Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
21 April 2013  |  analyses__2013_04_21
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Citation Information
doi:10.7908/C1Z31WNF
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic cohort) - 21 April 2013: Correlation between gene mutation status and molecular subtypes. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1Z31WNF
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes across 225 patients, 2 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 115 (51%) 110 9.59e-08
(9.84e-05) 		0.0572
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.00731
(1.00) 		0.00747
(1.00) 		1.94e-05
(0.0199) 		0.195
(1.00) 		0.0864
(1.00)
TP53 34 (15%) 191 0.168
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.0584
(1.00)
C15ORF23 14 (6%) 211 0.104
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.719
(1.00)
CDKN2A 31 (14%) 194 0.153
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.814
(1.00)
NRAS 65 (29%) 160 0.00053
(0.542) 		0.0383
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.682
(1.00)
OXA1L 6 (3%) 219 0.288
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.247
(1.00)
STK19 10 (4%) 215 0.921
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.718
(1.00)
PTEN 18 (8%) 207 0.674
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.0688
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.346
(1.00)
RAC1 16 (7%) 209 0.763
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.224
(1.00)
ACSM2B 36 (16%) 189 0.454
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.621
(1.00)
CADM2 22 (10%) 203 0.66
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.017
(1.00)
OR51S1 26 (12%) 199 0.366
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.79
(1.00)
LCE1B 13 (6%) 212 0.158
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IDH1 11 (5%) 214 0.367
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.107
(1.00)
TAF1A 14 (6%) 211 0.449
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.055
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.719
(1.00)
NAP1L2 21 (9%) 204 0.601
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.809
(1.00) 		1
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00)
MUC7 19 (8%) 206 1
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.0393
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		0.0511
(1.00)
PPP6C 17 (8%) 208 0.508
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.0952
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.151
(1.00)
FRG2B 17 (8%) 208 1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.326
(1.00)
USP29 35 (16%) 190 0.92
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.743
(1.00)
PRB4 18 (8%) 207 0.385
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0119
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.394
(1.00)
HIST1H2AA 10 (4%) 215 0.363
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.231
(1.00)
RPTN 38 (17%) 187 0.332
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.479
(1.00)
ZNF479 22 (10%) 203 0.721
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.0685
(1.00) 		0.488
(1.00)
C8A 26 (12%) 199 0.701
(1.00) 		0.0835
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0971
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.115
(1.00)
FUT9 22 (10%) 203 0.288
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.61
(1.00)
ZNF679 18 (8%) 207 0.558
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.419
(1.00)
NRK 28 (12%) 197 0.904
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.608
(1.00)
CDH9 32 (14%) 193 0.888
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.00123
(1.00) 		0.288
(1.00)
PRAMEF11 21 (9%) 204 0.808
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.711
(1.00)
DDX3X 18 (8%) 207 0.586
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.211
(1.00)
GRXCR1 18 (8%) 207 0.909
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.0351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.211
(1.00)
PRB2 29 (13%) 196 0.555
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.00736
(1.00) 		0.0712
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.111
(1.00)
ELF5 7 (3%) 218 0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.0684
(1.00)
IL32 9 (4%) 216 0.392
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00)
LUZP2 19 (8%) 206 1
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.466
(1.00)
PDE1A 30 (13%) 195 0.498
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.0374
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.177
(1.00)
RBM11 12 (5%) 213 0.186
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.571
(1.00)
GLRB 22 (10%) 203 0.255
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.387
(1.00)
PRB1 21 (9%) 204 0.503
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0897
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.208
(1.00)
KIAA1257 14 (6%) 211 0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.48
(1.00)
USP17L2 18 (8%) 207 0.261
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.676
(1.00)
SPAG16 16 (7%) 209 0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.047
(1.00) 		0.044
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.108
(1.00)
OR4M2 22 (10%) 203 1
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.365
(1.00)
GFRAL 28 (12%) 197 0.34
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.956
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 219 0.448
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.468
(1.00)
PHGDH 8 (4%) 217 0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.425
(1.00)
STXBP5L 42 (19%) 183 0.37
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.0957
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.559
(1.00)
TRAT1 12 (5%) 213 0.932
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.433
(1.00) 		1
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.466
(1.00)
ZNF844 9 (4%) 216 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.78
(1.00)
TTN 171 (76%) 54 0.403
(1.00) 		0.0198
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0912
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.276
(1.00)
COPG2 9 (4%) 216 0.319
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.78
(1.00)
DSG3 41 (18%) 184 0.54
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.654
(1.00)
GML 9 (4%) 216 0.176
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.78
(1.00)
HHLA2 14 (6%) 211 0.104
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.0038
(1.00) 		1
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.66
(1.00)
LILRB4 27 (12%) 198 0.214
(1.00) 		1
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.543
(1.00)
SLC38A4 25 (11%) 200 0.00845
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.709
(1.00)
OR2L3 14 (6%) 211 0.609
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.517
(1.00)
HBD 9 (4%) 216 0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.054
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.889
(1.00)
TBC1D3B 5 (2%) 220 0.226
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.86
(1.00) 		1
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.645
(1.00)
TCEB3C 26 (12%) 199 0.524
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0572
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.242
(1.00)
CYLC2 19 (8%) 206 0.354
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.339
(1.00)
HBG2 7 (3%) 218 0.34
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.298
(1.00) 		1
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.302
(1.00)
LOC649330 22 (10%) 203 0.245
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.434
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 222 0.632
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.691
(1.00)
PARM1 17 (8%) 208 0.856
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.46
(1.00)
CCK 6 (3%) 219 0.584
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.714
(1.00)
ZFP106 10 (4%) 215 0.85
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.449
(1.00)
UGT2B15 19 (8%) 206 0.336
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.431
(1.00) 		1
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.466
(1.00)
FGF16 7 (3%) 218 1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.00479
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		0.528
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 220 1
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.503
(1.00)
DSG1 37 (16%) 188 0.604
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.0841
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.546
(1.00)
ARL16 7 (3%) 218 0.18
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
VEGFC 16 (7%) 209 0.649
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0255
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.00821
(1.00) 		0.0406
(1.00)
PSG4 23 (10%) 202 0.489
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.119
(1.00)
DEFB119 6 (3%) 219 1
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL4 20 (9%) 205 0.799
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.482
(1.00)
EIF3D 4 (2%) 221 0.832
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.43
(1.00)
OR2W1 16 (7%) 209 0.157
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00)
OR4N2 21 (9%) 204 0.34
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.0559
(1.00)
CCDC11 17 (8%) 208 0.903
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.0273
(1.00) 		1
(1.00)
LIN7A 10 (4%) 215 0.921
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.395
(1.00)
RAPGEF5 11 (5%) 214 1
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.0629
(1.00)
CD2 16 (7%) 209 0.395
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.514
(1.00)
C2ORF40 7 (3%) 218 0.236
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.629
(1.00)
SGCZ 19 (8%) 206 0.626
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0419
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.784
(1.00)
SPANXN2 14 (6%) 211 0.283
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.106
(1.00)
TLL1 42 (19%) 183 0.976
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.084
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.403
(1.00)
C9ORF119 7 (3%) 218 1
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.528
(1.00)
CCDC54 13 (6%) 212 0.0812
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0875
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.772
(1.00)
DEFB118 8 (4%) 217 0.197
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.668
(1.00)
HTR3B 16 (7%) 209 0.0169
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0261
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.000541
(0.554) 		0.0202
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.224
(1.00)
MARCH11 10 (4%) 215 0.85
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		0.891
(1.00)
MKX 14 (6%) 211 0.139
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.0691
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.208
(1.00)
OR5H2 14 (6%) 211 0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.208
(1.00)
SIGLEC14 11 (5%) 214 0.367
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.81
(1.00)
TUBB8 12 (5%) 213 0.704
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.25
(1.00)
ZIM3 23 (10%) 202 0.194
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.69
(1.00)
PRC1 13 (6%) 212 0.938
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.0564
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.458
(1.00)
MUM1L1 25 (11%) 200 0.555
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0918
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.781
(1.00)
TRIM58 15 (7%) 210 0.561
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.861
(1.00)
ANKRD20A4 4 (2%) 221 0.385
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.469
(1.00) 		1
(1.00)
OR5J2 13 (6%) 212 0.633
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.458
(1.00)
CLEC14A 18 (8%) 207 0.0425
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00)
FAM19A1 8 (4%) 217 0.156
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.877
(1.00)
GK2 28 (12%) 197 0.792
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.803
(1.00)
LONRF2 16 (7%) 209 0.898
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.691
(1.00)
HAPLN1 11 (5%) 214 1
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.8
(1.00) 		1
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.608
(1.00)
NAP1L4 9 (4%) 216 0.0205
(1.00) 		0.046
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.0611
(1.00) 		0.626
(1.00) 		1
(1.00)
CLCC1 13 (6%) 212 0.938
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.0193
(1.00) 		0.542
(1.00)
OR52J3 13 (6%) 212 0.301
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.277
(1.00)
TMCO5A 8 (4%) 217 0.00885
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.904
(1.00) 		1
(1.00)
C4ORF22 11 (5%) 214 0.633
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.273
(1.00)
MAP2K1 11 (5%) 214 0.157
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.0558
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.0316
(1.00) 		0.0475
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.437
(1.00)
OR7D2 17 (8%) 208 0.535
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.0294
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.533
(1.00)
CXCR2 11 (5%) 214 0.86
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.81
(1.00)
RBM22 7 (3%) 218 0.442
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00) 		0.528
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 221 0.143
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.43
(1.00)
IGF2BP3 6 (3%) 219 0.879
(1.00) 		1
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.589
(1.00)
KLRC3 10 (4%) 215 1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.291
(1.00) 		1
(1.00)
LRRIQ4 19 (8%) 206 0.2
(1.00) 		0.0957
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.08
(1.00) 		0.00244
(1.00)
NR1H4 11 (5%) 214 0.263
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00)
OR4A15 21 (9%) 204 0.437
(1.00) 		0.321
(1.00) 		1
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.419
(1.00)
MAGEA4 10 (4%) 215 0.398
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.512
(1.00)
DGAT2L6 10 (4%) 215 0.508
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.395
(1.00)
RGS18 8 (4%) 217 0.35
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.771
(1.00)
TSGA13 9 (4%) 216 0.53
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.78
(1.00)
OPN5 7 (3%) 218 0.208
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SPINK13 7 (3%) 218 0.299
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.739
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 9.59e-08 (Fisher's exact test), Q value = 9.8e-05

Table S1.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 76 63 86
BRAF MUTATED 23 49 43
BRAF WILD-TYPE 53 14 43

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

'BRAF MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 1.94e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.02

Table S2.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 55 55 112
BRAF MUTATED 14 37 63
BRAF WILD-TYPE 41 18 49

Figure S2.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-TM.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 225

  • Number of significantly mutated genes = 129

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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