		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q21.2	69 (46%)	81	0.00107	0.00575	0.39535	0.472	0.31936	0.398	0.91562	0.927	0.14135	0.206	0.00085999	0.005	0.13445	0.199	0.93295	0.94	0.67299	0.719	0.13022	0.194
amp_2p24.1	62 (41%)	88	0.0083799	0.0253	0.00031	0.00242	0.19414	0.265	0.12861	0.193	0.03912	0.0776	0.0436	0.0842	0.02739	0.0593	0.0389	0.0775	0.04326	0.0838	0.01197	0.0323
amp_3p13	34 (23%)	116	0.01617	0.0402	0.15341	0.219	0.00012	0.0012	0.00159	0.00743	0.00058999	0.00399	0.01757	0.0433	0.14117	0.206	0.02069	0.049	0.0169	0.0418	0.03358	0.0694
amp_3q27.3	49 (33%)	101	0.41892	0.492	0.059159	0.105	0.00233	0.00975	0.00087999	0.00506	0.00018	0.00155	0.0078399	0.0242	0.00135	0.00668	0.00242	0.01	0.00106	0.00575	0.0097199	0.0286
amp_4q12	20 (13%)	130	4e-05	0.000513	0.80657	0.831	0.80375	0.83	0.45742	0.525	0.19697	0.267	0.39608	0.472	0.33921	0.415	0.33275	0.41	0.27841	0.357	0.24181	0.316
amp_7p22.1	126 (84%)	24	0.20846	0.279	0.072149	0.122	0.12545	0.19	0.091009	0.147	0.03161	0.0661	0.10439	0.164	0.01201	0.0323	0.01132	0.0322	0.02215	0.051	0.03857	0.0771
amp_7q11.22	120 (80%)	30	0.063279	0.111	0.02464	0.0542	0.01145	0.0322	0.057979	0.104	9.9999e-06	0.000161	0.00203	0.00891	2e-04	0.00167	0.00018	0.00155	9.9999e-05	0.00104	0.00088999	0.00506
amp_8q11.23	122 (81%)	28	0.00015	0.00142	0.0083399	0.0253	0.00060999	0.00401	0.00013	0.00127	9.9999e-06	0.000161	2e-05	0.000303	8.9999e-05	0.001	9.9999e-06	0.000161	3e-05	0.000417	5e-05	0.000581
amp_8q23.3	108 (72%)	42	0.10342	0.163	0.00183	0.00832	0.0241	0.0538	0.01099	0.0318	0.00033	0.0025	0.00056999	0.00396	2e-05	0.000303	9.9999e-05	0.00104	0.00032	0.00246	0.0088599	0.0265
amp_12p13.33	145 (97%)	5	0.19492	0.266	0.39695	0.472	0.15038	0.217	0.03735	0.0753	0.21625	0.288	0.6853	0.723	0.31995	0.398	0.082779	0.137	0.086819	0.141	0.47287	0.54
amp_12p12.1	147 (98%)	3	0.10759	0.169	0.1036	0.163	0.29429	0.37	0.23373	0.309	0.077479	0.13	0.56184	0.616	0.058889	0.105	0.33877	0.415	0.32645	0.405	0.1246	0.189
amp_12p11.21	144 (96%)	6	0.095959	0.154	0.19345	0.265	0.15284	0.219	0.03607	0.0734	0.15556	0.221	0.49639	0.56	0.20608	0.278	0.0361	0.0734	0.03819	0.0767	0.19391	0.265
amp_12q15	100 (67%)	50	0.86902	0.89	0.88723	0.904	0.38955	0.468	1	1	0.4972	0.56	0.73464	0.767	0.42957	0.499	0.51188	0.571	0.52444	0.583	0.47785	0.544
amp_16q21	21 (14%)	129	0.0053199	0.018	0.0191	0.0466	0.00335	0.0131	0.00119	0.00626	0.04646	0.088	0.0077699	0.0242	0.0014	0.0068	0.0084099	0.0253	0.00234	0.00975	0.00287	0.0117
amp_20q11.21	51 (34%)	99	0.03659	0.0741	0.00098999	0.00544	0.01946	0.047	0.01452	0.037	0.083489	0.137	0.03373	0.0694	0.01148	0.0322	0.0068699	0.0219	0.01018	0.0296	0.04214	0.082
amp_22q11.21	57 (38%)	93	9.9999e-06	0.000161	0.074909	0.127	0.01184	0.0323	0.0057399	0.019	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	0.02489	0.0543	0.00019	0.00161	0.00025	0.00202	5e-05	0.000581
del_1p36.31	34 (23%)	116	0.63952	0.686	0.056079	0.103	0.15802	0.224	0.057379	0.104	0.066839	0.115	0.050159	0.0936	0.0052399	0.018	0.00473	0.0168	0.00195	0.00878	0.0146	0.0371
del_1p31.1	27 (18%)	123	0.02002	0.0479	0.27243	0.351	0.35474	0.431	0.04894	0.0917	0.67644	0.719	0.72696	0.76	0.0078699	0.0242	0.15339	0.219	0.064199	0.112	0.42956	0.499
del_1q42.12	9 (6%)	141	0.094259	0.152	0.066729	0.115	0.83129	0.853	0.2882	0.365	0.62041	0.67	0.19555	0.266	0.12321	0.188	0.12719	0.192	0.50056	0.562	0.01303	0.0345
del_2q37.3	15 (10%)	135	0.56123	0.616	0.01998	0.0479	0.41104	0.485	0.25245	0.327	0.34372	0.418	0.1734	0.241	0.3812	0.459	0.11731	0.181	0.10858	0.17	0.2424	0.316
del_3p26.2	41 (27%)	109	0.02462	0.0542	0.00349	0.0133	0.089679	0.146	0.50515	0.565	0.0078899	0.0242	0.00442	0.0159	0.0037	0.014	0.00348	0.0133	0.0013	0.0065	0.00016	0.00148
del_4q22.2	110 (73%)	40	0.02503	0.0544	0.086669	0.141	0.67993	0.719	0.55926	0.616	0.0092399	0.0273	0.00142	0.00683	0.00065999	0.00412	0.00421	0.0155	0.02943	0.0624	0.00494	0.0174
del_5p15.2	101 (67%)	49	0.0398	0.078	0.40664	0.481	0.11865	0.183	0.488	0.553	0.48903	0.553	0.45796	0.525	0.54969	0.607	0.24107	0.316	0.2843	0.362	0.28603	0.363
del_5p14.3	103 (69%)	47	0.059099	0.105	0.16794	0.235	0.02094	0.0494	0.70473	0.742	0.27824	0.357	0.29469	0.37	0.79516	0.825	0.15191	0.219	0.19781	0.267	0.28219	0.36
del_5q12.1	105 (70%)	45	0.00062999	0.00404	0.066729	0.115	0.01111	0.0319	0.33168	0.409	0.01183	0.0323	0.0074499	0.0236	0.45096	0.521	0.0239	0.0536	0.02904	0.0621	0.03951	0.078
del_6p22.3	24 (16%)	126	0.00024	0.00197	0.00233	0.00975	0.00017	0.00152	0.00077999	0.00459	0.02198	0.0509	0.01159	0.0323	0.0050099	0.0175	0.00345	0.0133	0.00334	0.0131	0.0055299	0.0184
del_6q26	26 (17%)	124	0.10237	0.162	0.03967	0.078	0.02473	0.0542	0.01436	0.0368	0.00076999	0.00459	0.0013	0.0065	0.01789	0.0438	0.0050499	0.0175	0.00446	0.0159	0.02339	0.0529
del_7q11.22	4 (3%)	146	0.10129	0.162	0.062669	0.11	0.11994	0.184	0.02817	0.0607	0.079229	0.132	0.02927	0.0623	0.0053099	0.018	0.0089399	0.0266	0.01017	0.0296	0.02263	0.0517
del_7q35	13 (9%)	137	0.01368	0.0356	0.40398	0.479	0.58698	0.638	0.057789	0.104	0.14231	0.207	0.01146	0.0322	0.26744	0.346	0.80789	0.831	0.43024	0.499	0.03225	0.0672
del_9p24.3	70 (47%)	80	0.03076	0.0649	0.32914	0.407	0.66818	0.715	0.42415	0.495	0.46487	0.532	0.80324	0.83	0.33923	0.415	0.67791	0.719	1	1	0.87111	0.891
del_9p23	66 (44%)	84	0.00049	0.0035	0.60778	0.658	0.51958	0.579	0.34161	0.417	0.37745	0.457	0.52674	0.584	0.5848	0.637	0.9097	0.923	0.93206	0.94	0.88817	0.904
del_9q33.3	60 (40%)	90	0.00017	0.00152	0.12348	0.188	0.12718	0.192	0.054909	0.102	0.067949	0.116	0.01556	0.0391	0.67763	0.719	0.055269	0.102	0.16393	0.23	0.24171	0.316
del_9q34.2	60 (40%)	90	0.00098999	0.00544	0.068169	0.116	0.12827	0.193	0.055409	0.102	0.059329	0.105	0.00402	0.015	0.53744	0.595	0.02844	0.061	0.14263	0.207	0.13123	0.195
del_10p15.3	84 (56%)	66	0.00015	0.00142	0.02011	0.0479	0.00408	0.0151	0.00267	0.0109	0.0054199	0.0182	0.00126	0.00649	0.03463	0.071	0.00064999	0.00411	3e-04	0.00238	0.00144	0.00686
del_10q23.1	71 (47%)	79	0.00051999	0.00366	0.00403	0.015	0.02438	0.0542	0.01364	0.0356	0.00216	0.00927	0.00037	0.00276	0.02337	0.0529	3e-05	0.000417	9.9999e-05	0.00104	3e-05	0.000417
del_10q26.3	76 (51%)	74	9.9999e-06	0.000161	0.00077999	0.00459	0.01217	0.0325	0.00308	0.0123	0.00041	0.00301	0.00011	0.00112	0.0441	0.0845	5e-05	0.000581	5e-05	0.000581	4e-05	0.000513
del_11p15.5	94 (63%)	56	0.17975	0.249	0.04861	0.0917	0.15949	0.225	0.4498	0.521	0.082769	0.137	0.00427	0.0156	0.00217	0.00927	0.00204	0.00891	0.0061799	0.0202	0.01191	0.0323
del_11p12	99 (66%)	51	0.42069	0.493	0.04647	0.088	0.13823	0.203	0.48889	0.553	0.1094	0.17	0.0052899	0.018	0.00076999	0.00459	0.00128	0.0065	0.0063399	0.0205	0.01264	0.0336
del_11q12.3	114 (76%)	36	0.00089999	0.00506	0.18842	0.26	0.03241	0.0672	0.02168	0.0507	4e-05	0.000513	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	7.9999e-05	0.000909	9.9999e-06	0.000161
del_11q24.3	122 (81%)	28	0.00060999	0.00401	0.57203	0.624	0.58835	0.638	0.30944	0.388	0.00205	0.00891	0.00058999	0.00399	0.00314	0.0125	0.0060799	0.02	0.01555	0.0391	0.00047	0.00341
del_13q34	113 (75%)	37	0.01324	0.0348	0.31599	0.395	0.11222	0.174	0.15943	0.225	0.00073999	0.00457	0.00198	0.00884	0.16455	0.23	0.13087	0.195	0.21944	0.291	0.00112	0.00596
del_16q23.1	66 (44%)	84	0.00062999	0.00404	0.0223	0.0511	0.67854	0.719	0.38083	0.459	0.29469	0.37	0.39465	0.472	0.056239	0.103	0.20737	0.278	0.56844	0.622	0.01615	0.0402
del_16q23.3	67 (45%)	83	0.00138	0.00676	0.00304	0.0123	0.76429	0.794	0.19205	0.265	0.04498	0.0858	0.085419	0.14	0.00177	0.00819	0.02183	0.0508	0.17189	0.239	0.01422	0.0366
del_18p11.32	118 (79%)	32	0.50181	0.563	0.15465	0.22	0.71021	0.746	0.95926	0.963	0.62688	0.674	0.24819	0.322	0.04399	0.0845	0.01934	0.0469	0.28139	0.36	0.067559	0.116
del_18q22.3	125 (83%)	25	0.01187	0.0323	0.13803	0.203	0.72017	0.755	0.95243	0.958	0.20652	0.278	0.13475	0.199	0.02364	0.0532	0.04051	0.0791	0.23549	0.311	0.0076499	0.0241
del_19q13.33	58 (39%)	92	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161
del_19q13.42	57 (38%)	93	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161	9.9999e-06	0.000161
del_20p12.1	29 (19%)	121	0.21879	0.291	0.39727	0.472	0.41426	0.487	0.45414	0.523	0.078259	0.13	0.093839	0.151	0.03123	0.0656	0.24137	0.316	0.061139	0.108	0.00179	0.00821
del_xp21.1	28 (19%)	122	0.075429	0.127	0.00441	0.0159	0.90054	0.915	0.62156	0.67	0.076199	0.128	0.051339	0.0954	0.057189	0.104	0.072249	0.122	0.04899	0.0917	0.0067499	0.0216
del_xq27.3	30 (20%)	120	0.00149	0.00703	0.00124	0.00646	0.11721	0.181	0.7441	0.775	0.0063099	0.0205	0.063149	0.111	0.01375	0.0356	0.01202	0.0323	0.10212	0.162	0.0212	0.0498
