LUSC/00: Correlation between gene mutation status and clinical
Overview
Introduction

This pipeline checks the correlation between mutation status of genes recurrently mutated in current cancer type to selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 73 genes and 5 clinical features across 63 samples, no significant finding detected with P value <= 0.05 and Q value <= 0.25.

  • No gene mutations related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association results between 73 gene mutations and 5 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value <= 0.05 and Q value <= 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N
nMutated nWild-Type survival continuous binary multiclass(3) multiclass(3)
ADAMTS12 12 51 0.628
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.454
(1.00)
C6 7 56 0.983
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.432
(1.00)
COL22A1 8 55 0.841
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.166
(1.00)
CSMD1 13 50 0.199
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.974
(1.00)
CSMD3 19 44 0.163
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.703
(1.00)
HEATR7B2 9 54 0.328
(1.00) 		0.0797
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.0574
(1.00) 		0.579
(1.00)
LRP1B 19 44 0.281
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.703
(1.00)
LRP2 8 55 0.858
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.562
(1.00)
MUC16 19 44 0.157
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0303
(1.00) 		0.865
(1.00)
MYH13 7 56 0.636
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.711
(1.00)
PAPPA2 10 53 0.46
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.221
(1.00)
PCDH15 12 51 0.15
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		0.339
(1.00)
RYR2 20 43 0.482
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.208
(1.00)
RYR3 9 54 0.243
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.283
(1.00)
SPAG17 8 55 0.889
(1.00) 		0.0576
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.382
(1.00)
SPHKAP 6 57 0.556
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.606
(1.00)
SVEP1 5 58 0.0409
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.63
(1.00)
TTN 41 22 0.572
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.0716
(1.00) 		0.928
(1.00)
USH2A 9 54 0.541
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.745
(1.00)
AMPH 5 58 0.745
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.727
(1.00)
GPR112 7 56 0.0805
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.667
(1.00)
DNAH11 7 56 0.511
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.11
(1.00)
GOLGB1 6 57 0.573
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.583
(1.00)
MACF1 9 54 0.39
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0716
(1.00) 		0.557
(1.00)
ELTD1 6 57 0.00472
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.304
(1.00)
DNAH10 5 58 0.883
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.727
(1.00)
CUBN 8 55 0.574
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.876
(1.00)
RELN 12 51 0.619
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.0549
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.237
(1.00)
PKHD1 11 52 0.235
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.391
(1.00)
CACNA1C 9 54 0.42
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.0977
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.579
(1.00)
PTPRB 5 58 0.331
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.727
(1.00)
DNAH8 10 53 0.285
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.896
(1.00)
VWA3B 5 58 0.0841
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.63
(1.00)
IMPG1 6 57 0.248
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.658
(1.00)
FBN3 5 58 0.525
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.00113
(0.413) 		0.727
(1.00)
HACE1 5 58 0.959
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.727
(1.00)
MYT1L 7 56 0.72
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.488
(1.00)
HIVEP1 5 58 0.0394
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.727
(1.00)
RYR1 11 52 0.333
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.163
(1.00)
SFRS8 5 58 0.212
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.257
(1.00)
ASTN2 6 57 0.17
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.00621
(1.00) 		0.708
(1.00)
KEAP1 9 54 0.698
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.586
(1.00)
SIPA1L1 5 58 0.482
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.579
(1.00)
NCKAP5L 5 58 0.655
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.727
(1.00)
CREBBP 6 57 0.983
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.708
(1.00)
BIRC6 8 55 0.319
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.382
(1.00)
PKHD1L1 10 53 0.347
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.497
(1.00)
DNAH7 7 56 0.286
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.711
(1.00)
CNKSR2 5 58 0.21
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.168
(1.00)
ANO5 5 58 0.734
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.579
(1.00)
COL15A1 5 58 0.212
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.63
(1.00)
CACNA1E 9 54 0.57
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.293
(1.00)
GRM1 6 57 0.319
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.00621
(1.00) 		0.583
(1.00)
ZNF423 6 57 0.169
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.304
(1.00)
SPTA1 8 55 0.752
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.663
(1.00)
GPR98 9 54 0.981
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.586
(1.00)
TRIM42 7 56 0.281
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.032
(1.00)
KCNH5 5 58 0.196
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.727
(1.00)
NF1 5 58 0.0736
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.579
(1.00)
CPS1 6 57 0.419
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.708
(1.00)
FLG 9 54 0.183
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.557
(1.00)
ACTL9 5 58 0.292
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.362
(1.00)
RXFP1 5 58 0.183
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.0137
(1.00)
ALMS1 5 58 0.965
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.727
(1.00)
SIPA1L3 5 58 0.484
(1.00) 		0.0688
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.257
(1.00)
MYH8 6 57 0.212
(1.00) 		0.0565
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.0533
(1.00)
ITIH5L 5 58 0.772
(1.00) 		0.0176
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.579
(1.00)
AKD1 5 58 0.215
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		0.727
(1.00)
DGKK 5 58 0.263
(1.00) 		0.0444
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.257
(1.00)
DNAH9 6 57 0.98
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.583
(1.00)
CNTN4 5 58 0.822
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.168
(1.00)
OLFM4 5 58 0.376
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.00809
(1.00) 		0.727
(1.00)
FAP 5 58 0.503
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.63
(1.00)
Methods & Data
Input

Input Data

  • Cluster data file = LUSC.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUSC.clin.merged.picked.txt

  • Number of samples = 63

  • Number of clustering variables = 73

  • Number of filtered clinical features = 5

  • Minimum size criteria to remove small clusters = 5