Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
23 May 2013  |  analyses__2013_05_23
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doi:10.7908/C18G8HSX
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Correlation between gene mutation status and molecular subtypes. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C18G8HSX
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 89 genes and 10 molecular subtypes across 228 patients, one significant finding detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 89 genes and 10 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
MATURE
CNMF 		MIRSEQ
MATURE
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 117 (51%) 111 0.00548
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.00983
(1.00) 		0.0314
(1.00) 		8.88e-05
(0.0785) 		0.231
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.28
(1.00)
C15ORF23 14 (6%) 214 0.262
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.594
(1.00)
CDKN2A 33 (14%) 195 0.684
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		0.808
(1.00)
NRAS 67 (29%) 161 0.453
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.757
(1.00)
OXA1L 7 (3%) 221 1
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.323
(1.00)
TP53 35 (15%) 193 0.0501
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0538
(1.00)
STK19 11 (5%) 217 0.861
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.716
(1.00)
PTEN 18 (8%) 210 0.864
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.396
(1.00)
DSG1 39 (17%) 189 0.299
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.0859
(1.00) 		0.0685
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.595
(1.00)
PPP6C 18 (8%) 210 0.454
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0992
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.458
(1.00)
RAC1 17 (7%) 211 0.299
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.203
(1.00)
AOAH 21 (9%) 207 0.774
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.729
(1.00)
IDH1 12 (5%) 216 0.0293
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.0891
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.0332
(1.00)
OR51S1 27 (12%) 201 0.52
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.239
(1.00)
IL32 9 (4%) 219 0.582
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.884
(1.00)
PPIAL4G 12 (5%) 216 0.13
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.739
(1.00)
UGT2B15 21 (9%) 207 0.625
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.0632
(1.00) 		0.201
(1.00)
TTN 176 (77%) 52 0.341
(1.00) 		0.0144
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.616
(1.00)
THEMIS 27 (12%) 201 0.708
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.0375
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.239
(1.00)
LRTM1 23 (10%) 205 0.0254
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.962
(1.00) 		1
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.264
(1.00)
TCEB3C 26 (11%) 202 0.702
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.252
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0544
(1.00)
ELF5 6 (3%) 222 0.584
(1.00) 		1
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.257
(1.00)
GPR141 14 (6%) 214 0.0143
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.047
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00)
NMNAT3 8 (4%) 220 0.224
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.0905
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.115
(1.00)
EIF2B1 9 (4%) 219 0.834
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.576
(1.00)
CHGB 25 (11%) 203 0.495
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.29
(1.00)
COPG2 9 (4%) 219 0.635
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00)
RAPGEF5 12 (5%) 216 0.932
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0624
(1.00) 		0.0861
(1.00) 		0.121
(1.00)
MS4A2 10 (4%) 218 0.082
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.53
(1.00)
MPP7 25 (11%) 203 0.396
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00) 		0.69
(1.00)
C1QTNF9 14 (6%) 214 0.833
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.0794
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.322
(1.00)
DNAH7 83 (36%) 145 0.868
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.955
(1.00)
FAM58A 5 (2%) 223 0.379
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.256
(1.00)
LCE1B 12 (5%) 216 0.0322
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.902
(1.00)
SCN5A 57 (25%) 171 0.981
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.734
(1.00)
C6ORF223 4 (2%) 224 0.835
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.0548
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD20A4 5 (2%) 223 0.0521
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00)
LOC649330 24 (11%) 204 0.466
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.645
(1.00)
KLRC3 10 (4%) 218 0.473
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.0126
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0344
(1.00) 		1
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 222 0.207
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.813
(1.00)
PENK 20 (9%) 208 0.153
(1.00) 		0.0449
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.429
(1.00)
OR4E2 20 (9%) 208 0.153
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.825
(1.00)
TSHB 5 (2%) 223 0.534
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.865
(1.00) 		1
(1.00)
PRC1 13 (6%) 215 0.878
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.822
(1.00)
SORT1 10 (4%) 218 0.777
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.3
(1.00)
PCDP1 15 (7%) 213 0.628
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.289
(1.00)
ZFP106 10 (4%) 218 0.12
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.447
(1.00) 		1
(1.00) 		0.461
(1.00)
TCHHL1 31 (14%) 197 0.309
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.00314
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.321
(1.00)
OR2W1 17 (7%) 211 0.115
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0854
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.74
(1.00)
LRRC4C 33 (14%) 195 0.0899
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.218
(1.00)
SERPINB10 13 (6%) 215 0.198
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.688
(1.00)
C18ORF26 14 (6%) 214 0.541
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.287
(1.00)
TBC1D3B 5 (2%) 223 0.379
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.472
(1.00)
CCNE2 12 (5%) 216 0.657
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.0737
(1.00) 		0.0233
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.00569
(1.00) 		0.225
(1.00)
CAPZA3 17 (7%) 211 0.458
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.636
(1.00)
PROL1 21 (9%) 207 0.44
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.138
(1.00)
CYP4X1 16 (7%) 212 0.183
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.804
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.675
(1.00)
GCOM1 21 (9%) 207 1
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.0376
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.341
(1.00)
DGAT2L6 11 (5%) 217 0.198
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.499
(1.00)
EIF3D 4 (2%) 224 0.681
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.31
(1.00) 		1
(1.00)
B2M 5 (2%) 223 1
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0583
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.358
(1.00)
KCNB2 52 (23%) 176 0.0387
(1.00) 		0.0109
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.943
(1.00)
KIAA2022 44 (19%) 184 0.954
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0731
(1.00)
C9ORF119 8 (4%) 220 0.2
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.436
(1.00)
TUBAL3 10 (4%) 218 0.513
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.795
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 223 0.742
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.358
(1.00)
C2 12 (5%) 216 0.0956
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.0549
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.663
(1.00)
KIAA1486 25 (11%) 203 0.367
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.854
(1.00)
APCS 11 (5%) 217 1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.569
(1.00)
SIRPB1 18 (8%) 210 0.201
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.205
(1.00)
CYP7B1 18 (8%) 210 0.0162
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.867
(1.00)
SGCZ 22 (10%) 206 0.496
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.617
(1.00)
PDE1A 32 (14%) 196 0.502
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.0824
(1.00) 		0.136
(1.00)
CYP4Z1 19 (8%) 209 0.471
(1.00) 		0.0992
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.0385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.573
(1.00)
FAM113B 20 (9%) 208 0.639
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.429
(1.00)
SLC10A2 20 (9%) 208 0.8
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.157
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 224 1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.397
(1.00)
C2ORF39 9 (4%) 219 0.262
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.669
(1.00)
IGF2BP3 6 (3%) 222 0.771
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.666
(1.00)
SLC9A11 36 (16%) 192 0.087
(1.00) 		0.0893
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.823
(1.00)
HRNR 48 (21%) 180 0.754
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.804
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 225 0.781
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.467
(1.00)
DDX3X 18 (8%) 210 0.35
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.599
(1.00)
TRHDE 41 (18%) 187 0.344
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.298
(1.00)
SPTLC3 17 (7%) 211 0.596
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.00472
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.246
(1.00)
ACD 9 (4%) 219 0.437
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.0584
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.106
(1.00)
ARL16 7 (3%) 221 0.631
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.703
(1.00)
PHGDH 9 (4%) 219 0.352
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00)
DNER 22 (10%) 206 0.0429
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.248
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 8.88e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.079

Table S1.  Gene #4: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 55 55 115
BRAF MUTATED 15 36 65
BRAF WILD-TYPE 40 19 50

Figure S1.  Get High-res Image Gene #4: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-TM.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 228

  • Number of significantly mutated genes = 89

  • Number of Molecular subtypes = 10

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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