Skin Cutaneous Melanoma: Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
(NRAS_Hotspot_Mutants cohort)
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 106 genes and 8 molecular subtypes across 62 patients, one significant finding detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • HHLA2 mutation correlated to 'RPPA_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 106 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
HHLA2 6 (10%) 56 0.556
(1.00) 		0.0818
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.000135
(0.114) 		0.485
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.00182
(1.00) 		0.0409
(1.00)
CDKN2A 12 (19%) 50 0.0101
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.887
(1.00)
TP53 13 (21%) 49 0.368
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0752
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.0619
(1.00)
MUM1L1 13 (21%) 49 0.737
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0517
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.805
(1.00)
CD163L1 21 (34%) 41 0.837
(1.00) 		0.0213
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.847
(1.00)
PSG4 12 (19%) 50 0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.389
(1.00)
PPP6C 10 (16%) 52 0.822
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.436
(1.00)
ZNF99 16 (26%) 46 0.201
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.0577
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.671
(1.00)
KHDRBS2 10 (16%) 52 0.287
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.592
(1.00)
POTEG 10 (16%) 52 0.179
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0969
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.673
(1.00)
MARCO 13 (21%) 49 0.107
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.294
(1.00)
SGCZ 9 (15%) 53 0.804
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00)
GLRB 10 (16%) 52 0.775
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.512
(1.00)
OR2W1 8 (13%) 54 0.0495
(1.00) 		0.079
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.126
(1.00) 		1
(1.00)
C4ORF22 7 (11%) 55 0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.581
(1.00)
UGT2B28 11 (18%) 51 0.792
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.768
(1.00)
ZNF676 11 (18%) 51 0.102
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.299
(1.00)
LIPI 9 (15%) 53 0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.185
(1.00) 		1
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.859
(1.00)
CADM2 8 (13%) 54 0.214
(1.00) 		0.358
(1.00) 		1
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.726
(1.00) 		1
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.0173
(1.00)
CDH9 11 (18%) 51 0.938
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.683
(1.00)
OR52E2 7 (11%) 55 0.0374
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.815
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00)
CLEC5A 5 (8%) 57 0.233
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.174
(1.00) 		1
(1.00)
HIST1H2AA 5 (8%) 57 1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.117
(1.00)
KIAA1257 8 (13%) 54 0.75
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.0202
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.726
(1.00) 		1
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.728
(1.00)
PCDH18 16 (26%) 46 0.477
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.3
(1.00)
SPOCK3 9 (15%) 53 0.101
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.338
(1.00)
OR2G6 10 (16%) 52 0.799
(1.00) 		0.0163
(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.322
(1.00)
STXBP5L 14 (23%) 48 0.472
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.902
(1.00)
CNGB3 15 (24%) 47 0.659
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.00836
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.231
(1.00)
HHIPL2 4 (6%) 58 0.354
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.909
(1.00) 		1
(1.00)
OR10G8 6 (10%) 56 0.0137
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.0149
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.668
(1.00)
UGT2B4 11 (18%) 51 0.91
(1.00) 		0.493
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0717
(1.00) 		1
(1.00)
ZBBX 11 (18%) 51 0.507
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.232
(1.00) 		1
(1.00)
C1QTNF9 6 (10%) 56 0.213
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.249
(1.00)
HCRTR2 9 (15%) 53 0.53
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		1
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.338
(1.00)
KRT78 7 (11%) 55 0.903
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.079
(1.00)
BCLAF1 14 (23%) 48 0.766
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.513
(1.00)
LPAR1 6 (10%) 56 0.458
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.0991
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.408
(1.00)
STK31 10 (16%) 52 0.139
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00)
HBG2 4 (6%) 58 0.423
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0153
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		0.909
(1.00) 		1
(1.00)
BAGE2 4 (6%) 58 0.541
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.0881
(1.00) 		0.0331
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.407
(1.00)
ADH1B 6 (10%) 56 0.938
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.668
(1.00)
CNTN4 12 (19%) 50 0.438
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.923
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00)
DEFA4 5 (8%) 57 1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		1
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00)
FAM117B 6 (10%) 56 0.746
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.933
(1.00) 		1
(1.00)
GFRAL 10 (16%) 52 0.424
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.0312
(1.00) 		0.0325
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.867
(1.00)
ST8SIA3 8 (13%) 54 0.0416
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00)
DSPP 9 (15%) 53 0.288
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.859
(1.00)
OR10K2 8 (13%) 54 0.334
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.607
(1.00)
CLEC17A 5 (8%) 57 0.328
(1.00) 		0.212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		0.47
(1.00)
POU6F2 9 (15%) 53 0.127
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00) 		0.497
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.13
(1.00)
LRRIQ3 10 (16%) 52 0.498
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0672
(1.00) 		0.023
(1.00) 		0.964
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 11 (18%) 51 0.814
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.355
(1.00)
GAS2 7 (11%) 55 0.819
(1.00) 		0.78
(1.00) 		1
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.111
(1.00)
SIRPB1 6 (10%) 56 0.121
(1.00) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.249
(1.00)
ACTC1 6 (10%) 56 0.788
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.408
(1.00)
PRB2 9 (15%) 53 0.32
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0612
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.859
(1.00)
C15ORF23 4 (6%) 58 0.259
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.769
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.407
(1.00)
FASLG 5 (8%) 57 0.0507
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.094
(1.00) 		0.163
(1.00)
PAK7 12 (19%) 50 0.577
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.0101
(1.00) 		0.254
(1.00)
SIGLEC14 6 (10%) 56 0.192
(1.00) 		0.357
(1.00) 		1
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.408
(1.00)
TPTE2 8 (13%) 54 0.601
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.728
(1.00)
APBB1IP 6 (10%) 56 0.25
(1.00) 		1
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.249
(1.00)
ANGPT1 8 (13%) 54 0.956
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.0642
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00)
ARL16 3 (5%) 59 0.111
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.839
(1.00) 		1
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.263
(1.00)
ARMC4 15 (24%) 47 0.808
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.658
(1.00)
CD2 3 (5%) 59 0.882
(1.00) 		0.282
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.271
(1.00) 		1
(1.00)
FRG2B 5 (8%) 57 0.158
(1.00) 		0.305
(1.00) 		1
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.163
(1.00)
KRTAP12-1 3 (5%) 59 0.78
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.513
(1.00) 		1
(1.00)
CYP4X1 7 (11%) 55 0.353
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0153
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.712
(1.00)
DSG1 14 (23%) 48 0.952
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0749
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.902
(1.00)
ADAM7 13 (21%) 49 0.292
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.0333
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.558
(1.00)
KCNQ5 10 (16%) 52 0.964
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		1
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.0317
(1.00)
POF1B 10 (16%) 52 0.901
(1.00) 		0.83
(1.00) 		1
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.436
(1.00)
TCEB3C 7 (11%) 55 0.782
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.0122
(1.00) 		0.015
(1.00)
F2RL1 6 (10%) 56 0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.668
(1.00)
SNCAIP 12 (19%) 50 0.0659
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.0735
(1.00) 		0.00343
(1.00) 		0.784
(1.00)
LOC649330 8 (13%) 54 0.0738
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00)
UGT2A3 8 (13%) 54 0.214
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.0909
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.102
(1.00)
C3ORF71 3 (5%) 59 0.406
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.157
(1.00)
NDUFA13 4 (6%) 58 0.0885
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.407
(1.00)
ZIM3 8 (13%) 54 0.0712
(1.00) 		0.02
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0567
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00)
DDX3X 7 (11%) 55 0.903
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.712
(1.00)
LILRB4 8 (13%) 54 0.878
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0897
(1.00) 		0.859
(1.00)
TLR4 11 (18%) 51 0.531
(1.00) 		0.288
(1.00) 		1
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.417
(1.00)
ZNF479 5 (8%) 57 0.486
(1.00) 		0.00447
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.0437
(1.00) 		0.0455
(1.00)
GABRG1 8 (13%) 54 0.415
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.728
(1.00)
KLRC3 4 (6%) 58 0.702
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.144
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.139
(1.00)
OR1N2 7 (11%) 55 0.86
(1.00) 		0.18
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.00455
(1.00) 		0.0573
(1.00)
SYCE1 6 (10%) 56 0.343
(1.00) 		0.568
(1.00) 		1
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.0648
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.518
(1.00)
RGPD3 12 (19%) 50 0.371
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.0647
(1.00)
CDH10 13 (21%) 49 0.318
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.927
(1.00) 		1
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.805
(1.00)
C6ORF105 5 (8%) 57 0.233
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.354
(1.00)
FPR2 5 (8%) 57 0.805
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		0.163
(1.00)
UGT1A7 4 (6%) 58 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.0607
(1.00) 		1
(1.00)
JAKMIP1 9 (15%) 53 0.146
(1.00) 		0.491
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.649
(1.00)
CYLC2 6 (10%) 56 0.343
(1.00) 		0.759
(1.00) 		1
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.00958
(1.00) 		0.135
(1.00)
DRGX 6 (10%) 56 0.529
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.829
(1.00)
IDH1 5 (8%) 57 0.307
(1.00) 		0.093
(1.00) 		1
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		1
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.0801
(1.00)
ASB5 6 (10%) 56 0.613
(1.00) 		0.868
(1.00) 		1
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.408
(1.00)
COL21A1 11 (18%) 51 0.149
(1.00) 		0.843
(1.00) 		1
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.615
(1.00)
OR4M2 7 (11%) 55 0.603
(1.00) 		0.475
(1.00) 		1
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.378
(1.00)
ANKRD45 7 (11%) 55 0.0423
(1.00) 		0.537
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.198
(1.00)
LCE1B 5 (8%) 57 0.25
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.354
(1.00)
MGAM 21 (34%) 41 0.837
(1.00) 		0.531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.432
(1.00)
ACSM2B 9 (15%) 53 0.53
(1.00) 		0.545
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.75
(1.00)
'HHLA2 MUTATION STATUS' versus 'RPPA_CHIERARCHICAL'

P value = 0.000135 (Chi-square test), Q value = 0.11

Table S1.  Gene #89: 'HHLA2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'RPPA_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3 CLUS_4 CLUS_5 CLUS_6
ALL 4 5 5 6 9 11
HHLA2 MUTATED 0 4 0 1 0 0
HHLA2 WILD-TYPE 4 1 5 5 9 11

Figure S1.  Get High-res Image Gene #89: 'HHLA2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'RPPA_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-NRAS_Hotspot_Mutants.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-NRAS_Hotspot_Mutants.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 62

  • Number of significantly mutated genes = 106

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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