Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (Primary solid tumor)
15 July 2014  |  analyses__2014_07_15
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doi:10.7908/C1M04452
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1M04452
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 13 clinical features across 417 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • 18p gain cnv correlated to 'GENDER'.

  • 9p loss cnv correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 13 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
18p gain 95 (23%) 322 0.492
(1.00) 		0.0407
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.000106
(0.11) 		0.494
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00)
9p loss 142 (34%) 275 0.00706
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.793
(1.00) 		1.09e-05
(0.0114) 		0.946
(1.00) 		0.752
(1.00) 		1
(1.00)
1p gain 53 (13%) 364 0.922
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.272
(1.00)
1q gain 95 (23%) 322 0.575
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0243
(1.00) 		0.262
(1.00)
2p gain 73 (18%) 344 0.1
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.089
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0032
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.535
(1.00)
2q gain 58 (14%) 359 0.361
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0442
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.305
(1.00)
3p gain 68 (16%) 349 0.311
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.309
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.18
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
3q gain 207 (50%) 210 0.17
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.0807
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.0529
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.00743
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.635
(1.00)
4p gain 34 (8%) 383 0.168
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.145
(1.00)
4q gain 29 (7%) 388 0.968
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.014
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.0621
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.0903
(1.00) 		0.104
(1.00)
5p gain 160 (38%) 257 0.955
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.0291
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.332
(1.00)
5q gain 53 (13%) 364 0.461
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.0807
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.0891
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.0654
(1.00)
6p gain 63 (15%) 354 0.843
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0372
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.738
(1.00)
6q gain 48 (12%) 369 0.287
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.0427
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.133
(1.00)
7p gain 152 (36%) 265 0.961
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0771
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.808
(1.00)
7q gain 103 (25%) 314 0.908
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.402
(1.00)
8p gain 116 (28%) 301 0.823
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0714
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00)
8q gain 245 (59%) 172 0.728
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.626
(1.00)
9p gain 83 (20%) 334 0.201
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.0891
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.00812
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.769
(1.00)
9q gain 110 (26%) 307 0.717
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.271
(1.00)
10p gain 30 (7%) 387 0.238
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00)
10q gain 28 (7%) 389 0.612
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.365
(1.00)
11p gain 56 (13%) 361 0.805
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.0654
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0937
(1.00) 		1
(1.00)
11q gain 58 (14%) 359 0.689
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.0515
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.488
(1.00)
12p gain 118 (28%) 299 0.412
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.0925
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.606
(1.00)
12q gain 70 (17%) 347 0.435
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.0906
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.524
(1.00)
13q gain 49 (12%) 368 0.565
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.457
(1.00)
14q gain 123 (29%) 294 0.284
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.792
(1.00)
15q gain 64 (15%) 353 0.734
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.0477
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.495
(1.00)
16p gain 84 (20%) 333 0.0999
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.087
(1.00) 		0.0743
(1.00) 		0.762
(1.00)
16q gain 87 (21%) 330 0.0841
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.232
(1.00) 		1
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.769
(1.00)
17p gain 53 (13%) 364 0.512
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.0654
(1.00)
17q gain 69 (17%) 348 0.686
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.0966
(1.00)
18q gain 37 (9%) 380 0.604
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000449
(0.466) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.672
(1.00)
19p gain 40 (10%) 377 0.0844
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.699
(1.00)
19q gain 58 (14%) 359 0.148
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00)
20p gain 154 (37%) 263 0.0648
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.13
(1.00)
20q gain 162 (39%) 255 0.55
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.327
(1.00)
21q gain 27 (6%) 390 0.709
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.046
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.046
(1.00) 		0.00325
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.104
(1.00)
22q gain 90 (22%) 327 0.798
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.142
(1.00)
xq gain 70 (17%) 347 0.685
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.0531
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.00676
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.22
(1.00) 		1
(1.00)
1p loss 45 (11%) 372 0.782
(1.00) 		0.064
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.00199
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00)
1q loss 31 (7%) 386 0.489
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.838
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		1
(1.00)
2p loss 27 (6%) 390 0.953
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.348
(1.00)
2q loss 34 (8%) 383 0.989
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00916
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.0823
(1.00) 		0.647
(1.00)
3p loss 240 (58%) 177 0.00763
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0863
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.0824
(1.00) 		0.226
(1.00)
3q loss 56 (13%) 361 0.0527
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0748
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.0554
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00)
4p loss 156 (37%) 261 0.791
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.0721
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.139
(1.00)
4q loss 121 (29%) 296 0.297
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.0835
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.0999
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.184
(1.00)
5p loss 40 (10%) 377 0.908
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.215
(1.00)
5q loss 133 (32%) 284 0.167
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0657
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.0856
(1.00) 		0.801
(1.00)
6p loss 56 (13%) 361 0.828
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.0654
(1.00)
6q loss 57 (14%) 360 0.261
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.0782
(1.00) 		0.719
(1.00)
7p loss 21 (5%) 396 0.894
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.613
(1.00)
7q loss 37 (9%) 380 0.324
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00)
8p loss 152 (36%) 265 0.927
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.129
(1.00) 		1
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.218
(1.00)
8q loss 25 (6%) 392 0.906
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.0807
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.296
(1.00)
9q loss 66 (16%) 351 0.911
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.36
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.175
(1.00)
10p loss 127 (30%) 290 0.0262
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.0782
(1.00) 		0.795
(1.00)
10q loss 85 (20%) 332 0.0593
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.387
(1.00)
11p loss 109 (26%) 308 0.238
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.0623
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.269
(1.00)
11q loss 134 (32%) 283 0.979
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.015
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0087
(1.00) 		0.0138
(1.00) 		0.122
(1.00)
12p loss 27 (6%) 390 0.399
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.313
(1.00)
12q loss 23 (6%) 394 0.616
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.702
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.0965
(1.00) 		0.261
(1.00)
13q loss 130 (31%) 287 0.856
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00)
14q loss 37 (9%) 380 0.00265
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00)
15q loss 76 (18%) 341 0.136
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.341
(1.00)
16p loss 48 (12%) 369 0.0682
(1.00) 		0.00812
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.249
(1.00)
16q loss 60 (14%) 357 0.411
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00)
17p loss 91 (22%) 326 0.567
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.434
(1.00) 		1
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.0337
(1.00)
17q loss 30 (7%) 387 0.128
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.124
(1.00)
18p loss 85 (20%) 332 0.42
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.0144
(1.00)
18q loss 177 (42%) 240 0.915
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0348
(1.00) 		0.141
(1.00)
19p loss 80 (19%) 337 0.251
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.365
(1.00)
19q loss 68 (16%) 349 0.298
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.0444
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.309
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.0897
(1.00) 		0.511
(1.00)
20p loss 42 (10%) 375 0.71
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.724
(1.00) 		1
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00)
20q loss 25 (6%) 392 0.651
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.76
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.354
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.615
(1.00)
21q loss 159 (38%) 258 0.523
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0374
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		1
(1.00)
22q loss 64 (15%) 353 0.789
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		0.32
(1.00)
xq loss 65 (16%) 352 0.476
(1.00) 		0.0997
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.097
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.0448
(1.00) 		0.069
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00)
'18p gain' versus 'GENDER'

P value = 0.000106 (Fisher's exact test), Q value = 0.11

Table S1.  Gene #32: '18p gain' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

nPatients FEMALE MALE
ALL 121 296
18P GAIN MUTATED 13 82
18P GAIN WILD-TYPE 108 214

Figure S1.  Get High-res Image Gene #32: '18p gain' versus Clinical Feature #7: 'GENDER'

'9p loss' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 1.09e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.011

Table S2.  Gene #57: '9p loss' versus Clinical Feature #10: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 233 46.8 (37.7)
9P LOSS MUTATED 85 55.7 (32.2)
9P LOSS WILD-TYPE 148 41.7 (39.8)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #57: '9p loss' versus Clinical Feature #10: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = HNSC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 417

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 13

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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