106 (24%)	345	0.064489	0.109	0.02227	0.044	9.9999e-06	4.86e-05	0.00025	0.000811	0.33282	0.421	0.058579	0.101	2e-05	9.1e-05	2e-05	9.1e-05	0.03309	0.0614	0.0079199	0.0182	0.16088	0.235	0.72975	0.793
amp_19q13.11	95 (21%)	356	0.0077499	0.0179	0.02872	0.0552	0.00073999	0.00219	0.62797	0.712	0.01726	0.0357	0.78233	0.84	0.19096	0.271	0.00021	0.000696	0.01469	0.0313	0.092099	0.146	0.079359	0.13	0.0066999	0.0158
amp_20p12.1	195 (43%)	256	9.9999e-06	4.86e-05	6.9999e-05	0.000262	9.9999e-06	4.86e-05	0.16841	0.243	0.00152	0.00427	0.70687	0.773	0.052409	0.0917	9.9999e-06	4.86e-05	0.02157	0.0428	0.00029	0.000934	0.49371	0.585	0.5878	0.679
amp_20p11.23	220 (49%)	231	6.9999e-05	0.000262	3e-05	0.000128	9.9999e-06	4.86e-05	0.052099	0.0915	0.0094499	0.0211	0.52598	0.617	0.00056999	0.0017	9.9999e-06	4.86e-05	0.01235	0.0269	5e-05	0.000203	0.61182	0.697	0.26426	0.352
amp_20p11.21	252 (56%)	199	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	7.9999e-05	0.000295	0.0065499	0.0156	0.082709	0.133	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00031	0.000994	9.9999e-06	4.86e-05	0.03093	0.0587	0.0086699	0.0197
amp_20q11.21	323 (72%)	128	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.01066	0.0236	9.9999e-05	0.000352	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	5.9999e-05	0.000232	0.02877	0.0552
amp_20q12	324 (72%)	127	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.01995	0.0405	8.9999e-05	0.000325	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	5.9999e-05	0.000232	0.061709	0.105
amp_20q13.12	326 (72%)	125	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.01316	0.0282	5.9999e-05	0.000232	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00011	0.000384	0.061549	0.105
del_1p36.11	168 (37%)	283	3e-05	0.000128	0.00317	0.00828	9.9999e-06	4.86e-05	8.9999e-05	0.000325	0.10537	0.165	0.03049	0.058	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00053999	0.00163	9.9999e-06	4.86e-05	0.066689	0.112	0.63456	0.713
del_1p33	123 (27%)	328	0.01848	0.0376	0.37645	0.469	9.9999e-06	4.86e-05	0.0050399	0.0124	0.37364	0.466	0.26288	0.351	9.9999e-05	0.000352	2e-05	9.1e-05	0.00276	0.00744	0.01285	0.0278	0.085339	0.137	0.63068	0.712
del_1p13.1	119 (26%)	332	0.02219	0.0439	0.23815	0.324	9.9999e-06	4.86e-05	0.0093699	0.021	0.30803	0.396	0.28851	0.379	6.9999e-05	0.000262	7.9999e-05	0.000295	0.00114	0.00326	0.01285	0.0278	0.3967	0.492	0.6502	0.727
del_2p21	17 (4%)	434	0.051999	0.0915	0.20097	0.281	0.6842	0.754	0.92284	0.941	0.52368	0.615	0.78901	0.843	0.45361	0.544	0.2739	0.362	0.056049	0.097	0.75166	0.813	NA	NA	NA	NA
del_2q22.1	24 (5%)	427	0.67809	0.75	0.4614	0.553	0.01606	0.0336	0.59856	0.687	1	1	0.42544	0.521	0.51851	0.612	0.31832	0.407	0.065319	0.11	0.45102	0.542	0.087029	0.139	0.59206	0.683
del_3p26.1	72 (16%)	379	0.0392	0.0714	0.3007	0.391	9.9999e-06	4.86e-05	0.19143	0.271	0.8483	0.89	0.77632	0.835	0.0069499	0.0163	0.00458	0.0114	0.19524	0.275	0.83265	0.877	0.15432	0.227	0.79386	0.847
del_3p14.2	88 (20%)	363	0.23899	0.324	0.59834	0.687	0.057509	0.0992	0.487	0.579	0.43747	0.534	0.63697	0.715	0.03778	0.0689	0.04156	0.075	0.71058	0.776	0.89027	0.912	0.15968	0.233	0.8115	0.864
del_3q26.31	47 (10%)	404	0.23023	0.315	0.49086	0.583	0.0051899	0.0126	0.41686	0.513	0.49659	0.588	0.95959	0.972	0.1374	0.206	0.1357	0.204	0.11584	0.179	0.67447	0.749	0.73246	0.794	0.77696	0.835
del_4p16.2	140 (31%)	311	3e-05	0.000128	0.00308	0.0081	9.9999e-06	4.86e-05	0.0066499	0.0158	0.68413	0.754	0.00311	0.00816	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00018	0.000609	0.063369	0.108	0.03998	0.0725	0.19073	0.271
del_4q22.1	152 (34%)	299	0.00017	0.00058	0.0055399	0.0134	9.9999e-06	4.86e-05	0.0048	0.0119	0.77583	0.835	0.47596	0.568	5.9999e-05	0.000232	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-05	0.000352	0.0060899	0.0146	0.0070299	0.0164	0.30164	0.392
del_4q35.1	159 (35%)	292	9.9999e-05	0.000352	0.0059699	0.0143	9.9999e-06	4.86e-05	0.00037	0.00116	0.87854	0.91	0.30364	0.394	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00035	0.0011	0.14778	0.219	0.04345	0.0775	0.96424	0.974
del_5q12.1	106 (24%)	345	5.9999e-05	0.000232	0.01546	0.0326	9.9999e-06	4.86e-05	0.01658	0.0345	0.02567	0.0498	0.19712	0.276	0.00013	0.00045	6.9999e-05	0.000262	0.00059999	0.00179	0.0063099	0.0151	0.44663	0.539	0.30779	0.396
del_5q21.1	127 (28%)	324	0.01297	0.0279	0.060179	0.103	9.9999e-06	4.86e-05	0.03711	0.0679	0.04288	0.0768	0.33467	0.423	0.0066799	0.0158	9.9999e-05	0.000352	0.0089699	0.0202	0.074939	0.123	0.078339	0.129	0.82151	0.869
del_5q22.2	130 (29%)	321	2e-04	0.000671	0.00307	0.0081	9.9999e-06	4.86e-05	0.054479	0.0948	0.062419	0.106	0.15131	0.224	0.00035	0.0011	6.9999e-05	0.000262	0.0028	0.00749	0.064909	0.11	0.079279	0.13	0.69043	0.758
del_6p25.3	56 (12%)	395	0.85457	0.894	0.55525	0.648	0.29564	0.386	0.242	0.327	0.44005	0.535	0.4738	0.566	0.20338	0.283	0.91081	0.93	0.8394	0.882	0.88952	0.912	0.082099	0.133	0.26633	0.353
del_6q26	62 (14%)	389	0.36014	0.451	0.30066	0.391	0.073609	0.122	0.5582	0.649	0.02961	0.0565	0.7699	0.832	0.35417	0.445	0.67491	0.749	0.83908	0.882	0.82112	0.869	0.54538	0.638	0.63506	0.713
del_7q31.1	13 (3%)	438	0.61198	0.697	0.61238	0.697	0.78471	0.841	0.35836	0.449	0.42149	0.518	0.85381	0.894	0.44512	0.539	0.6099	0.697	0.52111	0.613	0.96397	0.974	NA	NA	NA	NA
del_8p23.2	190 (42%)	261	2e-05	9.1e-05	0.00054999	0.00165	9.9999e-06	4.86e-05	0.00028	0.000905	0.66263	0.738	0.03535	0.0653	3e-05	0.000128	9.9999e-06	4.86e-05	0.00024	0.000782	0.00050999	0.00157	0.00299	0.00792	0.12244	0.186
del_8p22	203 (45%)	248	2e-05	9.1e-05	0.00012	0.000417	9.9999e-06	4.86e-05	0.00023	0.000753	0.41252	0.509	0.01677	0.0348	3e-05	0.000128	9.9999e-06	4.86e-05	5.9999e-05	0.000232	0.00045	0.0014	0.0080999	0.0184	0.17017	0.245
del_8q11.1	30 (7%)	421	0.01412	0.0301	0.057639	0.0992	0.00139	0.00392	0.95341	0.968	0.15144	0.224	0.68979	0.758	0.73227	0.794	0.070579	0.118	0.42509	0.521	0.44544	0.539	0.95674	0.97	0.72807	0.792
del_9p21.3	62 (14%)	389	0.00212	0.00579	0.02092	0.0419	4e-05	0.000168	0.2664	0.353	0.66248	0.738	0.2887	0.379	0.02815	0.0542	0.00123	0.00349	0.01274	0.0277	0.1271	0.192	0.23276	0.317	0.5562	0.648
del_10p15.3	80 (18%)	371	0.0067799	0.0159	0.23742	0.323	9.9999e-06	4.86e-05	0.00489	0.0121	0.72127	0.786	0.23184	0.317	0.00022	0.000723	0.00011	0.000384	0.19175	0.271	0.1084	0.169	0.096789	0.153	0.052459	0.0917
del_10q21.1	98 (22%)	353	0.00017	0.00058	0.0183	0.0375	9.9999e-06	4.86e-05	0.01127	0.0249	0.63298	0.713	0.14022	0.21	3e-05	0.000128	3e-05	0.000128	0.15942	0.233	0.01123	0.0248	0.19126	0.271	0.78631	0.842
del_10q23.31	109 (24%)	342	0.00321	0.00834	0.0433	0.0774	9.9999e-06	4.86e-05	0.01481	0.0314	0.974	0.983	0.13032	0.197	0.0056299	0.0136	5e-05	0.000203	0.055419	0.0963	0.0042	0.0106	0.03995	0.0725	0.10605	0.166
del_10q25.2	109 (24%)	342	0.01336	0.0286	0.00387	0.00986	9.9999e-06	4.86e-05	0.00090999	0.00267	0.11751	0.18	0.14646	0.218	3e-05	0.000128	9.9999e-06	4.86e-05	0.00318	0.00828	0.00207	0.00567	0.26602	0.353	0.31172	0.399
del_12p13.2	60 (13%)	391	0.00052999	0.00161	0.0080499	0.0184	9.9999e-06	4.86e-05	0.00206	0.00566	0.77154	0.833	0.82724	0.873	0.00125	0.00354	9.9999e-06	4.86e-05	0.00426	0.0107	0.35125	0.442	0.04636	0.0821	0.086889	0.139
del_13q14.13	19 (4%)	432	0.26095	0.349	0.65854	0.736	0.00103	0.00297	0.10272	0.162	0.88734	0.912	0.8008	0.854	0.93231	0.949	0.88437	0.911	0.65012	0.727	0.99378	1	0.61313	0.697	0.11133	0.173
del_14q31.1	151 (33%)	300	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-05	0.000352	9.9999e-06	4.86e-05	0.00018	0.000609	0.02058	0.0414	0.22563	0.31	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.01812	0.0372	0.34201	0.431
del_15q11.2	177 (39%)	274	5.9999e-05	0.000232	5e-04	0.00154	9.9999e-06	4.86e-05	8.9999e-05	0.000325	0.11312	0.175	0.35149	0.442	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00336	0.00867	0.01662	0.0345	0.46779	0.56
del_15q15.2	172 (38%)	279	7.9999e-05	0.000295	0.00021	0.000696	9.9999e-06	4.86e-05	4e-05	0.000168	0.01211	0.0265	0.15932	0.233	3e-05	0.000128	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00093999	0.00275	0.02104	0.0421	0.29176	0.382
del_15q21.1	169 (37%)	282	0.00194	0.00537	0.01033	0.023	9.9999e-06	4.86e-05	8.9999e-05	0.000325	0.04588	0.0817	0.15178	0.224	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	2e-05	9.1e-05	0.00243	0.00661	0.03134	0.0593	0.25974	0.348
del_15q22.33	161 (36%)	290	9.9999e-06	4.86e-05	0.00032	0.00102	9.9999e-06	4.86e-05	2e-05	9.1e-05	0.2579	0.346	0.22031	0.305	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00052999	0.00161	0.03658	0.0674	0.17494	0.251
del_16p13.3	57 (13%)	394	0.87262	0.91	0.48374	0.576	0.04269	0.0767	0.095399	0.151	0.8755	0.91	0.81692	0.866	0.04222	0.076	0.081559	0.132	0.44526	0.539	0.52866	0.619	0.33099	0.419	0.87804	0.91
del_16q23.1	61 (14%)	390	0.0088299	0.02	0.0039	0.0099	0.13966	0.209	0.5004	0.592	0.90091	0.921	0.55338	0.646	0.30525	0.395	0.01581	0.0331	0.22677	0.311	0.25072	0.337	0.88488	0.911	0.88252	0.911
del_17p12	254 (56%)	197	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.056079	0.097	0.00095999	0.0028	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00366	0.00935	0.052649	0.0918
del_17q24.3	69 (15%)	382	0.01998	0.0405	0.43965	0.535	3e-05	0.000128	0.61494	0.698	0.41099	0.508	0.40338	0.499	0.068019	0.114	0.126	0.192	0.0073999	0.0171	0.43338	0.53	0.29692	0.387	0.447	0.539
del_18p11.31	248 (55%)	203	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.31061	0.399	0.00474	0.0118	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00048	0.00148	0.00353	0.00905
del_18q12.2	274 (61%)	177	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.3679	0.46	0.0050799	0.0124	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00022	0.000723	0.02552	0.0497
del_18q21.2	287 (64%)	164	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.20339	0.283	0.0070299	0.0164	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	5.9999e-05	0.000232	0.03261	0.0609
del_18q22.1	286 (63%)	165	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.17784	0.255	0.0129	0.0278	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	5e-05	0.000203	0.03269	0.0609
del_19p13.3	63 (14%)	388	0.00033	0.00105	0.071009	0.118	0.00066999	0.00199	0.6641	0.739	0.57589	0.667	0.6301	0.712	0.0072499	0.0168	0.00086999	0.00256	0.58444	0.676	0.0059699	0.0143	0.51985	0.613	0.32854	0.417
del_20p12.1	87 (19%)	364	0.32375	0.413	0.03292	0.0612	9.9999e-06	4.86e-05	0.00019	0.00064	0.071989	0.12	0.0090999	0.0205	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00256	0.00692	0.00497	0.0123	0.21993	0.305	0.04861	0.0859
del_21q11.2	141 (31%)	310	6.9999e-05	0.000262	0.02375	0.0467	9.9999e-06	4.86e-05	0.00446	0.0112	0.89285	0.914	0.30545	0.395	9.9999e-06	4.86e-05	0.00042	0.00131	0.01507	0.0318	0.16261	0.236	0.28263	0.372	0.85769	0.896
del_22q13.32	160 (35%)	291	2e-05	9.1e-05	3e-05	0.000128	9.9999e-06	4.86e-05	0.03139	0.0593	0.14502	0.216	0.01138	0.025	9.9999e-06	4.86e-05	9.9999e-06	4.86e-05	0.00021	0.000696	0.01836	0.0375	0.32494	0.413	0.88748	0.912
