Lung Adenocarcinoma: Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School)
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 198 genes and 15 clinical features across 129 patients, 11 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • REG1B mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • OR8J3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • OR4M2 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • CRISPLD1 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • C20ORF85 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • F9 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • NOVA1 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • GBA3 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GPR101 mutation correlated to 'STOPPEDSMOKINGYEAR'.

  • OR2W5 mutation correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

  • OR7G1 mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 198 genes and 15 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 11 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NEOADJUVANT
THERAPY 		NUMBERPACKYEARSSMOKED STOPPEDSMOKINGYEAR TOBACCOSMOKINGHISTORYINDICATOR YEAROFTOBACCOSMOKINGONSET
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test t-test Fisher's exact test t-test
REG1B 6 (5%) 123 0.591
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0967
(1.00) 		1
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1.1e-09
(2.93e-06) 		0.315
(1.00) 		0.312
(1.00)
OR8J3 10 (8%) 119 0.807
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		6.69e-05
(0.177) 		0.343
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.579
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.0226
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.55
(1.00)
OR4M2 7 (5%) 122 0.476
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1.89e-05
(0.0502) 		0.083
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.0561
(1.00)
CRISPLD1 7 (5%) 122 0.304
(1.00) 		0.0558
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.891
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.663
(1.00) 		1.27e-10
(3.38e-07) 		0.00306
(1.00) 		0.0828
(1.00)
C20ORF85 3 (2%) 126 0.536
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.575
(1.00) 		2.5e-15
(6.66e-12) 		0.721
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.0018
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.982
(1.00)
F9 7 (5%) 122 0.499
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.0112
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		2.24e-09
(5.97e-06) 		0.207
(1.00) 		0.569
(1.00)
NOVA1 8 (6%) 121 0.476
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1.26e-08
(3.35e-05) 		0.0174
(1.00) 		0.766
(1.00)
GBA3 7 (5%) 122 0.721
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.698
(1.00) 		3.11e-06
(0.00827) 		1
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0739
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0751
(1.00) 		0.000251
(0.665) 		0.359
(1.00) 		0.519
(1.00)
GPR101 8 (6%) 121 0.461
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.278
(1.00) 		2.58e-05
(0.0684) 		0.00669
(1.00) 		0.314
(1.00)
OR2W5 6 (5%) 123 0.499
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		3.36e-07
(0.000892) 		0.841
(1.00)
OR7G1 4 (3%) 125 0.568
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1.37e-07
(0.000364) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00)
STK11 17 (13%) 112 0.523
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.412
(1.00)
EGFR 19 (15%) 110 0.0399
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.417
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.0112
(1.00) 		0.00871
(1.00) 		0.259
(1.00)
KRAS 35 (27%) 94 0.366
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.454
(1.00)
TP53 58 (45%) 71 0.315
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.894
(1.00) 		1
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0219
(1.00) 		0.443
(1.00)
KEAP1 24 (19%) 105 0.367
(1.00) 		0.888
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.751
(1.00)
BRAF 13 (10%) 116 0.84
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.0726
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.359
(1.00)
NAV3 27 (21%) 102 0.601
(1.00) 		0.957
(1.00) 		1
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0284
(1.00) 		0.409
(1.00)
CD5L 11 (9%) 118 0.814
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.705
(1.00)
CDKN2A 7 (5%) 122 0.742
(1.00) 		0.133
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		1
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.238
(1.00)
REG3A 10 (8%) 119 0.824
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.00421
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.912
(1.00)
RIMS2 22 (17%) 107 0.397
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.152
(1.00)
U2AF1 4 (3%) 125 0.95
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.0364
(1.00) 		0.0549
(1.00) 		0.0167
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.841
(1.00)
DCAF4L2 10 (8%) 119 0.946
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.223
(1.00)
MAGEC1 19 (15%) 110 0.952
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0969
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0099
(1.00) 		0.778
(1.00)
IL1RAPL1 11 (9%) 118 0.569
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.585
(1.00)
CDH8 13 (10%) 116 0.289
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.657
(1.00)
OR2T33 9 (7%) 120 0.112
(1.00) 		0.781
(1.00) 		1
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.496
(1.00)
TMTC1 13 (10%) 116 0.628
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.0231
(1.00) 		0.0677
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.00923
(1.00) 		0.0482
(1.00) 		0.697
(1.00)
HGF 14 (11%) 115 0.457
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.00783
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.215
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0419
(1.00) 		0.0573
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.354
(1.00)
SNTG1 14 (11%) 115 0.632
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.959
(1.00)
MUC7 10 (8%) 119 0.451
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.936
(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.0104
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.708
(1.00)
OR2T4 10 (8%) 119 0.0344
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.147
(1.00) 		1
(1.00) 		0.735
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.386
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(1.00)
OR2W3 10 (8%) 119 0.831
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		0.296
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(1.00)
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(1.00) 		0.0403
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(1.00)
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(1.00) 		0.897
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(1.00)
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(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.844
(1.00)
HOXA1 7 (5%) 122 0.508
(1.00) 		0.897
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.353
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(1.00)
GABRA5 8 (6%) 121 0.904
(1.00) 		0.922
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(1.00)
RGPD4 8 (6%) 121 0.885
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
PDHA2 8 (6%) 121 0.298
(1.00) 		0.539
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(1.00)
FAM75A6 15 (12%) 114 0.437
(1.00) 		0.186
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(1.00)
KCNJ3 9 (7%) 120 0.783
(1.00) 		0.492
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(1.00)
KRTAP11-1 6 (5%) 123 0.207
(1.00) 		0.124
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
OR10T2 7 (5%) 122 0.949
(1.00) 		0.879
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(1.00) 		0.984
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(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.676
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(1.00) 		0.611
(1.00)
ABCB5 15 (12%) 114 0.176
(1.00) 		0.778
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(1.00) 		0.463
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(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.492
(1.00)
CALD1 6 (5%) 123 0.307
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.999
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(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		0.0397
(1.00)
CLEC12B 3 (2%) 126 0.289
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.992
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.883
(1.00)
DUSP22 7 (5%) 122 0.816
(1.00) 		0.762
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(1.00) 		0.251
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(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.000132
(0.35) 		0.324
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.777
(1.00)
CROT 8 (6%) 121 0.257
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.896
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(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.784
(1.00)
OR2C3 9 (7%) 120 0.13
(1.00) 		0.665
(1.00) 		1
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.509
(1.00)
LCE1F 4 (3%) 125 0.743
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.112
(1.00)
TBX22 10 (8%) 119 0.776
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.135
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(1.00) 		0.68
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(1.00) 		0.822
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(1.00)
OR4A5 6 (5%) 123 0.263
(1.00) 		0.648
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.00648
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(1.00)
KRTAP19-6 4 (3%) 125 0.153
(1.00) 		0.0451
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.0348
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(1.00) 		0.281
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(1.00)
ADAMTS18 15 (12%) 114 0.484
(1.00) 		0.808
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(1.00) 		0.126
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.283
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(1.00)
LPA 11 (9%) 118 0.716
(1.00) 		0.433
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(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.00952
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(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.101
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(1.00) 		0.691
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(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.931
(1.00)
AQP9 5 (4%) 124 0.0382
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		0.33
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.647
(1.00)
C1ORF94 6 (5%) 123 0.757
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.767
(1.00)
NELL1 11 (9%) 118 0.0204
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.23
(1.00)
CNGA2 9 (7%) 120 0.676
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0368
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		0.695
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.362
(1.00)
ESYT2 6 (5%) 123 0.351
(1.00) 		0.000837
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.0393
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.293
(1.00)
NLRP13 13 (10%) 116 0.459
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.346
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.19
(1.00)
NPFFR2 8 (6%) 121 0.204
(1.00) 		0.873
(1.00) 		1
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.234
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.0222
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.655
(1.00)
NRG3 9 (7%) 120 0.673
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.524
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0485
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.0652
(1.00)
TNN 16 (12%) 113 0.442
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		0.825
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.702
(1.00)
GPR174 5 (4%) 124 0.429
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.498
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.189
(1.00)
PSG8 10 (8%) 119 0.39
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.00659
(1.00) 		0.219
(1.00)
OR10Z1 6 (5%) 123 0.37
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.609
(1.00)
FAM71B 10 (8%) 119 0.655
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.65
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
SERPINI2 5 (4%) 124 0.962
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
OR14A16 7 (5%) 122 0.434
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OR5AS1 6 (5%) 123 0.416
(1.00) 		0.111
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(1.00)
PTH 3 (2%) 126 0.00705
(1.00) 		0.784
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.971
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(1.00) 		1
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(1.00)
C1ORF129 7 (5%) 122 0.963
(1.00) 		0.782
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(1.00)
CMKLR1 5 (4%) 124 0.247
(1.00) 		0.256
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(1.00)
INHBA 7 (5%) 122 0.345
(1.00) 		0.0957
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(1.00) 		1
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(1.00)
OLAH 5 (4%) 124 0.74
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		0.871
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00233
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(1.00)
CDH11 11 (9%) 118 0.229
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0534
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(1.00)
KRTAP4-11 5 (4%) 124 0.101
(1.00) 		0.883
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(1.00) 		1
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(1.00)
PLAC1L 3 (2%) 126 0.215
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.256
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
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(1.00)
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(1.00) 		0.212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.514
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(1.00)
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(1.00) 		0.202
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(1.00)
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(1.00) 		0.286
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(1.00)
GABRG1 6 (5%) 123 0.113
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(1.00)
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(1.00) 		0.0269
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.914
(1.00) 		1
(1.00)
SDK1 8 (6%) 121 0.925
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.0719
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(1.00) 		0.082
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.902
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(1.00) 		0.544
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(1.00)
COL25A1 9 (7%) 120 0.13
(1.00) 		0.613
(1.00) 		1
(1.00) 		0.758
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(1.00) 		0.524
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.418
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(1.00)
EPHB6 15 (12%) 114 0.357
(1.00) 		0.18
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.311
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.789
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(1.00) 		0.0258
(1.00) 		0.562
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(1.00)
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(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.0829
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(1.00) 		0.0376
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.337
(1.00)
CYLC1 6 (5%) 123 0.0266
(1.00) 		0.398
(1.00) 		1
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.339
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(1.00)
HSD3B2 7 (5%) 122 0.399
(1.00) 		0.962
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(1.00)
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(1.00) 		0.205
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.721
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.113
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.0751
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(1.00) 		1
(1.00)
ZNF676 11 (9%) 118 0.429
(1.00) 		0.174
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.972
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(1.00)
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(1.00) 		0.753
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(1.00)
KRTAP15-1 5 (4%) 124 0.471
(1.00) 		0.411
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(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.345
(1.00)
SLC5A11 9 (7%) 120 0.798
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.787
(1.00)
SLITRK4 11 (9%) 118 0.414
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.0102
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.0677
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(1.00) 		0.0949
(1.00) 		0.725
(1.00)
EIF2C1 4 (3%) 125 0.445
(1.00) 		0.547
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.343
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(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.881
(1.00)
FKBP6 5 (4%) 124 0.361
(1.00) 		0.0973
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.131
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
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(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.107
(1.00)
HTR1A 6 (5%) 123 0.848
(1.00) 		0.0907
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.00848
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0294
(1.00) 		0.891
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(1.00) 		0.193
(1.00)
SULT1C3 4 (3%) 125 0.595
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.92
(1.00)
REG1A 5 (4%) 124 0.904
(1.00) 		0.512
(1.00) 		1
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.272
(1.00) 		1
(1.00) 		0.068
(1.00) 		1
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.741
(1.00)
OR8H3 9 (7%) 120 0.592
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0165
(1.00) 		0.013
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.832
(1.00)
ASTN2 9 (7%) 120 0.297
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000158
(0.42) 		0.659
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.162
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.71
(1.00)
C1ORF49 4 (3%) 125 0.873
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.0566
(1.00) 		0.377
(1.00) 		1
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.0018
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.927
(1.00)
CRB1 15 (12%) 114 0.000725
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.0528
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(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.804
(1.00)
CYBB 7 (5%) 122 0.682
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.676
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.652
(1.00)
GPR139 8 (6%) 121 0.627
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.285
(1.00) 		1
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.0128
(1.00)
LRRIQ3 7 (5%) 122 0.163
(1.00) 		0.751
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0033
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.549
(1.00) 		1
(1.00)
ODAM 4 (3%) 125 0.0733
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.163
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.254
(1.00)
OR5W2 6 (5%) 123 0.203
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		0.982
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(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.145
(1.00)
UPP1 5 (4%) 124 0.725
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.398
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.344
(1.00)
ZBBX 10 (8%) 119 0.973
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.809
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.263
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(1.00)
SLC32A1 8 (6%) 121 0.143
(1.00) 		0.908
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(1.00) 		0.9
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.433
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(1.00) 		0.649
(1.00)
TAX1BP1 3 (2%) 126 0.845
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.0125
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		0.349
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.883
(1.00)
RABL3 3 (2%) 126 0.0405
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.575
(1.00) 		1
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.163
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.953
(1.00)
TTLL7 6 (5%) 123 0.256
(1.00) 		0.997
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.891
(1.00) 		1
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.853
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(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.681
(1.00)
MS4A14 8 (6%) 121 0.645
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.0467
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.553
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0864
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.905
(1.00)
DUSP27 10 (8%) 119 0.168
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00) 		0.936
(1.00) 		1
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.65
(1.00)
C14ORF177 4 (3%) 125 0.23
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.317
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		1
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.656
(1.00) 		1
(1.00)
TBX5 8 (6%) 121 0.954
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.0719
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.119
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.00334
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.034
(1.00) 		0.579
(1.00)
NHEDC1 7 (5%) 122 0.189
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.26
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00546
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.799
(1.00)
RBM19 12 (9%) 117 0.97
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.301
(1.00)
THEMIS 8 (6%) 121 0.0298
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.463
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.489
(1.00)
OR2T34 6 (5%) 123 0.896
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.57
(1.00)
NLGN1 11 (9%) 118 0.692
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.974
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0467
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.566
(1.00)
ZNF831 23 (18%) 106 0.252
(1.00) 		0.799
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0244
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.955
(1.00)
GDI1 3 (2%) 126 0.652
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.163
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00)
GLYATL1 6 (5%) 123 0.923
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.00588
(1.00) 		0.0672
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.932
(1.00)
SPRYD5 8 (6%) 121 0.129
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0189
(1.00) 		0.082
(1.00) 		0.171
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.54
(1.00)
UGT2B10 8 (6%) 121 0.644
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.261
(1.00)
PLA2G2A 3 (2%) 126 0.575
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.584
(1.00) 		1
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.22
(1.00)
SERPINB4 7 (5%) 122 0.0461
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.377
(1.00)
NXF5 5 (4%) 124 0.485
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.393
(1.00) 		1
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.752
(1.00) 		1
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.143
(1.00)
PGK2 9 (7%) 120 0.714
(1.00) 		0.881
(1.00) 		1
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.00285
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.678
(1.00)
NTM 7 (5%) 122 0.878
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.00276
(1.00) 		0.00798
(1.00) 		1
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.379
(1.00)
LELP1 3 (2%) 126 0.701
(1.00) 		0.0751
(1.00) 		1
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.584
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.735
(1.00)
PSG11 5 (4%) 124 0.792
(1.00) 		0.0927
(1.00) 		1
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.772
(1.00)
IL31 3 (2%) 126 0.741
(1.00) 		0.575
(1.00) 		1
(1.00) 		0.026
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.122
(1.00)
GDF5 3 (2%) 126 1
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.0746
(1.00) 		0.0846
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0458
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.883
(1.00)
SKIV2L2 9 (7%) 120 0.0894
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.648
(1.00)
ARHGAP36 10 (8%) 119 0.806
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.0464
(1.00) 		0.0682
(1.00)
VN1R2 6 (5%) 123 0.808
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0967
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.252
(1.00)
SCG2 6 (5%) 123 0.377
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		1
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.45
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.867
(1.00)
FCGR3A 5 (4%) 124 0.548
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00872
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.00908
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.315
(1.00)
NETO1 9 (7%) 120 0.648
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.0773
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.712
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.884
(1.00)
C7 9 (7%) 120 0.283
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.0368
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.455
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.742
(1.00)
ADAMTS1 9 (7%) 120 0.0973
(1.00) 		0.553
(1.00) 		1
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.27
(1.00)
OR5K3 5 (4%) 124 0.162
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.621
(1.00)
PLD5 7 (5%) 122 0.854
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.0645
(1.00)
'REG1B MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 1.1e-09 (t-test), Q value = 2.9e-06

Table S1.  Gene #29: 'REG1B MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 58 1990.8 (15.5)
REG1B MUTATED 3 2007.7 (1.5)
REG1B WILD-TYPE 55 1989.9 (15.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #29: 'REG1B MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'OR8J3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 6.69e-05 (Chi-square test), Q value = 0.18

Table S2.  Gene #87: 'OR8J3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 1 31 86 1 2 1 1 4 2
OR8J3 MUTATED 0 4 3 0 2 0 0 0 1
OR8J3 WILD-TYPE 1 27 83 1 0 1 1 4 1

Figure S2.  Get High-res Image Gene #87: 'OR8J3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'OR4M2 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.89e-05 (Chi-square test), Q value = 0.05

Table S3.  Gene #100: 'OR4M2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 1 31 86 1 2 1 1 4 2
OR4M2 MUTATED 0 1 4 0 2 0 0 0 0
OR4M2 WILD-TYPE 1 30 82 1 0 1 1 4 2

Figure S3.  Get High-res Image Gene #100: 'OR4M2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'CRISPLD1 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 1.27e-10 (t-test), Q value = 3.4e-07

Table S4.  Gene #107: 'CRISPLD1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 58 1990.8 (15.5)
CRISPLD1 MUTATED 7 2006.4 (1.9)
CRISPLD1 WILD-TYPE 51 1988.7 (15.3)

Figure S4.  Get High-res Image Gene #107: 'CRISPLD1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'C20ORF85 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 2.5e-15 (Chi-square test), Q value = 6.7e-12

Table S5.  Gene #108: 'C20ORF85 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 1 31 86 1 2 1 1 4 2
C20ORF85 MUTATED 0 1 0 0 2 0 0 0 0
C20ORF85 WILD-TYPE 1 30 86 1 0 1 1 4 2

Figure S5.  Get High-res Image Gene #108: 'C20ORF85 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'F9 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 2.24e-09 (t-test), Q value = 6e-06

Table S6.  Gene #131: 'F9 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 58 1990.8 (15.5)
F9 MUTATED 4 2006.2 (1.7)
F9 WILD-TYPE 54 1989.7 (15.4)

Figure S6.  Get High-res Image Gene #131: 'F9 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'NOVA1 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 1.26e-08 (t-test), Q value = 3.3e-05

Table S7.  Gene #133: 'NOVA1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 58 1990.8 (15.5)
NOVA1 MUTATED 4 2005.8 (1.9)
NOVA1 WILD-TYPE 54 1989.7 (15.5)

Figure S7.  Get High-res Image Gene #133: 'NOVA1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'GBA3 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 3.11e-06 (Chi-square test), Q value = 0.0083

Table S8.  Gene #137: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 1 31 86 1 2 1 1 4 2
GBA3 MUTATED 0 0 4 0 2 0 0 1 0
GBA3 WILD-TYPE 1 31 82 1 0 1 1 3 2

Figure S8.  Get High-res Image Gene #137: 'GBA3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GPR101 MUTATION STATUS' versus 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

P value = 2.58e-05 (t-test), Q value = 0.068

Table S9.  Gene #153: 'GPR101 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 58 1990.8 (15.5)
GPR101 MUTATED 7 2003.7 (5.0)
GPR101 WILD-TYPE 51 1989.0 (15.6)

Figure S9.  Get High-res Image Gene #153: 'GPR101 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #13: 'STOPPEDSMOKINGYEAR'

'OR2W5 MUTATION STATUS' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 3.36e-07 (t-test), Q value = 0.00089

Table S10.  Gene #157: 'OR2W5 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #12: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 85 39.9 (27.3)
OR2W5 MUTATED 3 56.7 (1.2)
OR2W5 WILD-TYPE 82 39.3 (27.6)

Figure S10.  Get High-res Image Gene #157: 'OR2W5 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #12: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

'OR7G1 MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.37e-07 (Chi-square test), Q value = 0.00036

Table S11.  Gene #165: 'OR7G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients LUNG ACINAR ADENOCARCINOMA LUNG ADENOCARCINOMA MIXED SUBTYPE LUNG ADENOCARCINOMA- NOT OTHERWISE SPECIFIED (NOS) LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA MUCINOUS LUNG BRONCHIOLOALVEOLAR CARCINOMA NONMUCINOUS LUNG MICROPAPILLARY ADENOCARCINOMA LUNG MUCINOUS ADENOCARCINOMA LUNG PAPILLARY ADENOCARCINOMA MUCINOUS (COLLOID) ADENOCARCINOMA
ALL 1 31 86 1 2 1 1 4 2
OR7G1 MUTATED 1 1 1 0 1 0 0 0 0
OR7G1 WILD-TYPE 0 30 85 1 1 1 1 4 2

Figure S11.  Get High-res Image Gene #165: 'OR7G1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = LUAD.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = LUAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 129

  • Number of significantly mutated genes = 198

  • Number of selected clinical features = 15

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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