Lung Adenocarcinoma: Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 78 arm-level results and 15 clinical features across 223 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 78 arm-level results and 15 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NEOADJUVANT
THERAPY 		NUMBERPACKYEARSSMOKED STOPPEDSMOKINGYEAR TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET
nCNV (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test t-test
1p gain 33 (15%) 190 0.985
(1.00) 		0.0046
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.0211
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.745
(1.00)
1q gain 93 (42%) 130 0.949
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.199
(1.00)
2p gain 27 (12%) 196 0.331
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.000886
(0.966) 		0.962
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.0349
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.0343
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.996
(1.00)
2q gain 23 (10%) 200 0.438
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.0197
(1.00) 		0.122
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.5
(1.00)
3p gain 6 (3%) 217 0.00611
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.626
(1.00)
3q gain 10 (4%) 213 0.166
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.025
(1.00)
4p gain 14 (6%) 209 0.141
(1.00) 		0.0132
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.432
(1.00)
4q gain 4 (2%) 219 0.189
(1.00) 		0.0743
(1.00) 		0.036
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.0634
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.061
(1.00)
5p gain 83 (37%) 140 0.729
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.684
(1.00)
5q gain 29 (13%) 194 0.713
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.0887
(1.00) 		0.234
(1.00)
6p gain 27 (12%) 196 0.973
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.0867
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.426
(1.00)
6q gain 5 (2%) 218 0.406
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.0786
(1.00)
7p gain 73 (33%) 150 0.218
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.00859
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.533
(1.00)
7q gain 52 (23%) 171 0.747
(1.00) 		0.00536
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.0834
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.564
(1.00)
8p gain 22 (10%) 201 0.221
(1.00) 		0.00171
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.0564
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.0276
(1.00)
8q gain 63 (28%) 160 0.729
(1.00) 		0.0012
(1.00) 		1
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.0158
(1.00)
9p gain 5 (2%) 218 0.299
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0473
(1.00)
10p gain 23 (10%) 200 0.919
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0411
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0344
(1.00) 		0.00154
(1.00) 		0.00487
(1.00) 		0.178
(1.00)
10q gain 11 (5%) 212 0.721
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.00257
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.0131
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.287
(1.00)
11p gain 19 (9%) 204 0.487
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.558
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.56
(1.00)
11q gain 26 (12%) 197 0.549
(1.00) 		0.00191
(1.00) 		0.0611
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.203
(1.00)
12p gain 27 (12%) 196 0.859
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.0582
(1.00) 		0.0406
(1.00) 		0.168
(1.00)
12q gain 20 (9%) 203 0.611
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		1
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.0163
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.077
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.0603
(1.00) 		0.00837
(1.00)
13q gain 10 (4%) 213 0.497
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.0878
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.466
(1.00)
14q gain 22 (10%) 201 0.909
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.0981
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.715
(1.00)
15q gain 7 (3%) 216 0.136
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.00979
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.432
(1.00) 		1
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.0193
(1.00)
16p gain 28 (13%) 195 0.512
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.0722
(1.00) 		0.81
(1.00)
16q gain 20 (9%) 203 0.922
(1.00) 		0.0714
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.372
(1.00) 		1
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.832
(1.00)
17p gain 11 (5%) 212 0.718
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.0931
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0295
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.936
(1.00)
17q gain 33 (15%) 190 0.506
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.0379
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.0523
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.29
(1.00)
18p gain 16 (7%) 207 0.245
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.614
(1.00)
18q gain 10 (4%) 213 0.726
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.902
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00)
19p gain 3 (1%) 220 0.537
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.197
(1.00) 		1
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0685
(1.00) 		0.674
(1.00)
19q gain 7 (3%) 216 0.938
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.454
(1.00)
20p gain 22 (10%) 201 0.79
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.254
(1.00)
20q gain 29 (13%) 194 0.814
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.0835
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.0256
(1.00) 		0.591
(1.00)
21q gain 24 (11%) 199 0.773
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.463
(1.00)
22q gain 11 (5%) 212 0.0374
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.0134
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0776
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.595
(1.00)
Xq gain 10 (4%) 213 0.215
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.87
(1.00)
1p loss 15 (7%) 208 0.67
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.268
(1.00)
1q loss 6 (3%) 217 0.00114
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.667
(1.00)
2p loss 3 (1%) 220 1
(1.00) 		0.983
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.614
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.0461
(1.00)
3p loss 40 (18%) 183 0.547
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.00584
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0368
(1.00) 		0.632
(1.00)
3q loss 24 (11%) 199 0.57
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0438
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.864
(1.00)
4p loss 15 (7%) 208 0.569
(1.00) 		0.0506
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.0239
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.564
(1.00)
4q loss 22 (10%) 201 0.761
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.64
(1.00)
5p loss 4 (2%) 219 0.374
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.915
(1.00)
5q loss 26 (12%) 197 0.467
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.00654
(1.00) 		0.0091
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.0689
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.933
(1.00)
6p loss 20 (9%) 203 0.49
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.00421
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.031
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.65
(1.00)
6q loss 53 (24%) 170 0.855
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.774
(1.00)
7p loss 7 (3%) 216 0.697
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.896
(1.00) 		1
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.42
(1.00)
7q loss 7 (3%) 216 0.249
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.175
(1.00)
8p loss 55 (25%) 168 0.23
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.802
(1.00)
8q loss 9 (4%) 214 0.344
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.05
(1.00)
9p loss 66 (30%) 157 0.0717
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.019
(1.00) 		1
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.281
(1.00)
9q loss 53 (24%) 170 0.542
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.436
(1.00)
10p loss 18 (8%) 205 0.52
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.856
(1.00)
10q loss 16 (7%) 207 0.721
(1.00) 		0.0909
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.178
(1.00)
11p loss 7 (3%) 216 0.323
(1.00) 		0.000258
(0.282) 		0.702
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.062
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.139
(1.00)
11q loss 9 (4%) 214 0.329
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.612
(1.00)
12p loss 20 (9%) 203 0.438
(1.00) 		0.687
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		0.215
(1.00)
12q loss 14 (6%) 209 0.307
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.333
(1.00)
13q loss 42 (19%) 181 0.1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.0861
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.767
(1.00)
14q loss 18 (8%) 205 0.708
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.00817
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.55
(1.00)
15q loss 47 (21%) 176 0.748
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.774
(1.00)
16p loss 14 (6%) 209 0.757
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.247
(1.00)
16q loss 26 (12%) 197 0.189
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.988
(1.00) 		1
(1.00) 		0.566
(1.00)
17p loss 57 (26%) 166 0.989
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.2
(1.00)
17q loss 8 (4%) 215 0.505
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0533
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.766
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.048
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.747
(1.00)
18p loss 33 (15%) 190 0.965
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		1
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.0181
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.122
(1.00)
18q loss 55 (25%) 168 0.0245
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.502
(1.00)
19p loss 58 (26%) 165 0.223
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.00064
(0.699) 		0.225
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.0942
(1.00) 		0.346
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.279
(1.00)
19q loss 28 (13%) 195 0.465
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.617
(1.00)
20p loss 32 (14%) 191 0.26
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.0831
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.104
(1.00)
20q loss 13 (6%) 210 0.602
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.543
(1.00)
21q loss 32 (14%) 191 0.588
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.00342
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0693
(1.00) 		0.0477
(1.00) 		0.0781
(1.00) 		0.11
(1.00)
22q loss 45 (20%) 178 0.996
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.343
(1.00)
Xq loss 5 (2%) 218 0.00713
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.0376
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.914
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = broad_values_by_arm.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 223

  • Number of significantly arm-level cnvs = 78

  • Number of selected clinical features = 15

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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