This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.
Testing the association between mutation status of 116 genes and 11 clinical features across 62 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.
-
No gene mutations related to clinical features.
Clinical Features |
Time to Death |
YEARS TO BIRTH |
PATHOLOGIC STAGE |
PATHOLOGY T STAGE |
PATHOLOGY N STAGE |
GENDER |
RADIATION THERAPY |
HISTOLOGICAL TYPE |
RESIDUAL TUMOR |
NUMBER OF LYMPH NODES |
ETHNICITY | ||
nMutated (%) | nWild-Type | logrank test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Wilcoxon-test | Fisher's exact test | |
ZFPM1 | 24 (39%) | 38 |
0.301 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.974 (1.00) |
0.666 (1.00) |
1 (1.00) |
0.759 (1.00) |
1 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.677 (1.00) |
LACTB | 19 (31%) | 43 |
0.923 (1.00) |
0.945 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.107 (1.00) |
1 (1.00) |
0.568 (1.00) |
1 (1.00) |
0.189 (1.00) |
1 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.656 (1.00) |
CCDC102A | 17 (27%) | 45 |
0.104 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.17 (1.00) |
1 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.31 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF517 | 13 (21%) | 49 |
0.968 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.754 (1.00) |
1 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.306 (1.00) |
MAL2 | 11 (18%) | 51 |
0.727 (1.00) |
0.0708 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.0468 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.0789 (1.00) |
0.707 (1.00) |
1 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.3 (1.00) |
TOR3A | 12 (19%) | 50 |
0.431 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.74 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
TP53 | 13 (21%) | 49 |
0.0329 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.235 (1.00) |
1 (1.00) |
0.515 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00889 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.135 (1.00) |
CLDN23 | 10 (16%) | 52 |
0.997 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.472 (1.00) |
1 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.559 (1.00) |
GDF1 | 5 (8%) | 57 |
0.101 (1.00) |
0.948 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.547 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
LZTR1 | 6 (10%) | 56 |
0.536 (1.00) |
0.46 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.946 (1.00) |
1 (1.00) |
ANKRD43 | 19 (31%) | 43 |
0.587 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.395 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.178 (1.00) |
KCNK17 | 9 (15%) | 53 |
0.54 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.429 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.709 (1.00) |
0.423 (1.00) |
1 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.18 (1.00) |
RINL | 8 (13%) | 54 |
0.362 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.514 (1.00) |
1 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.0132 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.268 (1.00) |
ZAR1 | 11 (18%) | 51 |
0.289 (1.00) |
0.672 (1.00) |
0.656 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.0789 (1.00) |
0.707 (1.00) |
0.0156 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.559 (1.00) |
CTNNB1 | 8 (13%) | 54 |
0.208 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.946 (1.00) |
1 (1.00) |
APOE | 7 (11%) | 55 |
0.844 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
0.922 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0861 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
0.126 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GPRIN2 | 8 (13%) | 54 |
0.579 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.585 (1.00) |
1 (1.00) |
0.374 (1.00) |
1 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
ASPDH | 8 (13%) | 54 |
0.409 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.00286 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.00573 (1.00) |
1 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.449 (1.00) |
1 (1.00) |
ERCC2 | 10 (16%) | 52 |
0.52 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.601 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.259 (1.00) |
1 (1.00) |
0.222 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.901 (1.00) |
0.511 (1.00) |
IDUA | 8 (13%) | 54 |
0.319 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.234 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.854 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
C1ORF106 | 9 (15%) | 53 |
0.266 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.514 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.218 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.671 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.559 (1.00) |
C10ORF95 | 6 (10%) | 56 |
0.565 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.363 (1.00) |
0.704 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.117 (1.00) |
0.826 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RGS9BP | 8 (13%) | 54 |
0.466 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.0348 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.374 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.511 (1.00) |
THEM4 | 5 (8%) | 57 |
0.671 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.647 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.724 (1.00) |
1 (1.00) |
|
TSC22D2 | 8 (13%) | 54 |
0.0218 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.113 (1.00) |
1 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.511 (1.00) |
SYT8 | 8 (13%) | 54 |
0.349 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.585 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.559 (1.00) |
|
PLIN5 | 5 (8%) | 57 |
0.434 (1.00) |
0.587 (1.00) |
1 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.0778 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.374 (1.00) |
LRIG1 | 16 (26%) | 46 |
0.624 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.787 (1.00) |
0.644 (1.00) |
HHIPL1 | 6 (10%) | 56 |
0.977 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.705 (1.00) |
1 (1.00) |
CCDC105 | 6 (10%) | 56 |
0.605 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.28 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.0808 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
C19ORF10 | 7 (11%) | 55 |
0.925 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.337 (1.00) |
1 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.946 (1.00) |
1 (1.00) |
OPRD1 | 12 (19%) | 50 |
0.907 (1.00) |
0.139 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.448 (1.00) |
1 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.95 (1.00) |
1 (1.00) |
ATXN1 | 10 (16%) | 52 |
0.848 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.428 (1.00) |
1 (1.00) |
0.082 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
AATK | 6 (10%) | 56 |
0.299 (1.00) |
0.034 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.409 (1.00) |
1 (1.00) |
0.344 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
ZNF628 | 7 (11%) | 55 |
0.0224 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.413 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.617 (1.00) |
1 (1.00) |
0.259 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
KRTAP4-5 | 5 (8%) | 57 |
0.135 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.308 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.329 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NOXA1 | 5 (8%) | 57 |
0.214 (1.00) |
0.99 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.151 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
TRIOBP | 10 (16%) | 52 |
0.749 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.953 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0524 (1.00) |
0.082 (1.00) |
0.685 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.409 (1.00) |
1 (1.00) |
ZNF598 | 12 (19%) | 50 |
0.371 (1.00) |
0.021 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.0186 (1.00) |
1 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.58 (1.00) |
IRX3 | 5 (8%) | 57 |
0.637 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.502 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0804 (1.00) |
1 (1.00) |
|
WDR34 | 5 (8%) | 57 |
0.525 (1.00) |
0.679 (1.00) |
1 (1.00) |
0.735 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0493 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.287 (1.00) |
1 (1.00) |
|
BHLHE22 | 5 (8%) | 57 |
0.264 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.0735 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0516 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.18 (1.00) |
PANK2 | 5 (8%) | 57 |
0.00978 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.621 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0493 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.042 (1.00) |
1 (1.00) |
|
FPGS | 5 (8%) | 57 |
0.13 (1.00) |
0.319 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.562 (1.00) |
0.421 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.25 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GLTPD2 | 6 (10%) | 56 |
0.412 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.622 (1.00) |
1 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.407 (1.00) |
0.206 (1.00) |
|
TNIP2 | 5 (8%) | 57 |
0.421 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.0855 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.0463 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0778 (1.00) |
1 (1.00) |
0.721 (1.00) |
1 (1.00) |
|
AKAP2 | 6 (10%) | 56 |
0.564 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.92 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
1 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.0448 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RREB1 | 5 (8%) | 57 |
0.839 (1.00) |
0.938 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.0735 (1.00) |
1 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.374 (1.00) |
TPO | 12 (19%) | 50 |
0.914 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.0879 (1.00) |
1 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.583 (1.00) |
1 (1.00) |
0.211 (1.00) |
1 (1.00) |
OBSCN | 18 (29%) | 44 |
0.832 (1.00) |
0.0453 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.691 (1.00) |
1 (1.00) |
SNED1 | 5 (8%) | 57 |
0.296 (1.00) |
0.737 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.16 (1.00) |
0.0735 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.0778 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
MEN1 | 5 (8%) | 57 |
0.128 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.0331 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0537 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
BTBD11 | 6 (10%) | 56 |
0.976 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.0369 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.617 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.449 (1.00) |
1 (1.00) |
RNF149 | 4 (6%) | 58 |
0.143 (1.00) |
0.0709 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.384 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KIAA1984 | 4 (6%) | 58 |
0.87 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.515 (1.00) |
1 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.23 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
CCDC150 | 4 (6%) | 58 |
0.0993 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.0333 (1.00) |
0.107 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
0.23 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0773 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.101 (1.00) |
FAM18B2 | 4 (6%) | 58 |
0.39 (1.00) |
0.626 (1.00) |
1 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0364 (1.00) |
1 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.374 (1.00) |
|
MUC5B | 22 (35%) | 40 |
0.617 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.736 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.412 (1.00) |
1 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.0869 (1.00) |
1 (1.00) |
PTPLA | 4 (6%) | 58 |
0.67 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.639 (1.00) |
1 (1.00) |
0.61 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
SRPX | 3 (5%) | 59 |
0.828 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
0.614 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.511 (1.00) |
GARS | 19 (31%) | 43 |
0.0458 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.00791 (1.00) |
0.00685 (1.00) |
0.658 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0455 (1.00) |
0.0821 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.644 (1.00) |
PRSS27 | 3 (5%) | 59 |
0.215 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.517 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.0374 (1.00) |
|
SEMA5B | 8 (13%) | 54 |
0.731 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.852 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.438 (1.00) |
1 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.438 (1.00) |
0.705 (1.00) |
1 (1.00) |
CD320 | 4 (6%) | 58 |
0.402 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.273 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.101 (1.00) |
|
TAF5 | 4 (6%) | 58 |
0.369 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.842 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.374 (1.00) |
|
NEFH | 6 (10%) | 56 |
0.234 (1.00) |
0.536 (1.00) |
1 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
0.617 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.18 (1.00) |
DMKN | 3 (5%) | 59 |
0.184 (1.00) |
0.384 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||||
NPTX1 | 3 (5%) | 59 |
0.882 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.241 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.614 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NOTCH2 | 5 (8%) | 57 |
0.439 (1.00) |
0.766 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0778 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.946 (1.00) |
1 (1.00) |
RNF39 | 5 (8%) | 57 |
0.831 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.374 (1.00) |
|
KBTBD13 | 9 (15%) | 53 |
0.328 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.0872 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.218 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.349 (1.00) |
1 (1.00) |
IER5 | 3 (5%) | 59 |
0.000199 (0.254) |
0.588 (1.00) |
0.0889 (1.00) |
0.0346 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0892 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SCRT1 | 3 (5%) | 59 |
0.0353 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
0.169 (1.00) |
1 (1.00) |
|
KNDC1 | 9 (15%) | 53 |
0.296 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.0672 (1.00) |
1 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
1 (1.00) |
MAP1S | 5 (8%) | 57 |
0.719 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.388 (1.00) |
1 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.119 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RGMB | 6 (10%) | 56 |
0.827 (1.00) |
0.73 (1.00) |
1 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.306 (1.00) |
|
LRP11 | 6 (10%) | 56 |
0.628 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.755 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.657 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.559 (1.00) |
|
AR | 4 (6%) | 58 |
0.127 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.351 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.0537 (1.00) |
1 (1.00) |
|
VARS | 6 (10%) | 56 |
0.995 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.405 (1.00) |
0.0211 (1.00) |
SEZ6L2 | 8 (13%) | 54 |
0.44 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.612 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.306 (1.00) |
PABPC1 | 4 (6%) | 58 |
0.626 (1.00) |
0.398 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.61 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.559 (1.00) |
|
FANK1 | 3 (5%) | 59 |
0.796 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.0103 (1.00) |
0.048 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.546 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.616 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NMU | 5 (8%) | 57 |
0.427 (1.00) |
0.272 (1.00) |
1 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.421 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.511 (1.00) |
ADAD2 | 4 (6%) | 58 |
0.992 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.832 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.074 (1.00) |
0.391 (1.00) |
1 (1.00) |
|
CLIC6 | 5 (8%) | 57 |
0.285 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.708 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.329 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PCDHB13 | 5 (8%) | 57 |
0.784 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.206 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.329 (1.00) |
1 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.101 (1.00) |
|
PLEC | 13 (21%) | 49 |
0.571 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.793 (1.00) |
1 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.478 (1.00) |
1 (1.00) |
0.6 (1.00) |
1 (1.00) |
0.644 (1.00) |
AMDHD1 | 10 (16%) | 52 |
0.33 (1.00) |
0.0434 (1.00) |
0.825 (1.00) |
1 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.193 (1.00) |
1 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
DSPP | 9 (15%) | 53 |
0.852 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.69 (1.00) |
1 (1.00) |
0.218 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.667 (1.00) |
1 (1.00) |
0.667 (1.00) |
0.685 (1.00) |
1 (1.00) |
TMEM189 | 3 (5%) | 59 |
0.193 (1.00) |
0.441 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
0.374 (1.00) |
||||
CRIPAK | 10 (16%) | 52 |
0.514 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.0979 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.577 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0977 (1.00) |
1 (1.00) |
0.488 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PDCD6 | 3 (5%) | 59 |
0.781 (1.00) |
0.0879 (1.00) |
0.00972 (1.00) |
0.00483 (1.00) |
0.275 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.206 (1.00) |
|
MAP7 | 3 (5%) | 59 |
0.973 (1.00) |
0.73 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NOM1 | 6 (10%) | 56 |
0.934 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.26 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.32 (1.00) |
1 (1.00) |
0.682 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SHOX2 | 3 (5%) | 59 |
0.205 (1.00) |
0.896 (1.00) |
1 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.275 (1.00) |
1 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.186 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
HSD17B1 | 4 (6%) | 58 |
0.59 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.231 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.23 (1.00) |
1 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.374 (1.00) |
|
PRKAR1A | 6 (10%) | 56 |
0.905 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.0591 (1.00) |
0.0629 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.0808 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.374 (1.00) |
KRTAP5-5 | 3 (5%) | 59 |
0.359 (1.00) |
0.0661 (1.00) |
0.833 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
DLEU7 | 3 (5%) | 59 |
0.398 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.834 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.614 (1.00) |
1 (1.00) |
|
FEZ2 | 3 (5%) | 59 |
0.739 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.788 (1.00) |
0.275 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RASIP1 | 6 (10%) | 56 |
0.111 (1.00) |
0.99 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.617 (1.00) |
1 (1.00) |
0.093 (1.00) |
1 (1.00) |
|
JMJD4 | 3 (5%) | 59 |
0.907 (1.00) |
0.844 (1.00) |
1 (1.00) |
0.624 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.374 (1.00) |
|
COQ2 | 5 (8%) | 57 |
0.721 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.706 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
1 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.602 (1.00) |
1 (1.00) |
|
UQCRFS1 | 5 (8%) | 57 |
0.257 (1.00) |
0.0493 (1.00) |
0.0357 (1.00) |
0.0206 (1.00) |
0.421 (1.00) |
1 (1.00) |
0.329 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0418 (1.00) |
0.18 (1.00) |
|
C9ORF66 | 5 (8%) | 57 |
0.245 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0374 (1.00) |
|
POLRMT | 4 (6%) | 58 |
0.108 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.228 (1.00) |
0.389 (1.00) |
1 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.241 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ADAMTS7 | 4 (6%) | 58 |
0.156 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.387 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.238 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|
BTNL9 | 4 (6%) | 58 |
0.702 (1.00) |
0.501 (1.00) |
0.834 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.392 (1.00) |
1 (1.00) |
|
NF1 | 7 (11%) | 55 |
0.279 (1.00) |
0.681 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.00642 (1.00) |
0.133 (1.00) |
1 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
ZNF814 | 3 (5%) | 59 |
0.231 (1.00) |
0.743 (1.00) |
0.0259 (1.00) |
0.0642 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.172 (1.00) |
1 (1.00) |
|
RNF135 | 3 (5%) | 59 |
0.205 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.784 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
CSGALNACT2 | 3 (5%) | 59 |
0.837 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.834 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.546 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.612 (1.00) |
1 (1.00) |
|
SPIRE2 | 3 (5%) | 59 |
0.822 (1.00) |
0.0637 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.16 (1.00) |
1 (1.00) |
0.546 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.206 (1.00) |
|
CYP4A22 | 4 (6%) | 58 |
0.0668 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.844 (1.00) |
1 (1.00) |
0.61 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.511 (1.00) |
|
HLA-A | 3 (5%) | 59 |
0.307 (1.00) |
0.225 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.556 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.206 (1.00) |
|
GLI3 | 5 (8%) | 57 |
0.114 (1.00) |
0.969 (1.00) |
0.0185 (1.00) |
0.00684 (1.00) |
1 (1.00) |
0.647 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0518 (1.00) |
1 (1.00) |
-
Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline
-
Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/ACC-TP/19862915/transformed.cor.cli.txt
-
Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/ACC-TP/19775006/ACC-TP.merged_data.txt
-
Number of patients = 62
-
Number of significantly mutated genes = 116
-
Number of selected clinical features = 11
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.