Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
(primary solid tumor cohort)
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 79 arm-level results and 11 clinical features across 309 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No arm-level cnvs related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 79 arm-level results and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED STOPPEDSMOKINGYEAR TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET
nCNV (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test t-test
1p gain 11 (4%) 298 0.771
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.891
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.892
(1.00)
1q gain 39 (13%) 270 0.98
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.64
(1.00)
2p gain 30 (10%) 279 0.704
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.846
(1.00)
2q gain 20 (6%) 289 0.777
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0805
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.624
(1.00)
3p gain 27 (9%) 282 0.169
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.449
(1.00)
3q gain 102 (33%) 207 0.334
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.00306
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.938
(1.00)
4p gain 13 (4%) 296 0.649
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.983
(1.00)
4q gain 9 (3%) 300 0.57
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.38
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.506
(1.00)
5p gain 77 (25%) 232 0.733
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.285
(1.00)
5q gain 27 (9%) 282 0.402
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.086
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.621
(1.00)
6p gain 26 (8%) 283 0.455
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.0341
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.559
(1.00)
6q gain 19 (6%) 290 0.691
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.0521
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.374
(1.00)
7p gain 70 (23%) 239 0.446
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.806
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.543
(1.00)
7q gain 44 (14%) 265 0.44
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.307
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.649
(1.00)
8p gain 48 (16%) 261 0.0176
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.0334
(1.00) 		0.861
(1.00)
8q gain 124 (40%) 185 0.0749
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.496
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.337
(1.00)
9p gain 37 (12%) 272 0.296
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.714
(1.00)
9q gain 44 (14%) 265 0.457
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.31
(1.00)
10p gain 12 (4%) 297 0.997
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.163
(1.00)
10q gain 6 (2%) 303 0.0736
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.034
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00)
11p gain 16 (5%) 293 0.654
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.0328
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.728
(1.00)
11q gain 16 (5%) 293 0.752
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.0081
(1.00) 		0.0356
(1.00) 		0.871
(1.00)
12p gain 60 (19%) 249 0.178
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.719
(1.00)
12q gain 25 (8%) 284 0.259
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.0995
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.081
(1.00) 		0.267
(1.00)
13q gain 17 (6%) 292 0.687
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.0654
(1.00) 		0.258
(1.00) 		1
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.811
(1.00)
14q gain 51 (17%) 258 0.843
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.00716
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.629
(1.00)
15q gain 13 (4%) 296 0.855
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.127
(1.00)
16p gain 20 (6%) 289 0.828
(1.00) 		0.00218
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.149
(1.00)
16q gain 26 (8%) 283 0.851
(1.00) 		0.128
(1.00) 		1
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0977
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.835
(1.00)
17p gain 18 (6%) 291 0.692
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.271
(1.00)
17q gain 20 (6%) 289 0.996
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.00996
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		1
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.692
(1.00)
18p gain 50 (16%) 259 0.295
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.000448
(0.386) 		0.0116
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.764
(1.00)
18q gain 20 (6%) 289 0.0422
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.465
(1.00)
19p gain 11 (4%) 298 0.033
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.564
(1.00)
19q gain 21 (7%) 288 0.22
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.831
(1.00)
20p gain 64 (21%) 245 0.115
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.0092
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.961
(1.00)
20q gain 69 (22%) 240 0.515
(1.00) 		0.0227
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.00661
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.481
(1.00)
21q gain 9 (3%) 300 0.912
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.444
(1.00)
22q gain 38 (12%) 271 0.423
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.804
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.315
(1.00)
Xq gain 21 (7%) 288 0.0528
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.099
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.0414
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.707
(1.00)
1p loss 16 (5%) 293 0.236
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.00552
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.0583
(1.00) 		0.514
(1.00)
2p loss 5 (2%) 304 0.282
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.0825
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.853
(1.00)
2q loss 9 (3%) 300 0.239
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0954
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.836
(1.00)
3p loss 120 (39%) 189 0.0063
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.00249
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0504
(1.00)
3q loss 21 (7%) 288 0.282
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.0465
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.222
(1.00)
4p loss 76 (25%) 233 0.129
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.0849
(1.00) 		0.00196
(1.00) 		0.00128
(1.00) 		0.602
(1.00)
4q loss 50 (16%) 259 0.922
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.613
(1.00)
5p loss 10 (3%) 299 0.424
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.598
(1.00)
5q loss 61 (20%) 248 0.336
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.00521
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		0.825
(1.00)
6p loss 19 (6%) 290 0.347
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.00144
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.943
(1.00)
6q loss 21 (7%) 288 0.778
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.0168
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.773
(1.00)
7p loss 5 (2%) 304 0.772
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.827
(1.00)
7q loss 9 (3%) 300 0.851
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.938
(1.00)
8p loss 65 (21%) 244 0.0374
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0102
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.0739
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.744
(1.00)
8q loss 6 (2%) 303 0.0656
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.653
(1.00)
9p loss 84 (27%) 225 0.356
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00716
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.00962
(1.00) 		0.877
(1.00)
9q loss 29 (9%) 280 0.411
(1.00) 		0.305
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.0811
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.598
(1.00)
10p loss 45 (15%) 264 0.227
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0844
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.781
(1.00)
10q loss 25 (8%) 284 0.399
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.0995
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.172
(1.00)
11p loss 39 (13%) 270 0.384
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.041
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.0205
(1.00) 		0.0969
(1.00) 		0.546
(1.00)
11q loss 60 (19%) 249 0.792
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.0228
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.203
(1.00)
12p loss 12 (4%) 297 0.131
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.0397
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0786
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.007
(1.00)
12q loss 8 (3%) 301 0.64
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.432
(1.00)
13q loss 61 (20%) 248 0.597
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.0703
(1.00) 		0.336
(1.00)
14q loss 15 (5%) 294 0.728
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.614
(1.00)
15q loss 23 (7%) 286 0.576
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.00118
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.776
(1.00)
16p loss 11 (4%) 298 0.278
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.133
(1.00)
16q loss 25 (8%) 284 0.231
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0995
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.296
(1.00)
17p loss 43 (14%) 266 0.567
(1.00) 		0.0511
(1.00) 		0.0972
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.0996
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.338
(1.00)
17q loss 4 (1%) 305 0.603
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.0474
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.00226
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.67
(1.00)
18p loss 29 (9%) 280 0.878
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.324
(1.00)
18q loss 86 (28%) 223 0.0578
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.000829
(0.714) 		0.0402
(1.00) 		0.191
(1.00)
19p loss 26 (8%) 283 0.0108
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.0199
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.109
(1.00)
19q loss 19 (6%) 290 0.0597
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.00828
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.0209
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.00139
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.563
(1.00)
20p loss 20 (6%) 289 0.761
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.285
(1.00)
20q loss 9 (3%) 300 0.189
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00) 		0.852
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.298
(1.00)
21q loss 53 (17%) 256 0.776
(1.00) 		0.077
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.00974
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.673
(1.00)
22q loss 24 (8%) 285 0.177
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.498
(1.00)
Xq loss 8 (3%) 301 0.531
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.319
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = broad_values_by_arm.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = HNSC-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 309

  • Number of significantly arm-level cnvs = 79

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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