Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Bladder Urothelial Carcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C1QV3KBV
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1QV3KBV
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 12 clinical features across 278 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • 3p gain cnv correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • 3q gain cnv correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 12 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		NUMBERPACKYEARSSMOKED NUMBER
OF
LYMPH
NODES 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test
3p gain 88 (32%) 190 0.0608
(1.00) 		0.00896
(1.00) 		0.00124
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.00336
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.21
(1.00) 		9.73e-05
(0.0934) 		0.457
(1.00) 		0.329
(1.00)
3q gain 115 (41%) 163 0.816
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.00134
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.00065
(0.622) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.000158
(0.151) 		0.811
(1.00) 		1
(1.00)
1p gain 56 (20%) 222 0.262
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.304
(1.00) 		1
(1.00)
1q gain 82 (29%) 196 0.182
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.0719
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.0979
(1.00) 		0.0759
(1.00) 		0.0904
(1.00) 		1
(1.00)
2p gain 66 (24%) 212 0.217
(1.00) 		0.0769
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.00602
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		0.00477
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.589
(1.00)
2q gain 29 (10%) 249 0.13
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.907
(1.00) 		1
(1.00)
4p gain 28 (10%) 250 0.169
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.0717
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.37
(1.00)
4q gain 17 (6%) 261 0.407
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.652
(1.00) 		1
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.389
(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00)
5p gain 102 (37%) 176 0.966
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0895
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.652
(1.00)
5q gain 34 (12%) 244 0.932
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.928
(1.00) 		1
(1.00)
6p gain 41 (15%) 237 0.962
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00)
6q gain 23 (8%) 255 0.489
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.422
(1.00) 		1
(1.00)
7p gain 112 (40%) 166 0.38
(1.00) 		0.0541
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.0328
(1.00) 		0.972
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.651
(1.00)
7q gain 98 (35%) 180 0.706
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.0762
(1.00) 		0.00123
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0733
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.166
(1.00)
8p gain 55 (20%) 223 0.0835
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00)
8q gain 129 (46%) 149 0.0914
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00)
9p gain 46 (17%) 232 0.0198
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.584
(1.00)
9q gain 36 (13%) 242 0.124
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.016
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.0512
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00)
10p gain 76 (27%) 202 0.192
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00)
10q gain 25 (9%) 253 0.261
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0519
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
11p gain 25 (9%) 253 0.097
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0382
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.396
(1.00)
11q gain 37 (13%) 241 0.17
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.524
(1.00)
12p gain 77 (28%) 201 0.827
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.957
(1.00) 		1
(1.00)
12q gain 58 (21%) 220 0.7
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.46
(1.00) 		1
(1.00)
13q gain 65 (23%) 213 0.772
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0583
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.342
(1.00)
14q gain 44 (16%) 234 0.0651
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.0302
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.555
(1.00)
15q gain 22 (8%) 256 0.866
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00)
16p gain 49 (18%) 229 0.0605
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.00643
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.593
(1.00)
16q gain 54 (19%) 224 0.49
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.588
(1.00)
17p gain 39 (14%) 239 0.0502
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00)
17q gain 92 (33%) 186 0.0485
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0631
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.656
(1.00)
18p gain 78 (28%) 200 0.103
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.029
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.0537
(1.00) 		1
(1.00)
18q gain 40 (14%) 238 0.101
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.0245
(1.00) 		0.545
(1.00)
19p gain 52 (19%) 226 0.44
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.0734
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.0593
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.588
(1.00)
19q gain 88 (32%) 190 0.226
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.038
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.645
(1.00)
20p gain 132 (47%) 146 0.642
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.0869
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		0.374
(1.00)
20q gain 154 (55%) 124 0.688
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.575
(1.00) 		1
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.664
(1.00)
21q gain 77 (28%) 201 0.397
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.62
(1.00)
22q gain 36 (13%) 242 0.741
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00)
xq gain 29 (10%) 249 0.174
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00)
1p loss 19 (7%) 259 0.756
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00)
1q loss 20 (7%) 258 0.465
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.0631
(1.00) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
2p loss 30 (11%) 248 0.346
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.421
(1.00)
2q loss 61 (22%) 217 0.357
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		0.845
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.289
(1.00)
3p loss 36 (13%) 242 0.541
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.48
(1.00)
3q loss 15 (5%) 263 0.536
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.69
(1.00) 		1
(1.00)
4p loss 91 (33%) 187 0.292
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.0308
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.0873
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.0763
(1.00) 		1
(1.00)
4q loss 89 (32%) 189 0.923
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.407
(1.00) 		1
(1.00)
5p loss 42 (15%) 236 0.528
(1.00) 		0.0911
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.818
(1.00) 		1
(1.00)
5q loss 105 (38%) 173 0.708
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.0286
(1.00) 		0.0313
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.00816
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.368
(1.00)
6p loss 65 (23%) 213 0.675
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.0871
(1.00)
6q loss 101 (36%) 177 0.632
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.061
(1.00)
7p loss 10 (4%) 268 0.387
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
7q loss 15 (5%) 263 0.68
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.241
(1.00)
8p loss 125 (45%) 153 0.948
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.00558
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.0278
(1.00) 		0.00269
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.0703
(1.00) 		0.388
(1.00)
8q loss 22 (8%) 256 0.92
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.00198
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		0.0926
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
9p loss 116 (42%) 162 0.792
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.839
(1.00) 		1
(1.00)
9q loss 110 (40%) 168 0.42
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.0109
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00)
10p loss 49 (18%) 229 0.681
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.00281
(1.00) 		1
(1.00)
10q loss 87 (31%) 191 0.845
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.371
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.638
(1.00)
11p loss 113 (41%) 165 0.459
(1.00) 		0.0457
(1.00) 		0.0188
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.131
(1.00) 		1
(1.00)
11q loss 81 (29%) 197 0.961
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.327
(1.00)
12p loss 33 (12%) 245 0.929
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.0957
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.0561
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.469
(1.00)
12q loss 34 (12%) 244 0.793
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0461
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.019
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00)
13q loss 52 (19%) 226 0.358
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00)
14q loss 77 (28%) 201 0.544
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.0295
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.614
(1.00)
15q loss 93 (33%) 185 0.694
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.00902
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		0.336
(1.00)
16p loss 68 (24%) 210 0.292
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.00812
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0933
(1.00) 		0.602
(1.00)
16q loss 63 (23%) 215 0.798
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.0043
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.329
(1.00)
17p loss 117 (42%) 161 0.655
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.652
(1.00)
17q loss 26 (9%) 252 0.602
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.0828
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.00959
(1.00) 		1
(1.00)
18p loss 67 (24%) 211 0.299
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.0871
(1.00)
18q loss 96 (35%) 182 0.0701
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.34
(1.00)
19p loss 68 (24%) 210 0.00457
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.0383
(1.00) 		0.0212
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.0688
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.00483
(1.00) 		0.596
(1.00)
19q loss 40 (14%) 238 0.0198
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.0953
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 21 (8%) 257 0.841
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00)
20q loss 9 (3%) 269 0.0459
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00)
21q loss 44 (16%) 234 0.123
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00)
22q loss 106 (38%) 172 0.311
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0712
(1.00) 		0.00053
(0.508) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0708
(1.00)
xq loss 54 (19%) 224 0.465
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.226
(1.00)
'3p gain' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 9.73e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.093

Table S1.  Gene #5: '3p gain' versus Clinical Feature #10: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 219 2.2 (7.6)
3P GAIN MUTATED 66 4.2 (12.6)
3P GAIN WILD-TYPE 153 1.3 (3.7)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #5: '3p gain' versus Clinical Feature #10: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'3q gain' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 0.000158 (Wilcoxon-test), Q value = 0.15

Table S2.  Gene #6: '3q gain' versus Clinical Feature #10: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 219 2.2 (7.6)
3Q GAIN MUTATED 90 3.6 (11.0)
3Q GAIN WILD-TYPE 129 1.2 (3.6)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #6: '3q gain' versus Clinical Feature #10: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = BLCA-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 278

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 12

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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