Skin Cutaneous Melanoma: Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
(All_Metastatic cohort)
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 114 genes and 8 molecular subtypes across 228 patients, 2 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 114 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 117 (51%) 111 2.22e-07
(0.000201) 		0.0586
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.00983
(1.00) 		0.0314
(1.00) 		8.88e-05
(0.0804) 		0.231
(1.00) 		0.154
(1.00)
TP53 35 (15%) 193 0.143
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.121
(1.00)
C15ORF23 14 (6%) 214 0.128
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.779
(1.00)
CDKN2A 33 (14%) 195 0.11
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.731
(1.00)
NRAS 67 (29%) 161 0.000531
(0.48) 		0.084
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.829
(1.00)
OXA1L 7 (3%) 221 0.437
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.627
(1.00)
STK19 11 (5%) 217 0.737
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.605
(1.00)
PTEN 18 (8%) 210 0.643
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.323
(1.00)
RAC1 17 (7%) 211 0.631
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.321
(1.00)
IDH1 12 (5%) 216 0.311
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.0891
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.115
(1.00)
ACSM2B 38 (17%) 190 0.658
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.704
(1.00)
PPP6C 18 (8%) 210 0.558
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0992
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.113
(1.00)
LCE1B 12 (5%) 216 0.146
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.91
(1.00)
MUC7 19 (8%) 209 0.955
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.087
(1.00) 		0.0497
(1.00)
OR51S1 27 (12%) 201 0.316
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.871
(1.00)
NAP1L2 23 (10%) 205 0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00)
PRB2 31 (14%) 197 0.509
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.193
(1.00)
TAF1A 13 (6%) 215 0.676
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.914
(1.00)
HIST1H2AA 10 (4%) 218 0.363
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.229
(1.00)
FRG2B 16 (7%) 212 0.898
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.187
(1.00)
CDH9 33 (14%) 195 0.839
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.00366
(1.00) 		0.419
(1.00)
PRAMEF11 21 (9%) 207 0.773
(1.00) 		0.0631
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.631
(1.00)
HBG2 8 (4%) 220 0.601
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.206
(1.00)
DDX3X 18 (8%) 210 0.614
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.208
(1.00)
PRB4 19 (8%) 209 0.41
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.26
(1.00)
GRXCR1 18 (8%) 210 0.867
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.208
(1.00)
HHLA2 17 (7%) 211 0.0519
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.00441
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.015
(1.00) 		0.493
(1.00)
RBM11 13 (6%) 215 0.242
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.0519
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.454
(1.00)
FUT9 22 (10%) 206 0.418
(1.00) 		0.0258
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.678
(1.00)
TTN 176 (77%) 52 0.41
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.314
(1.00)
HBD 10 (4%) 218 0.3
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.891
(1.00)
KIAA1257 14 (6%) 214 0.42
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.515
(1.00)
USP17L2 19 (8%) 209 0.229
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.462
(1.00)
CADM2 23 (10%) 205 0.729
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.00591
(1.00)
GFRAL 31 (14%) 197 0.164
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.96
(1.00)
OR4N2 22 (10%) 206 0.299
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.0222
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.185
(1.00)
UGT2B15 21 (9%) 207 0.439
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.345
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 222 0.45
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
RAPGEF5 12 (5%) 216 1
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0624
(1.00)
C8A 27 (12%) 201 0.615
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.163
(1.00)
ANKRD20A4 5 (2%) 223 0.27
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00)
ELF5 6 (3%) 222 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.157
(1.00)
SPAG16 16 (7%) 212 0.847
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0725
(1.00) 		0.106
(1.00)
PHGDH 9 (4%) 219 0.48
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.35
(1.00)
COPG2 9 (4%) 219 0.321
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.779
(1.00)
GML 9 (4%) 219 0.174
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.779
(1.00)
TBC1D3B 5 (2%) 223 0.225
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.641
(1.00)
TFEC 15 (7%) 213 1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.0742
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.728
(1.00)
TRAT1 13 (6%) 215 1
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.587
(1.00)
PRR23B 15 (7%) 213 0.392
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.00685
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.00109
(0.984)
C9ORF119 8 (4%) 220 0.483
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.304
(1.00)
LIN7A 11 (5%) 217 0.858
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.81
(1.00)
PARM1 18 (8%) 210 0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.39
(1.00)
CCK 6 (3%) 222 0.582
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.0771
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.714
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 225 0.629
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.69
(1.00)
TCEB3C 26 (11%) 202 0.506
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.252
(1.00)
DEFB118 9 (4%) 219 0.391
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.779
(1.00)
VEGFC 17 (7%) 211 0.598
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.148
(1.00)
MARCH11 11 (5%) 217 1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZFP106 10 (4%) 218 0.849
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.447
(1.00)
PDE1A 32 (14%) 196 0.337
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.299
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 223 1
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.498
(1.00)
FGF16 7 (3%) 221 1
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.00469
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.094
(1.00) 		0.524
(1.00)
OR4F6 15 (7%) 213 0.943
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.04
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.392
(1.00)
CD2 17 (7%) 211 0.411
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.703
(1.00)
EIF3D 4 (2%) 224 0.829
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.429
(1.00)
MKX 15 (7%) 213 0.12
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.492
(1.00)
ARL16 7 (3%) 221 0.18
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2L3 15 (7%) 213 0.531
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.424
(1.00)
DEFB119 6 (3%) 222 1
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL4 21 (9%) 207 0.807
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.345
(1.00)
NR1H4 12 (5%) 216 0.427
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		0.371
(1.00)
IL32 9 (4%) 219 0.391
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00)
DGAT2L6 11 (5%) 217 0.339
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.81
(1.00)
OR8D4 11 (5%) 217 0.585
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.667
(1.00)
GRXCR2 15 (7%) 213 0.392
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.791
(1.00)
OR5H2 15 (7%) 213 0.707
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.492
(1.00)
SIGLEC14 12 (5%) 216 0.311
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.91
(1.00)
ZNF479 24 (11%) 204 0.657
(1.00) 		1
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.074
(1.00) 		0.633
(1.00)
C2 12 (5%) 216 0.0329
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.0549
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.415
(1.00)
GH2 10 (4%) 218 0.0987
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.573
(1.00)
GK2 29 (13%) 199 0.771
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.807
(1.00)
C2ORF40 7 (3%) 221 0.236
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.627
(1.00)
CXCR2 13 (6%) 215 0.594
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.914
(1.00)
RPTN 39 (17%) 189 0.315
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.452
(1.00)
PRIM2 13 (6%) 215 0.366
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.412
(1.00)
MUM1L1 26 (11%) 202 0.629
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.0988
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.587
(1.00)
TLL1 44 (19%) 184 0.933
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.456
(1.00)
PRC1 13 (6%) 215 0.938
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.541
(1.00)
GLRB 23 (10%) 205 0.286
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.5
(1.00)
AREG 6 (3%) 222 0.769
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.462
(1.00)
SPINK13 8 (4%) 220 0.14
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.485
(1.00)
ACD 9 (4%) 219 0.289
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.0584
(1.00)
C2ORF39 9 (4%) 219 0.391
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.889
(1.00)
RERG 9 (4%) 219 0.48
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.688
(1.00)
TUBB8 13 (6%) 215 0.635
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.373
(1.00)
AGXT2 18 (8%) 210 0.745
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.345
(1.00)
C9 16 (7%) 212 0.949
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.688
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 224 0.14
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.429
(1.00)
DEFB112 8 (4%) 220 0.177
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.421
(1.00)
FAM19A1 8 (4%) 220 0.158
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.488
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.876
(1.00)
LONRF2 16 (7%) 212 1
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.688
(1.00)
NAP1L4 9 (4%) 219 0.0259
(1.00) 		0.0438
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00)
OR5J2 14 (6%) 214 0.574
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.37
(1.00)
POM121 14 (6%) 214 0.474
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.553
(1.00)
RBM22 7 (3%) 221 0.437
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00)
SLC10A2 20 (9%) 208 0.426
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.145
(1.00)
C4ORF22 11 (5%) 217 0.634
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.267
(1.00)
CLEC14A 19 (8%) 209 0.027
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.361
(1.00) 		1
(1.00)
GNAI2 4 (2%) 224 1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.144
(1.00)
IGF2BP3 6 (3%) 222 0.881
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.714
(1.00)
RBM46 15 (7%) 213 0.752
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.177
(1.00)
SERPINB4 30 (13%) 198 0.752
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.315
(1.00)
SORT1 10 (4%) 218 0.92
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 2.22e-07 (Fisher's exact test), Q value = 2e-04

Table S1.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 76 63 89
BRAF MUTATED 24 49 44
BRAF WILD-TYPE 52 14 45

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

'BRAF MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 8.88e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.08

Table S2.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 55 55 115
BRAF MUTATED 15 36 65
BRAF WILD-TYPE 40 19 50

Figure S2.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-All_Metastatic.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-All_Metastatic.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 228

  • Number of significantly mutated genes = 114

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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