Colon/Rectal Adenocarcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 100 genes and 9 clinical features across 122 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 100 genes and 9 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) NEOADJUVANT
THERAPY
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
APC 88 (72%) 34 0.382
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.00456
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.347
(1.00)
SMAD4 15 (12%) 107 0.458
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.00741
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.158
(1.00)
FAM123B 12 (10%) 110 0.384
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00)
FBXW7 19 (16%) 103 0.458
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0402
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.235
(1.00)
KRAS 55 (45%) 67 0.0667
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.0484
(1.00) 		0.0401
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.221
(1.00)
TP53 72 (59%) 50 0.998
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.0986
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.399
(1.00)
NRAS 9 (7%) 113 0.088
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.375
(1.00)
BRAF 10 (8%) 112 0.61
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00043
(0.381) 		0.451
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.408
(1.00)
ARID1A 14 (11%) 108 0.458
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.527
(1.00)
KRTAP5-5 4 (3%) 118 0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00)
ZC3H13 14 (11%) 108 0.485
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.0497
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.527
(1.00)
TCF7L2 8 (7%) 114 0.7
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.18
(1.00) 		1
(1.00)
LRP1B 19 (16%) 103 0.514
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.0359
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.589
(1.00)
KIAA1804 10 (8%) 112 0.543
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.0414
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0221
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KLK2 3 (2%) 119 0.146
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0696
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SMAD2 6 (5%) 116 0.575
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DMD 16 (13%) 106 0.393
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.0928
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.578
(1.00)
CSMD3 17 (14%) 105 0.357
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.015
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BAI3 11 (9%) 111 0.543
(1.00) 		0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00)
WBSCR17 8 (7%) 114 0.828
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EVC2 11 (9%) 111 0.7
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.209
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.472
(1.00) 		1
(1.00) 		0.44
(1.00)
LIFR 10 (8%) 112 0.046
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OPCML 6 (5%) 116 0.575
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.473
(1.00) 		1
(1.00)
CDC27 6 (5%) 116 0.756
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TUSC3 5 (4%) 117 0.7
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00)
ATP10A 9 (7%) 113 0.543
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00)
FAT4 15 (12%) 107 0.7
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.553
(1.00)
MAPK10 6 (5%) 116 0.7
(1.00) 		0.0618
(1.00) 		0.695
(1.00) 		1
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.0128
(1.00) 		0.266
(1.00)
SYNE1 25 (20%) 97 0.222
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.0748
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.0812
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0998
(1.00)
GPC6 7 (6%) 115 0.756
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.698
(1.00) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.0943
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00)
FAT2 13 (11%) 109 0.61
(1.00) 		0.296
(1.00) 		1
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.0518
(1.00) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.499
(1.00)
CDH9 8 (7%) 114 0.046
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3R1 5 (4%) 117 0.608
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C3ORF30 3 (2%) 119 0.411
(1.00) 		0.581
(1.00) 		1
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HCLS1 6 (5%) 116 0.7
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0524
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IL1RAPL2 6 (5%) 116 0.828
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0147
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DPF2 4 (3%) 118 0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ELF3 4 (3%) 118 0.828
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00)
NRXN3 11 (9%) 111 0.652
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.0102
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.44
(1.00)
TRIM44 5 (4%) 117 0.7
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.00279
(1.00) 		0.00394
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.019
(1.00)
SESTD1 7 (6%) 115 0.543
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00)
CD180 6 (5%) 116 0.7
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		1
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CTNNB1 7 (6%) 115 0.7
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00)
CDH8 8 (7%) 114 0.756
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.18
(1.00) 		1
(1.00)
NALCN 12 (10%) 110 0.448
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH9 10 (8%) 112 0.18
(1.00) 		0.317
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.613
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00)
ZCWPW2 5 (4%) 117 0.756
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.034
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.226
(1.00)
CDH12 9 (7%) 113 0.756
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 7 (6%) 115 0.575
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00396
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FZD3 5 (4%) 117 0.652
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00)
DACH2 8 (7%) 114 0.7
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TXNDC3 6 (5%) 116 0.756
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.543
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BCHE 6 (5%) 116 0.756
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.473
(1.00) 		1
(1.00)
ERBB2 4 (3%) 118 0.213
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZSWIM3 5 (4%) 117 0.828
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00)
TASP1 4 (3%) 118 0.828
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.0386
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.185
(1.00)
DNAH2 17 (14%) 105 0.357
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0103
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.808
(1.00) 		1
(1.00) 		0.594
(1.00)
BANK1 6 (5%) 116 0.756
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		1
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CASP14 5 (4%) 117 0.828
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00)
CPXCR1 5 (4%) 117 0.575
(1.00) 		0.896
(1.00) 		1
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
P2RY10 4 (3%) 118 0.00692
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.318
(1.00) 		1
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.291
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00)
SPATA8 3 (2%) 119 0.496
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.0749
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GAS2L2 3 (2%) 119 0.756
(1.00) 		0.224
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GAB3 5 (4%) 117 0.828
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MCF2 7 (6%) 115 0.828
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0911
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRG1 8 (7%) 114 0.7
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP7 6 (5%) 116 0.828
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SORCS1 8 (7%) 114 1
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00)
DOCK2 11 (9%) 111 0.514
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00)
HMCN1 15 (12%) 107 0.368
(1.00) 		0.602
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0924
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.553
(1.00)
VCAN 10 (8%) 112 0.756
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00)
IFT80 6 (5%) 116 0.756
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZIM3 5 (4%) 117 0.00692
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.0669
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.0773
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCBP2 6 (5%) 116 0.7
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LUZP2 3 (2%) 119 0.864
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CYP19A1 6 (5%) 116 0.7
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GFRA1 6 (5%) 116 0.7
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CTSO 5 (4%) 117 0.7
(1.00) 		0.0853
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.827
(1.00) 		1
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNB2 7 (6%) 115 0.00692
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MGC42105 5 (4%) 117 0.516
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CFHR5 4 (3%) 118 0.877
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ADAM18 4 (3%) 118 0.575
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00)
FAM133A 3 (2%) 119 0.298
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.271
(1.00) 		1
(1.00)
RAD21 5 (4%) 117 0.828
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.069
(1.00) 		1
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BMPR2 6 (5%) 116 0.7
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0852
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DPYD 7 (6%) 115 0.543
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00)
C4BPA 6 (5%) 116 0.543
(1.00) 		0.0882
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.245
(1.00) 		1
(1.00) 		0.266
(1.00)
F13A1 5 (4%) 117 0.0543
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00)
FREM2 10 (8%) 112 0.61
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00)
CDCP2 5 (4%) 117 0.828
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RNF219 5 (4%) 117 0.828
(1.00) 		0.0491
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR5B12 4 (3%) 118 0.756
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.0889
(1.00) 		0.619
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FLRT2 7 (6%) 115 0.7
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00)
EPHA5 7 (6%) 115 0.543
(1.00) 		0.296
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ODZ1 10 (8%) 112 0.652
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.00198
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.259
(1.00) 		1
(1.00)
SLC45A2 4 (3%) 118 0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00)
C14ORF106 6 (5%) 116 0.575
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNT2 7 (6%) 115 0.608
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAGEC2 5 (4%) 117 0.654
(1.00) 		1
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CWF19L2 5 (4%) 117 0.756
(1.00) 		0.722
(1.00) 		1
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.0227
(1.00) 		0.00353
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = COADREAD.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = COADREAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 122

  • Number of significantly mutated genes = 100

  • Number of selected clinical features = 9

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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