Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Adrenocortical Carcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C14748PH
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C14748PH
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 119 genes and 7 clinical features across 62 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • PTX4 mutation correlated to 'Time to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 119 genes and 7 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		GENDER ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
PTX4 3 (5%) 59 5.29e-05
(0.0436) 		0.301
(1.00) 		0.0109
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZFPM1 24 (39%) 38 0.347
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00)
LACTB 19 (31%) 43 0.722
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0921
(1.00) 		1
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.656
(1.00)
CCDC102A 17 (27%) 45 0.204
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.168
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF517 13 (21%) 49 0.745
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.306
(1.00)
MAL2 11 (18%) 51 0.933
(1.00) 		0.0708
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0426
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.3
(1.00)
CLDN23 10 (16%) 52 0.867
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.559
(1.00)
TOR3A 12 (19%) 50 0.607
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.74
(1.00) 		1
(1.00)
USP42 15 (24%) 47 0.52
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.541
(1.00) 		1
(1.00)
TP53 12 (19%) 50 0.0232
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.317
(1.00) 		1
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.58
(1.00)
APOE 7 (11%) 55 0.909
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0861
(1.00) 		1
(1.00)
ZAR1 11 (18%) 51 0.509
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.0789
(1.00) 		0.559
(1.00)
ASPDH 8 (13%) 54 0.264
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.00348
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00)
KCNK17 9 (15%) 53 0.293
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.18
(1.00)
LZTR1 6 (10%) 56 0.456
(1.00) 		0.46
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ERCC2 10 (16%) 52 0.729
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00)
RINL 8 (13%) 54 0.324
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.268
(1.00)
SYT8 8 (13%) 54 0.19
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00)
LRIG1 16 (26%) 46 0.579
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.644
(1.00)
C1ORF106 9 (15%) 53 0.166
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.559
(1.00)
GPRIN2 8 (13%) 54 0.927
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.583
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CTNNB1 7 (11%) 55 0.237
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.559
(1.00)
C16ORF3 5 (8%) 57 0.449
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC105 6 (10%) 56 0.416
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.511
(1.00)
RGS9BP 8 (13%) 54 0.365
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.511
(1.00)
HHIPL1 6 (10%) 56 0.731
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.657
(1.00) 		1
(1.00)
C10ORF95 6 (10%) 56 0.97
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.524
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TSC22D2 8 (13%) 54 0.108
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.511
(1.00)
NOXA1 5 (8%) 57 0.715
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00)
THEM4 5 (8%) 57 0.388
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00)
ATXN1 10 (16%) 52 0.847
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.429
(1.00) 		1
(1.00) 		0.082
(1.00) 		1
(1.00)
PLIN5 5 (8%) 57 0.497
(1.00) 		0.587
(1.00) 		1
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.374
(1.00)
OPRD1 12 (19%) 50 0.814
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.512
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP4-5 5 (8%) 57 0.146
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00)
C19ORF10 7 (11%) 55 0.989
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00)
AATK 6 (10%) 56 0.343
(1.00) 		0.034
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00)
SARM1 6 (10%) 56 0.203
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.101
(1.00)
TRIOBP 10 (16%) 52 0.831
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.953
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0548
(1.00) 		0.082
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF598 12 (19%) 50 0.634
(1.00) 		0.021
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.58
(1.00)
WDR34 5 (8%) 57 0.601
(1.00) 		0.679
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0493
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF628 7 (11%) 55 0.108
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.422
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00)
BTBD11 6 (10%) 56 0.662
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.0402
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00)
IRX3 5 (8%) 57 0.924
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.508
(1.00) 		1
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00)
FPGS 5 (8%) 57 0.404
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MEN1 5 (8%) 57 0.0634
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00)
BHLHE22 5 (8%) 57 0.179
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.18
(1.00)
DMKN 3 (5%) 59 0.201
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OBSCN 18 (29%) 44 0.65
(1.00) 		0.0453
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00)
PANK2 5 (8%) 57 0.0662
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0493
(1.00) 		1
(1.00)
RREB1 5 (8%) 57 0.805
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00)
RNF149 4 (6%) 58 0.193
(1.00) 		0.0709
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.396
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GLTPD2 6 (10%) 56 0.361
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.206
(1.00)
SNED1 5 (8%) 57 0.433
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00)
TPO 12 (19%) 50 0.621
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTPLA 4 (6%) 58 0.689
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.511
(1.00)
PRSS27 3 (5%) 59 0.0881
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.0374
(1.00)
CD320 4 (6%) 58 0.291
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.286
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.101
(1.00)
SEMA5B 8 (13%) 54 0.803
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.898
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC150 4 (6%) 58 0.0759
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.101
(1.00)
TAF5 4 (6%) 58 0.346
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00)
GARS 19 (31%) 43 0.00873
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.00656
(1.00) 		0.00598
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00)
MUC5B 22 (35%) 40 0.866
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1984 4 (6%) 58 0.898
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.511
(1.00)
SRPX 3 (5%) 59 0.953
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.511
(1.00)
TNIP2 5 (8%) 57 0.173
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IDUA 8 (13%) 54 0.157
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.223
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RNF39 5 (8%) 57 0.632
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00)
PABPC1 4 (6%) 58 0.666
(1.00) 		0.398
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.559
(1.00)
SCRT1 3 (5%) 59 0.0287
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00)
MAP1S 5 (8%) 57 0.647
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.337
(1.00) 		1
(1.00)
NF1 7 (11%) 55 0.213
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00642
(1.00) 		0.511
(1.00)
AKAP2 4 (6%) 58 0.707
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00)
NOTCH2 5 (8%) 57 0.489
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FANK1 4 (6%) 58 0.718
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.559
(1.00)
NEFH 6 (10%) 56 0.151
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		0.18
(1.00)
NPTX1 3 (5%) 59 0.997
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
KBTBD13 9 (15%) 53 0.477
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00)
RASIP1 6 (10%) 56 0.0484
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00)
AR 4 (6%) 58 0.125
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KNDC1 9 (15%) 53 0.214
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0627
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00)
SEZ6L2 8 (13%) 54 0.64
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00)
VARS 6 (10%) 56 0.991
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.241
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.0211
(1.00)
IER5 3 (5%) 59 0.588
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00)
NMU 5 (8%) 57 0.247
(1.00) 		0.272
(1.00) 		1
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.511
(1.00)
TMEM189 3 (5%) 59 0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00)
ADAD2 4 (6%) 58 0.971
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		1
(1.00)
PLEC 13 (21%) 49 0.451
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.825
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.644
(1.00)
RGMB 6 (10%) 56 0.371
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.49
(1.00) 		1
(1.00) 		0.306
(1.00)
CLIC6 5 (8%) 57 0.343
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF814 3 (5%) 59 0.743
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DSPP 9 (15%) 53 0.98
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00)
AMDHD1 10 (16%) 52 0.848
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.511
(1.00)
CRIPAK 10 (16%) 52 0.689
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.577
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NOM1 6 (10%) 56 0.895
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP7 3 (5%) 59 0.97
(1.00) 		0.73
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LRP11 6 (10%) 56 0.607
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.559
(1.00)
PDCD6 3 (5%) 59 0.919
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.00491
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00)
SHOX2 3 (5%) 59 0.226
(1.00) 		0.896
(1.00) 		1
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UQCRFS1 5 (8%) 57 0.182
(1.00) 		0.0493
(1.00) 		0.0389
(1.00) 		0.0223
(1.00) 		0.427
(1.00) 		1
(1.00) 		0.18
(1.00)
CTBP2 3 (5%) 59 0.942
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00)
PRKAR1A 6 (10%) 56 0.807
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0701
(1.00) 		0.0681
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.0808
(1.00) 		0.374
(1.00)
JMJD4 3 (5%) 59 0.757
(1.00) 		0.844
(1.00) 		1
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.374
(1.00)
HSD17B1 4 (6%) 58 0.638
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.239
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00)
COQ2 5 (8%) 57 0.962
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00)
FEZ2 3 (5%) 59 0.7
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DLEU7 3 (5%) 59 0.611
(1.00) 		0.705
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RNF135 3 (5%) 59 0.226
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.511
(1.00)
SPIRE2 3 (5%) 59 0.936
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.206
(1.00)
KRTAP5-5 3 (5%) 59 0.314
(1.00) 		0.0661
(1.00) 		0.706
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00)
SGK223 3 (5%) 59 0.747
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.374
(1.00)
C9ORF66 5 (8%) 57 0.13
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.0374
(1.00)
AQP7 3 (5%) 59 0.747
(1.00) 		0.0435
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS7 4 (6%) 58 0.172
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.396
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHB13 5 (8%) 57 0.669
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.214
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.101
(1.00)
CSGALNACT2 3 (5%) 59 0.835
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.546
(1.00) 		1
(1.00)
HLA-A 3 (5%) 59 0.354
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.206
(1.00)
MTFMT 3 (5%) 59 0.777
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.705
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0407
(1.00) 		1
(1.00)
NLRP5 4 (6%) 58 0.924
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KCNJ11 4 (6%) 58 0.459
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.0376
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00)
'PTX4 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 5.29e-05 (logrank test), Q value = 0.044

Table S1.  Gene #95: 'PTX4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 61 21 4.1 - 153.6 (41.4)
PTX4 MUTATED 3 3 5.2 - 30.3 (18.1)
PTX4 WILD-TYPE 58 18 4.1 - 153.6 (42.9)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #95: 'PTX4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = ACC-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 62

  • Number of significantly mutated genes = 119

  • Number of selected clinical features = 7

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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