Lung Adenocarcinoma: Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team
(Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction
Summary
Testing the association between copy number variation 78 arm-level results and 15 clinical features across 223 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No arm-level cnvs related to clinical features.
Results
Overview of the results
Table 1. Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 78 arm-level results and 15 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.
|
Clinical Features |
Time to Death |
AGE | GENDER |
KARNOFSKY PERFORMANCE SCORE |
HISTOLOGICAL TYPE |
PATHOLOGY T |
PATHOLOGY N |
PATHOLOGICSPREAD(M) |
TUMOR STAGE |
RADIATIONS RADIATION REGIMENINDICATION |
NEOADJUVANT THERAPY |
NUMBERPACKYEARSSMOKED | STOPPEDSMOKINGYEAR | TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR | YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET | ||
| nCNV (%) | nWild-Type | logrank test | t-test | Fisher's exact test | t-test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | t-test | t-test | Fisher's exact test | t-test | |
| 1p gain | 33 (15%) | 190 |
0.985 (1.00) |
0.0046 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.98 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.0272 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.0211 (1.00) |
0.704 (1.00) |
1 (1.00) |
0.627 (1.00) |
0.943 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.745 (1.00) |
| 1q gain | 93 (42%) | 130 |
0.949 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.0689 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.199 (1.00) |
| 2p gain | 27 (12%) | 196 |
0.331 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.000886 (0.966) |
0.962 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.0349 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.0343 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.996 (1.00) |
|
| 2q gain | 23 (10%) | 200 |
0.438 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.0197 (1.00) |
0.122 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.0676 (1.00) |
0.5 (1.00) |
|
| 3p gain | 6 (3%) | 217 |
0.00611 (1.00) |
0.787 (1.00) |
1 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.0191 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.626 (1.00) |
|
| 3q gain | 10 (4%) | 213 |
0.166 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.317 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.025 (1.00) |
|
| 4p gain | 14 (6%) | 209 |
0.141 (1.00) |
0.0132 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.0626 (1.00) |
0.134 (1.00) |
1 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.432 (1.00) |
|
| 4q gain | 4 (2%) | 219 |
0.189 (1.00) |
0.0743 (1.00) |
0.036 (1.00) |
0.999 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.245 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.0634 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.061 (1.00) |
||
| 5p gain | 83 (37%) | 140 |
0.729 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.995 (1.00) |
0.0938 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.0529 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.684 (1.00) |
| 5q gain | 29 (13%) | 194 |
0.713 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.843 (1.00) |
0.507 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.0309 (1.00) |
0.0289 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.0887 (1.00) |
0.234 (1.00) |
|
| 6p gain | 27 (12%) | 196 |
0.973 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.715 (1.00) |
0.0867 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.97 (1.00) |
0.0663 (1.00) |
0.426 (1.00) |
| 6q gain | 5 (2%) | 218 |
0.406 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
0.525 (1.00) |
1 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.0786 (1.00) |
|||
| 7p gain | 73 (33%) | 150 |
0.218 (1.00) |
0.0539 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.00859 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.533 (1.00) |
| 7q gain | 52 (23%) | 171 |
0.747 (1.00) |
0.00536 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.0834 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.158 (1.00) |
1 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.564 (1.00) |
| 8p gain | 22 (10%) | 201 |
0.221 (1.00) |
0.00171 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.985 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.913 (1.00) |
1 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.0564 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.0276 (1.00) |
|
| 8q gain | 63 (28%) | 160 |
0.729 (1.00) |
0.0012 (1.00) |
1 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.691 (1.00) |
0.697 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.0833 (1.00) |
0.0158 (1.00) |
| 9p gain | 5 (2%) | 218 |
0.299 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.996 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.213 (1.00) |
0.666 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.0473 (1.00) |
||
| 10p gain | 23 (10%) | 200 |
0.919 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.0411 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.619 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0344 (1.00) |
0.00154 (1.00) |
0.00487 (1.00) |
0.178 (1.00) |
|
| 10q gain | 11 (5%) | 212 |
0.721 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.00257 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.544 (1.00) |
1 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.0131 (1.00) |
0.0692 (1.00) |
0.287 (1.00) |
|
| 11p gain | 19 (9%) | 204 |
0.487 (1.00) |
0.0668 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.558 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.884 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.89 (1.00) |
0.56 (1.00) |
|
| 11q gain | 26 (12%) | 197 |
0.549 (1.00) |
0.00191 (1.00) |
0.0611 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.59 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.0865 (1.00) |
0.203 (1.00) |
|
| 12p gain | 27 (12%) | 196 |
0.859 (1.00) |
0.0238 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.0285 (1.00) |
0.0692 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.0563 (1.00) |
1 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.0582 (1.00) |
0.0406 (1.00) |
0.168 (1.00) |
|
| 12q gain | 20 (9%) | 203 |
0.611 (1.00) |
0.0148 (1.00) |
1 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.0163 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.116 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.077 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.0603 (1.00) |
0.00837 (1.00) |
|
| 13q gain | 10 (4%) | 213 |
0.497 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.955 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.0878 (1.00) |
0.645 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.53 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.466 (1.00) |
|
| 14q gain | 22 (10%) | 201 |
0.909 (1.00) |
0.0554 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.0981 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.805 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.715 (1.00) |
|
| 15q gain | 7 (3%) | 216 |
0.136 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.00979 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
0.595 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.0193 (1.00) |
||||
| 16p gain | 28 (13%) | 195 |
0.512 (1.00) |
0.169 (1.00) |
1 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.534 (1.00) |
1 (1.00) |
0.414 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.0722 (1.00) |
0.81 (1.00) |
| 16q gain | 20 (9%) | 203 |
0.922 (1.00) |
0.0714 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.372 (1.00) |
1 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.803 (1.00) |
0.832 (1.00) |
|
| 17p gain | 11 (5%) | 212 |
0.718 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.0931 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.0295 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.936 (1.00) |
|
| 17q gain | 33 (15%) | 190 |
0.506 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.0379 (1.00) |
0.0257 (1.00) |
0.0523 (1.00) |
0.073 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.81 (1.00) |
0.29 (1.00) |
| 18p gain | 16 (7%) | 207 |
0.245 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.874 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.614 (1.00) |
|
| 18q gain | 10 (4%) | 213 |
0.726 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.902 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.324 (1.00) |
1 (1.00) |
0.132 (1.00) |
|
| 19p gain | 3 (1%) | 220 |
0.537 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.197 (1.00) |
1 (1.00) |
0.638 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0685 (1.00) |
0.674 (1.00) |
||||
| 19q gain | 7 (3%) | 216 |
0.938 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.996 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.5 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.833 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.454 (1.00) |
|
| 20p gain | 22 (10%) | 201 |
0.79 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.824 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.266 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.993 (1.00) |
0.0612 (1.00) |
0.254 (1.00) |
| 20q gain | 29 (13%) | 194 |
0.814 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.424 (1.00) |
0.0835 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.0427 (1.00) |
0.594 (1.00) |
0.0256 (1.00) |
0.591 (1.00) |
| 21q gain | 24 (11%) | 199 |
0.773 (1.00) |
0.857 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.764 (1.00) |
1 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.945 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.0151 (1.00) |
0.463 (1.00) |
|
| 22q gain | 11 (5%) | 212 |
0.0374 (1.00) |
0.0875 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.218 (1.00) |
0.0134 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.0186 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.0776 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.595 (1.00) |
|
| Xq gain | 10 (4%) | 213 |
0.215 (1.00) |
0.48 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.731 (1.00) |
1 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.509 (1.00) |
0.207 (1.00) |
0.972 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.87 (1.00) |
|
| 1p loss | 15 (7%) | 208 |
0.67 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.931 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.267 (1.00) |
1 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.268 (1.00) |
|
| 1q loss | 6 (3%) | 217 |
0.00114 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.0892 (1.00) |
0.209 (1.00) |
0.471 (1.00) |
1 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.667 (1.00) |
|||
| 2p loss | 3 (1%) | 220 |
1 (1.00) |
0.983 (1.00) |
1 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.614 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.0461 (1.00) |
||||||
| 3p loss | 40 (18%) | 183 |
0.547 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.0287 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.198 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.00584 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.0368 (1.00) |
0.632 (1.00) |
| 3q loss | 24 (11%) | 199 |
0.57 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.0287 (1.00) |
0.981 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.284 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.0438 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.864 (1.00) |
| 4p loss | 15 (7%) | 208 |
0.569 (1.00) |
0.0506 (1.00) |
0.592 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.0239 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.364 (1.00) |
1 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.932 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.564 (1.00) |
| 4q loss | 22 (10%) | 201 |
0.761 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.0224 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.0663 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.64 (1.00) |
| 5p loss | 4 (2%) | 219 |
0.374 (1.00) |
0.656 (1.00) |
1 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.191 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.588 (1.00) |
1 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.987 (1.00) |
0.915 (1.00) |
|||
| 5q loss | 26 (12%) | 197 |
0.467 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.00654 (1.00) |
0.0091 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.0689 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.227 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.271 (1.00) |
0.933 (1.00) |
|
| 6p loss | 20 (9%) | 203 |
0.49 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.00421 (1.00) |
0.554 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.031 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.65 (1.00) |
|
| 6q loss | 53 (24%) | 170 |
0.855 (1.00) |
0.56 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.0585 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.698 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.482 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.774 (1.00) |
| 7p loss | 7 (3%) | 216 |
0.697 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.896 (1.00) |
1 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.211 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.42 (1.00) |
|
| 7q loss | 7 (3%) | 216 |
0.249 (1.00) |
0.152 (1.00) |
1 (1.00) |
0.287 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.833 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.175 (1.00) |
|||
| 8p loss | 55 (25%) | 168 |
0.23 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.0982 (1.00) |
0.226 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.886 (1.00) |
1 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.802 (1.00) |
| 8q loss | 9 (4%) | 214 |
0.344 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.735 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.37 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.05 (1.00) |
|||
| 9p loss | 66 (30%) | 157 |
0.0717 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.0793 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.019 (1.00) |
1 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.281 (1.00) |
| 9q loss | 53 (24%) | 170 |
0.542 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.918 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.101 (1.00) |
1 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.156 (1.00) |
0.436 (1.00) |
| 10p loss | 18 (8%) | 205 |
0.52 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.0808 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.856 (1.00) |
|
| 10q loss | 16 (7%) | 207 |
0.721 (1.00) |
0.0909 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.194 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.0874 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0808 (1.00) |
0.608 (1.00) |
1 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.178 (1.00) |
|
| 11p loss | 7 (3%) | 216 |
0.323 (1.00) |
0.000258 (0.282) |
0.702 (1.00) |
0.978 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.062 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.0361 (1.00) |
1 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.139 (1.00) |
|
| 11q loss | 9 (4%) | 214 |
0.329 (1.00) |
0.227 (1.00) |
1 (1.00) |
0.982 (1.00) |
0.759 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.612 (1.00) |
|
| 12p loss | 20 (9%) | 203 |
0.438 (1.00) |
0.687 (1.00) |
1 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.0627 (1.00) |
0.215 (1.00) |
| 12q loss | 14 (6%) | 209 |
0.307 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.862 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.333 (1.00) |
|
| 13q loss | 42 (19%) | 181 |
0.1 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.0451 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.0801 (1.00) |
0.0861 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.767 (1.00) |
| 14q loss | 18 (8%) | 205 |
0.708 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.00817 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.286 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.55 (1.00) |
|
| 15q loss | 47 (21%) | 176 |
0.748 (1.00) |
0.0267 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.443 (1.00) |
0.576 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.774 (1.00) |
|
| 16p loss | 14 (6%) | 209 |
0.757 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.0875 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.247 (1.00) |
|
| 16q loss | 26 (12%) | 197 |
0.189 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.0686 (1.00) |
0.689 (1.00) |
1 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.988 (1.00) |
1 (1.00) |
0.566 (1.00) |
| 17p loss | 57 (26%) | 166 |
0.989 (1.00) |
0.784 (1.00) |
0.877 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.0888 (1.00) |
0.075 (1.00) |
0.2 (1.00) |
|
| 17q loss | 8 (4%) | 215 |
0.505 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.0533 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.766 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.048 (1.00) |
0.0919 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.747 (1.00) |
|
| 18p loss | 33 (15%) | 190 |
0.965 (1.00) |
0.0974 (1.00) |
1 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0803 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.0181 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.122 (1.00) |
|
| 18q loss | 55 (25%) | 168 |
0.0245 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.639 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.0491 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.502 (1.00) |
| 19p loss | 58 (26%) | 165 |
0.223 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.00064 (0.699) |
0.225 (1.00) |
0.0876 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.0942 (1.00) |
0.346 (1.00) |
1 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.158 (1.00) |
0.279 (1.00) |
|
| 19q loss | 28 (13%) | 195 |
0.465 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.0676 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.411 (1.00) |
1 (1.00) |
0.812 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.617 (1.00) |
|
| 20p loss | 32 (14%) | 191 |
0.26 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.0831 (1.00) |
0.0372 (1.00) |
1 (1.00) |
0.205 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.87 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.104 (1.00) |
|
| 20q loss | 13 (6%) | 210 |
0.602 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.0881 (1.00) |
0.795 (1.00) |
0.606 (1.00) |
1 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.543 (1.00) |
|
| 21q loss | 32 (14%) | 191 |
0.588 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.00342 (1.00) |
0.467 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.799 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.0693 (1.00) |
0.0477 (1.00) |
0.0781 (1.00) |
0.11 (1.00) |
|
| 22q loss | 45 (20%) | 178 |
0.996 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.989 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.148 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
0.814 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.068 (1.00) |
0.343 (1.00) |
| Xq loss | 5 (2%) | 218 |
0.00713 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.998 (1.00) |
0.4 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.525 (1.00) |
0.0376 (1.00) |
0.589 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.757 (1.00) |
0.914 (1.00) |
Methods & Data
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